数学 統計に詳しい人が語るコロナウイルス

1 名前：１３２人目の素数さん [2020/02/29(土) 02:18:41 ID:twdO677Q.net] 東大数学科卒の元官僚はこう分析してるが、お前らはどうなると思う？ www.zakzak.co.jp/soc/news/200220/dom2002200003-n2.html 中国国外感染者の中国国内との比率をみると、 １月２０日の数字公表以降は、０・８〜２・６％で比較的安定している。 これは、新型肺炎の感染者のほとんどは中国国内、それも湖北省に集中しているからだ。 ちなみに中国国外での感染者数は、中国国内の１・１％だ（２月１６日現在）。 本コラムで紹介したが、現時点では、最終的な中国国内の感染者数は２０万人超と筆者は推計している。 となると、中国国外の感染者は数千人程度になるだろう。 中国国外のうち日本の比率は１割弱なので、日本の感染者数は数百人程度であろう。 その場合、死者も数人から１０人程度になるだろう。 こうした推計をすると、今の感染者は氷山の一角だと思われるが、今後の増加ペースはどうなるだろうか。 新型コロナウイルスの検査は簡単に行えるので、今後、日本での感染者数は増えていくだろう。 ある時点ではそれがネズミ算的に増えるかのように思える局面もあるだろうが、 筆者の推計が正しければ、現時点ではせいぜい数百人が一つのメドだ。 325 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/15(水) 23:57:19 .net] >>307 r=1なら的中率が常に1だな 低知能に生まれてしまったことを呪いながら死にな役立たず生ゴミ 326 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/15(水) 23:58:42 ID:0UT8Eg4R.net] 与えられて欲しくないという、あなたの願望ですか？ https://ja.wikipedia.org/wiki/陽性適中率 をご覧下さい。 327 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:02:44 ID:OjGN+Ds9.net] IUTTでもおなじみフェセンコ氏がコロナのSIRモデル論じている https://arxiv.org/abs/2004.04583 328 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/16(木) 00:04:18 ID:Y1iriB2t.net] >>309 r=1　なら、全員が病気です。 検査によって、陰性と判断される人もいるでしょうが、 陽性と判断された人は、全て本当に陽性＝病気です。 だから、的中しています。常に１で、問題ありません。 329 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:09:06 .net] >>310 バカペディアをソースにしてる時点で無能低学歴確定 330 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:09:53 .net] >>312 感度0なら陽性者0 バカ丸出しだろこの猿 331 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:11:46 .net] >>310 出典なしの妄想がソースwwwwww 低知能低学歴って全てが空想なのなwwwww 332 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:15:39 .net] >>310 このバカペディアを弄った低学歴猿って確実にベイズの定理を理解してない 333 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:20:16 ID:oinCpTGH.net] 医学誌BMJに掲載された記事によれば、 中国で新規に確認された感染者のうち78％は明確な症状を示さなかったという。 これが本当なら、検査に症状制限を高く設定している場合、 少なくとも78％は感染していても完全に検査体制から排除されていることになる。 偽陰性が野に放たれることを相対的に重大視する検査制限主義者が これを無視するのはいったいどういう理屈からなのか。 334 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:30:18 ID:oinCpTGH.net] >>304 > あんたは感染してもいないのに感染の危険にさらされてもいいのかね？ > 運が悪かったと諦めろと？ それは検査後の扱い、処遇の方法論の問題であって、 検査それ自体がもたらすリスクではない。 例えば、偽陰性の可能性があることを被験者に伝えれば、 検査期間が被験者に陰性のお墨付きを与えていることにもならない。 検査で陰性と出た人も症状があれば経過観察対象にできる。 検査をやれば、検査＋診察＋αで陽性者を漏らしてしまう確率は減る。 検査を制限する手法だと、 自覚症状の素人判断だけで疑わしい人を検証することすら放棄していることになる。 335 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:31:59 .net] >>305 そもそも感度70%とか言ってる時点で論文読めない低学歴猿と確定するからな iina-kobe.com/entry151/ 完全なデマ 336 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:38:23 .net] >>305 > 感度70%程度だから、10人真の感染者が検査をしに来ても、3人は、いわば「お墨付き」で市中に放たれてしまう。 >一方、特異度90%だから、検査を受けに来た非感染者の1/10(←検査を受けた人の1/10にほぼ等しい)は、いわば、 「無実の罪」で、隔離生活を強いられてしまう。 は？ お前の理屈なら感度70%なら10人の真の感染者が検査をしに来たら7人はちゃんと隔離されるんだが？ 陰性的中率出してみろよ猿 そして首吊って死ね 337 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:45:17 ID:oinCpTGH.net] >>305さんの理屈は、 検査推進派が検査だけを拠り所にして結論を出す という仮定を暗黙のうちにしていないか？ 検査推進派がPCR検査だけを 338 名前：絶対視するとどこで主張している？ 