量子化学の話題はこのスレで　MP8

1 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/07(火) 23:01:51 ] もういいよね・・・。 ○ 過去スレ ○ ！量子化学の話題はこのスレで！ science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1000923327/ 量子化学の話題はこのスレでパート２ science2.2ch.net/test/read.cgi/bake/1069578310/ 量子化学の話題はこのスレで MP3 science3.2ch.net/test/read.cgi/bake/1083363576/ 量子化学の話題はこのスレで CCSDTQ science4.2ch.net/test/read.cgi/bake/1104533051/ 量子化学の話題はこのスレで MP5 science6.2ch.net/test/read.cgi/bake/1151263236/ 量子化学の話題はこのスレで MP6 kamome.2ch.net/test/read.cgi/bake/1251713146/ 量子化学の話題はこのスレで　MP7 kamome.2ch.net/test/read.cgi/bake/1285869537/ 2 名前：あるケミストさん [2010/12/08(水) 20:15:06 ] 前回はなんで落ちたの？ 3 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/08(水) 21:53:44 ] みなさん復活してましたね。 4 名前：あるケミストさん [2010/12/16(木) 19:20:08 ] age 5 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/20(月) 23:15:54 ] 俺、バリバリの合成屋なんだけどさ エネルギーとか構造最適化とか計算してみたいんだよ なんかｵｽｽﾒの入門書ないですか？ 量子化学は学部でやったくらいであまり覚えてない 6 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/21(火) 01:02:48 ] 合成にどっぷりつかってる人が入門書であっても量子化学の本が読めるのだろうか？ 煽りじゃなく純粋にそう思うのだが。 7 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/21(火) 02:58:20 ] エネルギーとか構造最適化とか計算してみたいだけならば 量子化学の本なんて読まなくてもダイジョウブw 8 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/21(火) 21:40:12 ] ごめんなさい 量子化学の本じゃなくて、 「++の計算のときには波動関数を###にして、基底関数が***」みたいな知識が欲しいです 原理はそこそこで実用メインなのありませんか？ 『gaussianプログラムで学ぶ情報化学』ってのがあまりにも内容端折りすぎてよく分からん >>6 合成屋といっても学部やら院やらで一通りはやってるはずですからね みんなそれなりに理解できるんじゃないでしょうか 俺はノート引っ張り出して睨めっこすることになりそうですがｗ 9 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/22(水) 12:59:02 ] 量子力学も量子化学も理解してないであろう学部1回生がGaussianを 使って計算してるの見たことある(研究下請けで)。 知り合いに使い方教えてもらう、講習会に行く、でどうにかなるのでは？ 10 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/24(金) 01:52:23 ] 合成屋だったら、B3LYP/6-31G(d,p)またはcc-pVDZだけで足りるだろw 11 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/26(日) 17:37:41 ] >>5 すぐできる 量子化学計算ビギナーズマニュアル ecx.images-amazon.com/images/I/41QQ04S27GL.jpg www.blueocean.bz/worm/home/about/406154330X 12 名前：あるケミストさん [2010/12/27(月) 21:15:53 ] 量子論に基づく無機化学 -群論からのアプローチ この本ってもう読んだ？良さそうなので買っては見たもののなかなか読み進められない… 13 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/28(火) 01:11:47 ] >>9 なんか羨ましい一回生だ 14 名前：あるケミストさん [2010/12/28(火) 07:41:10 ] 量子力学と量子化学の違いを教えてください。 15 名前：あるケミストさん [2010/12/28(火) 19:02:19 ] 量子力学：物理の一分野、巨視的な古典力学（ニュートン力学ma=Fとか） に対して微視的な電子、光速に近い運動なんかを記述することができる。 量子化学：化学の一分野、量子力学を実用化したもので、反応は電子より 構成される結合が変化するものだから、反応の予想や反応機構なんかを 推定できたりする（こともある）。 16 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/28(火) 19:32:22 ] 量子化学⊂量子力学でおk？ 17 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/28(火) 19:38:37 ] 量子力学を化学に応用したのが量子化学です 18 名前：あるケミストさん [2010/12/28(火) 19:43:18 ] >>16 いや内包されているとはいいがたい気がする 量子力学を骨格にしているとはいえ、そこから派生した概念も多いと思う たとえば、分子軌道論や配位子場理論なんか量子力学では触れないはず 19 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/28(火) 20:43:01 ] 俺のイメージ 量子力学　原子的 量子化学　分子的 20 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/28(火) 21:14:03 ] 俺のイメージ 量子力学　わからない 量子化学　めんどくさい 21 名前：あるケミストさん mailto:sage [2010/12/29(水) 00:39:22 ] >>11 ありがとうございます さっそく本屋で買ってきますた 字の密度がﾊﾟﾈｪｗｗｗ 22 名前：あるケミストさん [2010/12/30(木) 15:31:48 ] CASやっている奴いますか？ 23 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/05(水) 16:31:11 ] GaussianのCASは使いにくい 24 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/06(木) 21:39:00 ] >>23 どのプログラム使っていますか？ GaussianのCASはログがでかすぎてダメ。 25 名前：あるケミストさん [2011/01/07(金) 18:15:03 ] >>24 GAMESS。結構細かい設定できるし、MRMPもつかえるし 26 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/08(土) 21:27:39 ] >>25 なるへそ。 励起状態の構造最適化はどうでしょうか？ 27 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/14(金) 23:58:37 ] AM1法とか計算化学について概説してくれているお勧めの教科書ってありませんか？ 28 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/16(日) 15:58:38 ] 反応設計への適用を考えています 分子量100〜500程度の構造最適化・TS計算をやってエネルギーダイアグラムを作成したいです とりあえず100万の予算がおりたのですが 　Ubuntu x64/core i7-980X／DDR3(1333MHz) 12GB／SSD(MLC) 40GB 　Gaussian 09／Gaussview 5 あたりで大丈夫でしょうか 新設課ということもあって、会社もお試し程度と考えています 「並列環境は実績を作ってから」とのことでした 29 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/16(日) 16:39:52 ] >>28 HF/STO-3G? 30 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/16(日) 17:34:00 ] >>29 できれば 構造最適化にB3LYP/DZP エネルギー計算にCCSD(T)/TZP を使いたいのですが・・・ やはりパソコンではHF程度が限界なのでしょうか 31 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/16(日) 17:46:34 ] >>28 なんで，予算あるのにXeon買わないの？ それとあわせて，メモリ大量に積むなら適当に 会社経由でDellあたりから購入したほうがお得にみえる． あと，Gaussianのunix用の値段って懲罰的に高いから 予算次第では泣く泣くwindowsにしてしまった方がマシと言う考え方も． ところで，100-500分子でB3LYP/DZPは厳しくないか？ さらに，CCSDとかパソコンとか関係なく死にたいとしか思えない． 32 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/16(日) 19:20:23 ] >>31 ご意見、ありがとうございます Xeon x5680とメモリ増やす方向で調べてみます 私もできれば普段使っているwindowsの方が安心しますが 　大規模計算ベネフィット＞ライセンス料38万円＋心理的安心 となることを信じてLinuxで見積もっているところです そして CCSDは無理としても、DFTで最適化すら厳しいのでしょうか 素反応ができるだけ簡単なものを選択して、かなりモデル化もしようと思っています （まずは計算化学が合成現場に生かせることを示さないといけないので） シングルコアでこのような考え方の反応設計が ・分子量によっては何とかなる ・明らかに無謀 かどうか、ご意見を承りたく思います 33 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/16(日) 19:54:42 ] 分子量100-500なのね．100-500原子と勘違いした． 分子量100-500で普通のB3LYPで構造最適化くらいなら 基底にもよるけど余裕と思われ． 34 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/16(日) 20:59:17 ] >>33 ありがとうございます DFTでの可能性はあるということですね 最後にコア数についてお聞きしたいのですが 計算化学を行っている会社は一般的にどの程度のCPU数を用意しているのでしょうか ttp://www.hpc-technologies.co.jp/case-studies/Case-studies-ap-gaussian.html ここによると128コア導入している所もあるそうで・・・ まだまだ先の話ですが、当方の最終目標として ・目的化合物の合成経路探索 ・SBDD を行えるシステムを構築したいです そのための必要マシン数やサーバルームの広さの目安を知っておきたいのですが 35 名前：あるケミストさん [2011/01/28(金) 08:11:14 ] >>34 会社員じゃないからわからないんですけど、 GaussianでDFTならひとつの計算につき4coreもあれば十分ではないかと。 今ちょっと調べてみたら、550基底のDFT optがopteron x 2で７時間くらいでした。 これは簡単な分子だけど、長くても一日もあればこの性能のマシンで一つの構造は出ると思います。 てか、企業ならGaussianを買うのに100万じゃ足らないんじゃないですか？ ttp://www.gaussian.com/g_prod/prix/comm_usa.pdf ここを見ると$15000になってます。 36 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/29(土) 11:06:51 ] 「大きさについて無矛盾」とは理論的に導かれたのでしょうか それとも計算して初めて分かるものなのですか 37 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/29(土) 19:36:32 ] >>35 ちょいと特殊な形態の事業ということで安く買えるのです それだけに書類と社内調整が大変なことになっています・・・ ああ実験室が恋しい 実は今の計画とは別にフリーウェアを主要にする方法も考えてまして 予算の大半を計算機に投入しようという案も練ってました 結局これは「アフターケアが受けられるように市販品を使うべし」と反発されてます とりあえず目を付けたGAMESS、MOLEKEL、autodockは主力に使えますでしょうか もしくはフリーウェアで良いものがあれば教えていただきたいです （fireflyが計算速度が速いと聞いて調べ中） 目的は当面>>32です 38 名前：あるケミストさん [2011/01/30(日) 07:02:57 ] >>37 GAMESSの構造最適化はGaussianに比べてかなり貧弱なので、 今の目的のためにはGaussianを買うべきだと思います。 MOLEKELはGaussViewがあれば不要です。 autodockは使ったことがないのでよくわかりません。 他にも、VMD、Avogadro, Winmostarなどのソフトもありますが、 構造の図示や軌道の図示はGaussViewで全て可能だと思います。 個人的には、Xeonを一台買うよりも、CCSD計算は諦めて、 Core i7を複数台買ったほうが研究が捗ると思います。 Gaussianの並列化方式の性質上、１台につき１ジョブのほうが、効率が良いですし １ノードに８コアもあっても使い切れません。 例えば、Univ2000という大学向けのWSを提供しているサイトでは、 Xeon１台でCore i7が３台くらい買えます。 ご参考までに。 39 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/30(日) 23:28:06 ] >>38 ありがとうございます！ 見積もりの大変貴重な参考となります GAMESSは・・・貧弱なのですね やはりGaussianを買ったほうがいいのか（´；ω；） そして、さようならCCSD ところで LinuxにGaussianをインストールして、Cygwinで端末と繋ぐのは初心者には難しいことでしょうか 恥ずかしながら私は学生の頃にセットアップ済みのマシン（確かvine）を扱ったことしかありません なので、今回もGaussianがインストールされたマシンを納品してもらうつもりで調べていました ですがPCとソフトウェアのみ購入となれば、けっこうな額が他に回せます 量子計算の本は何冊か買って読みふけっていますが、Linuxの操作まで勉強が及んでいません まだプロジェクトスタートには時間があるけど間に合うのだろうか・・・ ITテクニシャンが一人欲しいﾃﾞｽ（｀；ω；´） 40 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/01/31(月) 08:36:30 ] >>39 端末がWindowsならTeraTermで十分じゃないでしょうか。 