- 1 名前：あるケミストさん [03/11/23 18:05]
- 鯖移転でスレがなくなったのでたてました。
---前スレ>>1から引用---
！量子化学の話題はこのスレで！
science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/
現状から考えると話題の絶対数が少なそうなので
１つのスレでええやろと思い、とりあえず立てておく。
作ったことで話題が生まれるかもしれないし。
理論についての話からツール類の使い方まで
いろいろ話しちゃってくだせぇ。
- 159 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/01 19:55]
- 正月はないよ。というか家にいてもつまらないだけ。
- 160 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/01 20:41]
- >>159
研究者らしい休みの過ごし方かもしれん。
でも、初詣ぐらいして、ジョブがちゃんと終わることを願いましょうｗ
- 161 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/02 01:01]
- vshiftついでにscf optionのqcについて質問ー。
scf=qcはscf計算を"二次(quadratic)"に解くってことらしいのですが、
実際にはどういう計算やっているんでしょうか？ このoptionをつけると
エネルギーがより精度良く得られるということですか？
- 162 名前：あるケミストさん [04/01/02 05:04]
- >>161
G. B. Bacskay, Chem. Phys. 61, 385 (1981).
を読んで解説してくれたら、みんな喜ぶと思う
- 163 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/05 18:11]
- >>161
エネルギーの二次変分求めて解いてる。
イニシャルが収束地点からちょっと離れている場合には
一次で解くより停留点に到達しやすい。
その代わり計算量はバカにならない。
- 164 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/05 23:56]
- 昔、6-31++G**を使わずに6-31+G**を使えって言われたんですが、なぜなんでしょうか？
- 165 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 03:56]
- 1 計算が終わらなさそうだから
2 以前の計算結果と整合性を持たせたいから
- 166 名前：あるケミストさん [04/01/06 10:16]
- Gaussian98でヒュッケル法は使えるんですか？
- 167 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 10:47]
- >>164
エネルギー計算なら水素原子にDiffuse関数いれても意味ないよ。
- 168 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 11:11]
- でも、他の原子との基底関数のバランスが悪いと
表現力の強い方へ電子が流れやすくなる傾向があるから、
入れれるなら入れた方がいいんじゃないの？
- 169 名前：あるケミストさん [04/01/06 12:10]
- >>166
Initial Guessはヒュッケル法で出している
だっけ？
- 170 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 12:35]
- >>169
GAMESS はそうだけど、
Gaussian98 は普通 INDO じゃなかったっけ？
- 171 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 18:43]
- 固体の計算は物理板なのか……
- 172 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/06 22:55]
- >>166
今時、ひゅっけるでなに、計算するの？
いや煽りじゃなくて、マヂで素朴な疑問。
- 173 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 01:22]
- 俺んところの研究室では、扱っている分子が小さいものばかりなんで、みんな、
いきなり6-311+G*あたりから構造のｵﾌﾟﾁﾏｲｽﾞや物性計算に使っている。
つーか、イマドキ、6-31G、6-311G系使うなんてもう古いかもな。
- 174 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 03:23]
- (aug-)cc-pVDZ, (aug-)cc-pVTZ
- 175 名前：あるケミストさん [04/01/07 03:45]
- つーか、BasisSetどーやって決めた？＞皆の衆
例えば、>>165の(1)はリソースを考慮して思考錯誤の末に決めたと
解釈できるけど。
この「思考錯誤」する過程を尻鯛。リソースとより表現力の高い関数との
トレードオフってこと？
- 176 名前：あるケミストさん [04/01/07 12:12]
- >172
別にたいした意味は無いんですけど、計算している系が大きすぎて経験的
な手法で一回計算してみようかと思っただけです。金属(NiやFe)のある系で
やっぱり半経験的方法や経験的方法はやばいかなー？
- 177 名前：あるケミストさん [04/01/07 13:59]
- >173
3-21Gはﾀﾞﾒﾎﾟですか？
- 178 名前：あるケミストさん [04/01/07 14:04]
- サイクル数って、MaxcycleやIOpで決めれるよね
っていうか、最適化の時なんかに１ステップで要する
サイクル数は、どれくらいが許せる範囲なの？SCF=QCや
収束条件を変えたら、変わってくると思うんだけど
ある人は200サイクルなんかだったら、そんなんだめだと
言ってたけど・・・
- 179 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 14:19]
- サイクル数より時間。
- 180 名前：あるケミストさん [04/01/07 14:24]
- 化学科の人はいまつか？
- 181 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 14:41]
- >>177
