- 1 名前：あるケミストさん [03/11/23 18:05]
- 鯖移転でスレがなくなったのでたてました。
---前スレ>>1から引用---
！量子化学の話題はこのスレで！
science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/
現状から考えると話題の絶対数が少なそうなので
１つのスレでええやろと思い、とりあえず立てておく。
作ったことで話題が生まれるかもしれないし。
理論についての話からツール類の使い方まで
いろいろ話しちゃってくだせぇ。
- 477 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/09 22:06]
- 理論だけで食っていけるやつはほとんどいない。
まして、実験が嫌いだから量子化学に行ってGaussianやります、
なんていうやつに専門分野での生き残りは無理。
- 478 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/11 10:24]
- あの高名なN先生やH先生は実験が嫌いで理論化学に行ったらしいぞ。
Gaussianはやってないが。かくいう折れは実験は徹夜も厭わないくらい
大好きだったが、ど下手くそで向かないと判断したから理論に移った。
細々とだが楽しくやってるよ。
- 479 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/11 15:45]
- >>477
理論でも論文はいっぱいかける。とくに量子化学計算のネタだったらそこら中にゴロゴロ転がっている。
そのなかでいかに良いネタを探すかが重要だろうと思うな。
- 480 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/11 22:10]
- >>477
理論だけ、は確かに難しいかもしれないけど、「理論＋計算」で食ってる人は
たくさんいるよ。
それに、どんな人生舐めてるような理由で専門を選んだとしても、才能が
あれば一流になってしまうのが厳然たる事実。
数学者なんて、ふざけてるとしか思えないような理由で数学を選んで
超一流に名を連ねている人も多い。
俺は実験も計算も理論も好きだったけど、こういう半端人間が一番ダメなのかも。
- 481 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/11 22:48]
- >>480
途中まではいい（マスター・ドクター）。理論（計算）も実験もやるべきだろう。ただ、研究者として
やっていくならどっちかに決めた方がよい。実験やりつつ理論（計算）もってのは理想だが、一部の
天才はともかく、普通の凡人には無理。理論（計算）の深い仕事をやるにはいっぱい勉強したり
論文を読まなければならない。計算もいっぱいやっていっぱいデータを眺めなければならない。
逆に、実験も同様だ。ただ、どっちにつくにしろ、理論をやるにしても実験データの真実を見抜けない
とダメだし、実験家も理論が多少なりともわかってないとダメだ。相補的なんだし。つまり
理論・実験、双方のモノの見方を身につけておくことは重要だというわけだ。
- 482 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/12 00:40]
- >>481
私もまさにそう思います。
理論・計算で研究者としてやっていく場合には、479の言うとおりいかに
良いネタを捕まえるかが大きいと思います。
学生の場合は、良いネタは先生から降ってくるので先生をちゃんと選ぶ
必要があるし、研究者の場合は自分でよいネタを取捨選別しなきゃいけ
ないから、実験屋さんとよく議論できるだけの知識（経験もあればもっ
といいが）が必要。
大抵の実験屋さんは“計算屋なんてダメダメ”という潜在意識があるの
で、ちゃんと議論して、“こいつは実験も分かっている”と思わせれば
実験屋と仲良くできるはず。
つまり、自分が玉石を見分ける力と、実験屋から認められる力が必要。
- 483 名前：あるケミストさん [04/03/13 21:51]
- >>481,482
大枠で同意。
実は俺、学部、修士、博士(博士は単位取得退学したが)と、ab initioで
計算理論構築と計算をやっていたけど、途中で病気して休学、結局退学した。
で、今は別の院の博士課程に入って燃料電池の実験の研究をしている。
理論も実験もそれぞれの難しさがあるけれど、面白いよ。
少なくとも｢自然科学の研究者｣としては、理論と実験の両方を
(頭だけでなく体で)理解する必要があると思う。
それは、ある程度分野の違いのあるものだろうが、
得てして幅の広いものだ。
俺は、病気をして回り道をしたけれども、
塞翁が馬で理論と実験両方を経験することができた。
これは結果としてとてもラッキーなことだったと思っている。
＊理論屋さんの皆さんへ:
理論計算は面白いし、それなりに(自己)満足できる結果が出てくると思います。
ですが、実験の世界ではそれを超えたことが数多く出てきます。
そのことを是非知っておいてください。
