- 1 名前：あるケミストさん [03/11/23 18:05]
- 鯖移転でスレがなくなったのでたてました。
---前スレ>>1から引用---
！量子化学の話題はこのスレで！
science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/
現状から考えると話題の絶対数が少なそうなので
１つのスレでええやろと思い、とりあえず立てておく。
作ったことで話題が生まれるかもしれないし。
理論についての話からツール類の使い方まで
いろいろ話しちゃってくだせぇ。
- 610 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 05:16]
- >>605
>やっぱり、謙虚は必要条件。
救いようのない自己矛盾だな。
- 611 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 05:26]
- >>601
John Wiley and Sons
- 612 名前：あるケミストさん [04/04/05 06:19]
- >>609
そういうことを書く事が謙虚でないというてるのだ。
もし違うと思っても、沈黙するのが当たり前。
それに、あんた、TCAレベルの編集長か。
それくらいになってから、発言してくれ。
それどころか、たいして論文も書いてない口先者の臭いまでしてる。
- 613 名前：あるケミストさん [04/04/05 06:21]
- >>610
我慢の限界ということ。
それで、封印を切ったのだ。
- 614 名前：あるケミストさん [04/04/05 06:36]
- >>609
俺はもう一人の大研究者（M先生）のこともいうてるのだ。
ONIOM法のことを目くそ鼻くそのように書いてる奴もいたが、言語道断。
もしそう思っても、そのようなことは書くな。
ONIOM法がだめと思うなら、黙って、ONIOM法が駄目というデータ出して、論文だして、世間に認めさせろ。
口先三寸では、世界の流れは変わりません。
俺みたいなレベルでも、QM/MMからONIOM法へ発展していくのはごく自然。
- 615 名前：あるケミストさん [04/04/05 06:45]
- >>611
Cramer教授とYoung教授の本は役立ちました。
Handbookとして、読むべし。
- 616 名前：あるケミストさん [04/04/05 07:02]
- ついでだから、もっと本音をいうと、
とにかく、Simple is best. Simple is beutiful.
そういう簡単で美しい方法や解釈が結局後世に残ってるみたいです。
MRMP法、ONIOM法、RISM-SCF法などもそういう方法です。
- 617 名前：臭いに関係あること [04/04/05 07:18]
- >>609
それと専門ばかにならないのも大事ですね。
ごく普通に常識を働かすと、どれが真実かぐらいわかることもけっこうあります。
臭い(口臭）取り除くのに、歯医者は普通の歯ブラシで磨くように命じます。
電動歯ブラシや超音波ブラシで磨いてもいいですかと聞くと、駄目と言われました。
だれが考えても、電動歯ブラシや超音波ブラシのほうがいい。パワーが違う。
それでも、歯医者は駄目という。教科書にそうかいてあるからて言われました。
こういうのを専門ばかというのでしょう。
- 618 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 08:40]
- 急に書き込みが増えたと思ったら…。
>>594が叩かれたことに腹を立てているのなら、仕方ないと思ってくれ。
きみが>>614で書いている通り、もしONIOMが良くて他の手法がダメだと思っているのなら、
他人の著作だけからうんぬんするのではなく、データを出して世間に認めさせろ。
もし他の手法がダメだと思っても、「そのようなことは書くな」。
そう、まさにきみが言っている通りだよ。他人の著作にこう書いてました、
なんて見苦しいことを書いていてはいけない。
実際、QM/MMやONIOMの問題点を取り上げた論文なんていっぱいある。
ただ、それでも有望な点が多々あるのも事実。
「この手法が最高！」というほどのものでもないし、「こんなのダメだ」
というほどのものでもない。
どうもきみの書き込みを見ていると、同窓生意識か何かで先入観いっぱいに
凝り固まった年寄り先生の台詞みたいに見えるのだが。
今からきみが誰なのか推測していい？
- 619 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 09:38]
- >>617
歯磨きにパワーはあんまり関係ないよ。
