- 1 名前：あるケミストさん [03/11/23 18:05]
- 鯖移転でスレがなくなったのでたてました。
---前スレ>>1から引用---
！量子化学の話題はこのスレで！
science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/
現状から考えると話題の絶対数が少なそうなので
１つのスレでええやろと思い、とりあえず立てておく。
作ったことで話題が生まれるかもしれないし。
理論についての話からツール類の使い方まで
いろいろ話しちゃってくだせぇ。
- 697 名前：FMOの負け [04/04/07 20:18]
- FMOは１００レイヤーくらいあると思えばいいだけかも。
ONIOMは今のところ３レイヤーだけど。
怒られるようなこと言わしてもらえれば、３以上にレイヤー増やす事もありえるかも？
- 698 名前：あわれなポスドクたちへ [04/04/07 20:25]
- つなぎ目は少ないほうがいい。
- 699 名前：あるケミストさん [04/04/07 20:45]
- FMOが駄目な理由は他にもある。
T大学のポスドクらしき人のポスターきいて、これは全然だめな方法て判断したのです。
ざんきが増えると、途中から１kcal/molの誤差を生じる（Fragmentしたために）。
１０００ざんきだと、１０００kcal/molの誤差あり。
そんな方法どう考えても、駄目。
（もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし）
その人もきずいてるみたいだったけど。
少し、しらけ気味。
駄目な方法てわかってても、ポスドクでT大学に雇われてるからしかたないのだけど。
知り合いのポスドクにもFMOのプロジェクトに参加してる優秀な人います。
駄目てわかっててもばかばかしいことさせられるつらさがあるみたいです。
FMOのプロジェクトは税金と多くのポスドクを食い物にしてる。
ちがいますか？
- 700 名前：あるケミストさん [04/04/07 21:20]
- 雲さんもそのポスドクをからかってたよ。
ばかばかしいこと(結果）を発表してるって。
内輪の間で「あほらしやの鐘が鳴ってる」方法なんてやっぱり駄目なんかなーと。
それから発表聞いて完全にFMOを見捨てた。
- 701 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 21:55]
- >> 699
1000 kcal/molの誤差って、HFとの差でしょ？
>（もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし）
と書いてる通り、FMOの中で閉じた議論をすれば、
1000 kcal/molの誤差なんて意味無いのでは？
- 702 名前：あるケミストさん [04/04/07 22:06]
- >1000 kcal/molの誤差って、HFとの差でしょ？
はい。HF/STO-3GとFMO/STO-3Gの差。
(もしかしたら、B3LYP/3-21GとFMOでのB3LYP/3-21Gの差）
>>（もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし）
と書いてる通り、FMOの中で閉じた議論をすれば、
1000 kcal/molの誤差なんて意味無いのでは？
701さんの言いたい意味よくわかりません。
だけど、全然見込みなしと判断するのが当然と思います。
- 703 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 22:18]
- 1000 kcal/mol は 1.6 a.u. 程度。
原子数が１万もあれば大したことない。
- 704 名前：あるケミストさん [04/04/07 23:00]
- FMO:上記のようにたくさん根本的に駄目な理由あります。
思い出せば、もっとありそうです。
元々は、JCPEで特別講演聞いてから様子みてたのですが。
つなぎ目なしの方法：FMOよりはいいみたいです。
ソフト名（Q-ChemかHyperChem？）をわすれましたが、
それらのソフトで計算する事も考えたころありました。
他の研究してるまに、忘れてしまいました。
ワークステーションクラスターやPCクラスターで並列処理するのは魅力あります。
ONIOM:タンパク質のactive siteは、たまねぎの芯のように真ん中にあります。
この部分が一番重要。その部分を第一レイヤーにおける魅力があります。
active siteから離れるにしたがい、第二レイヤー、第三レイヤーにできるのも魅力です。