GaussView使うことだし。 まあCygwinいれるのもいいけど、インストールはネット上に 解説が結構あるので楽にいきます。 ネットワークインストールだとネットワークの環境により時間が かかります。 41 名前：あるケミストさん [2011/02/01(火) 01:22:26 ] >>39 >>40の方も仰られていますが、Winからつなげるには、TeraTermやputtyで良いと思います。 ファイルの転送にはwinscpあたりを使うことになるでしょう。 もし、X windowが必要ならばcygwinを入れるのが良いかもしれません。 むしろ、計算機側の設定に苦労すると思います。 複数台ある場合は、NFSでファイルを共有して、Torqueなどのバッチキューイングシステムで ジョブの管理をすることになると思いますが、linuxに不慣れだと結構苦労するかもしれません。 ただ、これらの情報はかなりネットにあるので、よく調べれば不可能ではないと思います。 42 名前：あるケミストさん [2011/02/06(日) 22:12:36 ] 一次元シュレーディンガー方程式を井戸型ポテンシャルで解いて ブタジエンの最低励起エネルギーを近似的に求められることから思いついたのですが 円柱座標系でそれこそ井戸そっくりのポテンシャルを組んで ベンゼンの最低励起エネルギーをも近似的に求められるでしょうか ためしにやってみようかと思っているのですが 43 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/06(日) 22:44:59 ] >>40-41 ありがとうございました 業者と打ち合わせするときの貴重な前提知識となりました 無知でもボッたくられることはない？と思いますが、これで安心してミーティングできます 44 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/07(月) 02:41:07 ] >>42 計算できるなら聞くまでもなく試しにやってみたらいいんじゃない？ 45 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/07(月) 02:48:58 ] 円柱座標・・・三次元の自由電子モデルか。 46 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/07(月) 04:30:08 ] >>42 結果が出たら報告お願いします。 47 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/07(月) 09:06:21 ] GAMESSでTDDFTのOPTIMIZEはRHFでしか出来ないようですが、有機化合物の励起状態の 構造最適化にRHFを使って正しい構造は得られるんでしょうか。 それと上でGAMESSは貧弱って話が出てますが、論文に載せるような計算をするときは やはりGaussianやSpartanのような有償ソフトでないといけないんでしょうか。 48 名前：あるケミストさん [2011/02/07(月) 18:45:37 ] >>47 モノによるんではなかろうか。RHF使うなら一重項励起状態はかける。 それからGAMESSは確かに一部の機能は貧弱だけど逆にGAUSSIANにない機能もついてたりするし、ケースバイケース。 49 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/07(月) 20:40:21 ] >>44>>45>>46 それで皆さんの意見を聞きたいのですが ベンゼン環は六角形ですが、簡単のためポテンシャルは円筒形の井戸に近似して ベンゼン環の中央は電子密度も十分に濃いと考えてポテンシャルは入れないつもりです まぁやってみないともちろん分かりませんが、この仮定に関して意見を聞きたいです ちなみに検証に使いたいので、正確な励起エネルギーが乗っている文献を 知っているようでしたら教えてください 50 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/07(月) 20:57:13 ] 励起状態の構造最適化ってどうやるんですか？？ Gaussianを使ってますが、専門が有機化学なのでそこまで詳しいわけではないんです。 独学で基底状態の解析は一通り出来るようになったのですが、励起状態解析にチャレンジ しようとしていきなり躓きました・・・。 すみませんが、どなたかご教授頂ければ嬉しいです。 51 名前：47 mailto:sage [2011/02/07(月) 22:43:19 ] >>48 研究室にはSpartanしかなく、出来ない計算が多いのでGAMESSを試していたところでした。 オールインワンなソフトはなかなか無いんですね。お返事ありがとうございました。 >>49 ブタジエンの例は共役内をパイ電子が自由に動き回れると仮定して一次元井戸型 ポテンシャルを使っていたと思います。 ベンゼンのパイ電子が共役を超えて円柱内を自由に動き回れるとは思えません。 ただうまく円柱型ポテンシャルを作ってやれば案外近い値は出るのかもしれません。 ぜひやってみて結果を教えてください。 52 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/07(月) 23:30:12 ] >>51 ご意見ありがとうございます はい、ブタジエンの例は一次元シュレーディンガー方程式を 井戸型ポテンシャルで解いた際に応用例として挙げられていたので 同じようにベンゼンでも簡単に近似できるのではないかと考えた次第です >円柱内を自由に動き回れるとは思えません。 これに関しては僕も疑問に思っていました。単純な円柱型で精度が悪いようであれば さらにその中央にも円柱ポテンシャル(ベンゼンのど真ん中の電子雲は薄い) を配置して解いてみてもいいかと思っています 貴重なご意見ありがとうございました 53 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/08(火) 01:21:25 ] 何だかおぞましいことが行われつつあるみたいだけど 有機の業界ではただのアクセサリーだろうから構わないんだろうか 54 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/08(火) 04:08:19 ] HFもDFTも結局は近似なんだしいいんじゃないの 使えるかどうか判断するのは、実際に計算してからでいいんだし 55 名前：あるケミストさん [2011/02/08(火) 09:10:54 ] 多分、私がGAMESSの構造最適化がGaussianに比べて貧弱と書いたせいで、 いらぬ誤解を招いたようですが、多配置計算などではGAMESSはGaussianよりも優れています。 言葉足らずですみませんでした。 >>50 GaussianならTDとoptで一応それっぽいのはできると思いますよ。 ただし、基底状態の構造から大きく離れる場合（二重結合がねじれるなど）は、 初期構造に気を配らなければならないと思います。 定性的な議論なら耐えられると思いますが、どうなんでしょうか。 専門家の意見を求めたいところです。 56 名前：50 mailto:sage [2011/02/08(火) 11:10:00 ] >>55 50の質問をした者なんですが、インプットの作り方が分からないんですよ。 TDとoptを一緒に入れたら必ずエラーが出てしまって・・・ 57 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/08(火) 19:06:00 ] >>56 それじゃTDDFTやめてCISにしなさい。 定性的には議論できる。 #cis(root=1)/sto3g opt 58 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/08(火) 23:27:03 ] シュレーディンガー方程式を三次元で解くのきついわ 極座標のラプラシアンの次には偏微分方程式…境界条件、接続条件、規格化etc. まだまだ道のりは遠いなぁ 59 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/08(火) 23:42:45 ] おいｗｗ プログラムで数値解析するんじゃなかったのかｗｗｗ 60 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/09(水) 02:42:20 ] HFやDFTを自由電子モデルと一緒に並べてみるとか 計算してからでないと判断できないとか 精度を上げるために円柱ポテンシャルを追加するとか もしかして君たちは莫迦なんですか？ 61 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/09(水) 09:12:29 ] 莫迦というのなら、何か建設的な意見書いてスレのレベルをあげなさい 62 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/11(金) 11:45:47 ] すみません 研究室にあったGaussview5→Gaussian09wで遊んでたんですが HFやDFTで構造最適化できた化合物がMP4やCCSDでは 「Severe Error #2070」が出ます HULINKSのテクニカルサポートに「スクラッチファイルが大きすぎる可能性あり」とあったので %rwf=D:\scr,245mw,C:\scr,245mw とキーワードを追加してみたのですがやはり2070エラーで止まります これはスクラッチディスクの記述方法が間違っているのですか？ 63 名前：あるケミストさん [2011/02/12(土) 08:20:53 ] >>62 単純に分子が大きすぎて、お手持ちのデスクトップではMP4やCCSD計算ができないものと推察されます。 どれくらいの基底関数の場合に、どれくらいのメモリやディスクが必要かを知るためには、例えば doi:10.1016/j.cpc.2007.03.001 の論文などを参照すると良いでしょう。 64 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/13(日) 20:16:29 ] AIM計算で訳分からないエラーが出て計算が止まります。 具体的には 「THE MOLECULAR GRAPH IS DISCONNECTED ... ABORTING! Error termination via Lnk1e in d:\program\」 というものです。これ、何なんでしょうか？ 65 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/15(火) 06:21:49 ] 物性物理系でバンド計算やってるって論文読んでると ちょいちょい計算で使用したはずの基底関数に言及してないことがあるんだが そういう時は暗黙のうちに平面波だったりするんだろうか？ 66 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/15(火) 23:10:11 ] >>63 遅くなりましたがありがとうございました 図書館に探しに行ってきます 67 名前：あるケミストさん [2011/02/18(金) 20:25:19 ] >>59 数値解析するなんて技術ないですwww そもそもジュレーディンガー方程式を解析的に解く練習なので 偏微分方程式がなかなかきついです、いまはベッセル関数を規格化してます 68 名前：あるケミストさん [2011/02/18(金) 23:33:05 ] ジュレーディンガー方程式ｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗｗ 69 名前：あるケミストさん [2011/02/19(土) 00:05:24 ] >>68 なんかプルプルしてそうな方程式になってしまったwwwwwwwwwwwwwwwwwww 70 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/19(土) 13:29:36 ] ディラック方程式を基にした計算ってできるんですか？ 71 名前：あるケミストさん [2011/02/19(土) 21:05:55.70 ] できそうな気はするけど化学者には重そう 手持ちの初等的な量子化学の本にはなかった 72 名前：あるケミストさん [2011/02/19(土) 22:07:34.94 ] 化学者ばかにすんな！勝手に化学者の限界きめてんじゃねー！ 73 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/19(土) 22:14:44.01 ] 「化学者には」無理だと言うなら、物理学者はちゃんとできるんだろうな？ 74 名前：70 mailto:sage [2011/02/20(日) 00:15:46.87 ] あ、すいません 荒れそうなんで質問を正しく書き直します gaussianとかgamessとかで、ディラック方程式を基に計算できるのですか？ 単なる思い付きです 特に深い意味はありませんので 75 名前：あるケミストさん [2011/02/20(日) 00:33:53.96 ] と、このように化学者は物理系に永遠に馬鹿にされる運命にあるようだ 76 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/20(日) 00:39:11.42 ] 物理屋は合成とか無理だからな。 合成と計算の両輪で研究できる化学の方が より現実に近いんだよ。 77 名前：あるケミストさん [2011/02/20(日) 00:57:32.09 ] 物理屋はそもそも泥臭い合成なんてしたがらないから。 崇高な理論とか計算とかがお好きなんだろ 78 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/20(日) 01:19:49.83 ] >>74 ディラック方程式を解いて何を求めたいのかわかりませんが、 相対論効果なら近似的にDouglas-Kroll法が使えたと思います。 DK用の基底関数もありますし、量子化学計算における相対論効果の取り込みは それほど珍しいテーマでもないでしょう。 GaussianならばIntegralのキーワードで指定ができるはずです。 79 名前：70 mailto:sage [2011/02/20(日) 10:09:41.80 ] >>78 ありがとーございます 別に何を計算したいってわけじゃないです 本を読んでいたときに何となく思いついた疑問でした 80 名前：あるケミストさん [2011/02/21(月) 00:20:18.82 ] 相対論といえば金の金色も相対的な効果から来るらしいから ディラック方程式とか解かないとそのスペクトルの理論値はでないのかねぇ 81 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/21(月) 00:23:51.88 ] うーん、レベル高いな、皆様方。 有機化学が専門って事もあり、話になかなか ついていけないわ。 82 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/21(月) 01:08:51.68 ] まあ専門ってのは狭く深くだから仕方ない。 83 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/21(月) 11:49:52.25 ] やっぱり有機化学でやってる程度の計算化学って、 量子屋さんにとってはショボイもんに見えるの？ 