3-21Gで計算しても論文通らないだろｗ
- 182 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 14:46]
- 4-31G 最強伝説
- 183 名前：177 [04/01/07 15:23]
- >>181
3-21Gでも基底関数330ぐらいなのだが…
皆の基底関数は、どれくらいなの？
- 184 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 15:52]
- 系が大きくなると、ある程度は周りの基底関数が表現力を補ってくれる。
- 185 名前：あるケミストさん [04/01/07 16:43]
- 初歩的な質問ですいませんが、Cube=Densityで電子密度をファイルに書き込んだのですが、その電子密度の見方がわかりません。誰か教えていただけませんか？以下のようなファイルになりました。
SCF Total Density
2 -5.483229 -5.483229 -6.518402
38 0.297877 0.000000 0.000000
38 0.000000 0.297877 0.000000
45 0.000000 0.000000 0.297877
7 7.000000 0.000000 0.000000 1.035173
7 7.000000 0.000000 0.000000 -1.035173
1.63471E-09 2.30422E-09 3.19275E-09 4.35241E-09 5.84208E-09 7.72658E-09
1.00748E-08 1.29565E-08 1.64371E-08 2.05705E-08 2.53891E-08 3.08936E-08
3.70411E-08 4.37356E-08 5.08222E-08 5.80873E-08 6.52651E-08 7.20529E-08
7.81322E-08 8.31941E-08 8.69662E-08 8.92373E-08 8.98770E-08 8.88483E-08
8.62107E-08 8.21149E-08 7.67884E-08 7.05146E-08 6.36071E-08 5.63828E-08
- 186 名前：177 [04/01/07 17:30]
- >>181
も一つ
みんなは初めから、6-311+G*あたりで最適化とかしてるんですか？
程度の低い基底関数で最適化し、そのchkを別の基底関数で再最適化
するってことは、してますか？
俺の系だと、そうしないと無理ぽかも
- 187 名前：あるケミストさん [04/01/07 17:40]
- 今年初の自演ｷﾀ━━━━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━━━━ !!!!!
ｷﾀ━━━━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━━━━ !!!!! ｷﾀ━━━━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━━━━ !!!!!
さすが無職・ダメ板ｗｗ
human.2ch.net/test/read.cgi/dame/1073400390/544-545
- 188 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 18:11]
- >>186
こっちは、ある程度大きな基底系でないと正しいところに収束すらしないので、構造最適化
計算可能なデカイ基底をぶち込む。これ最高。ただし、初期構造を丁寧に入れないと
ひたすら時間がかかるので、初心者にはオススメできない。
- 189 名前：あるケミストさん [04/01/07 18:50]
- 最適化で前の（低い関数の）chkを使こうて、より高いので最適化する
のは聞いたことあるけど、SPでもそれは出来るんかな？
今のjobが終わったら、試してみようっとw
- 190 名前：あるケミストさん [04/01/07 20:59]
- ガウシアンでも周期構造（たとえば結晶）のシングルポイント計算が
出来ると聞いたのですが、どなたかご存知の方教えてください。
キーワードだけでも助かります。
マニュアルのどこに書いてあるのかがわからないので。
- 191 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 21:04]
- >>190
悪いことは言わんからやめとけ。
別の専用ソフトを使った方がいい。
- 192 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 22:05]
- んだ。あれはまだまだ未完成品だ。
- 193 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 22:06]
- >>189
GUESS=READ GEOM=ALLCHECK いれとけば計算できんじゃない？
- 194 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/07 22:41]
- >>190
Cartesianで分子構造をinputした後に並進ベクトルを入力すればPBC計算できるよ。
具体的なinputの書き方はOn-lineマニュアルのSpecifying Periodic Systemsの項を
見ればよい。
www.gaussian.com/g_ur/m_molspec.htm
ちなみに構造最適化も可能。
>>191
確かにCRYSTALが使えればそっちの方が完成度が高い。
でも、高くてなかなか使えないでしょ。
- 195 名前：あるケミストさん [04/01/08 09:25]
- >>194
俺はPBC使って計算してるけど、TVを理解するのは大変だったよ
- 196 名前：あるケミストさん [04/01/08 09:28]
- >>194
どうもありがとうございます。
- 197 名前：あるケミストさん [04/01/08 09:43]
- >>196
TVの指定の仕方、分かったのかな？
- 198 名前：あるケミストさん [04/01/08 12:19]
- >>197
196ですが、TVは単なる並進ベクトルと理解しましたが・・・？
自分はAu(111)面の2層のスラブを計算したいので、
下記のように分子座標を指定しようと思っていますが
何か間違っているでしょうか？
Au, 0. , 0. , 0. ←第1層
Au, 0. ,+1.665653,-2.35589 ←第2層
TV,+1.442498, 0. , 0.
