量子化学の話題はこのスレでパート２

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量子化学の話題はこのスレでパート２

1 名前：あるケミストさん [03/11/23 18:05]: 鯖移転でスレがなくなったのでたてました。

---前スレ>>1から引用---
！量子化学の話題はこのスレで！
science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/
現状から考えると話題の絶対数が少なそうなので
１つのスレでええやろと思い、とりあえず立てておく。
作ったことで話題が生まれるかもしれないし。

理論についての話からツール類の使い方まで
いろいろ話しちゃってくだせぇ。
348 名前：あるケミストさん [04/02/02 15:40]: B3LYPを日本語で分かりやすく説明するとどなるん？
349 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/02 18:23]: >>348
びーすりーりっぷ
350 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/02 22:06]: >>344
HF/3-21Gあたりでかるく計算して値の目星つけてから、
都合の良い値を適当に脳内補正しておけば、バッチリＯＫ。
脳内補正後、ちゃんとログファイルもちゃんと補正して
おくよーに。
351 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/03 00:00]: >>348
似非非経験的分子軌道計算
352 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/03 00:38]: >>348
錬金術
353 名前：あるケミストさん [04/02/03 06:25]: >>350-352
しばらくレスしなくていいよ
354 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/03 10:36]: 当たらずとも遠からじではなかろうかw
355 名前：あるケミストさん [04/02/03 12:54]: >>348

LSDA, Becke(1988年)交換、Hartree-Fock交換、および、
Lee-Yang-Parr相関の汎関数を３つのパラメータを用い組み
合わせて作られたBeckeによる交換・相関汎関数

かな？誰か添削してくれ。
>>351, >>352はそうかも知れんが、B3LYPには時々世話にな
ってるからな、まじめに書いてみた。
356 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/03 14:12]: LSDA じゃなくて、
具体的に Slater 交換、Vosko-Wilk-Nusair 相関汎関数
って言った方が良かないかな？
357 名前：あるケミストさん [04/02/03 15:05]: 物性のパラメーターが入ってくるよね？
そこがab initioな人が嫌うとこと聞いたけど。
358 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/03 15:54]: そだね。DFTはab initioじゃないと言うひともいるし。しかし、B3LYPの結果は
なんでも良く合うんだな、これが。

MP2で計算できればそれに越したことないけど、扱っている系ができるわけねーじゃんってくらい
デカイからなー。
MP2を高速で計算できるソフトってないかな。Gaussianだとスクラッチが2G以上になるし、
いつまでたっても終わらないし、まったくだめだ。
359 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/03 16:42]: B3LYP が合わないものもある。
万能と思うと痛い目にあうぜ。
360 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/03 22:20]: ペンティアム４　３ＧＨｚでは全然計算力が足りぬ！！！！！
ふごっっ！！　励起状態の構造最適化が終わらぬ・・・・・終わらんのだ！！！！

つーかさ、計算機、自分でもちこみなんてマジかよ。＞○○先生
研究室で買ってくれよ！！　＞○○先生
361 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/04 01:40]: うむっ！！　構造最適化は厄介だな！！！！
フルオプティマイズせずに、
部分的にオプティマイズしてみてはどうかな！！！！！

持ち込みって、ライセンスは大丈夫か！！？？？
362 名前：あるケミストさん [04/02/04 05:10]: 最新のマックで計算しているﾔｼっていないの？

「コピーちょいと貸すから、自宅でも計算して早く結果だしなさい」
ってなことなりそう。
363 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/04 11:10]: 漏れ、PowerBook で計算してるよ。
GAMESS 入れて。
364 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/04 22:12]: みんな、ちゃんとまじめに計算やってますか？
365 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/04 22:20]: >>361
修論締め切りに間に合いそうにない！！
みんな、オラに力（ＣＰＵパワー）をわけてくれっ！！！