検査推進派はあくまでも無症状の人までも検査の機会を与える考えにすぎない。 PCR検査だけでお墨付きを与えるなどとは誰も主張していない。 検査推進反対派はここを巧妙にすり替えている。 [] [ここ壊れてます] 339 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:48:00 .net] >>321 そもそもこいつの陽性的中率自体に何の意味も無いけどな 陰性的中率とやらも出してみればわかる 片方だけ条件付確率で論理をでっち上げもう片方は条件付確率を使わないというトリック 340 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 00:48:16 .net] >>321 しかも感度そのものがデマだし iina-kobe.com/entry151/ 341 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 01:09:50 .net] 感度90%特異度99%だろ https://i.imgur.com/8WRKuMI.jpg 342 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 01:10:28 .net] >>305 特異度90%のソースなし 捏造 343 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 01:26:29 ID:oinCpTGH.net] >>304 > ってか、こういうことを議論するなら定量的にやれよ。数学や統計を > 使わずに定性的な議論をしても無駄。 統計を使った言説のトリックというか詐術の多くは定性的な議論のところにある。 その詐術を数や式の権威を使って覆い隠すパターンがほとんど。 統計的言説で騙されていけないのはそこ。 344 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 01:34:30 ID:oinCpTGH.net] a. 個人の自覚症状 b. 医師の診察 c. PCR検査 という3つのフィルターがあるとする。 検査制限派は、aかbの時点でPCR検査の機会を与えず門前払いする。 これが合理的であるためには、aやbがcよりも精度が高いという前提がなくてはならない。 検査推進派はa, b, cの機会をすべて与えようと努力する。 これら三つの検閲の組み合わせたほうがaとbで門前払いしてしまうより優れていると考えるから。 345 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 04:50:54 .net] なお実際の精度は99.3％ある模様 https://finance.yahoo.com/news/todos-medical-3dmed-enter-coronavirus-170631267.html 3DMed test demonstrated 99.3% sensitivity and 100% specificity in Chinese clinical trial Nucleic Acid test performed on proprietary automated platform to increase throughput CE Mark and China FDA approval have been received; 3DMed in discussions with US FDA and WHO Technology was deployed in Wuhan, China with over 100,000 tests completed Combination coronavirus and influenza A/B testing novel among PCR approaches 346 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 06:27:45.10 .net] >>307 >>328のソースによると感度99.3%特異度100%なので 有病率1%と仮定すると陽性的中率は100%やね はいおつかれ https://i.imgur.com/R45Rlaw.jpg 347 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/16(木) 06:48:30 ID:10nqZrEx.net] >>307 感度と特異度が確定しているという前提が空想だよ。 >274参照 348 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/16(木) 06:57:21 ID:10nqZrEx.net] (1)新型コロナ肺炎に感度100%の所見をひとつ述べよ。 (2)新型コロナ肺炎に特異度100%の所見をひとつ述べよ。 349 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/16(木) 07:00:05 ID:10nqZrEx.net] >>326 同意。これ！ “Statistics are like bikinis. What they reveal is suggestive, but what they conceal is vital.” 350 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/16(木) 07:06:20 ID:Ikob+nf7.net] 面白そうなスレだな 1から読んでみるわ 351 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 07:18:24 .net] >>330 で各国の実データ使うとどうなりますのん？ 352 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/1 ] [ここ壊れてます] 353 名前：6(木) 07:19:05 .net mailto: >>332 ビキニ統計学って本書いてくれ [] [ここ壊れてます] 354 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 10:22:32 ID:6PriXNuy.net] なんか、まともに議論も数学もできない、とてつもないバカが二人混じってるな。 （= >>335,326) idなしのやつの方は人間として終わってるバカだがｗ 困ったもんだ。 