- 1 名前：あるケミストさん [03/11/23 18:05]
- 鯖移転でスレがなくなったのでたてました。
---前スレ>>1から引用---
！量子化学の話題はこのスレで！
science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/
現状から考えると話題の絶対数が少なそうなので
１つのスレでええやろと思い、とりあえず立てておく。
作ったことで話題が生まれるかもしれないし。
理論についての話からツール類の使い方まで
いろいろ話しちゃってくだせぇ。
- 2 名前：あるケミストさん [03/11/24 01:07]
- 乙。
まだ前スレが生きてるような気もするけど、まあここらで移っといたほうが無難か。
- 3 名前：あるケミストさん [03/11/24 06:08]
- >>2
このスレ立てた時、この板にはこのスレを含め３つしかありませんでしたｗ
- 4 名前：あるケミストさん [03/11/24 19:53]
- 今GAMESSのプログラムを読んでいます。
分子の対称性を使うところで、理論というか
式の意味が完全には理解できません。
群論の入門書を読んだのですがそれでも
理解できません。分子軌道法に特化した
GAMESSのプログラムをカバーできる良い本が
ありましたら、どなたか教えてください。
- 5 名前：あるケミストさん [03/11/25 10:27]
- たぶんGamessの役に立たんと思うが www.webmo.netは見ておいて良いかも。。
- 6 名前：あるケミストさん [03/11/25 15:25]
- >>4
テストジョブの説明なかったけ？あれでも駄目？
- 7 名前：あるケミストさん [03/11/25 15:26]
- >>4
C2v対称性の水分子の計算でもやって、基礎を学ぶところからやらんと駄目かな？
- 8 名前：あるケミストさん [03/11/25 19:27]
- 水の構造って何で直線じゃないんですか？
- 9 名前：4 [03/11/25 19:30]
- >>5-7
レスの数々ありがとうございます。
早速参考にさせていただきます。
群論は成田進、藤永茂著の群論入門を読んで理解しました。
射影演算子を使って、規約表現を作るという部分が
この本の要なのですが、GAMESSではこれがそのまま使われては
いないみたいです。
- 10 名前：あるケミストさん [03/11/25 20:49]
- >>8
講談社の「入門分子軌道法」を読んでみよう！
多分、わかりやすく載っている。
つーか、わしも忘れた！
- 11 名前：あるケミストさん [03/11/26 09:00]
-
Gamessのmailing listに加入するのも良いかと。。（質問は具体的でないといけないが）
- 12 名前：あるケミストさん [03/11/29 16:44]
- 京大の足立先生のところは理論化学や量子化学に入るのでしょうか？
- 13 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/01 12:23]
- >>8
定性的に言うなら、
結合電子対２つと独立電子対２つが反発しあってそういう形になるから。
四面体を考えて、中心に酸素、頂点に電子対を置けば、
水分子が折れ線構造になるのが分かると思う。
- 14 名前：あるケミストさん [03/12/02 17:28]
- 誰かgaussian03をifcでコンパイルしている人はいない？
うまくいかないんだが
- 15 名前：あるケミストさん [03/12/02 21:43]
- >>13
それってＶＳＥＰＲっていう理論だよね・・・違っていたらｽﾏｿ
答になってないけど、H2Oを直線構造で構造最適化（結合長のみ）
そんで、振動解析かけるとイマジナリーモードが出るから
それの考察するってのは・・・
あんまり面白くねーか
- 16 名前：あるケミストさん [03/12/06 10:42]
- gaussianシリーズって R or Uの指定をしないでも、多重度2ならちゃんとUで
けいさんしてくれてる。マニュアルには R
とUの指定について書かれてあるけど
別に指定せんでもいいとおもうのはおれだけか
- 17 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/06 12:08]
- 多重度 1 で U したい時には必要だとおもうのはおれだけか
- 18 名前：16 [03/12/06 16:59]
- >>17
うんうん、そうかも
- 19 名前：あるケミストさん [03/12/08 23:59]
- PCにて分子のspin-orbit行列要素を計算したいと考えちょりますが、
GAUSSIANとGAMESS、どちらが適当でありませうか？
- 20 名前：あるケミストさん [03/12/09 11:43]
- GAUSSIANで原子によって違う基底関数を指定するのはどうしたら
よいでつか
- 21 名前：あるケミストさん [03/12/09 13:28]
- >>20
ＧＥＮっていうオプションを使ったと思う。あとこれも参考になるかもしれん。
ttp://www.emsl.pnl.gov/forms/basisform.html