- 705 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 23:02]
- 以前よりは化学の話にはなってるけど、「きずいてる」とか
「あほらしやの鐘」とかﾃﾞﾑﾊﾟ臭が抜けきっていないな。
ONIOMといえどもFMOと同種の問題から抜けられないし、そもそも
「重要な部分」が既知でないと使えない、という問題点を抱えてもいる。
特別FMOを擁護する気はないが、ProteinDFならともかく（思想がそもそも
違うから）ONIOM信者がFMOを貶すのは天に唾するようなもの。
K先生と何か確執があったみたいな書き方してたけど、私怨を研究に
持ち込むのはやめてくれないかな。確かにそういう（小物の）先生は多いが。
- 706 名前：あるケミストさん [04/04/07 23:18]
- >>705
悪いけどK先生と何もないです。
別に特別嫌いとかないのですが。
まったく関係ない第三者の立場です。
７０４読んでもらえれば少しは返答になってると思います。
直感に訴えるより、理由をはっきり書いたほうが良かったみたいですね。
（最初そう書こうと思ったのですが、思いとどまりました。）
- 707 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 23:32]
- いや、悪いんだけど
> タンパク質のactive siteは、たまねぎの芯のように真ん中にあります。
で、ちょっと思い込みで語ってるんじゃないかとさらに思ったんだが。
active siteがどこにあるのか、というのはタンパク質研究における極めて
大きな問題で、未だに決定的な解決策はない。この問題に関しては、むしろ
ONIOMは使えない。
K先生と特に何もないのなら、FMOが金取ってることへの嫉妬？ あるいは派閥？
下世話なようで悪いが、ONIOMを支持してFMOを貶す理由が他には考えにくい。
くどいようだけど、そんなに興奮するほどの差はないよ？
ところでFMOは確か6-31Gまで対応したんじゃなかった？
- 708 名前：あるケミストさん [04/04/08 00:07]
- どう返事すれば正しい表現になるかわかりませんが、７０７の方の勘違いです。
１．当方は生物関係卒で、量子化学で理学博士習得しました。
学部のころに、生化学でactive siteのことは習いました。
さらに、その後も本や学会でactive siteのことはわかってますが。
２．私の学力程度（単著英文論文３０ほど）では、FMOのよさが理解できません。
もし、またいいと思うときがきたらタンパク質研究に使うこともあるかもしれません。
（たぶんありませんが。もちろんそのときはプログラムはK先生にdependするつもりありません。
誤解されるといけないので、念のため書いときます。）
３．＞FMOは確か6-31Gまで対応したんじゃなかった？
知らないです。
- 709 名前：あるケミストさん [04/04/08 00:16]
- この板あまり得るものないですね。
大先生がこんなの見てるわけないですね。
大部分学生さんたちみたいですね。
修士課程の人が多いのでは。
良くても、休学や留年するような博士課程の学生さんみたいな感じします。
もっと学力ある人たちとチャットなどしたいのですが、誰かHP知りませんか。
そろそろこの板から引退します。
論文の改訂するほうが、有益なんで。
- 710 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 00:46]
- >１．当方は生物関係卒で、量子化学で理学博士習得しました。
工学博士の間違いじゃない？
- 711 名前：あるケミストさん [04/04/08 00:50]
- 理博
- 712 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 01:04]
- ONIOM の様に layer にするのは一見理にかなって見えるけれども、
酵素の active site 周辺のアミノ酸残基は一次構造上かけ離れた部分が
集まっている場合が多いので、その場合 ONIOM だと高精度で扱う部分が
一次構造上にまだらに分布することになってしまう。だからタンパク質の
集団的構造変化を扱うのは苦手だろうね。
- 713 名前：あるケミストさん [04/04/08 01:10]
- >701さんの言いたい意味よくわかりません。
>だけど、全然見込みなしと判断するのが当然と思います。
まあ絶対値比較してもあまり意味無いよね..
学部生でしょ。
あまりにも議論が単純すぎるような気がします..