84 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/21(月) 12:32:02.06 ] 大切なのは計算が複雑・難解な事ではなく、目的を達せられればそれでいいのではないですか。 ショボイかショボくないかなんて観点で見る必要がないのではないですか。 85 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/21(月) 17:10:44.34 ] 有機化学で計算やってる俺に言わせてみれば 簡単な方法で予測できるのが一番いい ショボイ方法で十分とか最高じゃね？ 86 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/21(月) 17:32:34.95 ] 俺も有機系で計算やってるけど、オプトとかDFT/6-31G(d)ぐらいで 十分な予測ができるし、実測値との相関も悪くない。 87 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/22(火) 03:07:45.21 ] でも安易に計算に流れる最近の傾向には危険も感じるよ やはり実験で可能なギリギリまで絞り込んでから最後に計算する程度が望ましい それも可能ならばDFTでないほうがベター 大概そうであるように、ただのアクセサリーならば何も言わないけどなｗ 88 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/22(火) 06:30:11.94 ] 87 お前の意見は理由が全く無いのな。 ただそうなんだとか言っても、納得されないでしょ？ 89 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/22(火) 07:55:59.62 ] >>83 量子屋さんから見る量子化学って， 実験値を予測したいという目的がはっきりしすぎてるから，場合によっては， 壮大なパラメータフィッティングと揶揄したくもなるんじゃねえの． レベルという意味では別に劣ってはいないと思う． 物性物理屋さんがよく使うDFT+基底の組み合わせだと 有機分子の計算結果が明後日なことになるし． 90 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/23(水) 02:38:44.11 ] >>88 ん？ どの部分が分らないんだ？ 教えてやってもいいぞw 91 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/23(水) 05:14:33.59 ] とりあえず、それぞれの文章に『なぜ』を 付けてみては？ 92 名前：あるケミストさん [2011/02/24(木) 01:22:10.77 ] 光って波と粒子の二重性を持ってますよね？ では、真空管の中を通る光(光子)があるとき、その状態は本当に真空状態になるんですか？ 光子という粒子が真空管内の空間に存在する以上、真空とは言えるのですか？ 93 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/24(木) 01:24:59.01 ] そもそも真空管の中は真空じゃないんだが 94 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/24(木) 01:33:00.30 ] そもそも空間から物質を完全に取り除いたとしても、真空の揺らぎによって真空は破れる 95 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/24(木) 01:35:09.98 ] >>91 DFT(あるいはB3LYPなどのad hocな汎関数)の精度、信頼度が不十分だから 同上 同上 素人の計算を真に受ける必要はないから 96 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/24(木) 11:08:29.97 ] でも安易に計算に流れる最近の傾向には危険も感じるよ なぜなら「DFT(あるいはB3LYPなどのad hocな汎関数)の精度、信頼度が不十分だから」 やはり実験で可能なギリギリまで絞り込んでから最後に計算する程度が望ましい なぜなら「DFT(あるいはB3LYPなどのad hocな汎関数)の精度、信頼度が不十分だから」 それも可能ならばDFTでないほうがベター なぜなら「DFT(あるいはB3LYPなどのad hocな汎関数)の精度、信頼度が不十分だから」 こういうこと？日本語として成立して無いじゃんｗ 97 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/24(木) 21:08:04.80 ] 密度汎関数法の精度や信頼度ってのは何で判断するわけよ？ みんなが使っているから信頼できるってのは分かる。 98 名前：あるケミストさん [2011/02/24(木) 23:41:02.72 ] gaussianで蛍光波長求めるインプットファイル教えて下さい。 下記でやってもすぐにエラーで終わります。 # opt td(Nstates=5,direct) B3LYP/6-31G 99 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/25(金) 01:34:24.08 ] >>96 頭わるいんだな 100 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/25(金) 08:05:53.34 ] 99 ほら、また理由がないよww 量子化学って理由無しに言い散らかせば 勝ちなの？ 101 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/25(金) 11:25:24.44 ] 荒れてるなあ… 102 名前：あるケミストさん [2011/02/26(土) 01:09:53.14 ] >>98 経験がないのでわかりませんが、TD=directというオプションはないようです。 CIS=directと間違っていませんか？ 溶液ありの場合の手順が、 ttp://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scrf.htm に記載されているようですので参考にされてみてはいかがでしょうか。 103 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/02/26(土) 09:52:10.47 ] error 104 名前：あるケミストさん [2011/03/01(火) 01:43:04.11 ] うーんうまくいかない 105 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/01(火) 02:15:12.33 ] ベンゼンの近似計算のものです、中間報告 二次元シュレーディンガー方程式を極座標にて井戸ポテンシャルで解きました。 動径関数と角度関数に変数分離できて、エネルギーについては次式となりました。 E=((JZn,m)^2(hbar)^2)/(2er^2) JZn,m : n次ベッセル関数を0にするm番目の値 (n=0,1,2,...) hbar : ディラック定数 , e : 電子質量 , r : 井戸の半径(ベンゼンの結合距離) いくつかの文献で確認したので得られた式は間違っていないと思います mは波動関数の二乗の山の数を表しているので,これが軌道に対応するようです nは角運動量を表しているらしいですがよくわからないので0に固定しました。 ベンゼンはπ電子が六個あって三番目の軌道まで埋まるから最高占有軌道はm=3のE3 最低空軌道はm=4のときのE4だから遷移エネルギーΔE=E4-E3と求まって このΔEから波長を求めてベンゼンの極大吸収波長と比較しましたが桁まで合わない始末です おそらくm,nの解釈を誤っているようなので、今後精査してみる予定です 何か指摘等ありましたらお願いします 106 名前：あるケミストさん [2011/03/02(水) 20:54:25.98 ] ↑訂正します ベンゼンの結合距離は139.7pmだから外への電子雲の広がりも考慮し 1.5倍してベンゼンを半径209.5pmの円盤と近似しました。 この円の内側はポテンシャル0で外側ではポテンシャルが無限大になる という条件でシュレーディンガー方程式を解き、その固有エネルギー を使って極大波長を算出したところ、349nmとなりました実際の測定値 は255nmだから全くダメですね 原因はベンゼン環の中央部は十分電子が存在できず、相当なポテンシャル が存在しているのを無視していることだと思われます。 長文連投失礼しました 107 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/02(水) 21:20:27.06 ] 質問 中性の原子どうしが結合する際、この引力(クーロン力)に見合うだけのエネルギーが放出される。このエネルギーが結合の強さになる。 ↑さっぱりイメージがわきません。どなたかhelp！ 108 名前：あるケミストさん [2011/03/02(水) 21:51:26.25 ] >>107 共有結合についてだと思うけど、引力っていう表現があまり良くないと思う そもそも原子核は「プラスの電荷を持つ陽子」と「電荷を持たない中性子」 からなっているので「必ずプラス」になります。 よって原子核だけで議論すると、プラスを帯びた二つの原子核を近づけると 「引力」どころか「斥力(反発力)」がはたらいてしまい結合しません。 以上の議論から、原子核だけではうまく説明できないので、 議論の中心は「電子」についてになります。 まず重要な考え方として単なる「原子は非常に高エネルギーで不安定である」 また、「原子のまわりに電子が八個集まると非常に安定である」 (オクテット則)(八電子則)ともいう この二つが分かれば共有結合が分かると思います。 つまり原子核のまわりで電子を8個持たない原子は どうにかして8個にしたいわけで、そこで共有という手段をとります。 酸素は外側に6個電子を持ち、2つ足りないのでもう一つの酸素と電子 2個を出し合い、計4個の電子を共有します。↓図 .←電子 酸素1(....)共有電子(....)酸素2(....) 酸素1は自分が持つ電子4個と共有の電子4個により計電子8個となります。 酸素が分子O2になるのはこういうことです。これが共有結合の仕組みです。 >この引力(クーロン力)に見合うだけのエネルギーが放出される。 >このエネルギーが結合の強さになる。 これは、共有結合によって放出し、安定化した分のエネルギーを 逆に結合に与えれば、結合は切れる つまりそのエネルギーが結合力の強さということができます。 109 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/02(水) 22:27:26.76 ] >>108早くてびっくりした　丁寧にありがとうございます。なんとか理解できそうです 感謝！ 調子に乗ってもうひとつだけ質問というか確認させてください。 電子親和力:電子が原子と結合する際にはエネルギーが放出される、そのエネルギーの値のこと とあるんですが、これは ・分子を形成した時、電子は1原子の周囲を周っていたときより運動(存在)範囲が広がる ↓ 電子には不確定性関係がある(存在範囲が狭い程高いエネルギーをもつ←運動量多)(←です‥よね(･ω･;;;)) ↓ 原子の時点で持っていたエネルギーが、分子の時点では過剰 ↓ ちょっとｲﾗﾈ ↓ 放出 て考え方でＯＫですか？ 冒頭に"電子が原子�@と結合する際"とありますがこの電子は�@とは別の原子(核)のもつ電子って考え方をしても大丈夫でしょうか？ まとまりなくてすみませんどなたかよろしくお願いします 110 名前：あるケミストさん [2011/03/02(水) 23:27:52.35 ] >>109 またまた見ていたので >電子には不確定性関係がある これはおそらくハイゼンベルグの不確定性原理 「微視的な世界では位置と運動量の両方を正確に知ることはできない」 のことだと思いますが、これは電子が非常に小さいために物質波(ド・ブロイ波) つまり、粒子としてではなく波動(波)としての性質を表したことを示しています。 波の存在する位置を正確にいうことはできない、そういうことです。 ですから電子が2つの原子核の周りを回るという粒子性のモデルでは真に理解はできません 電子雲(もやもやした感じ→波の性質)はそうしてできたモデルです。 しかし、重要なことは「電子は粒子性と波動性の『両方』を兼ね備えている」ことです。 ですから、あなたの書かれた考え方はよくわかりません。 少しは量子化学っぽくなってきました。 111 名前：あるケミストさん [2011/03/02(水) 23:30:47.02 ] 続き >原子の時点で持っていたエネルギーが、分子の時点では過剰 知っているかもしれませんが、電子は好き勝手に原子を周回できるわけではなく 大きな分け方で『殻』、次の階層が『軌道』、そして軌道には2個の電子が入ります。 この分け方の基準は、エネルギーです。軌道には様々エネルギーがあります。 少しくどいかもしれませんが、ホテルの部屋に例えると 『殻』は格安クラス(1部屋),一般クラス(4部屋),...,VIPクラス(...)と分けられます。 もちろん格安クラスの宿泊費は安く、VIPクラスは超高価ですが なぜか部屋(すべて2人部屋)の質は同じで、安いほど部屋数は少ないとしましょう。 ここで宿泊費をエネルギー,部屋を軌道,人を電子だと思ってください。 まず、一人目の客は安い格安クラスの部屋に文句なしで入ります。 格安クラスの部屋は一部屋なので、二人目の客は高い一般クラスか 一人目と相部屋をしてもらうしかありません。相部屋をするとしましょう。 これで格安クラスはもう入れません。(=電子で殻が埋まり閉殻) 同様に一般クラスでも、まずは部屋に一人ずつ入り、そのあとで最大限相部屋をします。 このように客は、値段の安い部屋に順番に限界まで入っていきます。 (電子はエネルギー準位の低い軌道に順番に閉殻まで入っていきます) 112 名前：あるケミストさん [2011/03/02(水) 23:31:21.41 ] これは原子軌道の話でした、分子を形成する場合も同様に、エネルギー準位の低い軌道から電子が入りますが 「分子軌道を原子軌道から生成」し、分子軌道に入ります。 この際、分子軌道は『結合性軌道』『非結合性軌道』『反結合性軌道』のいずれかとなります。 結合性軌道は、従来の原子軌道のエネルギーより低く電子が入りやすい軌道です。 非結合性軌道は、従来の原子軌道とエネルギーが変わらず、電子にとってメリットのない軌道です。 反結合性軌道は、従来の原子軌道と比べむしろエネルギーが高くなり、通常入ることのできない軌道です。 分子の形成は、電子が元々いた原子軌道から、通常は分子軌道の結合性軌道に 移る際の軌道のエネルギー差が放出され起こります。 また、原子軌道が分子軌道に変わっているので原子軌道はありません。 これが正確な説明だと思います。さっきはここまで説明していません。 >冒頭に"電子が原子�@と結合する際"とありますがこの電子は�@とは別の原子(核)のもつ電子って考え方をしても大丈夫でしょうか？ 今言ったように原子軌道から分子軌道を形成し、そこに従来の電子はすべて移動します。 ですからどちらの電子か、どちらの軌道に入っていたか、が区別できないのは明らかです。 長文・連投申し訳ないです 113 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/03(木) 02:50:08.46 ] まあ、ここでの回答は玉石混交と思って念のため大学の先生にも聞いた方がいいと思うぞ。 ちなみにオクテット則はもちろん、軌道概念も近似に過ぎないから要注意。 それから、範囲が拡がれば運動エネルギーは確かに下がるけど、 それが分子形成の理由と考えるのは間違い。