- 22 名前：あるケミストさん [03/12/09 13:29]
- あとこれも。
ttp://www.gaussian.com/g_ur/k_gen.htm
- 23 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/09 18:23]
- >>21
昔、それ使ったときバグがあったので、
俺は今はもうそこは使っていない。
基底関数を出力するオプションつけて一通り出力させて、
それを使うのが一番安心できる。
- 24 名前：あるケミストさん [03/12/10 14:15]
- zmatrixで対象性があるふうにモデルを作ったけど、計算後にMOみたら対象的になって
なかったYo
計算内でモデルに対照性を持たして計算することなんて、できるでんか？
- 25 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/10 14:39]
- Gaussian はデフォルトで対称性縛るYo
それで駄目だったら対称的な解には落ちないのか、
対称的な解に「落とせなかった」のか。
- 26 名前：24 [03/12/10 14:45]
- >>25
わかったYo
ありがとさんYo
- 27 名前：あるケミストさん [03/12/11 14:32]
- SCF=Direstっていふのはなんぞや〜。メモリー上で計算を行うから計算終了
ハヤシときいたけど、そうは感じんかった。
一体、何やねん（大阪弁風に）
- 28 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/11 14:40]
- 27
計算の大きさによる。
- 29 名前：27 [03/12/11 14:42]
- >>28
大きい系じゃないと、scf=direcTのありがたみは
分からないといふことでつね
ありがとう３でちた
- 30 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/11 16:10]
- Direct ってのは、二電子積分が大きいと
全部をメモリに置こうとせずに、
置かなかった部分を各 iteration 毎に計算するようにするフラグ、
だったと思う。
小さい系だったら結局全部メモリに置けるんで、何も変わらんかと。
Direct じゃない場合は全部メモリに置こうとするんで、
二電子積分が大きくなると激しくディスクスワップして
めちゃくちゃ遅くなるけど、
Direct だとそれなりの速度で計算できるようになる、
んだったと思う。
- 31 名前：あるケミストさん [03/12/11 16:12]
- >>30が全部説明したから、ｶｷｺすることないけど
がうしあんの教科書に載ってるよ。
- 32 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/11 16:18]
- あと、デフォルトで Direct だったと思う。
- 33 名前：あるケミストさん [03/12/11 20:25]
- Gaussian98でシングルポイントエネルギー計算が収束しないー！なんステップやってもエネルギーの差がぜんぜん変わらない！！！！！！どうしてですか？教えてください！
- 34 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/11 20:37]
- VShift とか NoDIIS とか NoSymm とか Guess=Alter とか
いろいろオプション試して見れ。
- 35 名前：あるケミストさん [03/12/11 20:41]
- >>33
SCF=Tight
- 36 名前：あるケミストさん [03/12/12 00:02]
- Gaussian、動かすのって、Pentium4-3.2GHzと、Athlon XP 3200+ではどっちが速い？
Pentium4のほうが安定してそうだけど、とにかく計算が速いほうがいいので。
- 37 名前：あるケミストさん [03/12/12 14:55]
- Gaussian９８で遷移金属がある系でも3-21G, 6-31G(d)で計算できますか？
- 38 名前：あるケミストさん [03/12/12 15:31]
- Gaussianで計算したら、系内の金属の電荷が負になっていた。
どうしたら、いいんでしょうか？ …
- 39 名前：あるケミストさん [03/12/12 15:57]
- >>38
信じなさい
- 40 名前：38 [03/12/12 16:06]
- >>39
信じるものは救われる〜、ですか？
でも、その化合物はAl2O3のようなイオン性結晶で
金属の電荷は正であるべきと思ったのですが。
やはり、これも量子化学計算は近似ということから
考えれば当然の結果なのでしょうか
- 41 名前：あるケミストさん [03/12/13 08:02]
- 量子化学計算で、pHを再現するにはどうしたら良いの？
- 42 名前：あるケミストさん [03/12/13 16:44]
- WinMOPACでgaussianで得られたfchを開いた後、MOを表示する
