- 1 名前：あるケミストさん [03/11/23 18:05]
- 鯖移転でスレがなくなったのでたてました。
---前スレ>>1から引用---
！量子化学の話題はこのスレで！
science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/
現状から考えると話題の絶対数が少なそうなので
１つのスレでええやろと思い、とりあえず立てておく。
作ったことで話題が生まれるかもしれないし。
理論についての話からツール類の使い方まで
いろいろ話しちゃってくだせぇ。
- 231 名前：223 [04/01/14 11:04]
- >230
もりぷろって、何ですか？？？
- 232 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 11:36]
- >>231
CASやるなら絶対にMolcasだろ。Gaussianはﾀｺ。
- 233 名前：あるケミストさん [04/01/14 12:26]
- >>231
Molpro
ttp://www.molpro.net/
>>232に同意。Gaussianはｲｶだ。
- 234 名前：あるケミストさん [04/01/14 12:27]
- 学会で「もりぷろ」って言うと恥かくからなｗ
「もるぷろ」だぞ。
- 235 名前：あるケミストさん [04/01/14 13:12]
- 開殻一重項状態を探せるという意味ではそのとおり。
でも、求めた開殻一重項状態が本当の反強磁性に対応しているかどうかを
示すのは、簡単ではないんじゃないかな。つまり、波動関数の情報から、
スピンの秩序状態を示す情報を抜き出すのをどうやるのか。
- 236 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 14:52]
- スピン相関関数求めればいいんでないの？
- 237 名前：223 [04/01/14 15:14]
- >235
>開殻一重項状態を探せるという意味ではそのとおり
講師にもそう言われました。
- 238 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 15:48]
- お前ら、Gaussianについてかなり詳しそうだから聞きたいのですが
1.Scanの方向を変える、例えば2変数を扱う場合、順番を入れ換える場合、エネルギーが変わることがある
2.Scanしているある点と一点計算のエネルギーが変化していることがある
この2点について詳細にわかる香具師いますか？ｗ
- 239 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 18:25]
- >>236
どうやって求めるんでしょうか？＜スピン相関関数
- 240 名前：177 [04/01/14 19:54]
- がうしあんの教科書見たら、CASは心臓の弱い者には向いて
ないってあるよー
活性空間軌道の数と活性空間内の電子の数〜・・・
分かんねーよぉ
- 241 名前：あるケミストさん [04/01/14 21:11]
- >>240
だから、もりぷろをやると勉強になるんだよ。
- 242 名前：あるケミストさん [04/01/14 23:12]
- >240 がうしあんの教科書見たら、CASは心臓の弱い者には向いて
ないってあるよー
English School（Gaussian系,HFベース）とScandinavian School（Molpro, Molcas系,CASベース）
の哲学はお互いに相容れないからな。ストレートに受け取っちゃだめだね。
- 243 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 23:37]
- Ｄ・Ｆ・Ｔ！！
- 244 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 23:57]
- Ｃ・Ａ・Ｓ！！ Ｃ・Ａ・Ｓ！！
- 245 名前：あるケミストさん [04/01/15 10:54]
- 多重度1での計算で、Gaussianが機械的にどの原子にもスピンゼロ
としていると考えるとすると･･･
Uつけて多重度1で計算してスピンがゼロでも、本当に電子を全部対に
して計算しているかどうかは明言できないと思うなぁ〜
って、俺の考えは皆は拒否かな･･･
- 246 名前：あるケミストさん [04/01/15 11:59]
- 金属を含んだ錯体の計算って、得られたHOMOとLUMOだけでは
どこが活性部位かとか、分からへんって聞きました。
ホンマですか、それって。じゃあ、どうやってMOを議論すればいいの(ToT)
量子計算ヤレっていった教授や助教授は、二人とも「分かるわけ無いだろ。
計算は君がやってるんだから、何とかしろ」っていふのです〜〜･･･
- 247 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/15 12:05]
- >>246
そりゃそーだ。金属の空軌道に配位子の電子（軌道）が混ざってくるんだから、HOMO LUMOの
軌道みて、活性部位がわかるわけがない。Closed shellな金属なら話はべつだけど。
- 248 名前：246 [04/01/15 12:25]
- >247
具体的にどんな感じに議論すれば、いいんだろう〜
金属を含んだ系の理論的な考察って、むづかしすぎる (><)
- 249 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/15 13:00]
- 何かそういうことしてる論文でも読んでみたら？
- 250 名前：あるケミストさん [04/01/15 15:11]
- 錯体のホモ・ルモって、エネルギーの差が殆どないもの？
縮退してるん
俺は錯体しらんから、よく分かんねーや
- 251 名前：あるケミストさん [04/01/15 15:41]
- >>250
それ咲くﾀｲの教科書に載ってたよーな
- 252 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/15 16:26]
- 金属は難しいねー。鉄の計算やったことあるけど、スピンはあうのに電荷はまったくあわない。
マリケンでもナチュラルでもだめ。まったくだめ。
- 253 名前：あるケミストさん [04/01/15 17:31]
- あーgaussian使っていたら、計算しぱーい。で、この場合ってメモリ解放される
のですかね？500MBも確保して計算していたので・・
- 254 名前：あるケミストさん [04/01/15 17:56]
- >253
再起動かけたら、解放されるんですかね？
私はそう思っていたのですが
誰か、情報宜しくお願いします
- 255 名前：253 [04/01/15 18:30]
- >>254
再起動かけたら解放されるとは思うのですが･･･。
再起動以外ではなにかないでしょうか･･･。
- 256 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/15 19:48]
- >>253
Windows??
