量子化学の話題はこのスレでパート２

1 名前：あるケミストさん [03/11/23 18:05] 鯖移転でスレがなくなったのでたてました。 ---前スレ>>1から引用--- ！量子化学の話題はこのスレで！ science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/ 現状から考えると話題の絶対数が少なそうなので １つのスレでええやろと思い、とりあえず立てておく。 作ったことで話題が生まれるかもしれないし。 理論についての話からツール類の使い方まで いろいろ話しちゃってくだせぇ。 82 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 12:17] 真空中の議論ってどこまで使えるんかと。。 83 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 12:22] 目的 depend じゃね？ 84 名前：81 [03/12/20 15:38] >>82 そう言われてみれば… >>83 そうなんですかぁ〜 先にRT=2.5 kcalmol-1って書きましたが、Gaussianって デフォルトは確か298.15Kでの計算であってますよね （0Kでの計算という人もいますが？？？） 85 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 15:47] 0K に決まってる。 86 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 16:05] T = 298.15K なら RT = 0.6 kcal/mol じゃね？ www.google.com/search?hl=ja&ie=UTF-8&oe=utf-8&q=R+%2A+298.15K+in+kcal%2Fmol%3D&btnG=Google+%E6%A4%9C%E7%B4%A2 87 名前：あるケミストさん [03/12/20 18:29] Rは気体定数で 8.314 JK-1mol-1 だから、 　　　RT = 8.314(JK-1mol-1) * 298.15(K) = 2479(Jmol-1) = 2.5(kJmol-1) じゃないんでつか 88 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/20 19:17] 2.5 kJ/mol = 0.6 kcal/mol ≠ 2.5 kcal/mol 89 名前：あるケミストさん [03/12/21 13:40] 原子数が多くて、困っタンゴ b3lypだと負荷が大きすぎちゃうので、lsdaにしたん だがいまいち結果がよくない 計算負担が大きすぎないb3lyp以外でいい結果が得れる密度 汎関数法って何かある？ 90 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/21 13:51] いい結果を出したいのなら、 計算終了まで気長に待つ。 91 名前：89 [03/12/21 14:13] >90 ふぁ〜い 92 名前：あるケミストさん [03/12/22 09:38] Q既定関数がSTO-3GだとHOMOが＋けど 　3-21Gにすると負になるよ。 関数によって＋−になるのは、何が原因でしょうか？ 93 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/22 10:10] A. 基底関数がボロいから。 94 名前：92 [03/12/22 10:15] >93 やぱ、そうか。有り難う。 95 名前：sage mailto:sage [03/12/23 12:05] >>92 プラス、マイナスって、軌道エネルギーのこと？ 96 名前：あるケミストさん [03/12/23 12:58] 皆しゃーん、座標指定にはどうしてます？漏れは XYZ座標だよ　Z-matrixはﾏﾝﾄﾞｸｻｲというかﾑﾂﾞｶｼｲからね 原子数60個をZ-matrixで点群S6（対象要素：E,C3,i,S6）にモデリング した人が知り合いにおるけど、それってｽｺﾞｲのかなぁ 97 名前：あるケミストさん [03/12/23 13:49] >96 ケースバイケース。 C60の場合、むしろZ-matrixの方が簡明かつ賢明なのでは？ 98 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/23 14:58] Cartesian で C60 書けと言われたら嫌だな。 多分 Z-Matrix で書いて、それを Cartesian に変換するな。 99 名前：あるケミストさん [03/12/23 16:01] 二面角以外はみんな楽勝だと思うが、 二面角を考えるのが苦手な人は多少いると思う。 そこで、コツを教えよう。 例えばメタンで C1 H2 1 len H3 1 len 2 angle H4 1 len 2 angle 3 dihedral とある場合の dihedral を考えてみる。 angle までは H4 → C1 → H2 という「流れ」をイメージできる。 ここで dihedral は H3 へ繋がるもう１つの「流れ」をイメージすればよい。 それは H2 → C1 という「逆流」から H3 へと流れる「支流」のイメージだ。 この H3 への「支流」をイメージするときの、 H4 からのズレが二面角に相当する。 言い換えるなら、H2 に立って C1 の方向へ視線を向けたときの、 H4 と H3 の角度が二面角になる。 立ち位置と視線をどこにとるかを覚えるのに、 「流れ」のイメージが助けになると思う。 100 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/23 16:10] メタンの H5 が抜けてたね。ごめんよ。 まぁ、H4, H5 の二面角が 120.0, -120.0 になるというのがイメージできれば 万々歳やね。 101 名前：あるケミストさん [03/12/23 17:31] つーか、メタンなんてえれー対称性高いﾔｼは大変なんじぇねーか？ C2vにおちんじゃねーか？ 102 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/23 18:51] ? 103 名前：初学者 [03/12/23 22:03] >>99 私はいつも　H4 1 len 2 angle 3 dihedral の行をみたとき　4-1-2-3の方向　つまり　1側に立って2の方向を見るとき ４と３を比較していたのでアレ？とｵﾓﾀが　>>99の説明と正負が同じに なることがわかりホッとしますた。 104 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/23 22:22] それでもいいね。 105 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/23 22:38] >>96 初期構造は、Gauss Viewで、はっぱと適当に書いて放り込んでいる。ただし、GaussViewの最適化は 糞なので使わない方がよいな。フルｵﾌﾟﾁﾏｲｽﾞのときは、Z-行列でもXYZ座標でも計算結果・時間は 変わらんはず。 106 名前：あるケミストさん [03/12/23 22:41] >>103 >>H4 1 len 2 angle 3 dihedra 1-2を軸として4から3をみたときの角度じゃなかったっけ？＜dihedral anglel 107 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/23 22:50] 扱いに一貫性があれば ４から３だろうが、３から４だろうがどうでもいい。 一斉に符号が代わるだけだ。 一貫して無いのが一番問題。 108 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/23 22:50] 代わる→変わる 109 名前：あるケミストさん [03/12/24 05:25] メタンの点群って何？ 110 名前：あるケミストさん [03/12/24 06:30] Td 111 名前：あるケミストさん [03/12/24 08:27] >>110 ほんで、上のようなＺマトリックス作って走らせた場合Tdになる？ ダミーがいくつか必要なんじゃない？ 112 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/24 12:26] どうせ NoSymm 使うからどうでもいい。 113 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/25 07:26] >>112 Nosymmのオプションはつけた方が良い結果が得られる？ いつもつけたことがないんだけど、なにかメリットあるんだっけ？ 114 名前：あるケミストさん [03/12/25 11:50] >>113 おれもしらん 115 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/25 12:46] Symm だと何か軌道が正確に規格直交になってないことがあって、 その軌道を自作プログラムで利用するときにはまってしまった事がある。 再規格直交化するのが面倒なのでそれ以来 NoSymm つけてる。 116 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/25 16:29] 収束が悪いときに、SCF=(VSHIFT=200)とかするとうまく行くこと多いよ。 先輩に言われたんで使っている。けど、なんでなんだろう？ 117 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/25 19:18] ほとんどGaussian(/GAMESS) 質問スレになってるな ABINITつかってるひとっていないのか？ 118 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/25 21:38] >>117 ABINIT-MPならともかく、ABINITはなあ。 MP法に対応していないのにABINIT-MPという名前なのはどうにかして欲しいものだが。 119 名前：あるケミストさん [03/12/25 21:48] >>118 東京にないのに、東京ディズニーランドみたいなもんだなー 120 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/25 22:30] 何で FM じゃなくて MP にしたんだろなぁ。 MP法が使えるのかとか思わせるのが狙いなのか？ それとも MPI とかけてるのかな？ 121 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/25 23:18] >>116 HOMO-LUMO のエネルギー準位差が小さいと 収束中に HOMO-LUMO が入れ替わったりして 振動することが良くあるけど、 その差を無理矢理広げてやることにより 振動しにくくなる...ということなんだけど、 確実というわけじゃないんだよな。 でも、収束しないならとりあえず Level Shift するのは悪くないと思う。 122 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/26 00:33] DIISってなんですか？ 123 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/26 00:39] >>122 収束するベクトル列の収束値を推測するアルゴリズム。 HF や DFT では Fock 行列に適用される。 具体的な方法はこのあたりを参照 vergil.chemistry.gatech.edu/notes/diis/node2.html 124 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/26 00:59] >>123 つまり、行列の対角化のアルゴリズム？ 