と思うけど、それからどのように解釈したらいいんですか？
HOMO：電子供与性 LUMO：電子授与性 ぐらいしか分からないの
ですが…
- 43 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/13 19:19]
- >>42
考えるな、感じるんだ。
- 44 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/13 23:43]
- >>41
分子のまわりにH2O・H+・OH-を配位させよ。
- 45 名前：あるケミストさん [03/12/14 10:21]
- >>44
レス、ありがとうございます。
pH=4の場合は、OH-1個あたり、H+を10^6個配位させないとだめなんでしょうか。
- 46 名前：42 [03/12/14 15:13]
- >>43
れす、ありがとうです。
まだ未熟ですが、感じることができるようにがんばります
- 47 名前：あるケミストさん [03/12/16 18:30]
- >46
Gaussianのoutファイルからこの結果はこの軌道からこの軌道への励起が関与しているってのが分かるっしょ？
それからその軌道の絵を描いてみたら、例えばπ-π*の励起がこの結果に深く関与しているとかが分かる。
- 48 名前：あるケミストさん [03/12/16 18:50]
- >>46
地道にＭＯの絵を書いてみろー
- 49 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/16 20:13]
- MO を〜占有軌道同士、仮想軌道同士でユニタリー変換しても〜
エネルギーは変わらないよ〜
ラララ〜
でも NO は〜縮退してなければ〜
ユニタリー変換するとエネルギーが変わっちゃうよ〜
ラララ〜
- 50 名前：あるケミストさん [03/12/16 21:18]
- >>49
今日、ザボで習ったの？
- 51 名前：あるケミストさん [03/12/16 21:23]
- >>37
それで、構造最適化できるらしい。
漏れは、uhf/sto-3g*でなら、収束したけど、ub3lyp/6-31g+(d,p)だと
収束しなかった。でも、ほとんどの人が、遷移金属だけを違う基底系に
して計算しているみたい(本当かどうか知らないけど)。
さっき計算が終わったんだが、遷移金属だけLANL2DZにして,、ほかの元素は
6-31g+(d,p)にしてやれば、収束させることができたよ。
- 52 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/16 23:36]
- >>50
正準軌道にどこまで意味を持たせられるかというのは深遠な問題。
「ユニタリー変換すりゃ色んな形に変えられるじゃないか、
そんなもんのある１つの形を見て何がうれしいんだ？ けしからん！」
という考えの人もいるし、
「CASCI とかそれなりにいい描像が得られるし、
正準軌道も全く意味が無いわけじゃないんじゃない？
軌道エネルギーとも対応させられ、
その軌道エネルギーも HF なら意味づけできるし」
という考えの人もいる。
俺は
「HF レベルの MO なんか、複雑な系だと電子相関足りなさすぎて
ホンマに当てになるんかいな。
でも、素性のいい系なら後者の意見に賛成かな」
DFT については
「密度しか保証しないのに MO にどれだけ意味づけできるんだ？
そりゃ危険だろ」
という意見。
NO は縮退さえしてなければ唯一に決まるので、NO に関しては気にしない
（NO だけで全てを語れるかどうかはまた別問題）。
fractional な占有数出すには高精度計算が必要だから
精度の方もそれなりにあるし。
まぁ、UHF でも出るけど、その NO をどれだけ信じれるかってのは正直分からん。
これは UHF の精度と、手法自体のぁゃιさを許容できるかという問題だな。
- 53 名前：あるケミストさん [03/12/17 07:48]
- age
- 54 名前：あるケミストさん [03/12/17 18:40]
- ガウシアンの計算方法の pbepbe ってなんですか？調べたけど、
どこにも見当たらんのだけど
- 55 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/17 19:47]
- Perdew-Burke-Ernzerhof 汎関数じゃない？
- 56 名前：54 [03/12/17 19:55]
- >>55
それって、密度汎関数法の一つですかね？
情報ありがとうございました。調べてみます
- 57 名前：あるケミストさん [03/12/18 00:24]
- 最近はなんでもかんでもB3LYPでしか計算してないなー。
昔はいろいろな汎関数を試してたけど、ﾏﾝﾄﾞｸｻｸﾃ。
B3LYPより使えそうなhybrid fuctionalがあれば
そっちに乗り換えてもいいけど、なにかない？
- 58 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/18 00:25]
- BHandHLYP...