つーかさ、励起状態の構造の振動数も求めろなんて、無理なこと
いってんじゃねーよ　＞○○先生
重原子何個あんのか知ってるだろ。
ぜってーおわらねーよ　＞○○先生
366 名前：あるケミストさん [04/02/04 22:53]: >>365
ぬーめりかる？
367 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/05 08:26]: 先生!
UHFOPNallocationfailourってなんですか？
最近QC以外で計算するとそんなのがでやがって
しかたなくQCで計算してるのですが
時間がかかりまくりやがるのです・・・

何で失敗するのか、というかなんでQC入れるとうまくいくのか
よくわかりません
誰か助けてください…

がうしあんです
368 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/05 10:30]: 誰か、ＣＰＨＦについて簡単に語ってくださいー。
369 名前：あるケミストさん [04/02/05 18:44]: 系に電場、磁場、構造変化などの摂動(X)を加えたとき、HF方程式によって
決まる分子軌道係数(C)がどう変化するかを決定する方程式。
未知量 d^nC/dX^n に対する方程式
d^n(HF-eq)/dX^n|_{X=0} = 0 (n=1,2,3,...)

・・いまいちだな。誰か添削してくれ。
370 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/05 21:12]: >>369
たしか、振動計算のとき使われるよね。
371 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/06 00:42]: >>369
Gaussianで構造最適化するときも使ってる？　一次微分の計算とか。
372 名前：あるケミストさん [04/02/06 11:59]: >>371

MP, CI, CCの場合はyes. HFの場合はno.

HFでは∂E/∂C=0なので、
dE/dx=(∂E/∂C)(dC/dx)+∂E/∂x=∂E/∂x
となって、dC/dxは必要ないから。
373 名前：372 [04/02/06 15:52]: スマン、MP, CI, CCの場合も使ってないわ、たぶん。
Z-vector法（かその現代的アレンジ）を使ってる、きっと。
374 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/06 22:29]: >>370
振動計算には∂E/∂Rα∂Rβ（Rα,Rβは各座標)を計算する必要があるが、このときは分子軌道の
係数の微分が表れる。
375 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/06 23:42]: 非調和項（三次微分）を計算してくれる分子軌道計算ソフトってないかな。
376 名前：あるケミストさん [04/02/07 13:04]: LANL2DZってdouble zetaだけど、何を2個ずつとった基底関数系なんだろう
　STO or CGTO　？？？
377 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/07 16:58]: >>376
ロスアラモスのＥＣＰはＧＴＯに決まってるでしょ。
378 名前：376 [04/02/07 17:58]: >>377
ありが㌧です
379 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 00:37]: STOを直接扱う分子軌道計算ソフトはないだろう。あっても時間がかかるだけで、
メリットはまったくないと思うが。STOを使うんだったら、GTOの6-311Gとかcc-VQZ
とか使えば十分なんだし。
380 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 00:46]: >>379
ADF は DFT だから分子軌道計算ソフトではないと仰るか。
381 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 10:17]: >>380
ADFはSTOだけど積分計算をまともにやってないでしょ。
382 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 12:27]: それを言うなら Gaussian だって交換相関項は数値積分じゃん。
383 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 15:19]: >>379
求める物性によるのじゃない？
原子核付近の電子状態で決まるものや、
波動関数の裾野が重要な場合とかは、少ない展開項数で表現可能。
＃だが、展開項数少なくても、ＧＴＯより計算が楽かはまた別問題。
384 名前：あるケミストさん [04/02/08 16:07]: 誰か教えてほしいのですが、ある分子のsolvent accessible
surfaceを、例えば1000m3/mol等と計算する手法と、それが
できるフリーのソフトありませんでしょうか？
385 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 16:33]: 皆様にお聞きしたい。
van der Waals interactionをそこそこ正確に見積もるのに
Gaussian98のB3LYP等を用いたDFT計算でよいのでしょうか？
当方の対象としている系は、錯体です。
386 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 16:44]: DFT は長距離相関をうまく表現できないので
van der Waals をまともに表現できないというのが通説。
387 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 17:06]: >>384
量子化学スレ的には微妙にスレ違いだが、確か多くのソフトウェアでは
数値的に求めてたんじゃなかったかな。
フリーソフトもあったような気がするが、なにぶん昔のことなので忘れた。
388 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 17:06]: >>384
Cacheお試し版とか
389 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 19:11]: >>382
ﾁﾐ、ADFがSTOをどう扱っているのか知らんでしょ？
390 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 19:17]: >>389
そんなにええ加減なの？
391 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 19:28]: >>385
DFTでVDWを評価してもrejectされるぞ。CPU的にDFTでしか計算できない
のなら、DFTで計算して論文ではMP2でやったと書いておけ。
392 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 19:36]: >>391 は子ね
393 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 19:45]: >>391
～～、DFTで計算してMP2で重要ないくつかの構造のみ検証して論文を書け。
（ってことね？）
394 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 19:47]: >>389
知りたい、知りたい！
ただグリッド切って、足しこんでるんじゃなかったのね？
395 名前：あるケミストさん [04/02/08 20:33]: >>391は一週間、白衣着て研究しろ！
396 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 20:35]: >>383
でも、GTOでたとえば6-311++G**程度の比較的大きな基底系だったら、原子核付近やテールの
部分のSTOを十分フィットしているんじゃない？　だったら、STOを使う意味ねーじゃんってこと。
397 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 21:21]: 基底関数の数を少なくしたいから STO を使うんじゃないのか？