毛先が歯に満遍なく当たることが重要。
当たらないと菌は取れないし、
当たればそこまでパワー無くてもちゃんと取れる。
- 620 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 12:06]
- >たいして論文も書いてない口先者の臭い
だの >>605 だのずいぶん口汚い香具師が荒らしているな。何を苛ついているんだか。
- 621 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 12:09]
- いや、面白いからもう少し続けてほしい。
- 622 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 12:16]
- まあ、本に引用されるだの雑誌の編集長するだのを判断基準にしてるみたいだしな。
- 623 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 12:20]
- >>616
しかしまあ、凡庸な意見だな。
だけど最後の行の方法らは「後世に残る」ってほど時間経っていないだろ。
- 624 名前：あるケミストさん [04/04/05 14:06]
- あんたのかきこの内容を逆にしたら、真実です。(世の中の常識になってるから）
もう馬鹿相手するのうんざり。
- 625 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 14:10]
- どんぐりころころどんぶりこ
荒らしに煽られさぁ大変
同類出てきてこんにちは
ぼっちゃん一緒に荒らしましょう
- 626 名前：面白い話 [04/04/05 14:25]
- >>618
あるR歯医者に聞いた話をして、笑わせてあげておひらきにしましょう。
その歯医者の同門にO大学院生ていう「こっぱ天狗」がいました。
それが、大学院生1年目にして、東京の国立公衆衛生院とかいうところへ1年間行かしてくれといい、
教授もいかしました。
そして1年間虫歯か歯槽膿漏の疫学研究をしたらしい。
林の数量化理論とかいう難しい統計学を使って。
東京から帰ってきたら、1年間の成果を冊子にして印刷までしました。
ところがそれを見たR歯医者は唖然としました。
Conclusionのところに、「年齢とともに歯が減少することを明らかにした｣とかいてあったそうです。
そんなの計算する前からわかりきった事。(だれでもわかってる常識）
俺はこの話聞いて、計算機化学にも同じような馬鹿いると思いました。
専門ばかにならないようにしないと。
- 627 名前：面白い話 II [04/04/05 14:44]
- ついでにO大学院生のその後を書いておきます。
まず、統計学自慢のOは、「猿でもわかる統計学」という輪講を若手（Rも含めて）でしたそうです。
Rはそういう題にたいへん不愉快だけどだまってたそうです。
Oはそういう人間なんだと。
それ以外は、研究もせずに4年目になり、ちょっとデータだしただけで歯学博士もらったそうです。
そして、厚生省の技官になり、今は富山に行かされてるそうです。
元々は、大学に残って疫学の研究者になるつもりで大学院に他大学から入学したのに。
Oの研究者としてのセンスのなさ。うぬぼれ。傲慢なところ。なまけもの。
それらは、謙虚な気持ちで研究すれば防げる事ばかりです。
Rから聞いて、教訓にしてます。
- 628 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 15:01]
- www.honda.or.jp/okuchi-kenkou/html/okuchi10.html
- 629 名前：あるケミストさん [04/04/05 15:07]
- 当たり前のことに難癖つけるのもやめたほうがいい。
それとも、わざとやってるのか。
それだったら、こんな板見ないほうがいい。(センスが悪くなるから）
ある学会で、ある６０代に0.0-0.1 kcal/molしか誤差ないのに、いつまでもごじゃごじゃ言われて困った。
どこにでもこういう連中ているのですね。
これからは、適当にシャットアウトして済ます事にします。
- 630 名前：あるケミストさん [04/04/05 15:30]
- おまえら雲子歯だろ。
しまいに、悪ふざけしてると兵を失うぞ。
- 631 名前：雲子戦法：兵を損じるだけ [04/04/05 16:33]
- なんか、雲子（B)さんのやり方と似てますね。
A: ＠＠＠とQSARとどうちがうのですか？
B: QSARてなんや
A: 定量的構造活性相関です。
B: 定量的構造活性相関てなんや。
A: Hansh-Fujita法と...
B: ........