- 59 名前：あるケミストさん [03/12/18 09:29]
- gaussianの計算結果見たら、HOMO−LUMOのエネルギー
差がたったの0.75kcalmol-1しかなかった。これだと伝導体に
なっちゃうよ（笑）
Optする時にSCF=VShift でLUMOの準位を上げて計算すれば
いいの？LUMOを引き上げるエネルギー値によって、結果もだいぶ
変わってしまうと思うんだけど〜
- 60 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/18 10:40]
- VShift は
ギャップが広がるように Fock 行列を変換
→ 対角化
→ ギャップを元に戻す
なので、最終的なギャップの値がどうこういうもんじゃない。
今の奴が変なところへ収束してるんだったら
もっとギャップの開いた解が出る可能性もあるけど。
あと、HOMO-LUMO のエネルギー差が小さいというのは
静的電子相関が欲しいよーと訴えてるわけで、
CAS でもした方がいい予感。
もし正しい解に落ちてるなら、だけど。
- 61 名前：59 [03/12/18 11:09]
- >60
そうだったのか。
gaussianの計算って、奥が深くて難しいなぁ
っていうか、そんな事とかってどこで知ったの
マニュアルに書いてあるのかな
- 62 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/18 11:49]
- >>61
そういうノウハウは、経験や人からいろいろと聞いて
身につけていくものらしい・・・。
Gaussianの教科書って、ちゃんと使えるのは「電子構造論による化学の探究（第二版）」
しかないけど、もっとこういうGaussianのノウハウが詰まった本がでてもいいと思うけどね。
需要ありそうだし。
- 63 名前：あるケミストさん [03/12/18 12:47]
- ここの住民でＱandＡを作ろうぢゃないか！
- 64 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/18 13:33]
- 別にこういうのは Gaussian に限った事じゃないと思うけどな。
でも、Gaussian にターゲットをしぼった方が
説明しやすいというのはあるかもしれん。
- 65 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/18 14:00]
- >>64
量子化学計算屋の人口のなかで、Gaussianユーザーが圧倒的に多いと思うので、そういう意味でも
Gaussianのノウハウ本は役にたつと思われ。
- 66 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/18 14:11]
- >>63
面白そうだNE！
03と98の違いにもいちいちふれてほしいが。
>>64
Gaussianの結果も参考にできるように
使えるようにはなりたいよな
- 67 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/18 15:20]
- Ｑ&Ａを作る利点は、初学者が無駄に悩まなくていいということだね。
おまえらも悩め、ハマれ、それで成長するんだっていうなら
そんなものいらないけど、考えてみるとノウハウを得るために
無駄に時間を棄てていたってことない？
本やすぐにアドバイスをくれる先輩がいれば、どれだけはかどった
ことかと・・・
- 68 名前：あるケミストさん [03/12/19 14:36]
- Ｑ．GaussianでSP計算の結果を見たところ、DIIS: errorが10-1オーダーなのに
SCF Doneになっていました。これだと、完全に収束に至っていないと思うので
すが、この場合、どうしたらよいですか？
ちなみに SCF=Tight だと、収束条件が厳しくなるので時間がかかりすぎるのですが
- 69 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/19 15:48]
- A. 見るところが違う。
SCF Done の後の Convg か、
#P にしてるんなら各サイクルの Delta-E と RMSDP を見る。
RMSDP はサイクル間の密度変化の標準偏差で、
こいつが小さくなれば収束してると判断される。
DIIS error は対角化で求めた通常の Fock と、
DIIS で予想される Fock との間の違いを見てるだけ。
つまり、DIIS が失敗してるかどうかを見てるだけに過ぎない。
DIIS が失敗してても収束する事は別にあってもいいので
（単に DIIS で予想できる程奇麗な収束経路を辿っていないだけ）、
こいつを使って収束性を判断することはできない。
- 70 名前：68 [03/12/19 16:41]
- >69
俺はてっきり、DIIS: errorがちゃんと10-3なんかになっていないと
ダメと思っていたが。
俺って、見当ハズレだね。
詳しい説明、有難うございます。
- 71 名前：あるケミストさん [03/12/19 21:00]
- >>69←Fock神認定
- 72 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/19 21:13]
- Fock 神ってなんじゃー
- 73 名前：あるケミストさん [03/12/19 23:34]
- shrodinger方程式が理解できないよ！
- 74 名前：羽鳥 mailto:sage [03/12/19 23:56]
- 漏れは無視かよ！
- 75 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/19 23:56]
- Schroedinger
S は大文字。人名だからね。
Sch という風に、c が必要。
oe は o ウムラウトの代わり。
ウムラウトの使えない時には後ろに e を付けるんだ。
でも、oe に関してはいい加減な人多いから
そんなに気にしなくていいかも？
- 76 名前：スレ板 mailto:sage [03/12/19 23:58]
- やっとかめ！ 羽鳥君。
- 77 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 00:08]
- >>73
解析力学をやるといいよ。