あと、++ はより「広い」関数を追加するわけで原子核付近の改善には大して効果ないし、
** は目的が違うと思われ。
** も、6D や 10F が追加されたら、少しは効果あるかも知れんけど。
398 名前：あるケミストさん [04/02/08 21:26]: >>396 STOを十分フィット

してないんだな。例えば原子核の尖りは、有限個のGTOでは決して表せない。
「重なりが大きくなる＝解析的な性質も近づく」ではないことを知るべし。

それから、++や**を入れると基底関数は大きくなるけど、フィッティング
の向上には寄与してないよ。
399 名前：398 mailto:sage [04/02/08 21:27]: うっ、かぶってしもた。
400 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 21:37]: >>397, 398
そこがGTOの限界か。GTOは北斗神拳(STO)を決して越えられぬのだな。

ならばSTOを使いたいものだ。そういえば、学会でSTOで積分計算を解析的に
解く研究をみたことあったな。。。。。
401 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 21:48]: >>400
> そういえば、学会でSTOで積分計算を解析的に
> 解く研究をみたことあったな。。。。。
激しく詳細ｷﾎﾞﾝﾇ
402 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 22:24]: １０年前と違って今どきのパソコンはめちゃくちゃ速いんだから、ＳＴＯで量子化学計算できる
ソフトがでてくれてもいいんじゃねーのかなー。

ＧＴＯで説明できない実験結果がＳＴＯで説明できるかどうかだが。
403 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/08 23:18]: STOでCASSCFやれるのはいつになんだろ？
404 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/09 00:53]: >>386,391
ありが㌧。
やはりDFTでVDWはきついですか・・
MP2で、時間が有ればMP4,QCISD(T)とかでチャレンジして見ます。
しかし、VDWってそもそもどのくらいの精度でみつもれるんでしょうね。
405 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/09 01:22]: >>391
学部四年の丁稚奉公からやりなおせ！！
406 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/09 01:34]: >>404
それなりの値がだせるよ。んが、そもそも、この力は数kcal程度なので、
精度の高い計算が必須であることをお忘れずなく。

DFTでやってみるのも悪くない。で、DFTでうまく評価できなければそれは
それでよく知られているDFTの弱点を確認したことになるのでデータとしては
犬死にではない。
407 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/10 00:04]: DFTによるvdWに関しては、はじめ希ガスの計算で問題になったけど、
十分大きなdifuseやSTOだったらそれなりに記述できるって話みたいだよね？
＃汎関数によるけど
結局、電子相関を電子密度で評価するからtailの振る舞いの違いが
顕著に出るってことなのかね？

あとそのような振る舞いも、ある程度大きな系であれば、他原子の
AOを借りてきて記述が改善される。
結局、希ガスのケースで誇張されて、目立ったデータになったと。
＃繰り返すけどやっぱり汎関数によるけど。
408 名前：あるケミストさん [04/02/10 02:34]: ポープル法ってなんですか？
研究で使うんだけど全然わからないんです
そもそも波動関数ってなんなんですか？
409 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/10 07:56]: >>408
PPP法のことではないかと思われる。
410 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/10 08:53]: >>408
>>そもそも波動関数ってなんなんですか？