355 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 10:36:23 ID:6PriXNuy.net] >>326 君は降雨確率が30%という予報で、雨が降ったら騙されたって言う手合のようだねｗ 「世の中には3つの嘘がある。嘘、大嘘、そして統計である」という言葉があるが、 統計を理解してない人が統計を扱えばそうなっちゃう。 356 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 10:38:53 ID:6PriXNuy.net] >>318 つ>>301 357 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 10:47:34 ID:6PriXNuy.net] >>328 精度じゃなくて感度だよ。しかも試験管のテスト。 PCR検査で感度・特異度ともにどちらもほぼ100%になるのは常識。 検体採取の行程（ヒューマンエラーetc.）まで考慮にいれれば、 感度も特異度も下がる。特に感度のほうはスワブでちゃんと 検体が取れてるかどうかが怪しくて、かなり下がる。 358 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 10:52:20 ID:6PriXNuy.net] 特異度を下げるのはこういうコンタミが起きたりするから。 レアだけど無視できない。 >愛知県ＰＣＲ検査ミス　陰性の２４人を陽性と判定‥１人が陽性患者と同室に https://hicbc.com/news/article/?id=0004D8E4 359 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 11:17:58 .net] >>339 in Chinese clinical trial 360 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 11:19:36 .net] >>339 検体はひとつでは無い 日本では6検体 無知が吠えんな 361 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/16(木) 11:22:34 .net] >>340 確率出してから吠えて 362 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/16(木) 23:31:42 ID:10nqZrEx.net] そのうち、過剰診断と言い出す予感。 福島の甲状腺がんみたいに。 363 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/16(木) 23:33:03 ID:10nqZrEx.net] >331に即答できる人いないの？ 364 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/17(金) 02:11:00 ID:7ANIVQwh.net] >>345 穿った質問に素直に時間かける阿呆が居ると思ってる奴 365 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/17(金) 04:40:45 ID:FGyxpq6I.net] >>346 ロスマンの疫学を読んだことのある人なら答えられるし、 感度特異度の意味を理解していれば自分で答えが出せる。 366 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/17(金) 04:50:30 ID:FGyxpq6I.net] サパイラ 身体診察のアートとサイエンスにも載っているが、こっちは100%の所見ではないな。 367 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/17(金) 06:45:53.79 ID:i6G48nGU.net] >>347 君が書いたらいい 368 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/17(金) 07:04:43 ID:FGyxpq6I.net] サパイラ 身体診察のアートとサイエンスには あらゆる疾患に感度の高い検査（所見）として　10　finger test が挙げられている。 すなわち、指が１０本あれば疾患ありと判断する。 この検査の感度は１００％に近い。新型コロナでも高感度。 369 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/17(金) 07:21:40 ID:FGyxpq6I.net] 身体診察のアートとサイエンス　の　翻訳者のひとりには岩田健太郎がいる。 俺は旧版を原著で読んだ。　 引用すると、 A test with high sensitivity is not necessarily a useful test. The sign “10 fingers” would be extremely sensitive for almost any disease because most patients with the disease will have ten fingers. Very few patients with the disease will have a different number of fingers. Thus, the ratio of true positives (number of patients with the disease who have ten fingers) to the sum of true positives plus false negatives (where false negatives are people who have the disease and do not have ten fingers) 370 名前： will usually be greater than 0.99 (except in a sanitarium for Hansen disease). Yet, common sense tells us that the possession of ten fingers, however sensitive on paper, is not of great use to the diagnostician. Why not? The reason is that most of the people in the world have ten fingers but do not have the disease. [] [ここ壊れてます] 371 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/17(金) 07:34:40 ID:FGyxpq6I.net] >>334 各国の検査数と陽性数のデータがあれば、 β分布のパラメータを以下のように設定してMCMCすれば出せる。 