B: ＠＠＠でビタミンEが甘味があるので特許とった会社もある。
A: （からかわれてるだけか）（Bの顔が変になってる。狂ってるのか？）
（もういいや）
B: その後Bの高等部に大きなホール発見。
その１０年くらい前に、Aは構造活性相関討論会でB(当時IMS助手）をみかけましたが。
こういう人をくったとぼけたやり方を雲子戦法Iとなずけてます。
ただし、こういう戦法使うとやられたほうは００になりますから乱用しないように。
DFTも乱用しないように。
- 632 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 17:43]
- 一部の方法については開発者の人格にまで及んで口汚く罵っておきながら、
別の方法へのコメントに対しては（身内なんだか知らんが）「謙虚になれ」
だの「沈黙しろ」だのと恫喝する。全く恐れ入ったよ。教育の失敗だろうな。
- 633 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 17:53]
- >>629
>0.0-0.1 kcal/molしか誤差ないのに、いつまでもごじゃごじゃ言われて困った。
偶然の一致だろうな。そんなに精度の高い計算は現状ではないだろう。そんな偶然の
一致を論拠にする輩はどうせ消えるだろうから無視しておけば良いのだろうが、中には
わざわざ難癖つけてみる暇な人もいるのだろう。
- 634 名前：あるケミストさん [04/04/05 18:01]
- 雲さんの血液型は、B型みたいですね。
- 635 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 18:07]
- >>626-627
特定人物の中傷か。こんなもので「笑わせてあげて」などと書く輩の品性を疑うよ。
- 636 名前：あるケミストさん [04/04/05 18:14]
- >>632,633
無知からはずれなことばかりいえるのだよ。
俺がだれで、どういう計算をしてるか知ればはずれてわかるのだが。
それともいつもの手みたいなきもするな。
とにかく、シャットアウトさせてもらうよ。
もっと多くの論文読みな。
小さい系では、その程度の誤差で計算できない事もあります。
- 637 名前：あるケミストさん [04/04/05 18:30]
- >>626
「年齢とともに歯が増加する」という結果がでたら面白かったが。
頭の悪い奴ならそのとき、次のように考えるかも。
タイプI:インプラントなどで歯が増えた。
タイプII:年齢とともに歯が増えるのが真実だ。
そうだ、子供の場合歯が増える。
もう一度、データチェック（年齢の）
タイプIII:？？？
一番ありそうなのは、統計学上の誤差で変な結果がでた。
次にデータ入力ミス。
でもいるんだよね、計算機化学にもタイプI,II,IIIなどが。
- 638 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 18:34]
- 謙虚になれだの言う香具師に限って少々いじるだけで化けの皮が剥けるという典型だな。
「当たり前の事」「世の中の常識」で逃げる香具師は科学研究をする資格がない。
- 639 名前：あるケミストさん [04/04/05 18:39]
- >>633
現在では、standardな方法でも簡単。
たとえば、CCSD(T)とDunningのaug-cc-pVXZ (X=D,T,Q,5,6)で計算し、次にCBSを求めたらいいだけ。
一度、Dunningの２０００年ころのJPC-Aでもお読み
- 640 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 19:04]
- そもそも実験値に 0.1 kcal/mol の精度があるのか？
それよりどういう観測量のことを言ってるんだ？励起エネルギーではあるまい。
- 641 名前：あるケミストさん [04/04/05 19:15]
- >>638
もちろん、言いたい放題になってますが、このさいもっと本音書きます。
将棋と似てるということで。
「当たり前の事」「世の中の常識」＝定石
直観力、常識（定石）、本筋を読む(見える）、芋筋を読まない等は、有段者ではあたりまえ。
睡眠不足などで体調が悪いと変な手ばかり見えて、格下のものにも全然勝てません。
最近の将棋は、作戦勝ち負けだけで勝負が終わってしまうから怖い。
昔のように逆転勝ちは難しい。
だから、優秀な戦法(作戦）は本に書いてあります。
FMO等の作戦負けは、明々白々。観戦者たちはほかの対局を見に行ってしまった。
ONIOM法の作戦勝ちは明白。本にも書いてあるのはそのせいです。
私は、あくまでも公平に見て判断してます。
もちろん、他の人がどう判断して、何をされてもその人の自由です。
ただ、５９８や５９９の暴言は許せませんので、まねさせてもらいました。
- 642 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 19:17]
- 因に例の本の著者はポストに就いてからも大ボス（真実ler）の子分として働き政治的に
のし上がった人。日本ではありふれたことだが米国特に理論では珍しい。人当たりの良い
ナイスガイなのだろうが大研究者と呼ぶのは現段階では憚られる。