- 714 名前：712 mailto:sage [04/04/08 01:33]
- いや、結構歳いってる人でもああいう酔っぱらいみたいな非論理的なこと
のたまう人いるよ、この分野。日本国内を牛耳っている学閥の出身だったり
すると変な人でもポストにありついているから始末が悪い。まあマイナーな
分野だから人がいないよりはいいんだけどね。
- 715 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 05:31]
- 誰だか分かっちゃったな。旧知のよしみで黙っといてあげるけど。
まあデムパ全開でどんどん逝って下さいよ。好きなんでしょこういうの？
- 716 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 05:51]
- しっかし、
>１０００ざんきだと、１０００kcal/molの誤差あり。
ていうのもアフぉだねー。足し算しか頭に浮かばないんだろうか？
それを言い出したら classical force-field だって一自由度当たり 1 kcal/mol
程度の誤差はあるだろうからこの人によれば現行のシミュレーションも全部ダメ
ってことになってしまう。ONIOM の第２第３ layer だって同じ事。
- 717 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 07:54]
- 非科学的でﾃﾞﾑﾊﾟゆんゆんだなあ、と思ってたが、ここまで正体がばれそうになると
ちょっと気の毒な気もするな。
ひょっとするとDFTがあんまり好きじゃない人？
- 718 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 08:14]
- DFTがあんまり好きじゃない人なんてごろごろいると思うが。
折れもそう。使ってるけど。
- 719 名前：683,685,701 mailto:sage [04/04/08 13:51]
- FMOとOniomの比較は、695さんの説明が分かりやすいと思う。
アクティブサイトがローカライズしている場合で、他の部分の効果が限定的な場合、Oniomが有効。
一方で、アクティブサイトが大きい場合や、他の部分の効果が非常に大きな場合、
Oniom法ではMiddle layerを高精度にしたり、FMO法で取り扱ったりする。
そしてアクティブサイトが不明であったり、系全体で現象に関わるような場合にはFMO法が有効。
＃喧嘩になるような議論じゃないと思うが。
FMOの欠点として、ぶった切ることを挙げているのは、正しいと思う。
“電子状態はぶった切ってはダメなんだ”という立場であれば、ProteinDFやQ-Chemを使えばいい。
683ではそう主張したかったのですが。
＃ただ、大規模系を取り扱うために、ProteinDFもQ-Chemも“ちゃんと”近似していることをお忘れなく。
＃単純に“ぶった切っていないから”良いわけではなく、大規模系を近似するときに
＃どのような近似をしているかが重要。
為念、FMOは原理的にはQCISD(T)でもなんでもＯＫ。
実装としては、HF以外にはDFTとMP2しか聞いていないけど。
- 720 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 15:24]
- タンパク質の話してるところで話の腰折ってすまないんだけど、質問をば。
MolcasをOpteron-64bitで動かそうと目論んでるんですが、実際動かしてる人いますか？
↓を見る限り動かせたようなんですけど、BBSじゃ64bitじゃ弾かれると書いてるし…。
www.teokem.lu.se/molcas/benchmarks.html
どなたか参考にMolcasの動作状況を教えてください。
- 721 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 16:49]
- 巨大系では、数値誤差も問題だよ。
全エネルギーが非常に大きい上に丸め誤差も大きいから、
見たい量のオーダーが小さかったら数値誤差が大きすぎて何も議論できなくなる。
まぁ、巨大系でなくても起こりうるけど、巨大系の方が起こる領域が広い。
ECP は相対論効果だけじゃなく行列の次元を減らす効果もあるけど、
全エネルギーのオーダーを減らす効果もあったりする。
こういう工夫を織り込んでいかないと、
エネルギー差を求めても意味がない、ってことになりかねないよ。
- 722 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 17:34]
- >>720
ttp://www.teokem.lu.se/molcas/wwwboard/messages/418.html
調べてから質問せいよ。ていうか開発者がBBS持っているんだからそこで
質問すればいいだろヴォケ。
- 723 名前：720 mailto:sage [04/04/08 18:27]
- >722
いや、あそこ閑散としてるし…。