それと、量子化学の分野では、
｢実験あっての理論｣ということもお忘れなきよう。
素粒子物理学なんかとはちょっと違う。
最後にこの書き込みを見た人へ:
俺が誰かわかっても｢シー｣ね(人差し指を口に当てて)(笑)。
- 484 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/13 22:05]
- 人に聞いた話だけど、最近の薬には
「これは理論計算を利用して作りました」
みたいな事が書いてあるものもあるらしいね。
計算手法何使ってるんだろうな、とか考えちゃうのは職業病かな。
- 485 名前：483-追記 [04/03/13 22:07]
- >>478
H先生って、実験嫌いだったんだ。知らなかった。
だけどあの先生は確かに頭の切れる先生だよね。
しかし、鼻っ柱の強い人なんだよね。今の大学でも専攻内で
喧嘩していたような…。
でもね、あれでいて本当は穏やかでやさしい人です。
そうだと信じています(笑)。
- 486 名前：あるケミストさん [04/03/13 22:10]
- >>484
MOPACだったりして…(w
さもなくばMDじゃないの?
- 487 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/14 00:20]
- >>483
発想があまりにステレオタイプな上に、教訓めいたことを書いちゃうと
ころが、かなりイタイんだが...
もうちょとと気の利いたこと書いてくれよ．苦労してんだったらさ．
- 488 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/14 02:15]
- >>484
エネルギー的な部分は分子力場だと思うよ。だから「theoretical」ではなく
「rational」（合理的）と表現されることが多いね。
こういう領域と比べると、一般的な化学の世界には「理論 → 実験」
という側面がないわけではないのもまた事実。
結局「実験も理論も科学にとっては極めて重要」というしかないな。
あまりにも当たり前すぎて申し訳ないけど。
>>483に限らず、この手の話題になったときに違和感を感じるのは、
「理論をやってる奴らは実験を軽視している」というへんな思い込みが
あること。実験の重要性を理解していない理論屋なんて、たぶん
ほとんどいないよ。元理論屋ならわかると思うんだが、そうでもないのかな。
今さら「お忘れなきよう」とか言われると「理論屋のことを勘違い
してるんじゃないの？」って気がするよ。
- 489 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/14 03:18]
- 量子化学計算の限界は量子化学者が一番良く分かってる。
未だ実験の後ろ盾無しに理論だけでどうこうできるレベルじゃないし、
将来もそれは殆ど変わらないんじゃないかと思う。
厳密には解けないことが証明されてる多体系に挑んでる時点で無茶は承知なんだけど、
それにしても計算量と精度のトレードオフは嫌になるね。
でも、実験だけでは説明付かないことを説明するのに量子化学は重要だし、
結局は相補的なんだな。
お互いあってのお互い、だ。
- 490 名前：483 mailto:sage [04/03/14 11:34]
- なんか反応があったみたいなので…
あと、sageました。今まで忘れてました。
>>487
｢イタい｣といわれれば確かにそうかも(笑)。
読み返してみて我ながら多少なりとも感じる。
でも、自分は｢基本姿勢｣が大事だと考えているので、
書いてしまいました。
反感を感じさせたようだったらごめんなさい。
>>488
自分が量子化学をやっていたころは、(学部4年からだったせいもあり)
実験のことを判っているつもりでも
実はあまり判っていなかったんじゃないかと思ったんです。
外に出て違う分野に入って初めて判ったようなところがあります。
こんなの、俺だけか？
それと、最近の量子化学界はどんなことになっているんですかね？
俺がいたときは、ab initioではCAS-PT2とかが利用され始めていたんですが。
理論的展開が進んだのか、それとも計算重視の方向に進んでいるのか、
誰か教えてもらえませんか？
いまとなってはJCPを読む暇もないので。
- 491 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/14 12:46]
- とりあえず Kohn-Sham(KS)-DFT 旺盛かね。
励起状態の関係ある計算にも KS-DFT を使うのは正直問題があると思うのだが、 ＞TD-DFT とか
DFT の世界は何でもありなとこあるからなぁ...。
合えばいいんじゃー、って感じで。
そんなんだから半経験的手法と言わ（ｒｙ
CAS-DFT っていう怪しい手法もあるけど、どこまで信用できるのか正直分からん。
DFT は非整数占有数を持てるような方向に発展しようとしてるけど、
平均場近似にならなくて結構計算量が増えてしまうみたいなんだな。
汎関数が一意に決まらない可能性もあるし、
Hohenberg-Kohn の定理を満たさないという問題もあるらしくて...
