ファイルサーバだったら書き込む際に文字コード指定して 書き込めばいいだけだし、 POST とか URL のエンコードがうまくいかないのは html の form で文字コードをちゃんと 指定してないからで Mac のせいじゃないよね。 Google で検索するときは windows からでも mac からでも 日本語で検索出来るわけでさ。
まあそれはともかく、悪い事は言わないから Windows だけで済まない場合は もう Shift-JIS を使うのは止めて全部 Unicode ベースにしたほうがいいと思う。