- 643 名前：あるケミストさん [04/04/05 19:21]
- >>640
悪いけど、しばらくこのスレから落ちます。
論文の改訂、雑用などで極めて多忙なので。
- 644 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 19:27]
- 奇妙だな。 >>640 に答えるくらい簡単だろう。
- 645 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 19:35]
- 意味もなく比喩を多用すると、実力がないと思われるよ。
特に科学上の議論なのに歯科治療や将棋の話を出したりすると、
そもそも議論の対象を理解していないと思われても仕方がない。
ともかく、明らかにONIOMのイメージを悪くしているのでやめてくれ。
ONIOM派の人間が他の手法（FMO等）に悪意を持っているなんて思われたら
迷惑きわまりない。
ONIOMを使っていて、さらにFMOにも期待している人間も多い。
あんたみたいな狂信者に支持されたら、M熊先生だって迷惑だろうよ。
あんたがM熊先生本人だとでもいうのなら別だが。
- 646 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 19:56]
- FMO ってエネルギー以外でも何か計算できるの？
- 647 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/05 21:45]
- ADFのライセンス、もう少し安くならんかのー。
- 648 名前：あるケミストさん [04/04/06 01:25]
- ちょっと進路のことで教えてください。
修士レベルで終わる人と博士課程まで行く人の差てなんでしょうか？
- 649 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 01:35]
- 経済力
- 650 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 01:37]
- >>649
奨学金制度があるからそうとは言えんのでは。
差は引き篭もり具合だろう。
- 651 名前：あるケミストさん [04/04/06 01:46]
- ちがう。
修士課程までの人の特徴：少しはなしただけで、だいたいわかります。だいたい次のような点があります。
知ったかぶりのひどさ、うぬぼれの強さ、尊大、まとはずれな事ばかり言う、頭が悪い、
何が真実なんかまったくわからん石頭、物事を柔軟に考えられない、
何が重要で、なにがどうでもいいことかわからん。
- 652 名前：あるケミストさん [04/04/06 01:51]
- 博士課程までいける人：一言で言えば、頭がいい。
物事の本質を見抜く早さ、他人の仕事を理解する早さ、すぐに正解いえる。
もちろん知識も豊富だけど、それは２の次３の次。
- 653 名前：あるケミストさん [04/04/06 02:02]
- この前、ものすごいできる研究者みたいなこという男がいたから、
途中から変だと思い質問してみた。
１．どれくらい英文論文だしてるのですか？そしたら、よくわかりませんが、教授が論文書いて出してるみたいです。
１つだけイタリアの雑誌に。
２．博士課程の方ですか？と聞くと、修士までです。
- 654 名前：あるケミストさん [04/04/06 02:11]
- 学会発表も修士レベルの人の話は聞かないほうが無難。ばかみるだけ。
博士号を持ってる人かもうすぐとれる人の話は聞く価値ある。ばかみることもあまりない。
- 655 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 02:17]
- なんか、この１週間で急に俗っぽくなったな。
- 656 名前：あるケミストさん [04/04/06 02:40]
- 将棋でもするか。
無料のHP教えてやってもいいで。
- 657 名前：ちょっとわるふざけだけど [04/04/06 02:44]
- 将棋で頭をきたえよう！
変な論文読むよりよっぽど価値ある。
体の調子もついでにわかるよ。
- 658 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 02:54]
- >>651〜>>654
一生懸命の書き込みはいいのだが、何が言いたいわけ？
研究に関して言うと、修士を卒業して企業で立派に活躍している人も
いるし、博士が終わっても自分の意見すらまとめられない人もいます
ね。要は648次第でしょう。
>>648
進路くらい自分で決めろ！
- 659 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 02:58]
- さて、そろそろ真面目モードに戻ろうぜ。
- 660 名前：あるケミストさん [04/04/06 04:02]
- >>658
経験談を言ったまで。
何かの参考になるかと思って。
口にはださないけど、他の先生かてそう思ってるのでは。
他の大学の研究室に行った時の経験談もついでにかいときます。
その研究室で一番大きな顔してる奴が単なる修士までの人でした。
この経験則の例外はない。
- 661 名前：あるケミストさん [04/04/06 04:21]