- 257 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/15 21:08]
- >>253
Windows95 ほどボロい OS でもなければ
開放漏れってのはない。
- 258 名前：253 [04/01/15 21:13]
- レスサンクス。たしかに、Linux系はメモリ管理ちゃんとしているはずなんですが、
以下のページ見て、不安になったもので。エラー終了だと漏れもあるのかなと。
topコマンドで見たところ、メモリ食うjobないのに、フリーのメモリが少なくて
がくがくぶるぶる感倍増ってとこだったんで。たぶん漏れはないですよね･･･
www.nara-wu.ac.jp/ipc/main/FAQ/Gaussian98.html
- 259 名前：あるケミストさん [04/01/16 09:34]
- GaussianでSCF=VShift以外にOpt計算を収束しやすく
させる方法って、無いですか？
Gaussian03使ってるんですけど、何故か自分が作ったモデル
だと、SCF=VShiftを使うとエラーになってしまうんですよ
- 260 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/16 10:42]
- >>259
初期構造が悪すぎるんじゃない？
- 261 名前：259 [04/01/16 10:49]
- 初期構造はX-rayで得られた座標データを用いているよ
最適化しているのは、X-rayでわからない
HだけをOpt=Z-matrixで可変にしてるんだけど･･･
- 262 名前：あるケミストさん [04/01/16 16:24]
- >>147氏
>Fock を F'=F+SCv(C^T)S （^T は転置）と変換すると、
>F' は F'C=SCε' （ε'=ε+v, v は VShift）を満たす。
>あとはε' から v を引いてやれば全く同じ結果が得られる。
勉強しているけど、分かんないよ〜
まだまだ、初心者だな、俺って
- 263 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/16 16:26]
- (C^T) S C = 1 がヒント。
- 264 名前：あるケミストさん [04/01/16 21:31]
- >>262
ざぼれ！
↑
この意味わからんかったら致命傷
- 265 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/17 02:16]
- ザボる人の例(1)
ttp://www.starchild.co.jp/special/zaboga/images/zaboga2.jpg
- 266 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/17 02:18]
- ザボーガーｷﾀﾜｧ.*･゜ﾟ･*:.｡..｡.:*･゜（n‘∀‘)ηﾟ･*:.｡. .｡.:*･゜ﾟ･*!!!!!
- 267 名前：あるケミストさん [04/01/17 07:12]
- おまえら、年齢ばれてるぞｗ
- 268 名前：あるケミストさん [04/01/17 08:22]
- Windows 2000上でGaussian 98Wをつかって、
DFT計算で分子の振動数を計算しています。
同系統の分子で、大きい基底を使っていくと、
あるところで、
Link died!