5.2で出来たって結果もあるし試した人はいないかなぁと。
癪に障ったようなら謝るよ、スマソ。
- 724 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 19:57]
- >>723
最近ちょっと荒んでるからね。
普段はむしろ異様に親切なスレなんだが。
- 725 名前：あるケミストさん [04/04/08 20:24]
- CCLていうネーミングリスト知ってますか？
計算機化学の質問と返答の場です。
それを見てると、世界の研究の流れがわかります。
ONIOM:だんとつの１番。
Q-Chem:少しありました。
ProteinDF:質問等０。
FMO:質問等０。
また学生さんたちにお叱り受けそうですが、
なにかの参考にして下さい。
- 726 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 20:54]
- でもあそこで質問して来るのはベタの初心者だし、返答してるのもあまり
名の知れ無い少なくとも「大先生」じゃない人達だよね。議論らしい議論
も滅多にないし、世界の研究の流れがわかるというほどのものではない罠。
初心者と素人には役立つだろうけど。
- 727 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 20:56]
- >ネーミングリスト
フォートランですな。やっぱばればれ。
- 728 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 21:04]
- あと、科学的な真価はともあれ、ONIOM に限らず政治力の強いグループが
開発提唱した方法をそのまま使えば、例えば JACS のように保守的で政治的な
雑誌に通りやすいという側面もあるだろうね。
- 729 名前：あるケミストさん [04/04/08 21:16]
- 雲助みたいだね。
- 730 名前：あるケミストさん [04/04/08 21:19]
- 2ちゃんは、雲助にしか役立たんよ。
- 731 名前：あるケミストさん [04/04/08 21:21]
- いまどき、雲助のPPPを拡張するな。
悪臭はなってるぞ。
運子研究は便器にあぼーんだ。
- 732 名前：あるケミストさん [04/04/08 21:26]
- ある開発者が将棋好きてしらんだろう。
雲助たち、将棋でも勉強して、とりいりな。
政治力、ふざけたことばかりいうな。
この運子やろうが。
- 733 名前：あるケミストさん [04/04/08 21:30]
- K氏の得意戦法も俺知ってるよ。
アヒル戦法、いび穴、藤井システム、DFT乱用御用戦法、電話でない先方。
はようT大からいなくなってくれ。
気分悪い。
- 734 名前：雲助たちありがとう mailto:うそばっかりつくな [04/04/08 21:36]
- いろいろ勉強なったよ。
雲助の特徴が。
渡る世間は雲助だらけ。
雲助に学会等でであったら、躊躇なく切り捨てる事にするよ。
そのときは、悪く思わんでね。
さいなら。
ばかたち屁
- 735 名前：言葉の乱用 mailto:うそばっかりつくな [04/04/08 21:57]
- 悪い奴のいうことは、いつも似てるよ。
結局、真実でなくても、言葉（の暴力）で相手をへこましたいだけなんだね。
今、「初心者」云々て書いてた奴もいたが、それもお決まりのテクニックなんだね。
昔、今にGamessのこと質問したら、そういう返事手紙でいただいたよ。
「初心者」はGaussian使うように。
雲助たちよ、そういうテクニックだけは超一流だね。
君たちこそ、政治力で出世めざせるよ。
先験的法則 I
「２ちゃんみるより大研究者たちの論文読むほうがいいのに決まってる」
GaoのQM/MMでの酵素反応の研究も少しきになるよ。
- 736 名前：あるケミストさん mailto:うそばっかりつくな [04/04/08 22:08]
- ぼけなすびたち、なにも反論できまい。
先験的法則 II
「雲助にまじわれば、雲助になる」：２ちゃんを見ない事にするよ。
「大研究者にまじわれば、センスが良くなる」：論文、本、学会、留学などで大研究者と対話するよ。
それと、分子工学の某「こっぱ天狗」は鼻についてしかたない。悪臭もの。
- 737 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 22:22]
- 華麗にスルー
- 738 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 22:35]
- す、すごいﾃﾞﾑﾊﾟっぷりだ。
まさか量子化学スレでこれほどのﾃﾞﾑﾊﾟを見られるとは・・・
「私怨じゃない」とか書いておきながらほとんど私怨。736の最後は
思わず吹きだしたよ。全然脈絡ねえじゃねえか！
まあ、これだけ書いてて素性がばれないほうがおかしいよな。
- 739 名前：だーれだ mailto:うそばっかりつくな [04/04/08 22:44]
- 当ててみな。
当てたら熊本の「くまりん」が、あれさせてくれるよ。