まぁ、KS-DFT の時点でかなり無理してる気もするけどね。
SAC-CI は凄いらしいけど、使うディスク容量も物凄いらしいね。
数百ギガバイトとか平気で使うみたい。
あとは、アルゴリズムの洗練、近似、並列化で
既存の手法を高速化するのをよく見るかな。
根本的な汎用的新手法ってわけじゃないけど。
やっぱ CC を高速化する研究がよくあるね。
応用に関しては多すぎて把握できない。
そういう意味で、計算重視の方向に進んでるのやもしれぬ。
理論的展開はなかなか難しいからねぇ。
もうスキマ産業で計算方法はすぐ分かるけど
誰にも計算されてないプロパティを計算するとか、
既存の理論を弄り回したりくっ付けたりすることくらいしか
やること無くなってきている。
何か１つブレイクスルーが欲しいなぁ...。
ダイナミクスは詳しくないので、他の人に任せる。
- 492 名前：発電実験中(笑) mailto:sage [04/03/14 14:14]
- >>491
お返事どうもありがとう。
そうか、今はDFT全盛の時代なのか…。
そういえば、前の研究室でDFTの二次交換密度行列のlinear calculationの
方法を考えろ、と言われたことがあったなぁ。
できなかったけど。そもそも無理なのか？
今はどうなっているんだろう。
時間依存のDFTってことは、密度行列の中に時間依存項が入っている、っていうわけか？
DFTはほとんど触ったことがないのでよくわからん。
それとCAS-DFTって、あのCASSCFのCASのこと？
波動関数を使わないのに、どうやってactive spaceを作るんだろう？
もう、判らないことだらけです。
SAC-CIといえば、そのネーミングもさることながら(笑)、
EOM近似と等価だといって一時論争になっていたようですね。
その後どうなったんでしょう。
計算アルゴリズムの高速化がまだ行われているのがちょっと驚き。
まあ、計算機自体が進化しているから、
やれることも変わってくる、ということの反映なんでしょう。
結局、この分野って、マシンパワー勝負になってしまうのでしょうかね。
理論を発展させるのが仕事だ、という人以外は。
それを言ったら終わりか。
発電実験の生成物分析をしなければならないので、
実験室に戻ります。491さん、どうもありがとう。
- 493 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/14 21:11]
- >>491
正直、巨大な系だとDFTしかCPU的に適用できないってところが現在の一番苦しい状況。
なんとかならんもんかなー。MP2計算がDFTレベルまで計算が楽になるようになんとか
なってくれればいいんだが。。。
- 494 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/14 21:37]
- MP2 ねぇ...。
電子相関が強くなると
MP2 なんかじゃ全然足りなかったりするからなぁ。
MP4 ですらダメな系もあるし。
あくまで「摂動」だからね。
- 495 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/14 22:51]
- >>494
矛盾したこと書いてることわかってるか？
- 496 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/15 00:36]
- ？
- 497 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/15 01:43]
- 酸化物の第一原理計算をしようかと考えてるんですが、未だにDV-Xaって現役なんでしょうかね？
Gaussianはどうも向いてないようだし、ABINITかVASPあたりがいいんでしょうか？
- 498 名前：497 mailto:sage [04/03/15 01:50]
- 今調べてみたら、最近のPaperでも結構DVSCAT使ってるのがあるな。
- 499 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/15 22:41]
- >>497
VASP、逝っとけ。
- 500 名前：あるケミストさん [04/03/16 05:20]
- 結局この分野っていみないだろ？
ばかばっかだしな
- 501 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/16 07:52]
- そうだな。素粒子論の次の次くらいにいみないし
物性理論ほど著しくはないがその次くらいにばかの割合がおおい。
- 502 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/16 07:58]
- >>500-501
うーん、煽り慣れてない人の文章、って感じだなあ。
ガンバレ。
- 503 名前：501 mailto:sage [04/03/16 09:37]
- 煽りではないぞ。世間知らずのど素人には困ったものだ。
- 504 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/16 09:59]
- じゃ私怨か。
どっちにしろガンバレ。
- 505 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/16 10:05]
- 釣られるなよ。まったく。
- 506 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/16 10:29]
