>>479 1 について、Windows Media Player9とMediaunite（MPEG1・MPEG2・DVDのデコーダ以外）は共に、 フィルタ（デコーダ）の優先順位（メリット値）によって使用するフィルタが決定されます。 つまり、>>479氏の場合、両方とも同じフィルタを使用しているはずです。
Windows Media Player9とMediauniteで再生状態が異なるのは、恐らく、 使用しているビデオレンダラが異なっているためだと思います。 Windows Media Player9の使用しているビデオレンダラを指定してやれば Mediauniteでも同じように再生できると思います。 Mediauniteのビデオレンダラの変更は、設定→出力→ビデオレンダラ でできます。 （変更した場合は、別のファイルを一度再生させるか、Mediauniteを再起動させる必要があります）
