とりあえずの解決策として、 「付録の6.2Rをそのまま使うならportupgrade禁止、 6.3Rか7.0Rにアップグレードなら portupgrade してよし」 を提案する。アップグレードしない場合、 > by itself help it a bit setting X11BASE=${LOCALBASE} in make conf. あるいは > Please set variable USE_NONDEFAULT_X11BASE の意味を理解しなければ、portsを全部消してもまた同じ結果になるだけで 意味が無いよ。