- 78 名前：あるケミストさん [03/12/20 07:35]
- >>72
Answerの良し悪しにより、Fock神、Hartree神、Pople神などを認定
- 79 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 10:44]
- Feynman神がいいなぁ。
- 80 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 11:56]
- >>79
量子化学限定だから却下。
- 81 名前：あるケミストさん [03/12/20 11:58]
- Ｑお願いします。
Ｑ．2つの構造にエネルギー差はないと判断する時、差として
はどれ程がいいのでしょうか？
私は RT=2.5kcal mol-1よりも大きかったら差として有効
と考えているですが
- 82 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 12:17]
- 真空中の議論ってどこまで使えるんかと。。
- 83 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 12:22]
- 目的 depend じゃね？
- 84 名前：81 [03/12/20 15:38]
- >>82
そう言われてみれば…
>>83
そうなんですかぁ〜
先にRT=2.5 kcalmol-1って書きましたが、Gaussianって
デフォルトは確か298.15Kでの計算であってますよね
（0Kでの計算という人もいますが？？？）
- 85 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 15:47]
- 0K に決まってる。
- 86 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 16:05]
- T = 298.15K なら
RT = 0.6 kcal/mol じゃね？
www.google.com/search?hl=ja&ie=UTF-8&oe=utf-8&q=R+%2A+298.15K+in+kcal%2Fmol%3D&btnG=Google+%E6%A4%9C%E7%B4%A2
- 87 名前：あるケミストさん [03/12/20 18:29]
- Rは気体定数で 8.314 JK-1mol-1 だから、
RT = 8.314(JK-1mol-1) * 298.15(K)
= 2479(Jmol-1)
= 2.5(kJmol-1) じゃないんでつか
- 88 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 19:17]
- 2.5 kJ/mol = 0.6 kcal/mol ≠ 2.5 kcal/mol
- 89 名前：あるケミストさん [03/12/21 13:40]
- 原子数が多くて、困っタンゴ
b3lypだと負荷が大きすぎちゃうので、lsdaにしたん
だがいまいち結果がよくない
計算負担が大きすぎないb3lyp以外でいい結果が得れる密度
汎関数法って何かある？
- 90 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/21 13:51]
- いい結果を出したいのなら、
計算終了まで気長に待つ。
- 91 名前：89 [03/12/21 14:13]
- >90
ふぁ〜い
- 92 名前：あるケミストさん [03/12/22 09:38]
- Q既定関数がSTO-3GだとHOMOが＋けど
3-21Gにすると負になるよ。
関数によって＋−になるのは、何が原因でしょうか？
- 93 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/22 10:10]
- A.
基底関数がボロいから。
- 94 名前：92 [03/12/22 10:15]
- >93
やぱ、そうか。有り難う。
- 95 名前：sage mailto:sage [03/12/23 12:05]
- >>92
プラス、マイナスって、軌道エネルギーのこと？
- 96 名前：あるケミストさん [03/12/23 12:58]
- 皆しゃーん、座標指定にはどうしてます？漏れは
XYZ座標だよ Z-matrixはﾏﾝﾄﾞｸｻｲというかﾑﾂﾞｶｼｲからね
原子数60個をZ-matrixで点群S6（対象要素：E,C3,i,S6）にモデリング
した人が知り合いにおるけど、それってｽｺﾞｲのかなぁ
- 97 名前：あるケミストさん [03/12/23 13:49]
- >96
ケースバイケース。
C60の場合、むしろZ-matrixの方が簡明かつ賢明なのでは？
- 98 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/23 14:58]
- Cartesian で C60 書けと言われたら嫌だな。
多分 Z-Matrix で書いて、それを Cartesian に変換するな。
- 99 名前：あるケミストさん [03/12/23 16:01]
- 二面角以外はみんな楽勝だと思うが、
二面角を考えるのが苦手な人は多少いると思う。
そこで、コツを教えよう。
例えばメタンで
C1
H2 1 len
H3 1 len 2 angle
H4 1 len 2 angle 3 dihedral
とある場合の dihedral を考えてみる。
angle までは H4 → C1 → H2 という「流れ」をイメージできる。
ここで dihedral は H3 へ繋がるもう１つの「流れ」をイメージすればよい。
それは H2 → C1 という「逆流」から H3 へと流れる「支流」のイメージだ。
この H3 への「支流」をイメージするときの、
H4 からのズレが二面角に相当する。
言い換えるなら、H2 に立って C1 の方向へ視線を向けたときの、
H4 と H3 の角度が二面角になる。
立ち位置と視線をどこにとるかを覚えるのに、
「流れ」のイメージが助けになると思う。
- 100 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/23 16:10]
- メタンの H5 が抜けてたね。ごめんよ。
まぁ、H4, H5 の二面角が 120.0, -120.0 になるというのがイメージできれば
万々歳やね。
|
 |