beta(13.6991,9.4661)でmode 0.6, sd = 0.1 beta(36.172,4.908)でmode 0.9 sd = 0.05 東京都で検査を受けたハイリスクグループでの陽性率を出そうしたんだが、 東京都は行政検査数しか公表しないので出す術がない。 372 名前：イナ ◆/7jUdUKiSM mailto:sage [2020/04/17(金) 21:14:42 ID:UUkt12DA.net] コロナが苦手なものはなんだ？　相手の弱点をみつけようよ。乾燥に弱いとか、熱に弱いとか、なんかないの？　前に使った薬がなんで効いてるか、その仕組みがわかったらなぁ。治ってる人や症状改善した人がいるってところになにかヒントがあるよ。 ]∩∩‖ □ ‖;;;;;＼ (-_-)）　　‖;;;;;;‖ (っγυ　 ｡‖╂─╂‖ ]`(_)_)ц~ ‖╂─╂‖ ､■υυ■__‖＼＼＼‖ `＼＼＼＼＼＼＼＼＼`) `＼＼＼＼＼＼＼＼＼/| `＼＼＼＼＼＼＼＼`/ | _＼＼＼＼＼＼＼＼/　L ￣|＼＼＼＼＼＼／|　/ ］| ‖￣￣￣￣‖ | / / __| ‖ □　□ ‖ |/ / ___`‖________‖／_/ ￣￣￣￣￣￣￣￣￣‖ / __________________‖/ 373 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/17(金) 21:32:06 ID:FGyxpq6I.net] >>353 ＞コロナが苦手なもの 知性だな。 台湾の知性が制御している。 374 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/17(金) 22:05:39 ID:TfUPqX9r.net] >>343 オープンなリソース管理はコロナの弱点だろうな 公務員が数ちょろまかしてるような国では強くなれる 375 名前：イナ ◆/7jUdUKiSM mailto:sage [2020/04/17(金) 22:07:42 ID:UUkt12DA.net] >>354罰金刑か。前>>353結局罰金刑しかないか。逮捕して処刑するしかないかなとは思ってたんだ俺も。 ‖∩∩‖ □ ‖;;;;;＼ （(-_-）　　‖;;;;;;‖ （っγυ　 ｡‖╂─╂‖ ■`(_)_)ц~ ‖╂─╂‖ ＼■υυ■_∩∩､＼＼‖ ＼＼＼＼⊂(_ _ )`⌒つ) ＼＼＼＼＼＼＼`υ､＼/| ＼＼＼＼＼`.,､､､＼`/ | __＼＼＼＼彡`-`ﾐっ/　L ￣|＼_＼＼_U,~⌒ヾ　/ ］| ‖￣￣￣￣U~~U / / __| ‖ □　□ ‖ |/ / ___`‖________‖／_/ ￣￣￣￣￣￣￣￣￣‖ / __________________‖/ 376 名前：マイヤービートリス [2020/04/18(土) 16:10:15.81 ID:Joe2nOPR.net] ベイズを議論している人に教えてほしいのだが https://webronza.asahi.com/science/articles/2020032600006.html?iref=wrp_rnavi_new でこの人の計算や解釈は正しいの？ 377 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/18(土) 17:17:45 ID:PWtsyGc9.net] >>ニュースなどで「クラスターで陽性が10人」＝「10人が感染」と素直に受け取ってしまう向きも多いだろう。 >>１万人を検査すると、70人+198人が陽性と判定される。本当の陽性は70人だから、結果が正しい確率は70÷268＝26％ >>正解は、約26％だ。判定が「陽性」でも、本当の感染者は10人中3人以下ということだ。 明らかに誤っている部分がある。 市中感染率を1%と仮定し、その中から無作為に調査を行って、10人の陽性と判断される者を見つけた場合、 確かに、本当の感染者は2.6人程度。 しかし、クラスターが発見され、その周辺から、感染者を探す場合は、事前確率は1%ではない。 どの範囲まで、調査対象を広げるかにもよるが、50%とかが期待される。 仮に50%だとすると、87.5%、陽性と判断された結果は正しい。 378 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/18(土) 17:17:48 ID:vWIoYYH+.net] pr2pv <- function( # prevalence to predicative value pr ,# prevalence sn=0.7, # sensitibity=TP/(TP+FN) sp=0.9) # specificity=TN/(TN+FP) { N=1 # polutaion million, billion,or any proper unit si=pr*N # sick population he=(1-pr)*N # healthy population TP=si*sn FN=si*(1-sn) TN=he*sp FP=he*(1-sp) PPV=TP/(TP+FP) NPV=TN/(TN+FN) PV=c(PPV=PPV,NPV=NPV) return(PV) } > pr2pv(0.01,0.7,0.98) PPV NPV 0.2611940 0.9969174 計算はあってる。面倒だから解説は読まない。 379 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/18(土) 17:37:48 ID:vWIoYYH+.net] クラスターから何人検査して何人陽性であったのかによって結果が違ってくるね。 