ビリアル定理を勉強してね。 114 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/03(木) 22:34:19.67 ] >>110-112くわしくありがとうございます、頭がさがるばかりです。私はなかなか見当違いのことを考えていたみたいですね(^^;) 正直結合性軌道について全くわかってなかったので助かりました。 >>112ご忠告ありがとうございます。あくまで2chですもんね…でも今回よい解説者に恵まれたようです^^。 ビリアル定理ググってみたら到底今の私のレベルじゃ理解できなさそうでした(-o-;) もうちょっと勉強が進んでからあらためて理解に努めます！ご指摘・アドバイスありがとうございました。 115 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/16(水) 06:01:08.65 ] >>105 ＞nは角運動量を表しているらしいですがよくわからないので0に固定しました。 この発言は酷すぎる 量子化学どころか古典力学からやり直した方がいいレベル 116 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/16(水) 13:33:24.65 ] クソワロタｗｗｗ 117 名前：あるケミストさん [2011/03/16(水) 23:11:15.18 ] >>115 あの時は何を思ったのか、回転の運動量を無視してしまいました… 後日、n,mにとにかく値を代入し、得られた色々なEを小さい順に並べ替え 三番目と四番目から波長出しました。そのときの値が349nmでした。 ちなみに結合長の半分程度の範囲には十分な電子雲が存在すると仮定すれば 近似した円の中心にはポテンシャルできてしまい方程式を解く境界条件がかなり厳しいので そこでまったく根拠も理論もないですが、直感的に次の方法を試しました。 中心ポテンシャルを除いたアニュラスを同面積をもつ円へと変形して、その円の半径で計算したところ 194nmとなり、若干測定値に近づいてはきました(まだまだですが)。 誤った解釈の指摘や改善策などあれば、ぜひよろしくお願いします。 118 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/18(金) 09:14:45.74 ] つーか、お前さんのとこ研究室機能しているの？ 119 名前：117 [2011/03/18(金) 15:58:33.15 ] >>118 117に対してのレスだったら、見当違いですよ ようやく化学系の大学生になれそうなところです 120 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/22(火) 16:24:28.80 ] 混成軌道は、何を根拠として誕生した概念なんでしょうか。 分子軌道法ではないですよね。 混成軌道のオービタルは理論的に描かれたように見えるので、なんの物理的理論から生み出されたのか気がかりです。 VSEPR法はまったく文学的で、混成軌道の生みの親には思えません。 それとも、VSEPR法も、分子軌道法みたいにもっと物理学的なんでしょうか。 121 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/23(水) 02:36:43.66 ] >>120 群論じゃないでしょうか。 122 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/23(水) 14:21:16.64 ] 二重結合はsp2混成軌道で、結合に使われなかったもうひとつのp軌道には電子が1つ入っている。これがπ結合をつくる。 という一文についてなのですが、「電子が1つ入っている」というのがよくわかりません。空じゃないんですか？ で、今思い付いたのが「2s中の1つの電子が2pに昇位してるから」。 つまり2sの電子1つが2pに昇位して、(1s)2(2s)1(2p)3となったが混成軌道として使われた(σ結合に関与した)のは2sの1電子、2pの2電子である。 この考え方、あってますか？量子化学じゃないかもしれませんが‥よろしければ(>_<) 123 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/23(水) 15:33:09.23 ] とりあえず、混成軌道の概念を復習してからもう一度質問しなおす事をオススメするわ。 124 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/23(水) 21:57:32.88 ] >>122 sp2混成軌道をつくる原子にもよる。 たとえば、炭素なら混成軌道はこう考える。 2sに２電子、2pに２電子入っている。合計で4電子ある。 2sと2pとでsp2混成軌道をつくると結果、3本のsp2混成軌道と2pが一本になる。 ここに４電子が順に入るものと考える。 結果、3本のsp2混成軌道に３電子、1本の2pに１電子が入る。 >>122 sp2混成軌道をつくる原子にもよる。 たとえば、炭素なら混成軌道はこう考える。 2sに２電子、2pに２電子入っている。合計で4電子ある。 2sと2pとでsp3混成軌道をつくると結果、4本のsp3混成軌道ができる。p軌道はない。 ここに４電子が順に入るものと考える。 結果、４本のsp3混成軌道に順に４電子が入る。 おｋ？ 125 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/24(木) 13:05:27.56 ] というか、そういうことは初歩的な教科書にでも図入りで載ってるだろ。 教科書を読んで考えて理解できないのだとしたら、ここでいくら説明しても おそらく理解できまいよ。 126 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/24(木) 16:38:45.00 ] VSEPRのモデルが物理学的じゃないって言ってる時点で 相手してどうにかなるとも思わないが・・・ 127 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/25(金) 01:13:08.06 ] >>122です 炭素で考えています。>>124がおっしゃる事はわかります。 昇位なしに混成軌道はつくれないですよね？ 128 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/25(金) 03:52:28.65 ] 結合の相手なしに混成軌道だけつくっておくような配置を 仮想的に考えるとしたらエネルギーが必要だろうな 129 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/26(土) 13:36:16.72 ] そもそも混成軌道ってのは単なる概念だからな。 130 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/26(土) 19:24:23.04 ] 時系列順ではこうだったはず 原子価結合法 　　　↓ 混成軌道 　　　↓ 分子軌道法 混成軌道はポーリングが1938年ごろに出したもので便利ではあるけれど・・・ 131 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/27(日) 04:30:26.87 ] 分子軌道だってCSFだって単なる概念だが 132 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/27(日) 18:57:18.64 ] >>131 そうなんだよね、藤永もピグマリオン症候群に触れていたし。 133 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/27(日) 19:27:04.33 ] 原子、分子だって概念 134 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/27(日) 20:48:09.13 ] まあそれもそうだけど、原子や分子は実在が確認されたからね 135 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/28(月) 18:53:46.48 ] マジ？！ 136 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/03/28(月) 22:15:04.42 ] 太陽系モデルとかは概念だけど 原子・分子まで概念だったらまじで 訳が分からないことになりそうだ 137 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/02(土) 06:08:03.11 ] それをいうならお前らの存在だって俺にとっては概念に過ぎん 138 名前：あるケミストさん [2011/04/07(木) 22:16:39.12 ] 量子化学の数値計算で必要になる分子の対称性って 群論で扱うけど、この群論ってみんなちゃんとやった？ 139 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/07(木) 22:56:15.39 ] 難しいけど皆さんはどのように勉強してますか？ 140 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/08(金) 01:37:18.76 ] C2v 141 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/10(日) 02:38:24.80 ] 鏡映面上を通る二回回転軸を持つから水もC2vだったかな 点群って行列だったり群論だったり 化学らしさがあまりなくて、とても新鮮な感じがする 142 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/12(火) 07:30:48.48 ] 群論は（化学でつかう範疇ならば）AtkinsのMolecular Quantum Mechanicsが 結構わかりやすかったような気がします。 143 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/12(火) 21:23:29.41 ] >>142 なるほどー、当たってみます 144 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/13(水) 01:00:06.67 ] 藤永さんの名著『分子軌道法』が砂川さんの名著『量子力学』と一緒に復刊されるそうだ。 847 名前：ご冗談でしょう？名無しさん[] 投稿日：2011/04/11(月) 20:29:00.01 ID:xYl2hIm0 燃料投下 www.iwanami.co.jp/hensyu/science/reprint.html 848 名前：ご冗談でしょう？名無しさん[sage] 投稿日：2011/04/11(月) 21:40:29.16 ID:??? 砂川さんの量子力学きたか 849 名前：ご冗談でしょう？名無しさん[sage] 投稿日：2011/04/11(月) 21:41:19.64 ID:??? >>847 砂川北ああああああああああああああああ でも去年大枚はたいて買ってたあああああああ('A`) 850 名前：ご冗談でしょう？名無しさん[sage] 投稿日：2011/04/11(月) 21:42:40.34 ID:??? 散乱の量子論こねえのかよ でも分子軌道法あるなあ 145 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/13(水) 19:19:58.53 ] 【宇宙】NASAの火星探査車、地表から放射性ヨウ素131を初めて検出　福島から来たと断定 hato.2ch.net/test/read.cgi/galileo/1296311182/ 146 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/13(水) 21:57:15.46 ] >>144 なんだなんだ、砂川さん大人気だな、今度本屋で探してみよう 藤永さんも気になる… 147 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/16(土) 19:58:45.01 ] 質問です。ﾎﾞｰｱの水素原子模型ででてくる、量子条件がわかりません。 「定常状態にあるのは、電子の周回運動の角運動量mvrがh/2πの整数倍をとる場合だけである」 なぜh/2π？sin関係？ mvrという量が円などに結び付くイメージもできません(私は物理学の知識が乏しいです)。 そしてこれだとなぜエネルギーが保存されるのか？干渉しちゃう？打ち消すの？なにもかも腑に落ちません。 どなたかよろしくお願いしますm(__)m 148 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/16(土) 21:01:40.70 ] h/2π間隔が検出限界で、実際に測定した結果を基に理論を組んだから そうなったんじゃなかったか 149 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/18(月) 11:06:36.07 ] >>148そうなんですか。まるっと覚えちゃう以外ないですね ありがとうございましたm(__)m 150 名前：あるケミストさん [2011/04/18(月) 11:23:49.56 ] pgr 151 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/18(月) 14:27:10.46 ] 質問です。 Niに6個の水分子で囲った分子をgaussianで6-311Gで 価数＋２、スピン多重度１、で計算したのですが全く始まりません。 エラーの原因はSCFサイクルが指定した回数では収束しないのか、 基底関数が合っていないのかということでした。 正しい基底関数教えてください！ 152 名前：あるケミストさん [2011/04/19(火) 11:43:07.10 ] >>151 遷移金属はSCF収束しにくいこと多いから、適当にSCFの設定いじった方がいいかも。 SCF=（XQC,MAXCONVENTIONALCYCLE=50)とかで試してみるといいかも www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scf.htm あと基底はEMSLにたくさん載ってる 153 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/19(火) 17:59:49.22 ] >>152 ｔｈｘ！ ＥＭＳＬで基底関数変えてやってみます！助かりました！ 154 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/20(水) 00:10:13.42 ] >>151 もう遅いかもしれませんが、私なら構造最適化では、NiにSDDAll、水に6-311G(d,p)を 一点計算には、すべてcc-pVTZを用います。 GaussianのSCFの収束性は、良くも悪くも優れているので、defaultの設定を変える必要は 滅多にないと思います。 ニッケル原子は電気的中性の状態では、(3d)^10, (3d)^9(4s)^1, (3d)^8(4s)^2の三つの状態が 近接したエネルギーをもつため、計算が難しい系の一つです。 二価のカチオンで、且つ水が配位した場合に、d軌道がどのように分裂し、どのようなスピン多重度が 望ましいかは、配位子場理論を用いればわかるので、 無機化学の教科書などを参考にされるとよいでしょう。 