- 煽りだの私怨だの釣りだのと失礼な連中だな。
冷静になってよく考えそして周りを見回してみろ。
>>501 はお前らが噛み締めるべき紛れもない現実だと気付くはずだ。
- 507 名前：有機の人 mailto:sage [04/03/16 10:46]
- いずれ整理・体系化された知識として帰ってくるんですよ。
素粒子は素粒子で裾野産業を育成してるのかなぁ〜
東大のあの人も「国民の税金で夢見させてもらってる」とか言っといて
いざ、予算が出なさそうになったらぶーたれるって言うのはあれだと思うけど。
- 508 名前：あるケミストさん [04/03/17 02:44]
- みなさん何を食べたらそんなに頭良くなるんですか？
- 509 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/17 03:19]
- >>508
卵
ひたすら卵ｸｴ
- 510 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/17 07:58]
- >>509
コレステロールに気を付けろ！
- 511 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/17 10:56]
- Pople逝っちゃいましたね。
- 512 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/17 12:01]
- >>511
ソースｷﾎﾞﾝﾇ。
- 513 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/17 12:25]
- マジすか！
いくつだったっけ？
- 514 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/17 15:59]
- 見当たらないなあ。
今、西北大学だっけ？
- 515 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/17 19:49]
- ガセやないやろな。
- 516 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/17 20:56]
- こんだけメールが飛び交ってるのに、その一つも届かない環境にいるっての
はなんだなあ。
- 517 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/17 21:34]
- 学生で悪かったね。
- 518 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/17 23:32]
- 誰か生存確認メール送れ
www.nanofabrication.northwestern.edu/faculty/pople.htm
- 519 名前：あるケミストさん [04/03/17 23:49]
- たまご食べても一向に頭良くならないんですけど。
やっぱ勉強しなきゃダメなんですか？そうですか。
じゃあ量子化学・量子力学は何の教科書使いましたか？
- 520 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/18 00:01]
- 早っ！
それはともかく、乾燥大蒜が頭にいいらしいね。
量子化学の教科書はザボとマッキーニを読んだ。
量子力学はJ. J. サクライとフェッタ・ワレチカを読んだ。
あと、ブレゾ・リプカも読んだけど、かなりハード。主に誤植の多さが。
素人にはおすすめできない。
- 521 名前：508 [04/03/18 01:57]
- >>520
わかりました。大蒜とたまご重視にします。
過去レス呼んでもＪＪサクライ（日本人？）って人は評判いいみたいですね。
そいつからやっつけてみようと思います。
早く兄貴みたいになりやす！
あ！便乗質問なんですけど、
量子力学→量子化学の順の方がいいんですよね？
- 522 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/18 02:13]
- 量子力学の基本事項さえ分かってれば
あとは量子化学の本だけで理解できるかと。
量子化学の勉強って、どっちかっていうと数学なんだよな。
ひたすら多体系のシュレディンガー方程式を解くだけ。
- 523 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/18 07:53]
- 大蒜と卵の話もいいのだが、Popleどうなったんだ。
>>511のネタだったのか？
- 524 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/18 08:08]
- >>522
数学というよりはただの線形代数だな大部分は。
ダイナミクス（特に量子）周辺の方が物理的内容が豊か。
- 525 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/18 11:04]
- ttp://pubs.acs.org/cen/today/8212johnpople.html
ご冥福をお祈りします。
- 526 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/18 11:27]
- 本当だったんですね...。
ご冥福をお祈りします。