といって、計算できなくなります。
時間がかかっても、やって見たい計算があるのですが、
何か、うまく計算を実行する方法はないでしょうか。
- 269 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/17 09:10]
- >>268
RWFが2G超えてない？
それに、ちょっと基底関数を大きくするだけでも、計算時間は
莫大に大きくなるよ。それこそいくら待っても終わらないくらいに。
- 270 名前：あるケミストさん [04/01/18 02:31]
- 良スレage
- 271 名前：268 [04/01/18 23:03]
- >>269
コメントありがとうございます。
RWFが2GBを越えているかどうかは、どのようにして知ることができるのでしょうか？
また、越えている場合に、計算時間を度外視しても計算を実行したいとしたら、
Gaussian 98w for windowsの場合にどうすればよいのでしょうか？
トウシロウな質問で申し訳ないのですが、ぜひご教授お願いします。
- 272 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/19 00:33]
- >>271
link died!が出たときのrwfの容量をﾁｪｯｸしる！
振動計算だとﾒﾓﾘｰが足りないかもしれんな。freqmemでﾁｪｯｸしる！
- 273 名前：あるケミストさん [04/01/19 11:27]
- >>268
%RWF
- 274 名前：あるケミストさん [04/01/19 21:24]
- 院試のため量子化学勉強しようと思ったのですが、買ってきた演習書が
むずかしくてよくわかりません。
簡単な演習を載せたわかりやすい参考書おしえてください・・・
- 275 名前：あるケミストさん [04/01/19 21:29]
- >>274
物理化学の教科書に演習がたくさんついとるべ
たとえば、あときんずやばーろー
- 276 名前：274 [04/01/19 21:45]
- アトキンス厚くて苦手意識あるんですけど薄くていいやつってないですか？
- 277 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/19 22:34]
- 別に全ページ量子化学なわけじゃないし、
アトキンスでいいんじゃない？
- 278 名前：274 [04/01/19 23:01]
- いやー細かい理論が多くてなんか・・・
- 279 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/19 23:21]
- >>278
量子化学のなにを勉強したいかによるな。電子状態の計算手法を理解したいなら莫大な
数式と格闘しなければならぬ。これは通らねばならぬ道。
量子力学の知識がなくて、概念だけさくっと知りたければ「なっとくする量子化学」でも読んでおけ。
- 280 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/19 23:24]
- ノート
- 281 名前：274 [04/01/19 23:26]
- 因子とけるだけの力がほしいというか・・・
最低限アトキンスですかね
- 282 名前：268 [04/01/19 23:36]
- >>272
freqmemはWindows版でも使えますでしょうか？
- 283 名前：あるケミストさん [04/01/20 07:26]
- >>281
あときんすやれ
- 284 名前：初心者 [04/01/20 20:01]
- みなさんGaussianについて詳しいみたいなので質問します。
イソプロピル基が置換している分子で反転運動によるシングルポイント
エネルギー計算を求めたいのですが簡単な方法は無いですか？
直接座標入力する以外にないでしょうか？
- 285 名前：あるケミストさん [04/01/20 20:28]
- ＞みなさんGaussianについて詳しいみたいなので質問します。
詳しくないので余所いって聞いてみてください。
- 286 名前：初心者 [04/01/20 22:40]
- >>285
余所ってどこ行けばいいですか？
- 287 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/20 23:11]
- ここでいいけど、
初心者っていう名前は印象良くないのでやめた方がいい。
www.geocities.co.jp/SiliconValley/5634/t82B5_0021.html#76
Z-Matrix をうまく書けば、
反転前と後での座標を
あるパラメータをちょっと変えるだけで
表現できるはず。
- 288 名前：中級者 mailto:sage [04/01/21 00:35]
- >>286ですけど
ちょっと考えてみます ありがとうございます
- 289 名前：悩める3年生 [04/01/21 21:03]
- 理学部3年です。
ドラッグデザインに興味があって理論化学の研究室に入ろうと思っています。
将来的には製薬会社で研究をしたいと思っているのですが、無謀でしょうか？
飛び級して大学院に編入する試験を受ける許可が下りたので、
研究室を明後日までに決めて提出しなければなりません。
忠告、アドバイスなどありましたら、お願いします。
- 290 名前：あるケミストさん [04/01/21 21:16]
- >>289
スレ違い
- 291 名前：あるケミストさん [04/01/21 21:31]
- 金属等のクラスターの各エネルギー準位にピークを持つ
ローレンツ関数の足し合わせで電子状態密度DOSを表す方法が
あると思いますが、5s、5p、5d、6s、・・・などの各成分の
partialDOSはどのようにすれば求まるのでしょうか。
- 292 名前：あるケミストさん [04/01/21 22:09]
- 竹島、尖閣諸島にせまる ア ジ ア 各 国 ＝ 中国・韓国 の侵略行為に対抗しよう！
ノービザ渡航廃止！ ＯＤＡ廃止！ 不法滞在者の強制送還！
＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
.∧＿∧ 【えー抗議メール、抗議メールいかがッすかァ？ 】
（ ´∀｀） . ￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣￣
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【首相官邸】www.kantei.go.jp/
ご意見募集（送信フォーム） www.kantei.go.jp/jp/forms/goiken.html
- 293 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/21 23:50]
- ま、率直に言うと>>290の言う通りスレ違いなんだが。
>>289
優秀な学生さんの夢を壊すようなことを書くのは気が引けるが、
製薬企業に入ってドラッグデザインをするのなら、そもそも理学部というのは
厳しい。今のドラッグデザインはバイオ系中心に回っているので、化学系だと
いわゆる「合成屋」や「分析屋」として採用されることがある程度か。
バイオ系でも、理学部からはほとんど採用されていないようだ。
量子化学スレに書いているということは計算機によるドラッグデザイン
に興味があるようだが、それなら院では薬学系に行くことをお薦めする。
ただ、そうなると飛び級はできないだろうけど。
- 294 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/21 23:56]
- そして書き忘れていたが、ドラッグデザインと量子化学はあまり
関係ない。
今のところドラッグデザインではほとんど古典力学だけで片付けている（完全に、ではないが）。
もちろん将来的にはどうなるかわからないが、生体高分子を扱う必要が
あるので、そう簡単にはいかないだろう。
- 295 名前：悩める3年生 [04/01/22 00:33]
- 確かにスレ違いですね。
294さん、ありがとうございます。引き続き量子とは遠い話ですが、
うちの大学の理論化学では生体高分子の運動と機能の解明をやっています。
知り合いの先輩が計算した、とあるタンパク質の動的構造をシュミュレーションしたものを見せてもらいました。
それで、ドラッグデザインと関係があるような気がしていたのですが・・・
- 296 名前：悩める3年生 [04/01/22 00:39]
- 確かにスレ違いでした。
294さんありがとうございました。引き続き量子とは遠い話で申し訳ないですが、
うちの大学の理論化学研究室では、少人数ですが、生体高分子の運動と機能の解明も研究しています。
知り合いの先輩が計算した、とあるタンパク質の動的構造のシュミュレーションを見せてもらった時に
ドラッグデザインと関係があるような気がしたのですが・・・
その先輩は研究熱心で就職のことなんて考えていないようでドラッグデザインとの関連を聞いても、
良く分からないと言っていたので伺いました。
- 297 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/22 01:33]
- >>289
実験系へ逝け。製薬に入りたいなら理論だけでは役に立たんぞ。
- 298 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/22 06:43]
- 薬学部でも量子化学教えてるところもあるぜよ。
- 299 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/22 08:15]
- 一応計算化学の領域なので、「スレ違いだ！」というほどではないのかな？
>>296
シム板なら速攻で「『シミュ』レーション」だ！とツッコミが入りそうだ。
たぶんタンパク質のMDのことだと思うが、確かに学会なんかでは
「ドラッグデザインへの応用も可能」と発表することが多いけど、
ぶっちゃけMDとドラッグデザインは直結しない。
MD+ドラッグデザインをやっている研究室も薬学部などにはあるけど、
それ以外のところは純粋にMDをやっているだけではないかな。
理学部でMDをやっていた、というのはあまり企業ウケは良くないと思う。
薬学部でドラッグデザインをやっている研究室であれば、必ずしも実験系で
ある必要はないとは思う。もちろん製薬企業に入るだけなら>>297の言う通り
実験系のほうが
はるかに有利だけど、computer-aided drug designをやりたいのなら
実験系に行くのはちょっと冒険。
繰り返しになるが、本当にドラッグデザインがやりたいのなら、飛び級を諦めて
薬学の院に行くことを勧める。
ただ、薬学部の院試は理学部と大幅に違うので大変だが。
- 300 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/22 08:52]
- GAMESS ならタダで手に入るしパソコンで動くので、
やる気があるなら量子化学を独学で勉強することができる。
- 301 名前：あるケミストさん [04/01/22 15:13]
- >>300
おいおい、燃料投下するなよｗ
本気にしてしまうぞ。
- 302 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/22 20:13]
- そうだな。やる気と能力があれば、だな。
- 303 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/22 21:13]
- >>300
Gaussianもフリーにしてくれねーかなー。
- 304 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/22 22:05]
- >>303
昔はフリーだったがな。
- 305 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/23 01:11]
- 動作保証も無かったけどな
- 306 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/23 01:13]
- 座布団一枚
- 307 名前：- [04/01/23 12:14]
- drug designをしたいというのは何故だろう。もちろん趣味は好き好きだが。。
生涯にわたってアイデアを出していくにはもっと生物を学んでからの方がでいいのではないだろうか。それこそ実験系のラボでバイトでもしながら。