検査の感度を最頻値0.7標準偏差0.1 特異度を最頻値0.98 標準偏差0.01 有病率は(0,1)の一様分布 を弱情報事前分布(情弱事前分布w)として クラスターから10人検査したら10人陽性であったとき　stanでMCMCした結果 https://i.imgur.com/AaOB2LX.png https://i.imgur.com/yeIgnCX.png 380 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/18(土) 17:41:14.84 ID:vWIoYYH+.net] クラスターから100人検査して10人陽性だった場合 mean se_mean sd 2.5% 50% 97.5% n_eff Rhat prev 0.13475 0.00044 0.05797 0.04287 0.12754 0.27095 17334 1.00010 sen 0.66409 0.00074 0.10423 0.44686 0.67054 0.84855 20036 1.00010 spc 0.97580 0.00007 0.01006 0.95256 0.97714 0.99146 20272 1.00012 p 0.10797 0.00019 0.03044 0.05633 0.10530 0.17455 24621 1.00001 PPV 0.76071 0.00072 0.09797 0.53774 0.77243 0.91536 18317 1.00011 NPV 0.95986 0.00013 0.01749 0.91811 0.96260 0.98585 17185 1.00010 precision 0.94212 0.00013 0.01766 0.90229 0.94405 0.97089 19310 1.00010 pLR 33.28155 0.14736 18.25227 12.71591 28.84717 80.12622 15341 1.00013 nLR 0.34429 0.00075 0.10692 0.15527 0.33782 0.56712 20099 1.00010 DOR 114.74459 0.78412 97.10981 25.95828 89.02272 356.05482 15338 0.99996 lp__ -75.90415 0.01168 1.27866 -79.22234 -75.58340 -74.42549 11979 1.00024 PPVは0.76 381 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/18(土) 17:55:40.37 ID:vWIoYYH+.net] >358の指摘の通り、陽性的中率はその集団の有病率の影響されるから、クラスターの有病率を１％にするのは間違い。 情報がないから、クラスター内の有病率の確率分布を一様分布として計算するとか、母集団の有病率の10倍以内とか設定すればクラスター内の有病率の確率分布が出せる。 クラスタ100人検査で10人陽性、クラスター内の有病率は母集団の10倍以内と設定すると 陽性的中率は、0.684　95％CI（0.497-0.857)と計算された。 382 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/18(土) 18:10:34.06 ID:vWIoYYH+.net] 結局、誤った解説を読む羽目になったｗ 383 名前：マイヤービートリス [2020/04/18(土) 18:18:36 ID:Joe2nOPR.net] >>358 有難うございます。 >>しかし、クラスターが発見され、その周辺から、感染者を探す場合は、事前確率は1%ではない。 この見積もりがキーですね。 >>359,360,361,362 計算有難うございます。 384 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/18(土) 20:40:48.15 ID:iquzLVJz.net] >>358 おいおい、なにも間違ったことは書いてないでしょ。 君の引用の仕方に問題があるんだよ。 >>ニュースなどで「クラスターで陽性が10人」＝「10人が感染」と素直に受け取ってしまう向きも多いだろう。 で一旦段落は終わってるんだから、１万人を検査すると云々という、設定された 「問題」の答えとは直接リンクしてない。君のように勘違いする人はいるかも しれないが、きちんと読めば間違ったことは書いてないことがわかるはず。 どこにもクラスターの有病率が１％だなどとは書いてない。 で、仮に有病率が50%でも、 >「クラスターで陽性が10人」＝「10人が感染」 ではないわけで、引用元の著者の主張はまっとうなものだと思える。 >>364 だから、有病率が高いと見込まれる集団での検査であればいいわけで、 むやみに検査せずにある程度絞り込むべきだ（たとえば、クラスター 感染が疑われる集団を対象にせよ）とまで記事の中で述べられていれば よかったんだろうけど、そこまで書かなかったのは片手落ちだったかもね。 385 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/18(土) 21:33:23 ID:PWtsyGc9.net] もし、記事が、 「ニュースなどで「陽性判定が10人」＝「10人が感染」と素直に受け取ってしまう向きも多いだろう。」 と書かれていたなら、あなたの指摘は正しいだろう。しかし、実際は >> ニュースなどで「クラスターで陽性が10人」＝「10人が感染」と素直に受け取ってしまう向きも多いだろう。 となっている。 クラスターとは、集団の存在、つまり、濃度の濃い部分があることを示唆したものであり、 母集団の感染率をそのまま用いるべきではない点を指摘した。 だから、非クラスターなら、正解だか、クラスターなら正解とは言えないという主旨で書いている。 換言すれば、問題の設定では、 「真の感染率＝1％とする。（検査に至った経緯や、発熱・咳など他の所見は無視する）。」 と書いているのに対し、問題の解説では、「クラスター」を持ち出して解説しているのは、明らかに不適当。 386 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/19(日) 00:22:33.17 ID:eKu2VjGM.net] >>366 クラスターですら、「陽性判定＝感染」ってことではないんだから、その 一文で言いたいことに間違いはない。 でもって、著者は、クラスターの有病率が１％なんてことは一言も言って ないし、そもそも、クラスターについての具体的な解説もしていない。単に ニュースで扱われる文言の例としてそこで１回だけクラスターという言葉が 使われてるだけ。クラスターの検査を否定してる内容でもない。 有病率があがると的中率も大きくあがることについては、記事中のグラフで 示してあるから、情報が示されてないわけでもない。記事の主旨とは直接関係 ないので文章中では触れなかっただけでしょうね。 