- 740 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 22:47]
- 「電話でない先方」にﾜﾗﾀよ。
そうですか、先方は電話に出ませんでしたか。
- 741 名前：いたいこと学ぶ mailto:うそばっかりつくな [04/04/08 22:55]
- 神戸の学会で、熊本の女にいたい目にあって、学ぶことあり。
本に書いてある禁じ手のオンパレード。
それから、学会で下手にでるのやめたよ。
でも、君たちのような雲助相手しなければよかっただけとわかった。
今年の学会からは「雲助には対局拒否戦法など」を使うよ。
さもないと弓をひくことになるので。
- 742 名前：あるケミストさん mailto:うそばっかりつくな [04/04/08 23:04]
- 誰か、学会でであった嫌なやり方かいてくれないか？
それと、嫌な女シリーズとかも役たつ。
- 743 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 23:14]
- メアドの「うそばっかりつくな」が、なんだか半泣きの涙目で
腕をぐるぐる回しながらわめいている姿を思い起こさせるよ。
「うそばっかりつくな、うそばっかりつくなーー！」
- 744 名前：あるケミストさん mailto:うそばっかりつくな [04/04/08 23:17]
- はずれ。
ばーか
- 745 名前：あるケミストさん mailto:うそばっかりつくな [04/04/08 23:24]
- おすぎとぴーこが、後ろで大声でしゃべってるのはまいったよ。
おすぎの女弟子のやり方もすごかったな。
さんざん股下挙句、無視して知り合いにだけ発表してたよ。
すごーい。
質問しても無視してマスかいてたよ。
まだ、マスなのかもね。
学会発表で敵作ってもいいということは、ドクターまで行く気なしだな。
- 746 名前：面白い話：FMOの縫合不全 mailto:うそばっかりつくな [04/04/08 23:31]
- 財全五郎の手術は、手術時間の早さを自慢にしてた。
しかし、しっかり縫合しなかったために、しばしば縫合不全があり。
- 747 名前：節人節 mailto:うそばっかりつくな [04/04/08 23:38]
- 希ガスくらいからだめ。
おれも言いたい放題いわしてもらったよ。
まだまだいっぱいろくでもない話あるけど、それはまた本にでもするよ。
- 748 名前：雲助よ反論せよ mailto:(屁）２：悪臭 [04/04/09 00:05]
- こういう悪ふざけてやりだすと癖になるみたいだね。
やっぱり、２ちゃんは有害無益。
杉たるはいたいを学ぶ。
- 749 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 00:18]
- 会話についていけないんだけど雲助って何？
くもすけ？うんすけ？
- 750 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 00:31]
- 既に会話ではない。
- 751 名前：雲助よ反論せよ mailto:(屁）２：悪臭 [04/04/09 00:49]
- >>749
それくらい辞書かgooで調べろ！
（まねするとこういうかきかただね）
- 752 名前：あるケミストさん mailto:(屁）２：悪臭 [04/04/09 00:56]
- きちすけ？
- 753 名前：雲助の意味 mailto:(屁）２：悪臭 [04/04/09 01:04]
- いろんな意味を含んでいる。
悪ふざけの好きな君たちなら、わかるだろ。
だいたい、おれはデバイか出っ歯かわからんぞ。
そんなへんな言葉をどこから仕入れてくるのか？
最近の若い人は、本当に恐ろしい。
そういう意味でも、若い人の発表は敬遠したほうがいいとますます思ってます。
- 754 名前：あるケミストさん mailto:(屁）２：悪臭 [04/04/09 01:17]
- 佐藤康光て元将棋の名人。
京都生まれの、ものすごく生真面目な人です。
どこかの佐藤さんとまったく反対ですね。
あいさつすらできん「こっぱ天狗」は、いずれもとくまとけんかだな。
- 755 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 02:00]
- なんだ。もう終わりか？
- 756 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 04:14]
- >>734〜>>754
貴方の連続的な書き込みは悪質な荒らし行為です。いくら2chとはいえ
ここは公共の場ですので今後の荒らしを防止する為にIPを晒すなどの
処分がくだされるかもしれません。貴方が学生ならば問題ありませんが、
もし地位や名誉のある方でお酒の勢いなどでこういった行為をしてしまっ
たのでしたら、後日きちんと謝罪をした方がいいと思われます。
- 757 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 08:10]
- デバイって、debyeか?