TV,-1.442498, 0. , 0.
- 199 名前：198 [04/01/08 12:40]
- 訂正
TV,+1.442498, +2.498480 , 0.
TV,-1.442498, +2.498470 , 0.
- 200 名前：197 [04/01/08 12:46]
- >>199
これだと、一つ目に指定したAuと二つのTVが同一直線上に
存在することになり、計算をするとTVの指定が変だよ
ってエラーが出ると思いますよ
パート1の764の書き込みは、TV指定で参考になると思いますよ
- 201 名前：197 [04/01/08 12:51]
- >>199
ごめん、間違えたよ。199でTVのY座標を訂正してるから
これだと計算できるよ
- 202 名前：198 [04/01/08 16:04]
- >>201
レスどうもありがとうございました。
- 203 名前：あるケミストさん [04/01/10 18:42]
- LSDAって、スピンに重点をおいた計算はまかせとき って
いう方法と解釈して、いいですかね？
- 204 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/10 21:45]
- LSDA 程度の精度で「まかせとき」は無い気が...。
GGA でも「まかせとき」かどうかと言われるとどうかなぁ。
DFT は具体的に何がどう効いてダメなのかが
分かりにくいのが欠点だよな。
ttp://www.geocities.co.jp/Technopolis/4765/INTRO/dftldaj.html
- 205 名前：あるケミストさん [04/01/11 11:35]
- Gaussian 98で構造最適化しているのですが、
エネルギーが細かく振動して、最適化が終了しません。
何かよい対策は無いでしょうか？
- 206 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/11 13:00]
- ２つの構造の中間の構造を自前で求めるとか...。
- 207 名前：あるケミストさん [04/01/11 15:15]
- >>205
SCFキーワードにVshiftオプションを入れたらどうでしょうか。
Vshift=___の値をいろいろかえてみるといいと思います。
- 208 名前：あるケミストさん [04/01/11 15:38]
- >>205
Opt=Tight
- 209 名前：205 [04/01/11 16:27]
- >>206
ほんとにわずかな構造差みたいなのです。
いったん最適化を止めて、
Opt=CalcFC
を実行しても、だめでした。
>>208
Opt=Tight
を使うと構造最適化の収束条件が厳しくなって、ますます収束しないのでは？
>>207
SCF自体はできているので、Vshiftが効くとは思いませんでしたが、試しにやってみようかと思います。
- 210 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/11 16:45]
- Tight はフォースのカットオフも変わるので
全く効果が無いということはないかも。
収束アルゴリズムを変えてみては？
- 211 名前：205 [04/01/11 16:49]
- >>210
opt(nolinear)は試してみました。
他に、試す価値があるものがあったら教えていただけないでしょうか。
- 212 名前：あるケミストさん [04/01/11 18:49]
- >>211
Opt=VTight
- 213 名前：あるケミストさん [04/01/11 18:51]
- >>205
>エネルギーが細かく振動して、最適化が終了しません。
という意味なのかよーわからんが、がうし餡教科書にフラー連を
例にして、Opt=Tightが載っておった。
>>210が云う効果があるのかも。
- 214 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/11 20:15]
- >>205
DFT使っているなら、MP2でやってみろ。
SCF=TIGHT, SCF=QC, OPT=CALCALL, OPT=BIG, SCF=VSHIFT=0, 50, 200, 500, 1000をそれぞれを全部試せ。
- 215 名前：あるケミストさん [04/01/11 21:28]
- >>214
それ釣ってるだろｗ
- 216 名前：205 [04/01/11 21:55]
- >>213
エネルギーが
A -> B -> C -> 非常にAに近い値 -> 非常にBに近い値 -> 非常にCに近い値 ...