去年見た時かなりお年を召されてると思ってはいましたが、
まさかあれから１年でお亡くなりになるとは...。
- 527 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/18 16:13]
- >>525
こちらでも祭りが始まっています。。。
www.gaussian.com/
- 528 名前：あるケミストさん [04/03/19 04:46]
- 結局MOPACはなんでだめなの？たのむから教えてくれ。何に使えるの？
- 529 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/19 18:31]
- 実験値に合わせているので、炭化水素の安定構造などを求めたいのなら
計算量も少ないし、良いのでは。
ただ、それで遷移状態とか、hypervalentの構造などを求め始めると、問題。
- 530 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/19 22:40]
- >>528
そんなにだめかなぁ・・
ところで、MOPACは疎水性相互作用はきちんと見積もれているのであろうか・・
- 531 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/19 23:12]
- >>530
「疎水性」は指してる範囲が広いので、MOPACどころか量子化学的に
扱うこと自体が厳しい効果もあったりする。
MOPACは別にダメじゃないと思うよ。もちろん用途によるけど、
「全面的にダメ」と主張している人はそもそも少ないのでは。>>528の
早とちりかと。
- 532 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/20 00:37]
- >>530
疎水性相互作用ってなに？ 親水性相互作用もある？
- 533 名前：あるケミストさん [04/03/21 07:59]
- あーーー量子力学わかんねーーー
- 534 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/22 09:37]
- ＭＯＰＡＣ系統はタンパク質の研究には良いと思うよ、分子量
何千の分子なんて、そう簡単にab initioで計算なんかできん。
ＭＯＰＡＣで問題なのは「計算が精密だから実験値に合う」
んじゃなくて、「実験値に合うように計算している」というのが
問題。人によってはそこら辺が胡散臭く感じるらしい。
- 535 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/22 12:29]
- DFT もそんなもんだよ。
実験値に合う汎関数を選んでる。
- 536 名前：あるケミストさん [04/03/27 21:35]
- Woodsっていう糖化学の研究者の論文で
半経験的だとだいぶab initioと（energy profileが）違っているのがあった。
たしかこのprofileは糖の5つのCと1つのOからなるﾘﾝｸﾞにﾒﾄｷｼかなにかが付いていて
dihedralを変化させるよう回転させたものだった。
あ 、わかった J Phy Chem (1995)99,3832-だ。 そのFig7
- 537 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/27 22:04]
- あってる領域で使えば大丈夫。
大体dihedralはab initioでも苦手。
- 538 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/27 22:40]
- そこで UDFT ですよ。
- 539 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/28 00:22]
- 藻前らの脳内コンピューターでfull CI計算汁！
- 540 名前：分子力場 [04/03/28 12:49]
- 小生は糖鎖の水中での分子動力学ｼﾐｭﾚｰｼｮﾝのための分子力場ﾊﾟﾗﾒｰﾀを準備しています。
このようなとき、ab initioによるdihedral角のenergy profile描出したとして、それをどこまで利用してよいのかが良く分かりません。
ab initioで、（もちろん水のない条件で）profileを作成。
それに一致するように、Amberなどの力場のtorsional ﾊﾟﾗﾒﾀを決めていくのだが、
完全に一致するようにすべきなのか、そもそも別のものなので無理に一致させるべきではないのかがどうも良くわからないのです。
どうすべきかは状況によるのかなあ？
たとえば分子内の原子どうしが水素結合のように引き合う というとき
水溶液中では、水分子によって その水素結合形成が阻害されてしまう。。。
こんなとき、無理に（水の非存在下で）一致させる意味がないという気がする。。
同じような経験のある方はいらっしゃいますか？
- 541 名前：経験者 [04/03/28 13:00]
- 厳密に言うとab initioにしても計算なんてあてにならない。
実験しなさい。どうしても計算したいのならば力場とパラメータ
は誰かのを引用して、大量に計算して都合のいいのを選ぶべし。
ところで>>540は理科大ですか？
- 542 名前：分子力場 [04/03/28 14:58]
- ありがとうございます。理科大ではなく医学系です。周りにやっている人がいないものでね。。
- 543 名前：541 [04/03/28 16:14]