debyeを知らないで威張ってる化学者のほうが恐ろしいよ。
- 758 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 08:48]
- もとくまって何だろうな。
- 759 名前：あるケミストさん [04/04/09 11:09]
- ttp://www.chemistryquestion.jp/situmon/shitumon_senmon_kagaku21_protein_urea.html
で■尿素の変性作用■のところに
「尿素の分子平面の上下はπ電子で覆われており疎水性があります。」
とありますが、これはπ電子に疎水性があるということでしょうか？
また、そうなら何故そのような特性があるのでしょうか？
授業の量子化学が全然わかりませんせした。教えて頂けますでしょうか？
- 760 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 17:11]
- >>757
デバイか出っ歯＝ﾃﾞﾑﾊﾟ
>>758
もとくまけん＝熊本県
この方は学会で熊本の学生に嫌な思いをしたらしい。しかしここまで書くと
IP晒されなくても素性がバレそうだな。大丈夫なのか？
- 761 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 19:09]
- まあどうせこんな場所だし生暖かく見守ってあげよう。しかし折れの交配が
彼と関係悪化させているとは知らんかったよ。あまり突っ張らんで苦浪人の
気持ちも解せるようにならんとな。
- 762 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 19:20]
- >「尿素の分子平面の上下はπ電子で覆われており疎水性があります。」
典型的な悪文だね。確かにベンゼン環のようなπ電子系分子の多くは疎水性を持つが
π電子が疎水性の原因ではない。
- 763 名前：あるケミストさん [04/04/09 21:17]
- 芳香族は臭い。
さらに、パイ電子を持ってる。
だから、芳香族の臭いの原因をPPPで研究するのは面白い。
君たち向きの研究テーマ。
- 764 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 21:23]
- >>763
3-Methyl-indoleの匂いの研究の方がいいのでは？
- 765 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 21:49]
- >芳香族の臭いの原因をPPPで研究
さっくしいーで出入り創刊を考慮しないとダメなのでは？
- 766 名前：あるケミストさん [04/04/09 22:10]
- すまねー。
ちょっとからかっただけだよ。
３０年位前、はじめて研究するとき自分で思いついたこと。
そのころのパソコン(しかもBasic)でできることていえば、その程度でもきびしかった。
結局、そのままになってしまったけど。
ｗて悪ふざけの略なの？
- 767 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 22:22]
- やはり釣れましたな。よう知らんのですが、笑→藁→w のようです。
- 768 名前：ｗ mailto:ｗ [04/04/09 22:29]
- 元熊の見湯て、ひでーツッパリ。いたーい。
ひでりで弱いものいじめしたのでは。
九州でも特別なんだよ。
評判悪いので。
とくに、おなごは。
- 769 名前：熊本県人ですか [04/04/09 22:51]
- 九州で「熊本のかたですか」、て言われたら要注意。
変な人間にはそう言うことになってるから。
ようわからんのだけど、ひでりで水不足になるから変人が多いらしい。
それ以外にもなんかいろいろ原因聞いたけど、思い出せない。
もちろん他のひでりｗ
- 770 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 23:04]
- もういい加減スレ違いやめれ。
- 771 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 23:10]
- そうだな。少なくとも sage 進行でやって欲しい。知人だけに恥ずかしい。
- 772 名前：あるケミストさん [04/04/09 23:37]
- 本人じゃねーか。
ある意味ではいい事ですよ。
ひどい事してただで済むとおもてるから、ひどい仕打ちを平然とする人がいるのだよ。
かきこされるとわかれば、ちょっとはましになるのでは。
俺はどちらかいうと私は他人に寛容なほうだと思ってるけど、
こいつらだけは許せんという連中がいるよ。
いずれ、小説でもかくよ。
- 773 名前：あるケミストさん [04/04/09 23:41]
- 英会話教室なんて、暴露のHPもあるよ。
あれで英会話教室や外人などが変なことするのを抑止してるみたいです。