- 修士までの人：俺があんたに教えてあげるタイプ。学び取る気がまったくない。
博士までいける人：相手から何かを学び取りたい。それもうまく学び取る。
- 662 名前：658 mailto:sage [04/04/06 05:46]
- >>660>>661様
失礼しました。修士までの人とは博士にいけない人で博士までいける人には実際
には修士で卒業してしまう人も含まれるのですね。
書き込みの経験談が当時「修士」の人だったので少し勘違いしてしまいました。
そういう意味では納得しました。あらためてお詫び申し上げます。
因みに自分は化学とは無関係なただの荒らしです。かしこ。
- 663 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 07:03]
- >>660-661
幼稚園児レベルの経験則とやらを書き込んでる暇あったら >>640 に答えろよ。
- 664 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 08:07]
- もういい加減煽りに反応するのをやめたら？
こいつが意図的な煽りか天然の煽りかはわからないが、こいつより
>>658や>>663のほうが迷惑だよ。放置しとけよ。
- 665 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 09:27]
- お前の方が迷惑だ。>>640 に関する議論の方がスレの趣旨に沿っている。
- 666 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 10:00]
- 通常 kcal/mol で表示される観測量には 0.1 kcal/mol までの精度はない。
そんな初歩的なことも分かっていないことが曝されそうになり慌てて逃げた
のだろう。CBSの様な外挿法の危うさ如何わしさについてはさておくとしても、
他人の論文を鵜呑みにして説教する態度も気になるところだな。
- 667 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 10:07]
- >>648=651-654=660-661=664
- 668 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 10:46]
- なんでやねん。
664は明らかに660-661をあおりと呼んでいるわけだが。
ちょっともちつけ。
- 669 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 14:05]
- しかし>>661の書き込みはかなり感じが悪いな。客観的に読んだ場合、
一連の書き込みに関して>>651ということが本人にも当てはまる気がする。
皆も狭い価値観での人の評価したり、無闇に人の揚げ足を取ったりせず、
スレの主旨に沿った話題を書き込みましょうね。
- 670 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 18:20]
- 最後の =664 は遊びだよ。でもその前の等号はみえみえ。
府台あたりからのロンダだったら分かりやすすぎて面白いんだがな（w
- 671 名前：IJQC [04/04/06 18:48]
- IJQCについて、いろいろ教えて下さい。
- 672 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 19:59]
- そう言われても、漠然としすぎというか。
- 673 名前：IJQC [04/04/06 21:06]
- なんでもいいですから、経験談や評判などを教えてくださればありがたいです。
- 674 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 21:11]
- >>673
何でもいいなら自分で勉強しろ！それでも分かんなかったことを
質問しろ！！釣りなら別のスレに逝け！！！
- 675 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 21:46]
- 量子化学計算が市民権を確立したといえる現在ではもはや役割は終わったのでは
なかろうか。なくすのも寂しいので細々と存続して欲しいところだ。
- 676 名前：小人怒りやすし [04/04/06 22:01]
- >>674
そういかるなって。つまらんことで腹立ててると怒れる巨人になって埋没するよ。
- 677 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 22:26]
- 釣りと煽りばかりのスレになってしまったなぁ。
- 678 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/06 22:30]
- まぁ、（現在で計算できるもっとも良い）精度良い計算をしたとしてもgasphaseで計算したのであれば
実験値と~0.1kcal/molの精度で比較できるわけがない（Ar matrixならArの効果を入れないとダメな
わけだし）。たとえ、solventの効果を取り入れたとしても、
そのsolventのモデルに依存するわけであり、solventoモデルが完璧でない以上なんらかのエラーが