- >>542
医学系ならば尚更パラメータ設定なんていう時間のかかる割りに
効果のない計算をしないことをお勧めする。
Amber力場ならば結構前（8年位前）から糖鎖用のパラメータの
論文が出ている。
- 544 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/29 07:41]
- 医学系だったらそもそも計算なんてしてはいけないのではなかろうか。
- 545 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/29 12:31]
- なんでだい。
- 546 名前：あるケミストさん [04/03/29 13:47]
- ガウシアンを使って電子密度分布をcubeファイルに書かせたく思います。
手持ちの計算結果を利用したいのですが、guess=readとguess=(read,only)
では何が違うのでしょうか？
- 547 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/29 19:39]
- 今日の脳内full CI計算終了！
>>546
guess=readだと、読み込んだMOを収束させるために、SCF計算を始めちゃうんだよ。
guess=only,readだと、読み込んだMOだけ使って計算する。
- 548 名前：あるケミストさん [04/03/29 22:27]
- >>547
chkファイルには収束したSCFに関する情報が含まれていると理解していますが、
そのchkファイルを読み込んで（指定して）guess=readで計算したときに得られた
全エネルギーが、元の計算（chkファイルを生成した計算）で得られた全エネルギー
と大きく違っています。
そういうことって有り得ますか？
- 549 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/29 22:52]
- >>548
座標や基底関数などを変えてたらありうるけども。
- 550 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/29 22:54]
- あっと、>>549 は only つけてる場合の話ね。
あと、計算するマシンや Gaussian のバージョンやコンパイル方法が違っても若干違う。
only がなければ最低でも一回 SCF 回すので、微妙に変わる。
- 551 名前：あるケミストさん [04/03/30 19:34]
- >>549
>>550
どうもありがとうございました。助かりました。
- 552 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/30 20:38]
- 私は物理学科に在籍してるのですが
化学の知識が無くいきなり量子化学を勉強しても理解する事が出来ますか？
- 553 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/30 20:48]
- 物理にどっぷり浸かってたら
色々慣れないところはあるかもしれないけど、
理論だけなら理解できるんじゃないかな？
Schroedinger 方程式解いてそこからプロパティ求めるだけだし、
解くための技術はかなり物理から入ってきてるし。
ただ、結果の解析とかなると化学的思考がいるかもしれない。
- 554 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/30 23:30]
- >>553
なるほど…
ありがとうございます。
- 555 名前：あるケミストさん [04/03/31 21:44]
- >>459
>最近の巨大分子軌道計算がはやってるから、Elongationも評価高そうですものねぇ。
Elongationてとっくにぽしゃったのでは。
最初から発想が悪すぎるとおもってましたが。
誤差が積み重なって、だめなのは自明では？
- 556 名前：あるケミストさん [04/03/31 22:01]
- なんで、RCCSのGaussian98には、Fのaug-cc-pV6Zがはいってないのだろう？
マニュアルでは使える事になってるのに。
Genを使わざるおえなかった。
- 557 名前：あるケミストさん [04/03/31 23:53]
- 現在ある方法のうちで、タンパク質、DNA,RNAに対する有力な計算方法を教えてください。
- 558 名前：あるケミストさん [04/04/01 00:01]
- >>557
何を計算する？
- 559 名前：あるケミストさん [04/04/01 00:10]
- >>528
私はとっくにMOPACやAMPACなどを使わない事にしてます。
理由は、水素結合がある分子や超分子(たとえば、水の2量体）の構造を再現できないからです。
それと、スーパーコンピュータが早くなったので、ab initio計算が手軽にできるようになったからです。
semiemmpricalは好んで使う方法ではないと思ってます。
タンパク質のような水素結合が多い場合、とても怖くて使う気がしません。
- 560 名前：あるケミストさん [04/04/01 00:13]
- >>558
酵素反応です。
- 561 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/01 00:15]
- >>555
>最初から発想が悪すぎるとおもってましたが。
最初から、って・・・ あんた、いくつ？