155 名前：あるケミストさん [2011/04/30(土) 16:54:17.20 ] 金と水銀とでは、どちらがより安定なのでしょうか。 最外殻電子を見る限りでは水銀のほうが安定に見えるのですが、 安定な物質の代表は金ですよね。 水銀はその安定性のために、常温常圧の凝集形態として、 分子間力で凝集し液体の形を取っているように思えるのですが、 その割には化合物が多すぎるような気がします。 一体どちらが安定なのでしょうか. 156 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/30(土) 17:32:52.22 ] どうして安定だと液体になると思ったの？ 157 名前：あるケミストさん [2011/04/30(土) 18:17:30.39 ] 強い結合を作り結果的に固体になるのは、主に価電子のエネルギーを下げるためですよね。 水銀においては価電子のペアが出来上がってしまっているので、 他の原子と共有結合などで結合せずに、 ファンデルワールス力で静電的に結合するだけで、 それを巨視的に見れば液体になっているのではないかと量子化学的に考えました。 158 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/30(土) 19:53:53.85 ] そもそも安定とは 159 名前：あるケミストさん [2011/04/30(土) 20:03:30.72 ] 結局、”液体”だといったのは水銀が液状だからで他の理由があるわけではありません。 こんな話を持ち出したのは水銀は希ガスのようにふるまっているように見えると言いたかっただけです。 水銀の最外殻電子が一重項をなしているからs電子一つだけの金より安定で、 また希ガスのようにファンデルワールス力で凝集しているのではないかと量子化学的に考察し、 けどそれほど安定ならば水銀には既知の化合物が多すぎるのではないか、 ならば結局安定物質の代名詞みたいな金と水銀とではどちらがより安定なのか、という疑問を持った次第です。 160 名前：あるケミストさん [2011/04/30(土) 20:12:02.44 ] >>158 >>159を打っている途中で158が書かれたみたいで、 チグハグニなりましたが、僕は他の物質と化合物を作らないくらいの意味で使っています。 出自が工学なもので化学的には正しくはないかもしれませんが。 161 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/30(土) 21:20:02.47 ] 水銀が液体なのは相対論効果によるs軌道のエネルギーの低下 これにより金属結合が弱くなり、融点が下がる 化合物が多すぎるというが、水銀はかなり貴なほうだぞ 貴な性質でいえばもちろん金のほうが格段に上だが 162 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/04/30(土) 21:23:10.09 ] ちなみに、金の黄金色や全元素中最大の延性と展性も相対論効果によると言われている 163 名前：あるケミストさん [2011/04/30(土) 22:51:12.93 ] >>161 ありがとうございます。 今の僕の学力ではちんぷんかんぷんなのですが、 何をすればよいのか見えてきました。 暫くこの周辺を勉強することにします。 どうもありがとうございました。 164 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/01(日) 19:10:43.83 ] >>154 遅れましたが、丁寧な解説ありがとうございました！ 未だに望ましい6配位で収束しないので、スピン多重度を見直してみます。 165 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/07(土) 13:42:57.67 ] zwitterionを構造最適化するときの基底はdiffuse関数を使えばいいのでしょうか B3LYP/aug-cc-pVQZとか？ 166 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/08(日) 04:16:59.29 ] それ以前にDFTでzwitter ionは無理なのでは？ 167 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/10(火) 00:04:42.35 ] >>165 zwitterionに限らず、partial negative chargeが大きくなると予想される場合には、 diffuseはあったほうが良いと思います。 ただ、DFT法でQZという大きな基底を用いる必要があるかどうかは疑問ですし、 構造に関しては、Popleの6-31GシリーズとDunningのcc-pVXZシリーズはそれほど違った結果を与えません。 Primitiveが少なく二電子積分にかかる時間が少ないという意味では、 DFT法での構造最適化では6-31Gシリーズを使うほうが利口な選択であると思います。 一方で、MP2やCCSD(T)法などでは、系統的に結果を改善できるという観点から、 cc-pVXZシリーズを用いるべきでしょう。 小さな分子ならば、6-311++G(2d,2p)や6-311++(3df,3pd)を、 大きな分子ならば、6-31++G(d,p)あたりがよいのではないでしょうか。 また、>>166の方がおっしゃるようにDFTでは電荷が非局在化しやすい傾向があるので、 求めた構造が本当にzwitterionであるのかどうかを電荷分布などで注意深く検討する必要もあると思います。 168 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/10(火) 17:54:21.96 ] 有機合成が専門の俺には、このスレは超勉強になるわ。 169 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/10(火) 17:55:12.26 ] 有機の人ってあんまり計算はやらないもんね 俺もめっちゃ勉強になるわ 170 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/10(火) 18:06:59.95 ] うん、マジでやらない。研究室で俺だけ。 完全に独学で始めたんだけど、それだけに意味の分からないエラーとかの対処が凄く大変。 たぶんこんなエラーなんかも、量子系の人にとっては何でも無いもんなんだろうけど。 171 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/10(火) 21:23:19.78 ] >>166-167 丁寧な解説ありがとうございます。 小生、計算化学は手探り状態でしたので大変勉強になりました。 「アニオンを計算するときは質の良い基底を選ぶ必要がある」と参考書に記述がありましたので QZくらい必要なのかな・・・と思っていた次第です。 とりあえずMP2/6-31++G(d,p)でやってみようと思います。 お世話になりました。 172 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/11(水) 01:56:39.79 ] MP2もだめだと思うけどなzwitterion 173 名前：あるケミストさん [2011/05/11(水) 10:45:26.85 ] zwitterionってHFでうまくいくのかな。CASSCFでやるのもめんどいけど 174 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/21(土) 17:24:54.13 ] 計算科学の初学者です。 静電ポテンシャルマップの作成について質問があります。 Gaussian09で作成したアウトプットファイルを使用してMolekelを用いて 静電ポテンシャルマップを作成することができました。 オプションのIsosurface Valueを変更することで等値面を変更していると思うのですが、 色分けについてはどのような判定が行われているのでしょうか。 175 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/24(火) 00:07:48.80 ] >>174 静電ポテンシャルマップは、電子密度のsurfaceに静電ポテンシャルをマップして作ると 思うので、等値面は電子密度のもので、色分けは静電ポテンシャルにの値に従っていると思います。 どの色がどれくらいの値の静電ポテンシャルに対応しているのかということは、 凡例か何かを表示させればわかると思います。 176 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/25(水) 00:32:55.40 ] SOMOとSpin Densityの計算をガウシアンで計算したいのですが コマンドには何を用いれば良いでしょうか マニュアルを見るとcubeが近いと思いますが、いまいち要領を得ません 教えていただけると助かります 177 名前：174 mailto:sage [2011/05/25(水) 10:38:09.79 ] 丁寧に教えていただきありがとうございます。 色分けの意味がよくわかっていなかったので、とても参考になりました。 178 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/27(金) 07:26:09.04 ] >>176 少し質問の意味をはかりかねますが、SOMOとspin densityを図示したいということでしょうか？ それならば、計算時にcheck pointファイルが出力されるようにインプットファイルの 先頭に%chk=[filename].chkと書いて、計算終了後にformchkコマンドにより、fchkを作成し、 更に、cubegenコマンドを使ってcubeファイルを作るという手順になると思います。 ただし、fchkやchkが読める可視化ソフト（GaussViewなど）をお持ちの場合には、 cubeを作る必要はないと思います。 単純にSOMOの計算をしたいということであれば、電荷とスピン多重度に気をつけて インプットを作成すれば良いと思います。 単参照の計算方法では、HFかDFTか、制限なし開殻（UHF）か制限付き開殻(ROHF)か、 またDFTならば汎関数の種類によってスピンの立つ場所やSOMOの形が大きく異なることがよくあるので、 計算結果を注意深く検討し、可能ならば多参照の計算方法を行うことをおすすめします。 179 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/05/29(日) 22:02:02.33 ] >>SOMOとspin densityを図示したいということでしょうか？ そうです。質問が不正確で申し訳ありません 私はGaussViewを所持していないので、他のフリーソフトを使用することになると思う のですが、spin densityを図示したいのであれば、chbegenのkindの指示にSpin=SCFを 指定すれば良いのでしょうか また、spin densityを図示する際に使っているソフトを教えていただけると幸いです 180 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/06/11(土) 17:13:10.68 ] KohnSham valence orbitalって何ですか？ HOMO-LUMOとは別物でしょうか？？ 181 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/06/13(月) 10:47:13.72 ] >>180 DFTでは本来、分子軌道を用いないでエネルギーを計算するんだけど、便宜上Kohn-Sham Orbitalと呼ばれる軌道を導入して計算を簡単にしてる。 KS　OrbitalはMOに近いものではあるけれども、同じものではない 182 名前：180 mailto:sage [2011/06/13(月) 12:00:24.82 ] 早速回答頂いてありがとうございます。 自分は有機合成化学が専門で、量子化学とか計算機化学は独学で勉強しています。 私が読んでいる本にはKohnSham valence orbitalという軌道に関して全く記述がないのですが、 これを理解するにはDFTの理論的な部分まで勉強する必要がありますか？ >>181ではせっかく回答頂いたんですが、正直よく分からないので自分でもいろいろと勉強したいのですが・・・ 183 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/06/13(月) 17:01:39.42 ] >>182 まず、DFTは本来、分子軌道を使わない方法である、ということ。 一方で、分子の記述をするためには、分子軌道によく似たKohn-Sham軌道を用意するとうまくいく。 このKohn−Sham軌道はMOではないが、表式がMOとよく似ているため非常によく似たものである。 この辺の本が実験の人にも分かりやすいので参考に www.shokabo.co.jp/mybooks/ISBN978-4-7853-3225-9.htm 184 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/06/13(月) 17:45:23.20 ] >>183 的確な回答を頂きましてありがとうございます。 挙げて頂いた参考書、早速注文しました。 Gaussianなどを使った計算は素人の私にでもできるのですが（それでも独学のため、トライ＆エラーの連続ですが・・・） 理論の部分はかなり深くて独学では限界があるため（特に理論と実践を繋ぐ部分）、いろいろ質問させて頂いています。 挙げて頂いた本は、私のような数学の苦手な有機化学者にでも分かるように理論の数学の部分もしっかりしているとの事ですので 手元に届くのを楽しみにしています。 185 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/06/19(日) 21:00:46.45 ] 振動子強度を考えるときに、調和振動子の遷移確率が一般の原子・分子に比べて3倍になるのは 一次元調和振動子を考えているため電場の向きがx方向だけになるからですか？ 186 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/06/21(火) 01:07:14.21 ] 当方、PWSCFを用いて遷移状態の計算を試しているのですが、そもそもどんな計算をしたら遷移状態がでてくるのだろうか... 中でどんな計算をしているのかがわからないorz 187 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/06/26(日) 16:39:55.41 ] 量子力学って夢ありますよね。 188 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/06/26(日) 17:53:13.94 ] 世間のお小遣い本や啓蒙本はいかにも夢があるように書くよね。 189 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/06/26(日) 17:55:43.73 ] あるのは夢じゃなくて手間だろ 190 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/06/29(水) 10:23:02.88 ] 初歩的な質問ですみません。 NICS計算について質問です。 アウトプットファイルのどこをどう見てNICS値がマイナスとかプラスなどと 評価するのでしょうか？ 計算自体はできてもアウトプットの見方がわかりません。。。 