387 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/19(日) 01:26:51.78 ID:R/sv/z3n.net] 統計全然わからないんだけど、今行われてるPCR検査で陽性と判断されて、本当に罹患してる確率ってどの程度なの？ 388 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/19(日) 01:56:19.99 ID:gn6lsHTI.net] もし、筆者の伝えたいことが、「陽性判定は、即、感染者ということにはならない」　つまり、 「間違えることもある」という点にあるのであれば、あなたの言い分は通るかもしれないが、筆者の力点は、 >>正解は、約26％だ。判定が「陽性」でも、本当の感染者は10人中3人以下ということだ。 を見て判る通り、「陽性的中率が低い」というというところにある。 そのために、感度や特異度、真の感染率などに、具体的な数字を与えているし、問題設定の中では、わざわざ >> （検査に至った経緯や、発熱・咳など他の所見は無視する）。 等と断り、終始定量的な説明が加えられている。 ならばこそ、なおさら、「クラスター」という言葉は使うべきでは無かった。 クラスター周辺での調査と、市中での無作為検査では、陽性的中率が変わってしまうのは、 全体を通して、筆者が言いたいことであっただろうに、にもかかわらず、問題の解説で 前提を崩してしまう「クラスター」という言葉を使ったのだから。 そもそも、ニュースでは、「PCRで陽性が○○人」等という使い方をしていただろうか？ 単に「感染者○○人」だと思う。もちろん、この感染者の中には、偽陽性も含まれているだろうが、 検査陽性者数と感染者数の違いに注目を与えかねない「陽性者○○人」のような報道は記憶に無い。 そう考えると、「誤解の種」を自ら蒔いて、刈り取るかのような記事に見えてきた。 389 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/19(日) 02:31 ] [ここ壊れてます] 390 名前：:27.50 ID:Czp86qrf.net mailto: >>367 クラスターの有病率の事前確率を1%として計算してんじゃないの？ でなければ >判定が「陽性」でも、本当の感染者は10人中3人以下ということだ。 ということにはならない。 [] [ここ壊れてます] 391 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/19(日) 07:50:33.21 ID:Czp86qrf.net] クラスターで１０人が陽性として検査した人数と陽性的中率PPVとの関係をグラフにしてみた。 灰色実線は95%信頼区間境界、灰色点線はPPV＝0.26の線 https://i.imgur.com/T6TDh2r.png 全人口の有病率をクラスター内の有病率にすり替えて、１０人陽性でも感染しているのは３人以下という間違った結論を出している。 わかっていて書いているのか、馬鹿なのか、どちらかは不明。 392 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/19(日) 07:56:38.54 ID:Czp86qrf.net] >>368 罹患の定義による。 他人のゲノムでコンタミネーションが起こったりしていなければ、 あるゲノムのシークアンスが検出されたら罹患というなら、罹患率は１００％ ウイルスとして増殖能力を有しているかは不明、死骸の一部を検出しているだけかもしれない。 393 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/19(日) 08:01:23.85 ID:Czp86qrf.net] >>369 東京都の発表では　感染者数とせず、陽性患者数と表現している。 正確を期すなら陽性者数とすべきだろうな。 https://stopcovid19.metro.tokyo.lg.jp/ 394 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/19(日) 20:39:24 ID:Czp86qrf.net] Natureのこの論文はエクセルとRのコードがついていて自分で再現できるので入力の手間が省ける。 https://www.nature.com/articles/s41591-020-0869-5 感染させる確率分布をガンマ分布を平行移動させた分布として想定して、データから最尤法でパラメータ算出している。 395 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/20(月) 17:39:51 ID:Db3kUO+J.net] >>374 そのプログラムをみていくと 感染させる確率分布を #--- infectiousness, gamma distribution --- # gpar[1:2]: hyper-parameters (gamma) # x : infection time of infectee w.r.t onset time of infector f.Xc = function(x, gpar) { dgamma(x, gpar[1], gpar[2]) } ガンマ分布にしているけど 一人が一人を感染させるモデルだから 形状パラメータgpar[1]は1で固定、つまり、指数分布だと思うんだがどうだろ？待ち時間の分布と同じ考え。 w.r.t = with reference to らしい 396 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/20(月) 19:39:48 ID:Db3kUO+J.net] >>375 補足 ひとりが別の一人に一回感染させるというモデルなので待ち時間の分布の指数分布でいいと思う。 ガンマ分布の形状パラメータ＝１とおけば指数分布になる。 プログラムを書き直してグラフにすると https://i.imgur.com/paErvfa.png 発症前に感染させている確率は47％と原著とあまりかわらないが、そのピークは発症1.6日前という結果になった。 397 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/20(月) 21:40:46 ID:LmPkmRXS.net] >>369 >>正解は、約26％だ。判定が「陽性」でも、本当の感染者は10人中3人以下ということだ。 ああ、確かにそこは問題だな。前段の「クラスターで陽性が１０人」とリンクすると 思われても仕方がない。