おれもだまされたくちなんで。
- 774 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/09 23:41]
- もう誰も止められそうにないぞ。
せめてメール欄に sage と書いてね。
- 775 名前：あるケミストさん [04/04/09 23:44]
- わかったよ。
もう止めとくよ。
- 776 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 00:27]
- で、だれなの？
それとcclでONIOMで困ってる人が出てきたのはGaussianで使ってみてうまくいかないからだよね。
- 777 名前：あるケミストさん [04/04/10 00:32]
- >>762
そうなのですか・・・
ありがとうございます。
では、尿素が疎水性作用をもつのはどういう理由からなのでしょうか？
- 778 名前：疎水性ないよ [04/04/10 00:37]
- MCやMDしても、疎水性なんかありそうもないけど。
QCLDB IIなどでMCやMDの文献調べたらはっきりするけど、調べるまでもないよ。
直感ばかり使うので、またおこられそうですが。
- 779 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 00:37]
- >>759
>>762を除いてあまりにもスルーされているので解答すると、
CH-π相互作用やπ-π相互作用のことを「疎水性相互作用」と
呼ぶことがある（疎水性分子に多く見られる相互作用なので）。
そのせいで、あたかもCH-πやπ-πが疎水性の起源であるかのように
書いていることがある。>>759はその例か。
ひどいときにはいわゆるvan der Waals相互作用を「疎水性相互作用」
と呼んでいることもある。
本来「疎水性」と呼ぶべき現象は、ほぼエントロピー的な効果（いわゆる
「疎水性水和」によるエントロピーロスとか）によるもので、量子化学的に
扱うのは難しい。
- 780 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 00:38]
- あらら、かぶった。
>>779が回答になっていれば幸いだが。
- 781 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 02:09]
- >>777
「π電子で覆われており」が間違ってるんじゃなくて、「疎水性が
あります」が間違ってるんだよ。π電子が疎水性残基のCHやπ
と相互作用するだけのことで、尿素自身が疎水性の強い分子だという
わけではない。今回ばかりは>>778は間違っていない。
>>759の引用先の著者は、疎水性残基と相互作用することを疎水性と
勘違いしているんだよ。
- 782 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 02:52]
- だけど >>778 は MD や MC を根拠にしているところがちとイタイな。
ついでだが >>772-773 は詭弁。立場的な弱者→強者の場合ならともかく、
この場合には態度の悪い相手を直接諭せば済むこと。敢えて言うならば
むしろこの人を晒すことがあの様な書込みを抑止することになる。
- 783 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 02:54]
- だから、スレ違いにいちいち反応すな。
- 784 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 03:11]
- いや、釘刺しといた方が良いだろう。ところで、
>エントロピー的な効果
って上にあるけど、この言い方どうもしっくり来ない。
エントロピー的には損するのだから。
- 785 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 03:21]
- >>784
そうだな、「エントロピーの寄与」のほうが良かったかな。ご指摘のとおり、
「利得を増やす」というよりは「損失を減らす」方向だしな。
しかしスレ違いはほっとこうよ。何人もが何度も釘刺して、それが全部ムダになってんだから。
- 786 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 03:31]
- >>748
荒らしは放置が基本。放置できない奴も荒らし。
荒らしは反応されるのを楽しんでるんだから、放置が一番。
どんなに荒らされても放置を徹底。
じき拗ねていなくなるから、
それまでは 2ch ブラウザ使って
ローカルｱﾎﾞｰﾝで無視してればいい。
その痕跡があまりにも酷いなら、いなくなった後削除依頼。
- 787 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 03:42]
- ということは >>786 も荒らしの一種ということだな？