波動砲を打つんじゃよ。
411 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/10 10:24]: 波動関数が何かってのが分からないのに研究で使うのか...。
大変だな...と言いたいが、量子化学の講義とか受けなかったのケ？
412 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/11 00:01]: >>408
釣りはもういいよ。
413 名前：あるケミストさん [04/02/11 04:00]: >411
散々うけたんですけど
全然わかりませんでした

ppp法じゃないらしいんです
seegerとpopleが考えた方法らしいんですが
414 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/11 18:44]: >>413
www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4061545302/ref=sr_aps_b_/249-5654584-7629111

オススメ（＾＾）
415 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/11 19:15]: デカイ基底系を使うと正しい結果が得られるとは限らない。
416 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/11 19:26]: バランスが悪いとマズー
417 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/11 19:45]: 6-31Gでだめでも、3-21Gでも良い結果が得られるから不思議遊戯なんじゃ。
418 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/11 20:33]: それは悪い悪いで合ってるだけではなかろうか。
色んなプロパティ見てたらボロが出ると思うよ。
419 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/11 21:54]: そろそろ6-31G系使うの飽きてきたんで、cc-pVDZ使っている。
計算時間も結果もあまり変わらんがね。
420 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/11 22:54]: >>418
完全に余談だが、「悪い悪いで合っている」ってどのくらいの
ローカル言語なんだろうな。
量子化学限定、ってことはないと思うのだが。
でも量子化学以外の人が言ってるのを聞いたことないな。
421 名前：あるケミストさん [04/02/12 05:41]: STO-3Gでも合ってしまう
422 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/12 06:11]: >>420
この場合は基底関数の悪さと手法の悪さが相殺して
一見上手くいってるように見える、ということだけど、
こういう風に２つの近似が存在する理論一般で使えそうではあるナ。
423 名前：あるケミストさん [04/02/12 17:39]: 悪さと悪さが相殺される例：

ＨＦ/ＳＴＯ－３Ｇで、Ｇｕｓｓｉａｎ習いたての卒研生にやらせる。
424 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/12 17:44]: 悪い悪いでも、とにかく実験と合ってればそれでいいじゃん。
深く考える必要はまったくなし。合ってれば何でもＯＫだよ。
425 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/12 19:07]: 華麗にスルー
426 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/12 21:48]: 実験と計算が一致しないより一致したほうがいいが・・・。しかし・・・。
427 名前：あるケミストさん [04/02/12 23:48]: GTOのf関数7種類全部教えていただけませんか？よろしくお願いします。
428 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/13 00:12]: >>427
#gfinput
429 名前：あるケミストさん [04/02/13 00:37]: 質問です。CuとKには4S軌道に電子が１つありますが、CuはKよりも第一イオン化エネルギーが高いそうです。
なぜ同じ4S電子を取るのにCuのほうがエネルギーが高いのですか??
430 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/13 01:17]: >>429
CuとKじゃ、4s軌道のエネルギー准尉の値が違うからじゃねーのか？
431 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/13 01:53]: >>427
複素でよければどうぞ。