生じるはずである。したがって計算による予測値と実験値と完璧に合っていれば、むしろなにかが悪い悪い
でたまたま合っているに過ぎないと考えなければならないのではないだろうか
（気体の２原子分子のような例外もいくつかあるが）。
したがって、意味があるのは、他の分子の物性との比較であるんじゃないかと思うがどーだろうか。
合っている場合もあるが合っていない場合もある。大抵はほどほどに分子の物性が予測できるというのが
現在の量子化学計算の現状であろう。よく言われていることだが、量子化学計算のアドバンテージのひとつ
は毒性やら合成の技術的困難さのために実験的に合成することが難しい化合物や、観測することが難しい
励起状態の電子状態予測とその物性を実験をやる前に予測することにある。
もし得られた結果で面白い物性があると予測されたのなら、それが実際に実験してみるモチベーションになるわけだ。
赤外・ラマン分光なら、実験的に得ることが難しいきわめて難しい同位体効果（極端な話、ある分子の
メチル基の水素一つを重水素化することとか）を量子化学計算では容易く予測できる。
もちろん予測ことがメインではない。ある物性の実験値が得られたのなら、それがどのような電子状態
から得られるのかを考察することが計算も一番の目的だと思うな。
というわけで、今日も実験値とつじつまの合う電子状態を求めているわけだ。
- 679 名前：あるケミストさん [04/04/06 22:56]
- 量子化学や計算機化学が自己満足なんてとんでもない。
きわめて面白いし、重要である。
そうでなければ、ノーベル賞なんてとれないでしょう。
これからは、ますます実用的なインパクトがあります。
実験値より計算値のほうがはるかに精度いい場合は、かなりあります。
たとえば、gas phaseのクラスターのエンタルピー変化など。
水の２量体のbinding energyの場合、いろいろ面白い事がありましたね。
１．実験値＝５．４kcal/mol （２つのグループでも同じ値）
２．Del Bene（JPC、２０年位前）の計算値＝５．４kcal/mol
そのとき、ほっとしました。
しかし、その後の高精度計算では、実験値がまちがってること判明。
３．最近のMPやJCP見ると、もう少し小さい値です。
- 680 名前：IJQC [04/04/06 23:31]
- IJQCの編集室てなんであんなにでたらめなんだろう。
- 681 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 00:13]
- IJQCといえば、Popleの追悼号が出るようだが。
追悼号の投稿ってちょっと腰が引けるよな。ましてやPopleクラスとなると。
- 682 名前：IJQC [04/04/07 00:44]
- そうなんですか。
私のことはつまらないことです。
いろいろIJQCの編集室のでたらめぶりにうんざりしてます。（もうあきらめの境地）
書くようなことでないですが、１つだけ書いときます。
秘書が電話番号とFAX番号をとりちがえてるので困ってます。
向こうは、FAXが送れないと何度も言ってきました。
それで、何回もメールなどで正しい番号をいうたのですが、それでもとりちがえたままです。
しかたないので、自宅のFAXも教えました。
今日、メールでFAXを送ったと言うてきました。
しかし、大学にも自宅にも着てないのですが。
ついたかどうかメールで返事してほしいというてますが、ほっとく事にします。
（審査終了してるので）
- 683 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 03:57]
- 何らかの理由で大規模系の分子軌道計算をしたい時、
先人達は、“巨大系は計算できない”との理由でぶった切っていたと思います。
そこから、様々な自然観が生まれたと思います。
その一つが、Kashiwagi & Satoで、“電子状態は連続なのだからぶった切ってはダメ”。
そこで、実直かつrobustなProteinDFを作った。
また一方で、Morokumaは、“ちゃんとぶった切ればぶった切っても良い”。
見たい物理量が（直接的には）High Levelの領域にのみ依存するようにLayerを
構成すればよいとして、Oniomを作った。
そして、見たい物理量が下のレベルからどのような影響を受けるかというのを
考慮して下のレベルを決めなければならない。
また、高精度のOniom計算を行うためには、High Levelと次のレベルの繋ぎ目が
ちゃんとうまく繋がることを、検証すべきだと聞いたことがあります。
一方、Kitauraも“ちゃんとぶった切ればぶった切っても良い”。
そして、ぶった切る時のポリシーとしてenergy decompositionを使っていて、
それがFMOに期待している人達にとっては、心地良い理由でしょう。
OniomとFMOは、下のレイヤーの取り扱いとレイヤー間の繋ぎ方が異なってますが、
どちらも似たような自然観をベースに持ってると、私は感じているので、
私は645の言うように、Oniomを評価しつつ、FMOにも期待している人です。
＃2chって実名はダメなんですか？
- 684 名前：あるケミストさん [04/04/07 05:12]
- 駄目らしいけど、実害ないからacceptable.