ところで疎水相互作用は疎水基ー水のコンタクトを減らして水ー水の利得を
損なわないということで、エントロピーは寄与しないと思うのだが。
- 788 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 11:28]
- まあここにたむろしてる学部生や量子化学の院生PD（時には教員さえも）が熱力学に
弱いのは仕方ないな。一番遊び惚けている時期にカリキュラムされてる。かくいう折れ
も授業しながら勉強し直したクチだから他人のこと胃炎が（w
- 789 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 15:53]
- じゃあ皆でシュレディンガー音頭でも踊るか･･･(違
- 790 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 16:18]
- ttp://schrodinger.haun.org/
- 791 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 17:49]
- >>787
いや、エントロピー的なことを考えないとすると、疎水性水和によって
エネルギー的には利得を得る。しかし疎水性水和を行うためには水が
秩序立った行動を取らないとならないので、エントロピー的に損をする。
ということだったと思うのだが。イスラエルアチヴィリの「分子間力と
表面力」にあったような気がするが、ちょっと今はわからない。
- 792 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/10 23:58]
- ﾀﾝﾊﾟｸでも疎水性ざんきのコアが露出すると、
水の氷状構造ができ、ｴﾝﾄﾛﾋﾟｰ減少すると言われている。
- 793 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/11 00:28]
- >>792 面白いね。ソースはあるの？
- 794 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/11 16:07]
- >> 791
787さんもちゃんと理解してる。言葉の問題の指摘。
“エントロピーが寄与しない”＝“エントロピー的に損する”＝“エンタルピー主導”
“エントロピーが寄与する”＝“エントロピー的な効果”＝“エントロピー主導”
あと蛇足だが、こんな表現はいかが？
エンタルピーとしては、水−水の方が疎水基−水より利得が大きい。
なので温度を下げるとエンタルピー主導で水−水を増やし、水−疎水基を減らす。
温度を上げると、エントロピーの効果で乱雑さが増え、水−疎水基が増える。
- 795 名前：719 mailto:sage [04/04/11 18:04]
- ＃あまりに流れが早くて、ついていけないのですが…。亀で申し訳ない。
721さんの指摘は私も同意。 ＃こういう問題がシビアなんですよね。
計算できても倍精度の誤差がChemical accuracyを超えるのは簡単に想像できる。
それに対して、“ぶった切る”ことは一度に扱う系を小さくするので、一つの回答。
計算精度を４倍精度にするのも（もっとも素直な）回答の一つ。
また、“ぶった切る”ことにより、行列の次元を減らすとSCFの収束性の問題も解決。
＃大規模系ではSCFの収束性（これも精度落ち関連だが）も結構問題だと思うんだけど。
728さんの指摘ももっとも。
Gaussianに入ることが、化学で認められたという意味になりつつあるからねぇ。
FMOなんかもGamessに入るらしいけど、GaussianがLindaと組んでいるうちは、
Gaussianには入らんだろう。
- 796 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/11 18:55]
- ポインタは >>721 >>728 のようにして頂けるとありがたい。
ところで Linda とは？ あとGamessにはEffective Fragment Potential
が既に入っているのだが、KさんのFMOもオプションとして入るということ？
- 797 名前：719 mailto:sage [04/04/11 19:37]
- ポインタの件、ご指摘ありがとうございます。
LindaとはGaussianが使う並列実行ライブラリーです。大規模並列化には向かない。
＃他にもthread parallelも可能なようだが。
GamessのEFPは、私は溶媒分子を取り扱っている論文しか見たことがないので、
FMOとは共存可能と認識してました。
KさんのFMOは既にGamessバージョンがあって、Naregiで活躍するとかの噂です。
Mikeの本家Gamessには、production runが終わってから合併と言っていたような。
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