125 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/26 01:03] 分子の励起状態の振動数には、かならず虚数振動がひとつ入っているのですが、これはなぜですか？ この虚数振動が一つであることが重要なことと教わったのですが、なぜなのかわかりませんでした。 126 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/26 01:13] >>124 対角化じゃない。 ベクトルじゃなくてスカラーで考えるとイメージしやすいと思う。 何か収束してそうな点がいくつかあれば、 どこに収束するかってのはある程度予測できるでしょ？ そういう風なことをベクトルでやるのが DIIS 。 DIIS は収束に近いことを前提にしてるので、 場合によっては initial guess の形に引きずられて 微妙に不安定なところに落ちることもある点には注意。 Fock も一列に並べればベクトルとみなせるので、 DIIS を適用できる。 でも、MO はユニタリー変換の自由度があるので DIIS を適用すると無茶苦茶になる。 密度係数行列も DIIS かけれるけど、 MO が得られなくなるので 同時に Level Shift したい時に困る。 127 名前：あるケミストさん [03/12/26 01:58] >>125 構造最適化前のことですかな？ 基底状態と励起状態で基本的に分子構造が異なるからではないでせうか。 虚数振動が「ひとつ」である必然性については判りかねますので、 その辺詳しい方フォロー宜しくです。 128 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/26 08:01] >>120 multi-processorの頭文字らしいよ。 なにもそんな紛らわしい略称を使わなくても。 129 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/26 10:41] >>125 確か、Gaussianの例の教科書にそんなことが書いてあったね。漏れも知りたい。 130 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/26 16:41] うまくSCFが回らないときの頼みの綱は，SCF=QC。 131 名前：あるケミストさん [03/12/27 10:13] moldenってどうやったら手に入れれるの？ FTP接続したらファイルや圧縮フォルダがいっぱい表示されたけど どれをどうしたらいいのか分からないよ 132 名前：あるケミストさん [03/12/27 10:18] >>131 ttp://www.biwa.ne.jp/~k-sugino/related/molden/ なんてどーよ 133 名前：131 [03/12/27 10:31] >>132 あそこはUNIXでインストールする場合ですよね？ WINDOWSXPにインストールしたいのですが、その 場合はどうしたら… 134 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/27 11:33] Freewareソフトを使ってWindows95&98上で分子軌道計算 www.geocities.co.jp/Technopolis-Mars/3019/ XP でも多分大きくは変わらないと思う。分からんけど。 135 名前：あるケミストさん [03/12/28 11:43] ABINITユーザーです。酸化物の計算してます。 物理の方にVASPスレッドがありますよ。 136 名前：あるケミストさん [03/12/28 12:09] Gaussianで得られた結果の信頼性を調べる時は、全サイクルにおける 最低エネルギーでSCF Doneされているかどうかを確認しないといけない と思ったよ。皆はどう思う？ 　また、SPで最後のサイクルで最低エネルギーになっていなかったら、 やっぱりSCF=QCかSCF=Tight？ >>135 金属酸化物の計算ですか？だったら、俺と同じだね 137 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/28 17:20] >>135 まじですか？！ 情報ありがとうございます。 138 名前：あるケミストさん [03/12/29 17:36] hage 139 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/30 00:59] Arguslabが結構好きだ…。 計算の役には立たないが、POVRAY変換に萌える。 140 名前：あるケミストさん [03/12/30 11:14] うちの学校は数学でフーリエやる前にSchroedinger方程式勉強させられた・・・ 141 名前：あるケミストさん [03/12/31 11:36] VShiftって何ですか？ どういう場合に役にたつものなのでしょうか？ 手持ちの教科書に載っていないので。 142 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/31 12:18] >>141 >>59 >>60 >>116 >>121 143 名前：あるケミストさん [03/12/31 13:19] >>142 ハートリーフォック方程式に関係しているのは占有軌道だけだった と記憶していますが、違ったでしょうか？ もしそうだとしたらイニシャルの非占有軌道のエネルギー準位に ゲタをはかせることに何の意味があるのか理解できませんが、 どうなのでしょうか？ 144 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/31 13:39] >>143 Fock を対角化して得られる HOMO, LUMO が 前回の HOMO, LUMO と関係の深い形をしているとは限らなくて、 もしかしたら HOMO が前回の LUMO や 2nd LUMO と似た形をしているかもしれない。 