ある程度flexibleでもいいのでは。
有益な書き込みありがとう。
- 685 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 06:22]
- 名前ださなくても方法名だけで書けた内容だと思うが。
一つ指摘させて貰うと、これらの方法はことさら特別な自然観をベースにして
（ましてや生み出してなど）いる訳ではなく、殆ど純粋に技術的なものだと思う。
- 686 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 06:31]
- IJQC については >>675 の通りで、評価としては今や形だけ査読の付いた
学会プロシーディングスと大して変わらないレベルなのではなかろうか。
口の悪い香具師だったら、「同人誌」みたいなものだとまで言うかも知れん。
時々レビュー的な役に立つ論文も出るけど。
- 687 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 07:03]
- >時々レビュー的な役に立つ論文も出るけど。
２０年３０年前のだけどね。
- 688 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 09:04]
- 同人誌といえば PRL とか酷いらしいね。
- 689 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 09:45]
- 煽るならもう一工夫必要だな。出直して来いや
- 690 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 10:39]
- ﾃﾞﾑﾊﾟ系ONIOM信者の登場以降、689みたいな興奮気味のカキコが増えたな。
冷静にやろうや。
- 691 名前：あるケミストさん [04/04/07 11:01]
- | ﾏｰﾛﾆｰﾁｬﾝ♪
| ('A`)
／￣ﾉ( ﾍﾍ￣
- 692 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 13:24]
- >>685
確かに、名前なしでも書けたかも。
ただK氏の場合、ene-decompのK氏がFMOというのが私は非常に興味深い。
FMOの2Stepsは技術的要請ではなく、ene-decompからの必然的要請。
＃1step目で分極相互作用を有効静電相互作用として取り込み、
＃2step目でCT相互作用を取り込む。
- 693 名前：あるケミストさん [04/04/07 18:54]
- タンパク質を３つにFragumentすればいいだけなんですね。
やっと理解できた。
- 694 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 19:03]
- Fragument
- 695 名前：あるケミストさん [04/04/07 19:34]
- そういう意味ではFMOとONIOMは等価になることもありますね。
だけど、ちょっときになることを極端に書くと、
FMO ONIOM
１番重要な部分 STO-3G CCSD(T)も可
２番めに重要な部分 STO-3G ある程度のMO
３番目に重要な部分 STO-3G MMなど
- 696 名前：あるケミストさん [04/04/07 19:48]
- ３３ざんきくらいまでのタンパク質なら、３分割可能かも？W
- 697 名前：FMOの負け [04/04/07 20:18]
- FMOは１００レイヤーくらいあると思えばいいだけかも。
ONIOMは今のところ３レイヤーだけど。
怒られるようなこと言わしてもらえれば、３以上にレイヤー増やす事もありえるかも？
- 698 名前：あわれなポスドクたちへ [04/04/07 20:25]
- つなぎ目は少ないほうがいい。
- 699 名前：あるケミストさん [04/04/07 20:45]
- FMOが駄目な理由は他にもある。
T大学のポスドクらしき人のポスターきいて、これは全然だめな方法て判断したのです。
ざんきが増えると、途中から１kcal/molの誤差を生じる（Fragmentしたために）。
１０００ざんきだと、１０００kcal/molの誤差あり。
そんな方法どう考えても、駄目。
（もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし）
その人もきずいてるみたいだったけど。
少し、しらけ気味。
駄目な方法てわかってても、ポスドクでT大学に雇われてるからしかたないのだけど。
知り合いのポスドクにもFMOのプロジェクトに参加してる優秀な人います。
駄目てわかっててもばかばかしいことさせられるつらさがあるみたいです。
FMOのプロジェクトは税金と多くのポスドクを食い物にしてる。
ちがいますか？
- 700 名前：あるケミストさん [04/04/07 21:20]
- 雲さんもそのポスドクをからかってたよ。
ばかばかしいこと(結果）を発表してるって。
内輪の間で「あほらしやの鐘が鳴ってる」方法なんてやっぱり駄目なんかなーと。
それから発表聞いて完全にFMOを見捨てた。
- 701 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 21:55]
- >> 699
1000 kcal/molの誤差って、HFとの差でしょ？
>（もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし）
と書いてる通り、FMOの中で閉じた議論をすれば、