と延々と続くのです。
A, B, Cの値も非常に近い値なのです。
- 217 名前：205 [04/01/11 21:58]
- >>214
他の類似分子も計算しているので、それらの整合性をとるため計算のレベルを変えられないのです。
あと、私のパソコン（2.8GHzペンティアム４）では、構造最適化のサイクルが
一日3回程度しか回らない程度の大きさの分子なので、
あまり全部試すのも難しいという事情があります。
- 218 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/11 22:11]
- エネルギーが近いのはいいけど、
構造はどうなの？ 近いの？
- 219 名前：205 [04/01/11 22:16]
- >>218
構造もGaussViewで見る限りほとんど区別がつかないように見えます。
- 220 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/11 22:33]
- A, B, C の構造を足して３で割ったところからはじめてみたら？
- 221 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/12 11:13]
- >>217
だったらそこから出発して、SCD=CONV=5とかして、無理矢理収束させちゃいばいいじゃん。
どうせ教授にはばれやしないってｗ
- 222 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/12 11:16]
- >>221 は研究者失格
- 223 名前：あるケミストさん [04/01/12 14:02]
- いま、Fe2O3の計算をしようと考えちょります。
Gaussianでは反強磁性を再現出来るのでしょうか？
パート1ではCASSCFをすればいいとあったのですが･･･ 多重度1って、電
子を全部対にするからダメなんじゃないと思ふのでつが
ちなみに、反強磁性物質の表面クラスターモデルを無理やり多重度1でやるとい
うのは、第三者から見てダメポでつか？
- 224 名前：あるケミストさん [04/01/12 14:06]
- >>223
いろんな多重度で計算してみてはいかがでしょうか？
- 225 名前：223 [04/01/12 14:10]
- >>224
といふことわ、最もエネルギーが低くなった多重度でcalc.すれば
いいということですかねぇ？
論ヴンにする時、通用できるか気になります
- 226 名前：あるケミストさん [04/01/12 18:30]
- >>221
反省文を書くまで、書きこみ禁止
- 227 名前：223 [04/01/13 14:10]
- っていうか、Gaussianで反強磁性を計算している香具師さんってい
るんでつか？
もしいたら、情報よろしこ
- 228 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/13 22:13]
- 量子化学計算で磁性体を研究している結構有名な研究室はあるよね。
こんなところに名前を出すのはどうかと思うので出さないけど。
- 229 名前：223 [04/01/14 10:30]
- 強磁性体とかだと、多重度高くしたらいいけどね
Gaussianで多重度1は電子を全部対にしてても、
MRSCFやCASSCFなんかで電子相関考慮したら反強磁性を再現できる
って、研究室の講師が言い張ってるんだけど、どうよ
- 230 名前：あるケミストさん [04/01/14 10:47]
- >MRSCFやCASSCF
だったらもりぷろ
- 231 名前：223 [04/01/14 11:04]
- >230
もりぷろって、何ですか？？？
- 232 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 11:36]
- >>231
CASやるなら絶対にMolcasだろ。Gaussianはﾀｺ。
- 233 名前：あるケミストさん [04/01/14 12:26]
- >>231
Molpro
ttp://www.molpro.net/
>>232に同意。Gaussianはｲｶだ。
- 234 名前：あるケミストさん [04/01/14 12:27]
- 学会で「もりぷろ」って言うと恥かくからなｗ
「もるぷろ」だぞ。
- 235 名前：あるケミストさん [04/01/14 13:12]
- 開殻一重項状態を探せるという意味ではそのとおり。
でも、求めた開殻一重項状態が本当の反強磁性に対応しているかどうかを
示すのは、簡単ではないんじゃないかな。つまり、波動関数の情報から、
スピンの秩序状態を示す情報を抜き出すのをどうやるのか。
- 236 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 14:52]
- スピン相関関数求めればいいんでないの？
- 237 名前：223 [04/01/14 15:14]
- >235
>開殻一重項状態を探せるという意味ではそのとおり
講師にもそう言われました。
- 238 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 15:48]
- お前ら、Gaussianについてかなり詳しそうだから聞きたいのですが
1.Scanの方向を変える、例えば2変数を扱う場合、順番を入れ換える場合、エネルギーが変わることがある
2.Scanしているある点と一点計算のエネルギーが変化していることがある
この2点について詳細にわかる香具師いますか？ｗ
- 239 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 18:25]