191 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/06/30(木) 00:42:09.40 ] 古いと言えば少し古いが、分子軌道法について日本語で書かれたのでは一番本格的なテキストである藤永先生の『分子軌道法』と、 痒いところに手が届くような説明と丁寧な式変形で有名な砂川先生の『量子力学』が先週末に岩波から復刊されたよ。 物理板の参考書スレ見ると紀伊国屋では砂川さんのは初回入荷分は売り切って在庫切れだって。もちろんすぐに追加入荷するだろうけど。 藤永さんのは復刊された翌日に岩波直営？の信山社で、唯一、一斉復刊の棚から既に姿を消してて店員に探してもらったとか。 （藤永さんのは10年に１回だけ刷るみたい。80年に出て今回のが４刷） おいらは藤永さんのを早速、確保しちゃった。（砂川さんのは以前、大枚をはたいて古本屋で買って読んだがとても良かった） このスレ読んでる人なら関心のある人も少なくないと思うんで、復刊情報と売れ行き報告しときます。欲しい人はお早めに。 192 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/12(火) 17:52:37.32 ] EMSLって落ちてるの？基底関数落としてきたいのにずっと繋がらない。 193 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/13(水) 14:20:37.52 ] EMSLつながらなくて不便 194 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/13(水) 16:36:02.23 ] >>193 やっぱりずっと落ちてるんか。 何かアナウンスがあったんでしょうか?探しても見つからず、うおーさおーしています。 195 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/13(水) 19:53:29.74 ] これか… www.isssource.com/pnnl-attacked-web-site-shut-down/ 196 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/13(水) 21:20:55.30 ] >>195 情報ありがとうございます！アタックされたんすか・・・。 何故かこっちは繋がりますね↓ https://bse.pnl.gov/bse/portal つながない方がいいのかな。 197 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/16(土) 07:14:21.25 ] >>196 そっちもちょっと前はつながらなかったですね。 復活したんじゃないでしょうか。 ちなみにSDD系は ttp://www.theochem.uni-stuttgart.de/pseudopotentials/index.en.html ここからでもダウンロードできます。 EMSL（に限りませんが）の基底関数は結構数値が間違っていたりするので、 ビルトインでない基底を使う場合には二箇所以上のソースにあたることをおすすめします。 198 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/19(火) 01:52:08.76 ] >>197 リンクのご紹介ありがとうございます。 数値が間違っているとは恐ろしいですね・・・疑いもせず使っていました；； ところでどなたかGAMESSに詳しい方はいませんか？ 不対電子1個持つ分子のCI計算をC2v（Ｂ２）で行い出てきたＣＳＦを眺めていたのですが、ＭＣＳＣＦの軌道を見ると不対電子がA1対称の軌道に入っていることになってしまっています。 見るところを間違っているのでしょうか。 199 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/19(火) 13:51:32.61 ] 質問です。 B3LYP/6-31G(d)で計算した遷移状態構造についてcbs-qb3計算を行いたいのですが、 #cbs-qb3 opt=(ts,calcfc)で計算すると最適化の際にエラーが出ます。 あらかじめ計算した遷移状態構造のままエネルギー計算したいのですが、どのようにしたらよいでしょうか。 200 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/19(火) 15:55:36.89 ] >>199 Gaussianですよね？CBSだと構造最適化できないと思います。 B3LYP/6-31G(d)で事前に構造最適化して、その構造をインプットにして# cbs-qb3で一点計算すればよいのでは 201 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/19(火) 17:56:04.12 ] すみません，CBS計算って何ですか？ 今，計算機化学を独学中なんで，もし面倒でなければご教授頂きたいのですが・・・ 202 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/20(水) 05:08:46.29 ] >>199 opt=(ts,calcfc)という部分が、遷移状態(Transition State)の構造最適化(OPTimization)を 力の定数を計算(CALC Force Constant)してから求めなさいという指示文なので、 別の計算方法で得られた構造でエネルギーだけを計算したい（これを「一点計算」と呼びます）のならば opt=(ts,calcfc)を消せばよいだけです。 >>201 CBSというのは、Complete Basis Setの略です。 量子化学計算では理想としては無限個の基底（完全系）を張りたいわけですが、 実際にはそうもいかないので、有限個の基底を幾つか使って外挿することによって 恰も無限個の基底で計算したかのような結果が得られるのです。 QB3というのは知りません。 203 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/20(水) 13:53:40.97 ] >>202 >>199です。回答ありがとうございます。 遷移状態についてcbs計算を行うとimaginary frequencyの数が0となりますが、 これは計算結果に特に影響はないのでしょうか。 204 名前：198 mailto:sage [2011/07/20(水) 23:34:06.53 ] 自己解決。 出てきた$VEC使って同じ計算まわせば一目瞭然でした('Ａ`) 205 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/20(水) 23:49:36.53 ] >>203 それはつまり、B3LYP/6-31G(d)で最適化した構造を使って、 CBS-QB3で振動解析（Freq計算）をしたらimaginary frequencyが消えたということでしょうか？ それともCBS-QB3で構造最適化と振動解析をしたということでしょうか？ いずれにしてもimaginary frequencyが消えるのはおかしいと思います。 簡単な系で試してみましたが、CBS-QB3は構造最適化と振動解析をB3LYP/6-311G(2d,d,p) (5D, 7F)レベルで 行い、一点計算をCCSD(T)やMP4(SDQ)で行い高精度なエネルギーを得る方法のようです。 計算方法を変えれば、imaginary frequencyが増えることはあっても、消えることは滅多にないと思います。 もう一度、計算の手順を確認されるのがよろしいかと思います。 分子の大きさにもよりますが、cc-pVXZ系の基底を二種類か三種類使ってCCSD(T)などでエネルギーを 外挿する方法もあります。 計算化学者はこちらの方法を好むと思います。 206 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/21(木) 14:34:32.90 ] >>205 #opt=(calcfc,ts) freq b3lyp/6-31g(d) で遷移状態構造の最適化と振動数計算をし、 #cbs-qb3 scf=qc で計算をした結果、虚数振動が消えてしまいました。 もう一度確認してみます。 207 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/21(木) 16:55:25.76 ] >>202 ありがとうございます！！ 勉強になります。 208 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/22(金) 02:30:53.30 ] >>206 どうやら、CBS-QB3法というのは、optを書かなくても構造最適化を同時にしてしまう計算方法のようです。 従って、CBS-QB3と一緒にopt=(TS)を書かなかった場合には、 安定構造を導いてしまい、結果的にimaginary frequencyが消失してしまったのだと思います。 どうしてもCBS-QB3法を使いたいのであれば、 CBS-QB3 opt=(TS,CalcFC)で発生したエラーを解決したほうがよさそうです。 209 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/22(金) 10:25:10.11 ] TSとQST3の違いってなんでしょう？？ 210 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/23(土) 03:16:14.26 ] >>209 さらに、QST2というものもあります。 TSオプションは、こちらが類推した初期構造から出発して遷移状態を求めます。 QST2オプションでは、反応物と生成物の最適化された構造から、何らかのアルゴリズムで遷移状態を求めます。 QST3ではQST2に加えて、類推した遷移状態の初期構造を追加します。 つまり、QST2とTSを組み合わせたものがQST3だと言えるでしょう。 個人的には、Opt=(TS, CalcFC)で大概の遷移状態は求められると思います。 211 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/23(土) 13:51:23.10 ] myprestoっていう高分子用の計算パッケージ使ってる人いますか 友人に「使えそう？」と聞かれたものの私も初耳でした Autodockと比べての使用感を聞きたいです 212 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/24(日) 00:15:24.44 ] myPrestoもAutoDockも量子化学計算用のソフトウェアじゃないよ 213 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/24(日) 13:13:16.94 ] すみません！ スレ違いでしたね 失礼しました 214 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/25(月) 12:35:09.95 ] >>210 即レス、ありがとうございます。 自分は別分野が専門なので、凄く勉強になります。 ついでと言うわけではないのですが、もう一つ質問させてください。 QST3（もしくはQST2）とTSの違いについては理解しました。 今回質問したいのは遷移状態構造の信頼性についてなのですが、 opt=TSで求めた遷移状態構造とQST3で求めたものは、それぞれ違う構造という事なのでしょうか？ とすれば、どちらが信頼性が高いとか、そういうことを含めて計算機化学の分野で指摘されてる 事はあるのでしょうか？ 215 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/25(月) 16:16:50.16 ] >>214 構造の探索アルゴリズムは違うけど基本的に同じ構造に行くはず。 216 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/07/31(日) 01:32:33.65 ] >>191 藤永氏の教科書は実はそれほどレベルが高くない。 岩波だから本の質感はいいけど、内容はもうab initioの古典と言ってもいい。 今から勉強するのならDFTの話がないと現実性がない。 同じ古典を勉強するにしても、ポープルの昔の本なんかは名著だと思うよ。 半経験論のほうがかえって勉強になるもんだ。 217 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/08/04(木) 23:12:02.01 ] GAMESS(US)で蛍光の波長や強度を予測する場合の手順について聞きたいんですが、 "$CONTRL TDDFT=EXCITE" のキーワードを足して励起状態の構造最適化をし、"$TDDFT NSTATE=n"で 垂直遷移エネルギーを計算することで目的の値は得られますか？ それとSPARTANに比べるとだいぶ遅くなってしまうので、GAMESSやfireflyで構造最適化の計算をする時の コツがあれば教えてください。 218 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/08/06(土) 12:43:58.82 ] >>217 基本的にはそれでいいと思います。 TDDFTで精度が出るのか、とか汎関数、基底関数は充分か、ということに注意は必要ですが。 GAMESSは半経験的方法が実装されてるので一度それらで構造最適化して、そこからさらにDFT等使うとよいかもしれないです。 219 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/08/08(月) 15:14:11.39 ] >>218 返事遅れてすみません。返答ありがとうございます。 近くに相談できる人がいないので助かりました。 220 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/08/16(火) 00:27:09.58 ] TDDFTの系統的な研究についてはよく知りませんが、 可視部はかなり精度が高いのに 紫外部はそれほどでもないように思います。 紫外部で誤差が大きいと分光的にはかなり性格の違う領域にずれ込むので 工学的な応用では今でもZINDOのほうが実用的かもしれません。 軌道相とか相対強度とか励起の定性的な性格を追求するだけなら 十分だと思いますが。 221 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/08/18(木) 15:28:04.73 ] OHについてエネルギー計算を行ったところ、 CConnectionGLOG::Orient_Dipole_Derivative() Linear Molecule detected.　Unable to orient dipole derivatives というエラーが出るのですが、これはどういう意味なのでしょうか。 222 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/08/22(月) 05:54:29.10 ] どちらかというと可視光に興味があるので、それならTDDFTで良さそうですね。 まあ夏休み終わったら幾つか試しに計算してみます。 ･･･ZINDOって手持ちのソフトじゃ計算できなさそうですし。 223 名前：あるケミストさん [2011/09/05(月) 13:43:13.53 ] 密度汎関数法を勉強したいと思っている人です。　初心者なのでよくわかりません。 MOは、ヒッケル法でブタジエンを扱うぐらいです。　あまり詳しくなくてすみませんが、 分かりやすい密度汎関数法の入門書を教えて戴ければ幸いです。 Wiki Pediaよりも、詳しく書いてある本をお願いします。 