1000 kcal/molの誤差なんて意味無いのでは？
- 702 名前：あるケミストさん [04/04/07 22:06]
- >1000 kcal/molの誤差って、HFとの差でしょ？
はい。HF/STO-3GとFMO/STO-3Gの差。
(もしかしたら、B3LYP/3-21GとFMOでのB3LYP/3-21Gの差）
>>（もちろん、化学現象はエネルギーの相対値であっても、全然見込みなし）
と書いてる通り、FMOの中で閉じた議論をすれば、
1000 kcal/molの誤差なんて意味無いのでは？
701さんの言いたい意味よくわかりません。
だけど、全然見込みなしと判断するのが当然と思います。
- 703 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 22:18]
- 1000 kcal/mol は 1.6 a.u. 程度。
原子数が１万もあれば大したことない。
- 704 名前：あるケミストさん [04/04/07 23:00]
- FMO:上記のようにたくさん根本的に駄目な理由あります。
思い出せば、もっとありそうです。
元々は、JCPEで特別講演聞いてから様子みてたのですが。
つなぎ目なしの方法：FMOよりはいいみたいです。
ソフト名（Q-ChemかHyperChem？）をわすれましたが、
それらのソフトで計算する事も考えたころありました。
他の研究してるまに、忘れてしまいました。
ワークステーションクラスターやPCクラスターで並列処理するのは魅力あります。
ONIOM:タンパク質のactive siteは、たまねぎの芯のように真ん中にあります。
この部分が一番重要。その部分を第一レイヤーにおける魅力があります。
active siteから離れるにしたがい、第二レイヤー、第三レイヤーにできるのも魅力です。
- 705 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 23:02]
- 以前よりは化学の話にはなってるけど、「きずいてる」とか
「あほらしやの鐘」とかﾃﾞﾑﾊﾟ臭が抜けきっていないな。
ONIOMといえどもFMOと同種の問題から抜けられないし、そもそも
「重要な部分」が既知でないと使えない、という問題点を抱えてもいる。
特別FMOを擁護する気はないが、ProteinDFならともかく（思想がそもそも
違うから）ONIOM信者がFMOを貶すのは天に唾するようなもの。
K先生と何か確執があったみたいな書き方してたけど、私怨を研究に
持ち込むのはやめてくれないかな。確かにそういう（小物の）先生は多いが。
- 706 名前：あるケミストさん [04/04/07 23:18]
- >>705
悪いけどK先生と何もないです。
別に特別嫌いとかないのですが。
まったく関係ない第三者の立場です。
７０４読んでもらえれば少しは返答になってると思います。
直感に訴えるより、理由をはっきり書いたほうが良かったみたいですね。
（最初そう書こうと思ったのですが、思いとどまりました。）
- 707 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/07 23:32]
- いや、悪いんだけど
> タンパク質のactive siteは、たまねぎの芯のように真ん中にあります。
で、ちょっと思い込みで語ってるんじゃないかとさらに思ったんだが。
active siteがどこにあるのか、というのはタンパク質研究における極めて
大きな問題で、未だに決定的な解決策はない。この問題に関しては、むしろ
ONIOMは使えない。
K先生と特に何もないのなら、FMOが金取ってることへの嫉妬？ あるいは派閥？
下世話なようで悪いが、ONIOMを支持してFMOを貶す理由が他には考えにくい。
くどいようだけど、そんなに興奮するほどの差はないよ？
ところでFMOは確か6-31Gまで対応したんじゃなかった？
- 708 名前：あるケミストさん [04/04/08 00:07]
- どう返事すれば正しい表現になるかわかりませんが、７０７の方の勘違いです。
１．当方は生物関係卒で、量子化学で理学博士習得しました。
学部のころに、生化学でactive siteのことは習いました。
さらに、その後も本や学会でactive siteのことはわかってますが。
２．私の学力程度（単著英文論文３０ほど）では、FMOのよさが理解できません。
もし、またいいと思うときがきたらタンパク質研究に使うこともあるかもしれません。
（たぶんありませんが。もちろんそのときはプログラムはK先生にdependするつもりありません。
誤解されるといけないので、念のため書いときます。）
３．＞FMOは確か6-31Gまで対応したんじゃなかった？
知らないです。
- 709 名前：あるケミストさん [04/04/08 00:16]
- この板あまり得るものないですね。
大先生がこんなの見てるわけないですね。
大部分学生さんたちみたいですね。
修士課程の人が多いのでは。
良くても、休学や留年するような博士課程の学生さんみたいな感じします。
もっと学力ある人たちとチャットなどしたいのですが、誰かHP知りませんか。
そろそろこの板から引退します。
論文の改訂するほうが、有益なんで。
- 710 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/04/08 00:46]
- >１．当方は生物関係卒で、量子化学で理学博士習得しました。
工学博士の間違いじゃない？
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