- 308 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/23 14:45]
- Drug Designだったら正確に計算しなきゃならんからしんどいかも。大学のラボだったら
偉いひとは計算の結果しか見てないし、誰かに迷惑かかるわけじゃないから、テキトー
にごまかしておいても全然ＯＫだけどな。
- 309 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/23 19:40]
- >>307
趣味じゃないだろうと思うんだが…。
- 310 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/23 20:51]
- >309
307は嗜好のこと言ってるんじゃないか？
- 311 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/23 21:41]
- >>310
そうなのか。
まあ、確かにこのスレでドラッグデザインってのはスレ違いかなと。
必ずしも実験系・生物系とは限らないとは言っても、量子化学では遠すぎるだろうねえ。
>>308はたぶんそんなことはないかと。
古典がメインということは、むしろ量子化学以上にｺﾞﾆｮｺﾞﾆｮ
- 312 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/26 05:14]
- 軌道の混成 の時の混成という現象について。
混成になる過程というのは解るんですが、
イマイチ"混成"というのがどういう現象の事なのか理解できません。
混成する各オービタルの電子が混合されているんですか？？
- 313 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/26 08:02]
- >>312
前に話題になったことだが、混成軌道というのは「実在」する概念では
なく、人間が便宜的に作ったものだということをまず指摘してみる。
もちろん、だから混成軌道を考えてもムダだ、という意味ではない。
- 314 名前：あるケミストさん [04/01/26 10:04]
- 最低エネルギー波動関数が一重項だけど、閉殻ではない
物質って、どんなのがあるでしょうか？よく考えても
分かりません
- 315 名前：あるケミストさん [04/01/26 12:18]
- 要するにただの基底変換でしょう。
- 316 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/26 12:47]
- >>314
一重項酸素原子とか。
- 317 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/26 22:06]
- >>314
簡単な例は、ラジカルペアの一重項状態。
- 318 名前：あるケミストさん [04/01/26 23:06]
- >>316 >>317
それは、基底状態か？ 最低エネルギー波動関数って書いてあるぞ。
- 319 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/27 01:06]
- >>318
ああ、ラジカルペアで一重項状態が基底状態なのはごろごろあるぞ。
- 320 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/27 04:33]
- エチレンを９０度ひねったもの。
- 321 名前：あるケミストさん [04/01/27 12:06]
- >320
それは分子構造が安定じゃないだろ？ 電子構造は安定だけど。
- 322 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/27 18:19]
- 回転障壁求める時に計算するけどね。
- 323 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/27 22:48]
- antiferromagneticの計算はメチャクチャ難しいぞ。
- 324 名前：あるケミストさん [04/01/28 10:22]
- >>323
antiferromagneticの計算をされたことがあるのですか？
具体的にはどのような点がむづかしかったですか？
- 325 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/28 21:38]
- >>323
漏れも知りたい。
- 326 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/29 21:56]
- 進路を量子化学にするか決めるために、
「はじめての電子状態計算」という本を買って、
量子化学を齧ろうとしたのですが、
教科書の通りにＭＳ−ＤＯＳを操作しても途中でファイルを実行できません。
このソフトはＭｅでは無理なのでしょうか？
また、量子初心者が安く手に入る電子状態計算用のソフトってないでしょうか？
- 327 名前：あるケミストさん [04/01/30 01:50]
- Dv-Xa は今時はやらないのでは・・・・・
MOPAC とかで遊んでみてはいかかでしょうか。
- 328 名前：あるケミストさん mailto:age [04/01/30 04:16]
- 板違いかもしれないけど・・・
地球上の年降水量の平均値は約１０００mm、
地球上の水の平均の厚さは2940mといわれている。
地球上の水の入れ替え時間はいくらか？
おねがいします。
- 329 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/30 06:06]
- 華麗にスルー
- 330 名前：326 mailto:sage [04/01/30 08:39]
- >327
ありがとうございます。
Dv-Xa ってもう古かったのですか・・・。
しかも、ＰＣに詳しい友人に聞いても起動できなかったので、
MOPACを探してみますね。
- 331 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/30 08:47]
- GAMESS ならタダだべ。
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