著者もうかつだとは思うが、有病率により的中率が変わると いう話の内容は間違いではない。 398 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/20(月) 21:52:20 ID:LmPkmRXS.net] >>371 元記事のグラフの有病率0.1のところをみれば的中率が80％越えになってるわけで、 単純に「クラスター」って言葉を軽んじてただけなんだろうね。 https://webronza.asahi.com/photo/photo.html?photo=/S2010/upload/2020032600006_3.jpg 399 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/20(月) 23:44:00 ID:IwCIr2qd.net] >>375 たにんへの感染力の分布なんか数学的にわかるわけないやん？罹患して気道部にウィルスを放出できるくらいのウィルス量が繁殖するのは罹患していきなりなわけがない。 400 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/21(火) 00:05:49 ID:bowf2rRh.net] 適当にSEIRモデル� 401 名前：g張してシミュレーションすれば分かるけどかなり自粛しても感染爆発は起こるよ [] [ここ壊れてます] 402 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/21(火) 02:51:28 ID:7mnZKVUh.net] https://www.youtube.com/watch?v=4B5LTAdM0NE 東大数学科卒の高橋洋一氏が人との接触7割減」の根拠を数式から 語ってるがどう見る？ 403 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/21(火) 06:50:58.83 ID:J5/+FVIQ.net] ガンマ分布：「一定期間に1回起きると期待されるランダムな事象が複数回起きるまでの時間の分布」 複数回でなくて1回だと指数分布だと思う。 何度も感染した症例を扱っているのではないのだから、ガンマ分布のパラメータを求める意味が理解できない。 404 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/21(火) 06:56:00.72 ID:J5/+FVIQ.net] >>380 SEIRモデルだと感染爆発させた方が早期に収束する。死者や感染者は増えるけど。 シミュレーションでは鎖国している前提で4割が感染すればオリンピックは可能だった。 SEIRモデルはEは感染力なし、Rは再感染しないというモデルだからなぁ。 モデルを修正してR->Sの再感染が0.１%あるだけで終焉しなかったな。 しかも、外部から感染力の強いキャリアー（保菌者）が入ってくることはモデルには組み込まれていない。 405 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/21(火) 06:59:16.79 ID:J5/+FVIQ.net] >>379 結局、一定期間に1回起きると期待されるランダムな事象として、その一定期間を推測しているんだろ？ 406 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/21(火) 07:47:46 ID:J5/+FVIQ.net] >>381 SIRモデルって鎖国モデルだから結論は信用できん。 407 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/21(火) 11:00:38 ID:LfxF6Y+G.net] 統計できる人尊敬するわ MCMCとか訳分からん 408 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/21(火) 11:28:48 ID:J5/+FVIQ.net] >>386 統計ってある統計量がほんにゃら分布に従うというのを黙って受容しないと次に進めないよね。 郡内分散と郡間分散の比がF分布に従うとか言われても どうしてかは理解していない。 stanのNUTSとかfrog leapとかわからんままにMCMCさせている。 409 名前：イナ ◆/7jUdUKiSM mailto:sage [2020/04/21(火) 13:30:52 ID:0ilKIHza.net] こういうときこそコンピューターとかに頼らずに一つ一つ数をかぞえて方程式を立て、微分するべきだと思う。 ‖∩∩‖ □ ‖　　 ＼ （-_-)）　　‖______‖ （っγυ　 ｡‖╂─╂‖ ■`(_)_)ц~ ‖╂─╂‖ ＼■υυ■_∩∩､＼＼‖ ＼＼＼＼⊂(_ _ )`⌒つ) ＼＼＼＼＼＼＼`υ､＼/| ＼＼＼＼＼`.,､､､＼`/ | __＼＼＼＼彡`-`ﾐっ/　L ￣|＼_＼＼_U,~⌒ヾ　/ ］| ‖￣￣￣￣U~~U / / __| ‖ □　□ ‖ |/ / ___`‖________‖／_/ ￣￣￣￣￣￣￣￣￣‖ / __________________‖/ 410 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/21(火) 14:53:08 ID:pHehMVs5.net] >>386 sirモデルでは罹患した患者が回復するまでの機会中常に一定の確率(感染率)で遭遇した感受受宿主に感染を広めると仮定して立式してる。 ザックリした傾向を見るならそれで十分だけど、実際のモデルではそんな事はありえない。 感染する確率は患者の体内で繁殖しているウィルス量の増加に従って増えるからその効果を勘案してΓ分布(というかt^c d^x なる形の関数)に応じて感染率が罹患した時点から変化するとするんでしょ？ もちろんコレでも大体の傾向見るにはコレで十分というモデルを臨床例から適当に選んでるだけでしょ？ 実際には未来永劫感染力を持ち続けるなんて事があるはずないし、罹患初期のウィルス量の増え方はおそらく指数関数的に増えるものを採用すべきだろうし。 411 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/21(火) 14:54:06 ID:pHehMVs5.net] mcmc 412 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/22(水) 08:56:14 ID:0tlpvLKp.net] >>388 無理無理。 