>>776 HDDをつないでいるのは 02:0a.0 RAID bus controller: Silicon Integrated Systems [SiS] RAID bus controller 180 SATA/PATA [SiS] (prog-if 85) 00:14.1 IDE interface: ATI Technologies Inc Dual Channel Bus Master PCI IDE Controller (prog-if 88 [Master SecP]) どっち? BIOSの設定を変更すると、この辺のPCI IDが変ると思うけど。
2.6.23でAHCIにすると見えるようになったということは、 combined modeで動かなくなったということですよね。 ということは、linux-ata.org/faq.html の ・(newer choice, with less field testing) が動かなくなったということで、"just works"のために 報告すべきでしょう。