224 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/13(火) 01:05:53.56 ] ＃2070エラーがどうしても回避できません。 どなたか知恵をかしていただけませんか？？ 計算しているのはSc@C82@CNT(10,10)で、 method:GroundState DFT Unrestricted B3LYP Basis Set:STO-3G * の条件でやってみましたがどうも異常終了。 ググってみて%rwf=a,245mw,b,245mw,c,245mw,d,245mw,e,245mw,f,245mw,g,245mw,h,245mw をEditにつっこんだけど異常終了。 過去ログも一応漁ってみましたが…パソコンのスペックが問題なのかなぁ… そもそも無理なのかなぁ← 225 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/20(火) 23:31:13.72 ] 分子は、分子軌道によって成り立っているはずなのに、 どうして、σやπ結合のような考え方（有機電子論）をして正しい結論に至るのでしょうか。 226 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 00:48:21.41 ] 分子軌道はただのモデルにすぎない 227 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 01:03:08.18 ] 正しい結論に至れるものを選んでやってるからそうなるだけ 有機電子論で分からないのがあるから分子軌道なんて 訳の分からないようなのを使い始めるようになった 228 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 02:20:05.15 ] 訳の分からないって… 単にモデルの忠実さが有機電子論＜分子軌道論なだけ 前者は荒いけど簡単、後者は精密だけど複雑 229 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 02:52:46.68 ] >>228 分子軌道には、そもそもσ結合やπ結合にあたる電子雲が見られないですよね。 どれがσ結合の雲なんだろうかと探してしまったことがあります。 σもπも内殻電子も含めて、ただ、電子のエネルギー準位ごとに分割し、 あっちゃこっちゃ散らしているだけだという理解をしています。 でもどうして、その真の姿ではなく有機電子論で考えて大丈夫なんだろう。 σとかπ結合は、分子軌道の集合なんでしょうか。 >>227 有機電子論でわからずに分子軌道で考える反応といえば、なんでしたっけ。 230 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 03:25:20.65 ] 分子軌道が真の姿だと？ 笑わせるな 231 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 04:42:25.09 ] 真の姿とは？ 分子軌道と有機電子論のどっち？ 232 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 04:46:08.55 ] >>229 HOMOやLUMOしか見てないと分からないけど、低エネルギー側のMOを見ていけば ちゃんとσ結合を担う電子対が入ってる MOがあるよ πについても同様 分子軌道法は止まっている一分子についてはその物性をよく評価できるけど、 例えば溶液中の反応のように溶媒に囲まれた多分子の系については適応が難しい 分子軌道法は場合によっては起こっている現象に対する根拠として扱える時があるけど、 有機電子論で考える反応機構はただのモデルで、経験的に無理のない反応機構がかけるからと言ってその通りになるとは限らない 情報として全然違うし、両方扱えるようになるべき 233 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 06:04:19.55 ] >>239 わかりやすい解説ありがとうございます。 >ちゃんとσ結合を担う電子対が入ってる メタン分子を例にすると、4本のσ結合は等価なはずなのに、 分子軌道法でみると、各MOは、すべてエネルギーが異なって表されます。 だから、σ結合電子対と、MOの電子対は異なったものなのかもしれないと思ったのですが。 234 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 07:24:17.73 ] 分子軌道法ではメタンのC-H結合性軌道は1つ低エネルギーにあってそれより少し高エネルギーに3つ縮退してるが 全部混ぜ合わせれば各C-H結合は等価なのが分かるはずだ 235 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 08:01:50.78 ] >1つ低エネルギーにあってそれより少し高エネルギーに3つ縮退 はじめから全部等価なのではないのですか。 σ軌道同士が影響しあっていますか？ >全部混ぜ合わせれば各C-H結合は等価 そりゃあ、平均すれば等価になりますよね・・ 236 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 08:20:43.49 ] じゃあお前は何が不満なんだよｗｗｗｗ 237 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 10:08:28.24 ] まずは>>226で言ってる「分子軌道はただのモデル」をちゃんと理解すべき 現実の世界には分子軌道なんてないし、個々に考えられるような「C-H結合」もない 単に現象を表現するために考え出したモデルにすぎない 存在しないんだから、「4本の結合が等価」なんてのも勝手にそう考えているだけ 238 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 10:36:30.01 ] >>235 もっと基本的なところから考えると いい 例えば今回の例だと、メタンの配置に置かれたプロトン、炭素原子核の周りに 安定な形で電子を配置していくとどうなるか、 というのが分子軌道法の考え方 炭素の1sに入ってる2電子はおいておいて、結合を担ういわゆる価電子の入り方を考えると、 最初の2電子はσ結合のような束縛された位置じゃなくて、分子全体に広がった配置の方がエネルギー的に有利に見えないか？ 次から収めていく電子は先に入れた電子を避けて入るから、エネルギー的には不利になるだろう だから所謂sp3混成に相当する軌道が4つ全て等価でないことに、分子軌道法の 考え形では全く問題がない 239 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/21(水) 10:46:10.41 ] さらに言うと、一つだけエネルギーの低い軌道は分子全体に均等に広がっており、4軌道の重ね合わせが等価だということからも分かるように、 メタン分子の4つのプロトンの内、どれかが特別であるということにもならない 分子軌道法では、結合を担う8電子の内、 2つが残りの6個に比べてエネルギー的に安定で、 かつ4つのプロトンは全て等価だという実験的事実を説明できていて、これは有機電子論では説明できない 240 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/23(金) 04:01:59.24 ] 正準軌道エネルギーの分裂の様相はTd対称の既約表現の直和に分解 すれば分かる。Tdの既約表現の次元は高々3次で、メタンの場合は 1次元表現＋3次元表現に分解される。 もちろんユニタリ変換で局在化して4つの等価な基底は作れるし 物理量の期待値は変えないからそう考えても問題ない。 241 名前：あるケミストさん [2011/09/23(金) 08:48:59.84 ] FireflyでMP2の構造最適化をやってるんだけど、 Core i7 2600K(quad core, hyper-threading)で8並列で流してるのに 1スレッドしか動いてないみたい(CPU使用率が13%までしか上がらない・・・) だいぶ古い情報でPCchem infoのブログにも少し書いてあるけど、現在のVerでもMP2のoptimizeは並列化されてないの？ 242 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/23(金) 10:36:12.50 ] 知らんがな。 それは量子化学とは関係ないだろ。 計算機化学やってる人でもPCに詳しくない人も多いよ。 243 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/23(金) 11:09:44.78 ] 定期的に同じ話題がでるNE 244 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/09/23(金) 16:13:44.00 ] FireflyでMP2の構造最適化をやってるんだけど、 Core i7 2600K(quad core, hyper-threading)で8並列で流してるのに 1スレッドしか動いてないみたい(CPU使用率が13%までしか上がらない・・・) だいぶ古い情報でPCchem infoのブログにも少し書いてあるけど、現在のVerでもMP2のoptimizeは並列化されてないの？ 245 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/02(日) 15:51:03.72 ] 天皇カルトとＧＨＱが呼んでいたことだけは 覚えておいたがいい。 その天皇カルトをＧＨＱは利用したがね。 只の人間や、只の人間の家系を尊ぶなど 時代錯誤であり、人が人として、この世に生まれさせられた 意味を否定する、迷信でしかない。 そんなものは、ゴミ箱に捨て去り、 人の心の平安は、別次元に求められるべきであるのは 当然のことだ。 天皇という存在が、近代になって 日本人に与えたものは、 「惨禍」でしか無かった筈だ。 取り巻きは別だろうが、 大多数の日本人にとってはね。 246 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/11(火) 04:27:55.55 ] ROHFとUHFの違いって何ですか？ 数式を使わずに教えて下さい。 247 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/11(火) 23:40:19.65 ] ROHFは内殻の方はαとβで同じ空間軌道を用いる。 UHFは内殻も別の空間軌道を用いる。 248 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/12(水) 00:40:34.72 ] 話題がないようなのでMP9からは質問スレに変更ということで 249 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/12(水) 01:35:04.60 ] このスレ埋まるのに2-3年かかるんじゃねえのｗ 250 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/12(水) 07:44:06.70 ] ログにあったMP6は140レス／年だったので5年はかかるな 人がいないのか話題がないのか・・・ とりあえず次スレの内容を決めておこうぜ 【猫を】量子化学質問スレ-AM1【虐待するな】 タイトルは↑でどうよ 251 名前：sage [2011/10/17(月) 16:15:51.33 ] Gaussian09M と GaussView3.09をMac OS X 10.5.8(Intel Mac)で使ってるのですが、 分子軌道図等が表示できません。 Edit > MOs... の画面だとどの軌道をクリックしても出てきませんし、 Results > Surfaces... はクリックしても反応しません。 formchkしたfchkを使っても同じですし、 www.hulinks.co.jp/support/gaussian/tutorial_gv.htmlのfchk（g03で計算した物）を使っても同じです ルートセクションや理論が特定のものでないとダメなのでしょうか？ それともなにか別の根本的な問題なのでしょうか？ 252 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/17(月) 18:00:48.89 ] >>251 MOから表示したい軌道を選択してvisualize 精度などの詳細を決めてshowをクリック 描画計算が入るから表示には数分程度かかる 253 名前：あるケミストさん [2011/10/17(月) 22:23:34.50 ] 混成軌道についての問題 CuInSe2のすべての結合軌道が2個ずつの電子で埋め尽くされていると、 それはもとの銅、インジウム、セレン原子におけるどの軌道の電子何個 によって形成されているのか説明せよ。 Cuの4s軌道の電子1個、Inの5s軌道の2個、5p軌道の1個 (Seの4s軌道の2個、4p軌道の4個)×2の計16個で合っていますか？ 254 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/18(火) 15:46:49.04 ] >>252 水分子一個のHOMO, LUMOの表示だけで３０分以上も時間がかかるものなんですかね…？ 計算が終わる気配が全くしないです 255 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/18(火) 15:54:17.63 ] 一瞬で終わるよ 256 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/18(火) 18:10:55.40 ] >>254 スペックが分からないと断言できんが、gauss viewが動くPCなら水分子程度なら一分もかからんはず 何かやり方が間違ってそうだからマニュアルでも確認したほうがいい スクショでも貼ってくれれば何か分かるかもしれんが 257 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/18(火) 18:50:32.93 ] >>256 スペックは2.4GHz Intel Core 2 Duo/メモリ4GBです 水分子の構造最適化は６秒くらいで終わります スクショです iup.2ch-library.com/i/i0450984-1318929530.png（MOsを開いたところ） iup.2ch-library.com/i/i0450983-1318929530.png（HOMO,LUMOを選択したところ） やり方って、 g09計算後、チェックポイントファイル(.chk)をformchkコマンドでフォーマット化済みチェックポイントファイル(.fchk)に変換 ↓ フォーマット化済みチェックポイントファイル(.fch*)を読み込ませる ↓ MOsを開く で合ってますか？ あと、 fchkを読み込ませるときに、 「Can't find Gaussian freqchk utility. Will have no vibration data.」 って出るんですけど、それってなにか関係ありますかね？　 振動数解析だから関係ないとは思うんですけど… 258 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/18(火) 18:55:49.10 ] >>257 visualize→showを押してもMOが出ない？ そっちのスクショも ＞「Can't find Gaussian freqchk utility. Will have no vibration data.」 