- 562 名前：あるケミストさん [04/04/01 00:19]
- その方法の論文がJCPに出だしたころから知ってます。
- 563 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/01 02:32]
- FMOもやばそうだけどなあ。
- 564 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/01 07:32]
- はい、やばいです。
- 565 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/01 07:33]
- ついでに ●I●M-SCF も M●●DPT もやばいといえばやばいです。
- 566 名前：あるケミストさん [04/04/01 11:21]
- 論文に発表するﾃﾞｰﾀ作成で、MOPACがab initioより役に立つ状況というのはあるのでしょうか。
大きな分子の静電ﾎﾟﾃﾝｼｬﾙ曲面を、限られた計算資源を用い描出する などでしょうか。
- 567 名前：561 mailto:sage [04/04/01 11:49]
- >>562
ていうことは、すくなくとも45の大先生？
>>563, 565
使える範囲が限られない方法なんて今のところないんだから、
そらやばいところはあるわな。それに、名も通らず消えてくあ
またの理論よりはマシ。ていうか、おれなんかむしろうらやま
しいよ。
- 568 名前：あるケミストさん [04/04/01 19:56]
- 研究者としてのセンスの問題かも？
巨大系の場合、やっぱりOnion法だけが残っていくのでは？
溶液化学で、RISM-SCF法がはたした役割は大きいと思いますがどうでしょう。
- 569 名前：あるケミストさん [04/04/01 20:02]
- >>568
計算なんて所詮は自己満の世界。ソフトが充実したものが残り、
その他は無くなっていく・・・。それだけ。。。
- 570 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/01 20:03]
- 理論研究の真価はどのような現象をどのように説明しあるいは新たな視点を提示した
かによって問われるべきなのだが、その辺を無視して方法論的な新規さ（珍奇さ？）
のみを求めているかのように見える仕事が見受けられる。まあそれも一つのスタイル
なのだが。
- 571 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/01 20:08]
- >>568
大きくはありません。ただしあれはオリジナリティーの高いとても面白い方法です。
だけどあれによって初めて納得のいく説明がなされた現象は未だないと思います。
- 572 名前：あるケミストさん [04/04/01 20:55]
- >>571
そうなんですか。
ちょっと関係ない話ですいませんが、H先生がRISM-SCF法を開発されたころ
お会いしました。たいへんいい先生で、いろいろRISM-SCF法のことを教えて下さいました。
これからいろいろなことをRISM-SCF法でするとたいへん意気込んでおられました。
たしかにその後たいへん多くの論文を出され、びっくりしました。
- 573 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/01 21:20]
- >>568
>研究者としてのセンスの問題かも？
>巨大系の場合、やっぱりOnion法だけが残っていくのでは？
その”センス”が理解不能なんだが？
- 574 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/01 22:16]
- Onion じゃなくて ONIOM だし。
- 575 名前：あるケミストさん [04/04/01 22:24]
- >>573
570の方が言われてるような意味です。
直感的にOnion法はわかりやすく、タンパク質などを高精度で切り込んでいけそうです。
うまくいけば、酵素反応も解明できるのではと期待してます。
もちろん、まだコンピュータが遅いし、改良（たとえば第１層にCASを加えるとか）も必要ですが。
それに比べて、他の方法はいずれやっぱりだめでしたで終わるのが見えてるのですが。
１．誤差が大きすぎて信頼性に疑問。
２．信用できないデータからどんな現象を説明できるのでしょうか？
３．タンパク質などの場合、小さい系よりもっと高精度が必要と予想されます。
だけど、ときどき現実は逆に進めてる感じを受けます。巨大系だから粗い計算でいいとか。
要するに、小さい系でテストして（超）高精度がでない方法は見込みなしと考えてます。
- 576 名前：あるケミストさん [04/04/01 22:30]
- 失礼しました。
ちょうと雑談になりますが、
分子構造討論会で、M先生が最初は「たまねぎ法」と命名しょうかと言われましたね。
- 577 名前：あるケミストさん [04/04/01 23:41]
- >>575
574も書いてるが、ONIOMなんだけど？
一度でもONIOMを使って、研究したことあるんかな？やってみたら、そ
んな幻想はふっ飛ぶと思うぞ。
それに、ONIOMは、確かによく考えられた方法なんだけど、一言で言え
ばモデル化とエネルギー評価の方法であって、理論や計算手法と比較
して論じるものではないのでは？
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