カブトガニVSシオマネキ論争はコンピュータの計算結果で決着がついたよ。 413 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/22(水) 13:23:53 ID:0tlpvLKp.net] 週末は休むとか週間変動の影響を除くために１週間の移動平均で線形回帰して片対数 414 名前：グラフにすると https://i.imgur.com/7VwfswD.png 自粛の効果がでてきているな。　多分、検査自粛の効果だろうな。 [] [ここ壊れてます] 415 名前：イナ mailto:sage [2020/04/22(水) 19:51:00.75 ID:iq1GZOqA.net] ‖∩∩ ‖ □ ‖前>>388 （(-_-)‖　　‖______ （っ⌒⌒ﾞ　 ｡‖╂─╂ ■`(_)_)ц~　‖╂─╂ ＼■υυ■_∩∩､＼＼＼ ＼＼＼＼⊂(_ _ )`⌒つ､ ＼＼＼＼＼＼＼`υ､＼＼＼＼＼＼＼＼＼＼＼＼＼＼＼＼`>>391カブトガニでもシオマネキでもシュクメルリでも微分するのがいちばん強力だと思う。 416 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/23(木) 04:58:29 ID:3vcirHk0.net] >>393 これを微分で解いたら、ネ申か狂人だろな。 AからHの8人はそれぞれ正直者か嘘つきであり、誰が正直者か嘘つきかはお互いに知っている。 A,B,C,D,Eは嘘つきなら必ず嘘をつくが、F,G,Hは嘘つきでも正しいことを言う場合がある。 次の証言から確実に正直者と断定できるのは誰か？ A「嘘つきの方が正直者より多い」 B「Hは嘘つきである」 C「Bは嘘つきである」 D「CもFも嘘つきである」 E「8人の中に、少なくとも1人嘘つきがいる」 F「8人の中に、少なくとも2人嘘つきがいる」 G「Eは嘘つきである」 H「AもFも正直者である」 417 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/23(木) 08:28:17 ID:3vcirHk0.net] CTとPCRの一致係数（κ値）を信頼区間つきでMCMCしようかと思ってスクリプトを書いたはいいが 肝心なデータがない　：（ 事前分布を一様分布にするのには異論があるかもしれん。 library(rjags) kappa.model=' model{ A ~ dbeta(1,1) # A:Pr[CT+], 1-A:Pr[CT-] B ~ dbeta(1,1) # B:Pr[PCR+|CT+] C ~ dbeta(1,1) # C:Pr[PCR-|CT-] p[1]=A*B # CT+PCR- p[2]=A*(1-B) # CT+PCR- p[3]=(1-A)*(1-C) # CT-PCR+ p[4]=(1-A)*C # CT-PCR- y[1:4] ~ dmulti(p[],n) # multinominal distribution po=(p[1]+p[4])/n # observed agreement pe=(p[1]+p[2])/n*(p[1]+p[3])/n + (p[3]+p[4])/n*(p[2]+p[4])/n # coincidence kappa=(po-pe)/(1-pe) PABAK=2*po-1 # Prevalence Adjusted Bias Adjusted Kappa } ' writeLines(kappa.model,'kappaj.txt') 418 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/23(木) 10:37:41 ID:3vcirHk0.net] 中国には特異度１００％の検査キットがあるんだってね。 すべて陰性にでるようにセットされていると。 419 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/23(木) 13:51:17 ID:3vcirHk0.net] 新型コロナ患者を治療している病院に100人の職員がいる。 検体採取器具は5人分、試薬は1回分しかないとする。 無作為抽出した5人の職員から採取した検体を混合して検査したら陽性であった。 職員の陽性者数の期待値を求めよ。 また、50人以上の感染者いる確率はいくつか？ 検査の陽性率はハイリスク群に検査している東京の数値2457/6654を使って計算せよ。 https://i.imgur.com/zYK75Lo.jpg 420 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/23(木) 13:53:25 ID:3vcirHk0.net] >>397 こんなグラフになった。 https://i.imgur.com/gortYDb.png 421 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/23(木) 17:36:48 ID:3vcirHk0.net] >>397 これであってるかな？ > # 期待値 > integrate(function(x) x*pdf(x),0,100)$value [1] 37.13 > # 50人以上の確率 > integrate(pdf,50,100)$value [1] 0.0041903 > c(HPDI.lower=lwr,HPDI.upper=upr) # HPDI HPDI.lower HPDI.upper 27.778 46.558 422 名前：１３２人目の素数さん mailto:sage [2020/04/23(木) 22:02:05.89 ID:MtjaFZpr.net] レベル低 423 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/24(金) 02:55:58 ID:juJsFFfP.net] 慶応大の調査で、コロナ以外で来院した人をPCR検査したところ 4/67の確率で要請だった 東京都内1500万のうち何人くらいが感染しているか推定せよ 424 名前：１３２人目の素数さん [2020/04/24(金) 03:18:37 ID:XPGerQAq.net] 岩田健太郎・� 425 名前：_戸大学教授『東京はすでに20万〜400万人感染の可能性』 https://leia.5ch.net/test/read.cgi/poverty/1587664106/ [] [ここ壊れてます]

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