- >>236
どうやって求めるんでしょうか？＜スピン相関関数
- 240 名前：177 [04/01/14 19:54]
- がうしあんの教科書見たら、CASは心臓の弱い者には向いて
ないってあるよー
活性空間軌道の数と活性空間内の電子の数〜・・・
分かんねーよぉ
- 241 名前：あるケミストさん [04/01/14 21:11]
- >>240
だから、もりぷろをやると勉強になるんだよ。
- 242 名前：あるケミストさん [04/01/14 23:12]
- >240 がうしあんの教科書見たら、CASは心臓の弱い者には向いて
ないってあるよー
English School（Gaussian系,HFベース）とScandinavian School（Molpro, Molcas系,CASベース）
の哲学はお互いに相容れないからな。ストレートに受け取っちゃだめだね。
- 243 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 23:37]
- Ｄ・Ｆ・Ｔ！！
- 244 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/14 23:57]
- Ｃ・Ａ・Ｓ！！ Ｃ・Ａ・Ｓ！！
- 245 名前：あるケミストさん [04/01/15 10:54]
- 多重度1での計算で、Gaussianが機械的にどの原子にもスピンゼロ
としていると考えるとすると･･･
Uつけて多重度1で計算してスピンがゼロでも、本当に電子を全部対に
して計算しているかどうかは明言できないと思うなぁ〜
って、俺の考えは皆は拒否かな･･･
- 246 名前：あるケミストさん [04/01/15 11:59]
- 金属を含んだ錯体の計算って、得られたHOMOとLUMOだけでは
どこが活性部位かとか、分からへんって聞きました。
ホンマですか、それって。じゃあ、どうやってMOを議論すればいいの(ToT)
量子計算ヤレっていった教授や助教授は、二人とも「分かるわけ無いだろ。
計算は君がやってるんだから、何とかしろ」っていふのです〜〜･･･
- 247 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/15 12:05]
- >>246
そりゃそーだ。金属の空軌道に配位子の電子（軌道）が混ざってくるんだから、HOMO LUMOの
軌道みて、活性部位がわかるわけがない。Closed shellな金属なら話はべつだけど。
- 248 名前：246 [04/01/15 12:25]
- >247
具体的にどんな感じに議論すれば、いいんだろう〜
金属を含んだ系の理論的な考察って、むづかしすぎる (><)
- 249 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/15 13:00]
- 何かそういうことしてる論文でも読んでみたら？
- 250 名前：あるケミストさん [04/01/15 15:11]
- 錯体のホモ・ルモって、エネルギーの差が殆どないもの？
縮退してるん
俺は錯体しらんから、よく分かんねーや
- 251 名前：あるケミストさん [04/01/15 15:41]
- >>250
それ咲くﾀｲの教科書に載ってたよーな
- 252 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/15 16:26]
- 金属は難しいねー。鉄の計算やったことあるけど、スピンはあうのに電荷はまったくあわない。
マリケンでもナチュラルでもだめ。まったくだめ。
- 253 名前：あるケミストさん [04/01/15 17:31]
- あーgaussian使っていたら、計算しぱーい。で、この場合ってメモリ解放される
のですかね？500MBも確保して計算していたので・・
- 254 名前：あるケミストさん [04/01/15 17:56]
- >253
再起動かけたら、解放されるんですかね？
私はそう思っていたのですが
誰か、情報宜しくお願いします
- 255 名前：253 [04/01/15 18:30]
- >>254
再起動かけたら解放されるとは思うのですが･･･。
再起動以外ではなにかないでしょうか･･･。
- 256 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/15 19:48]
- >>253
Windows??
- 257 名前：あるケミストさん mailto:sage [04/01/15 21:08]
- >>253
Windows95 ほどボロい OS でもなければ
開放漏れってのはない。
- 258 名前：253 [04/01/15 21:13]
- レスサンクス。たしかに、Linux系はメモリ管理ちゃんとしているはずなんですが、
以下のページ見て、不安になったもので。エラー終了だと漏れもあるのかなと。
topコマンドで見たところ、メモリ食うjobないのに、フリーのメモリが少なくて
がくがくぶるぶる感倍増ってとこだったんで。たぶん漏れはないですよね･･･
www.nara-wu.ac.jp/ipc/main/FAQ/Gaussian98.html
- 259 名前：あるケミストさん [04/01/16 09:34]
- GaussianでSCF=VShift以外にOpt計算を収束しやすく
させる方法って、無いですか？
Gaussian03使ってるんですけど、何故か自分が作ったモデル
だと、SCF=VShiftを使うとエラーになってしまうんですよ
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