f±3 = 1/4 [(sqrt(5) fx3 - 3

fxy2) ± (-i)(sqrt(5) fy3 - 3 fx2y)] 
f±2 = 1/sqrt(2) [sqrt(3)/2 (

fx2z - fy2z) ± i fxyz] 
f±1 = sqrt(3/5) {[fxz2 - 1/4 (sqrt(5) fx3 + fxy2)] ± i[

fyz2 - 1/4 (sqrt(5) fy3 +

fx2y)]} 
f0 = sqrt(3/22) [2 sqrt(5) fz3 - 3(

fx2z + fy2z)]
432 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/13 01:54]: ちと変になった...。
まぁ、適当に繋いでくれ。
433 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/14 22:21]: Local MP2という手法だと大きな系のMP2計算ができるって聞いたのですが、そもそもLocal MP2とは
なんでしょうか？ Gaussianで計算できますか？
434 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/16 20:51]: >>433
Gaussianじゃ計算できないよ＜Local MP2
どうしてもMP2でやりたかったら、DFTで計算して適当に数値あわせておけばOK。
435 名前：あるケミストさん [04/02/17 02:09]: 量子化学に興味があるのですが
この分野はどのような研究をするのでしょうか？
インターネットで色々しらべてみたのですが
蛋白質関係の研究に応用したり、有機合成の分野で応用したり等がありました。
この分野はむずかしそうですね
436 名前：あるケミストさん [04/02/18 23:53]: 分子量計算をするHPを見つけました。
携帯電話からも使えます。
結構、便利です。
molcal-web.hp.infoseek.co.jp/molcaltop.shtml
437 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/19 07:18]: ウホッ！　いいHP
438 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/19 20:07]: >>436
IPさらされるのは勘弁。
439 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/19 21:30]: 携帯から使えば所属はばれないな。
440 名前：あるケミストさん [04/02/28 17:51]: 酸化鉄を計算するのに、まずはアセチレンのCをFeにし、HをOに置き換えた
モデルで調べる必要があると指導してるセンコウが言いました。

俺は「アホか？」と思ったのですが、やはり量子化学的に考えてこのような
モデルで計算するのは重要なんですかね？
441 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/02/28 22:32]: >>440
まぁ、分子軌道計算をするなら、言っていることは間違ってないな。
442 名前：440 [04/03/01 16:44]: >>441
具体的には、どのような点で間違っていないのでしょうか？
酸化鉄とは全然かけ離れたモデルで計算しても、それから目的物質に
関することなど、何も得られないと思ったのですが・・・
443 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/01 20:33]: お聞きしたいのですが、Gaussian03の周期的境界条件を用いた計算や、
第一原理分子動力学法を用いた計算などは、使い勝手よいでしょうか？
導入するかどうか迷っております。
444 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/01 21:19]: >>443
その手の計算はもっともっともっと良いソフトがあるので、それを使った方が絶対に良い。
もちろんできなくはないがGaussianは万能ではない。時間の浪費をしないためにも、
使えるソフトを導入すべき。まぁ、ONIOMを使いたいというならGaussianもいいだろう。
445 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/01 22:41]: >444
ありが㌧。
あまり良くないと言う噂を耳にした事は有ったのですが、やはりそうですか。
ちなみに、そのような計算を行う良いソフトをフリーソフトも含めてご存知
でしたらお教えください。よろしくお願いします。
446 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/02 02:06]: ここはGaussianに詳しい方々が多いようなので、お聞きしたいのですが、
構造最適化を行っている最中に、以下のようなメッセージが出て止まって
しまうのですが、どのように改善すれば計算ができるでしょうか？
収束条件の問題なのでしょうか？周りに詳しい人がいないので困ってます。

Restarting incremental Fock formation.
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UHF) = -2164.62336392 A.U. after 65 cycles
Convg = 0.7423D-04 -V/T = 2.0006
S**2 = 0.7670
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.7670, after 0.7501
Convergence failure -- run terminated.
447 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/03/02 05:35]: >>442
例えば、酸化鉄の計算をする前にどのような軌道が得られるか想像できるなら、
いきなり計算しても得られた結果が正しいか判断できる。

センコーどうのより、誰が計算してるのかによるんじゃん？
448 名前：442 [04/03/02 09:15]: >>447
そうですか～。レス、ありがとうございます。

>>446
>SCF Done: E(UHF) = -2164.62336392 A.U. after 65 cycles
　これは、SCF計算が65サイクルで収束しなかったからなので、
　ルートセクションに　IOp(5/7=…)と入力して最大サイクル数を
　多くすればいいよ
　
　例．最大サイクル数を300にしたいのなら、IOp(5/7=300)と入力

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read.cgi ver5.27 [feat.BBS2 +1.6] / e.0.2 (02/09/03) / eucaly.net products.
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