それでエネルギーが収束しないこともあれば、 エネルギーは収束するけど密度が収束しないということもある。 Hartree-Fock に関係するのが占有軌道だけ　だ　か　ら　こ　そ こういう軌道の入れ替わりがもろに効いてくる。 CASSCF だったら軌道が入れ替わっても CI 係数の方でどうにでもなるからね。 この収束途中の軌道の入れ替わりを抑制するために Level Shift が有効な事もある。 確実といえる手法ではないけど、ないよりは遥かにまし。 145 名前：あるケミストさん [03/12/31 13:54] >>144 ありがとうございます。 引き続き質問ですが、イニシャルループのLUMOのエネルギー準位に 下駄を履かせた後はどうするのでしょうか？ ただ下駄を履かせっぱなしだと、解くべき方程式とは異なる方程式の 解が得られるような気がしますが、それを防ぐべく何かをするの でしょうか？ 146 名前：あるケミストさん [03/12/31 14:04] >>144 恐縮ですが、今度は使い方に関する質問を一つ。 VShift=0, 50, 100, 200, などといくつか値を振って計算した 結果が異なる場合、全エネルギーの最も安定な結果を選べばよい のでしょうか？ 147 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/31 14:21] >>145 完全に厳密に収束していれば 下駄を履かせても同じ結果を与えるようになってるので、 気にしなくていい。 Fock を F'=F+SCv(C^T)S （^T は転置）と変換すると、 F' は F'C=SCε' （ε'=ε+v, v は VShift）を満たす。 あとはε' から v を引いてやれば全く同じ結果が得られる。 収束してなければ全く同じ結果にはならないけど、 それこそが VShift の目指すところではある。 収束してしまえば何の問題なくなるので安心して使ってよい。 >>146 いいんじゃないかな。 でも、あんまり変わるようなら まだ別に安定な解がまだあるかもしれないんで、 もうちょい大きな（1000以上）ところも 試してみたらどうかな。 148 名前：あるケミストさん [03/12/31 14:34] >>147 どうもありがとうございました。 たいへん助かりました。 149 名前：感動的ﾚｽに深謝。皆様どうぞ良いお年を！ [03/12/31 14:36] ： 150 名前：あるケミストさん [03/12/31 15:03] >>147 恐縮ですが、細かな点を確認したく思います。すみません。 F'C-SCε' にF'=F+SCv(C^T)S を代入すると、F'C-SCε'=0、 すなわち F'C=SCε' であることが確認できました。 >あとはε' から v を引いてやれば全く同じ結果が得られる。 「vの下駄を履かせた非占有軌道に対しては、最後にvの下駄 を外してやらなければならない。それに対して、占有軌道は そのままでいい」という理解でよろしいのでしょうか？ 151 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/31 15:15] >>150 v としては HOMO-LUMO ギャップが開くのであれば 多分どんなものを使ってもいい。 非占有軌道だけを上に上げるのでも、 占有軌道を下げるのでも、 占有軌道を下げて、同時に非占有軌道を上げるのでも。 どうするかで若干収束挙動が変わるかもしれないけど、 そこまではよく分からん。 非占有軌道を上に上げただけであれば、 占有軌道の軌道エネルギーはそのままで構わない。 VShift という名前から考えると 多分 Gaussian はそうやってるんじゃないかな。 ソース読んでないんで分からんけど。 152 名前：あるケミストさん [03/12/31 15:44] >>151 非常によく理解できました。どうもありがとうございました。 感謝いたします。 153 名前：あるケミストさん mailto:sage [03/12/31 18:44] >>151←Hartree神 このコテハンを使うようにｗ このスレのみなさん、よいお年を 154 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/01 03:43] >>147 Gaussianの標準はVSHIFT=100だけど、VSHIFT=50とか200にすると劇的に効果が表れるのかな？ VSHIFT=100に対してVSHIFT=0とかVSHIFT=1000ならその効果を期待できそうだけど。 155 名前：あるケミストさん [04/01/01 09:40] >>154 デフォルトはVSHIFT=0なのでは？ 156 名前：あるケミストさん [04/01/01 10:30] >>155 ttp://www.gaussian.com/g_ur/k_scf.htm VShift[=N] Shift orbital energies by N*0.001 (i.e., N millihartrees); N defaults to 100. This option disables automatic archiving. N=-1 disables level shifting; NoVShift is equivalent to this setting. みると１００みたいだなー 157 名前：あるケミストさん [04/01/01 10:53] >>156 入力データにただ"VShift"とだけ書くと、それは"VShift=100"とみなされる という意味に理解していました。 すなわち、入力データに"VShift"と書かなければ、"Vshift=0"なのだと 思っていました。 でも、"N=-1 disables level shifting" と書いてあるから、 入力データに"VShift"と書かなくても、VShift=100が自動的に入っている みたいですね。 158 名前：あるケミストさん [04/01/01 11:56] 元日からｶｷｺしているﾔｼはらぼにいるのかー？ｗ 159 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/01 19:55] 正月はないよ。というか家にいてもつまらないだけ。 160 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/01 20:41] >>159 研究者らしい休みの過ごし方かもしれん。 でも、初詣ぐらいして、ジョブがちゃんと終わることを願いましょうｗ 161 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/02 01:01] vshiftついでにscf optionのqcについて質問ー。 scf=qcはscf計算を"二次(quadratic)"に解くってことらしいのですが、 実際にはどういう計算やっているんでしょうか？　このoptionをつけると エネルギーがより精度良く得られるということですか？ 162 名前：あるケミストさん [04/01/02 05:04] >>161 G. B. Bacskay, Chem. Phys. 61, 385 (1981). を読んで解説してくれたら、みんな喜ぶと思う 163 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/05 18:11] >>161 エネルギーの二次変分求めて解いてる。 イニシャルが収束地点からちょっと離れている場合には 一次で解くより停留点に到達しやすい。 その代わり計算量はバカにならない。 164 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/05 23:56] 昔、6-31++G**を使わずに6-31+G**を使えって言われたんですが、なぜなんでしょうか？ 165 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 03:56] 1 計算が終わらなさそうだから 2 以前の計算結果と整合性を持たせたいから 166 名前：あるケミストさん [04/01/06 10:16] Gaussian98でヒュッケル法は使えるんですか？ 167 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 10:47] >>164 エネルギー計算なら水素原子にDiffuse関数いれても意味ないよ。 168 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 11:11] でも、他の原子との基底関数のバランスが悪いと 表現力の強い方へ電子が流れやすくなる傾向があるから、 入れれるなら入れた方がいいんじゃないの？ 169 名前：あるケミストさん [04/01/06 12:10] >>166 Initial Guessはヒュッケル法で出している だっけ？ 170 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 12:35] >>169 GAMESS はそうだけど、 Gaussian98 は普通 INDO じゃなかったっけ？ 171 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 18:43] 固体の計算は物理板なのか…… 172 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 22:55] >>166 今時、ひゅっけるでなに、計算するの？　 いや煽りじゃなくて、マヂで素朴な疑問。 173 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 01:22] 俺んところの研究室では、扱っている分子が小さいものばかりなんで、みんな、 いきなり6-311+G*あたりから構造のｵﾌﾟﾁﾏｲｽﾞや物性計算に使っている。 つーか、イマドキ、6-31G、6-311G系使うなんてもう古いかもな。 174 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 03:23] (aug-)cc-pVDZ, (aug-)cc-pVTZ 175 名前：あるケミストさん [04/01/07 03:45] つーか、BasisSetどーやって決めた？＞皆の衆 例えば、>>165の(1)はリソースを考慮して思考錯誤の末に決めたと 解釈できるけど。 この「思考錯誤」する過程を尻鯛。リソースとより表現力の高い関数との トレードオフってこと？ 176 名前：あるケミストさん [04/01/07 12:12] >172 別にたいした意味は無いんですけど、計算している系が大きすぎて経験的 な手法で一回計算してみようかと思っただけです。金属(NiやFe)のある系で やっぱり半経験的方法や経験的方法はやばいかなー？ 177 名前：あるケミストさん [04/01/07 13:59] >173 3-21Gはﾀﾞﾒﾎﾟですか？ 178 名前：あるケミストさん [04/01/07 14:04] サイクル数って、MaxcycleやIOpで決めれるよね っていうか、最適化の時なんかに１ステップで要する サイクル数は、どれくらいが許せる範囲なの？SCF=QCや 収束条件を変えたら、変わってくると思うんだけど ある人は200サイクルなんかだったら、そんなんだめだと 言ってたけど・・・ 179 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 14:19] サイクル数より時間。 180 名前：あるケミストさん [04/01/07 14:24] 化学科の人はいまつか？ 181 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 14:41] >>177 3-21Gで計算しても論文通らないだろｗ 182 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 14:46] 4-31G 最強伝説

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