これはMO表示には関係ないはず 259 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/18(火) 18:58:05.60 ] ちなみに黄色反転は表示したいMOを選択してるだけだからその段階待ってても何も起こらないよ 260 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/18(火) 19:04:49.50 ] visualize→showじゃなくてvisualize→updateだったかも 手元に今無くて確認できんが 261 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/18(火) 21:53:15.50 ] >>258 visualize → update後のスクショです www.dotup.org/uploda/www.dotup.org2155455.jpg この画面からずっと変わりません… 262 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/18(火) 22:15:23.47 ] >>261 うーむ、これで待ってるとMOが生成されるはずだけど（水分子程度なら多分1分以内）、 なんらかのエラーで計算が止まってるとかそんな感じなのかな CPU消費してるプロセスにそれっぽいのがあるか確認してみたら？ もしダメならcubegenコマンドでコマンドラインから直接cubeファイルを作成してsurface画面で読み込むという手もあるよ 263 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/18(火) 23:08:13.81 ] >>262 あー、できない原因わかったかもです… CPU消費プロセスを見ようとアクティビディモニタを見たんですが、GaussView3.09ってPowerPC用だったんですね 僕が使ってるのはIntel Macなので、それだと表示はできても計算はできないってことなんでしょう… Surface画面が開かないのもそのせいじゃあないかと思われます とりあえず明日PowerPCがあればそれで試そうと思います…無かったら教授に買ってくれってせがもうかな ありがとうございました！ 264 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/18(火) 23:32:15.15 ] >>263 そんなことあるのかｗｗ gaussianがwindows　64bitで使えないっていう話は聞いたことがあるけど、macでもそんなことがあるのな 予算はどの研究室も大変だから、頼むならよく調べてからにしような おつ 265 名前：あるケミストさん [2011/10/30(日) 03:42:15.93 ] gaussian03を使い始めたばかりのものです。水分子の構造最適化などの 基本中の基本的なインプットファイルの書き方はなんとか理解できたのですが、 水分子のポテンシャル曲線（距離ーポテンシャルエネルギー）を計算するような インプットファイルの記述の仕方とアウトプットファイルのどのあたりを見れば いいのかがわからないので、ご存知のかたがいたらご教授お願いします。 まわりに、gaussianをやっている人がいなくて、手探り状態でやっていて大変困っています。 つたない文章で申し訳ないのですが、よろしくお願いします。 266 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/10/30(日) 10:56:47.81 ] >>265 www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_scan.htm 267 名前：あるケミストさん [2011/10/30(日) 19:30:31.54 ] ホストEATcf-161p211.ppp15.odn.ne.jp 名前： あるケミストさん E-mail： 内容： >>266 ありがとうございました。↓は、水分子で角度を104.5で固定して、 ＨとＯの距離ｒを0.96から0.05刻みで計算させたものです。 #p rhf/3-21g scan test Water RHF scan 0,1 o h,1,r h,1,r,2,a r 0.96 10 0.05 a 104.5 インプットファイルでｒを0.96ではなく0.05とかに変更すると エラーが出てしまいます。どうすればいいのでしょうか？ 268 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/01(火) 22:23:50.19 ] >>267 エラーメッセージ読め。なんで計算止まるのか書いてあるから。 たぶん0.05だと核間距離が近すぎるので計算止まってるだけだと思う。 269 名前：あるケミストさん [2011/11/11(金) 22:41:11.44 ] 各種計算ソフトで得られる結果の有効桁数はどの程度なのでしょう？ 270 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/11(金) 23:27:16.22 ] 計算に有効数字という概念自体ないと思うけど 271 名前：あるケミストさん [2011/11/11(金) 23:32:08.81 ] でも、単精度、倍精度とかあるじゃないですか。 272 名前：あるケミストさん [2011/11/11(金) 23:48:22.93 ] >>268 r=0.1にして10点分打った時のポテンシャルエネルギー探索時のエラーが、 「Inaccurate quadrature in CalDSu.」 と出ました。 r=0.2〜2.05の範囲でなら正常に計算できました。 初歩的なことかもしれないのですが、核間距離が近すぎたり、遠すぎたりすると 計算できないのでしょうか？ 273 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/12(土) 02:25:39.51 ] >>271 SCFの収束条件ならばアウトプットに書いてあるはず 274 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/12(土) 08:41:48.83 ] >>272 極端に近かったり、遠かったりするとSCFこけることありますよね。特に遠いと開殻系に近くなるし、計算方法そものに問題が出てくるかと。電子相関考慮の方法でやらないといけない場合もたまにあるんで、前例とか類似の系を調べるのも手です。 275 名前：274 mailto:sage [2011/11/12(土) 08:48:41.13 ] 追加 SCF収束オプションを見直すべし。 276 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/12(土) 14:01:18.62 ] >>272 極端に核間距離が短いと核同士の反発が近くなるし、電子の反発も強くなるのでSCF収束しにくいはず。 そもそも、平衡核間距離よりも非常に短い部分のPES描いてもあまり利点はないと思うけどな 277 名前：274 mailto:sage [2011/11/12(土) 15:12:11.29 ] たしかに... 278 名前：あるケミストさん [2011/11/14(月) 08:14:09.20 ] >>276 結果のＳＣＦ収束条件を探してみます。 今は、Gaussianを使い始めたばかりなので試しに、簡単な分子のPESを計算 させているのですが、できれば２つの分子間に働く非経験的ポテンシャルをフィッティング したいと思っています。 たとえば、He+(イオン）と水分子間のポテンシャルを計算させることってできますか？ 279 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/18(金) 11:39:48.13 ] >>278 もちろんできる 280 名前：あるケミストさん [2011/11/18(金) 13:09:09.79 ] 電波テロ装置の戦争(始) エンジニアと参加願います公安はサリンオウム信者の子供を40歳まで社会から隔離している オウム信者が地方で現在も潜伏している それは新興宗教を配下としている公安の仕事だ 発案で盗聴器を開発したら霊魂が寄って呼ぶ来た <電波憑依> スピリチャル全否定なら江原三輪氏、高橋佳子大川隆法氏は、幻聴で強制入院矛盾する日本宗教と精神科 <コードレス盗聴> 2004既に国民20%被害250〜700台数中国工作員3〜7000万円2005ソウルコピー2010ソウルイン医者アカギ絡む<盗聴証拠> 今年５月に日本の警視庁防課は被害者SDカード15分を保持した有る国民に出せ!!<創価幹部> キタオカ1962年東北生は二十代で2人の女性をレイプ殺害して入信した創価本尊はこれだけで潰せる<<<韓国工作員鸛<<<創価公明党 <テロ装置>>東芝部品)>>ヤクザ<宗教<同和<<公安<<魂複<<官憲>日本終Googl検索 281 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/18(金) 18:11:01.26 ] 学部生が量子・計算化学系の研究室でまともにやっていくには配属以前にどの程度の知識をつけておかなければなりませんか？ 200ページ前後の量子化学の教科書を押さえておくだけでは足りませんかね それとプログラミングスキルは必須ですか？そうだとしたら何の言語学んどけばいいんでしょうか 282 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/18(金) 18:58:18.95 ] >>281 本によるけどそのくらい読んでおけばどうにかなると思う。 プログラムは組めた方が後々役立つ。やるとしたらFORTRAN 283 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/19(土) 11:55:56.99 ] FORTRANなんて化石じゃないですか？ 284 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/19(土) 12:37:25.09 ] 計算方法の開発じゃなくて計算で反応の解析するなら 量子論以前の考えだとどうなるのか分かるようにしといた方が いいと思うんだが 心配ならここで聞くよりも狙ってる研究室行って聞いて来い 一応勉強してるなら邪険にはされないだろ 285 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/23(水) 19:36:31.54 ] >>283 昔からあるプログラムは大体Fortranだから GAMESSもGaussianも 286 名前：あるケミストさん [2011/11/25(金) 17:22:29.92 ] >>279 試しに簡単そうなAr-Arの分子間ポテンシャルを求めてみようと、 Ar-ArについてMP2/6-31++G(d,p)でscan計算してみたのですが、 www.rafal.co.jp/LJ(6-12).pdfのサイトのようなＬＪポテンシャル と比較してみたら、2桁オーダーくらい違ってしまいました。 比較対象がＬＪポテンシャルだから違ってしまうのでしょうか？ それとも、根本的に計算過程が間違っているのでしょうか？ もし何か良いアドバイスがあったら、お願いします。 287 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/25(金) 17:32:54.85 ] 質問です。 DFT計算にsiesta(ver2.0)を使用しているのですが、 有効溶媒近似を用いた計算の方法で悩んでいます。 どなたか手順をご存じないでしょうか？ 288 名前：あるケミストさん [2011/11/25(金) 18:17:50.09 ] >>286 そもそもエネルギーの単位換算間違えてるとかじゃねーの 289 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/28(月) 01:24:09.40 ] じゃねーよ、カス 290 名前：あるケミストさん [2011/11/28(月) 11:11:08.94 ] >>288 単位換算は間違えてないと思います。何度も確認しました。また、単位換算を 間違えた時のようなグラフにはなっていませんでした。 Ar-Arの分子間ポテンシャル＝（Ar-Arのscan計算）−2×(Arのscan計算） この方法で計算すれば、いいのですよね？ 291 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/11/28(月) 11:39:36.60 ] >>290 普通は、 （Ar-Arの距離ｒでのエネルギー）−（Ar-Arの無限遠でのエネルギー） ではないかと思うけど、その式でもそんなに誤差が出るとは思いないですけども。 こちらでMP2/aug-cc-pVTZで計算したら、平衡核間距離近傍と無限遠の差が0.5mHartreeくらいだったので、LJのと較べて同じ程度のオーダーになってました 292 名前：あるケミストさん [2011/11/28(月) 21:45:18.93 ] >>291 291さん、ありがとうございます。 基底関数をaug-cc-pVTZにしてもう一度計算してみたいと思います。 293 名前：あるケミストさん [2011/11/29(火) 15:43:28.07 ] >>291 もう一度、MP2/aug-cc-pVTZで計算してみたら、MP2のほうの計算が LJポテンシャルと近くなりました。 いままで、Ar-Arの無限遠でのエネルギー）の値ところを使わなかったのが 誤差が過大になってしまう原因でした。おかげさまで助かりました！ 294 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/12/03(土) 01:06:25.68 ] もう計算化学にスレタイ変更だな 295 名前：あるケミストさん [2011/12/03(土) 01:28:13.70 ] 知的財産・受験生ブロガーの一覧 士業名鑑 www.samrai-index.com/04benrishi/benrishi_blogJ.htm 弁理士試験ストリート benrishi-street.com/ 296 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/12/03(土) 23:11:11.01 ] 計算科学と量子化学の違いを3行くらいで頼む 297 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/12/04(日) 00:07:20.16 ] 計算科学は化学に限らず物理学等も含んで計算機やら計算を用いた科学全般を指す 量子化学は量子力学を化学に応用したもの。 298 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/12/04(日) 00:33:01.91 ] 量子化学の教科書や参考書について質問です。 古典的名著と、現代の代表的な本を、それぞれ和書と洋書で教えて下さると嬉しいです。 299 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/12/04(日) 00:45:45.46 ] >>298 求めてるものと違うかもしれんが、 藤永茂 入門分子軌道法 今俺も読んでるけど分かりやすくて感覚を掴むのにちょうどいい感じ 式の変換、導出などは省略してることが多いから別の教科書は必須だけど この著者の入門じゃない方の分子軌道法という本は絶版だったけど、名著ということで最近復刻版が出たらしい 金に余裕が出たら買おうと思ってる 300 名前：あるケミストさん [2011/12/07(水) 01:37:36.28 ] スピン多重度についてなのですが、原子のスピン多重度の求め方は わかるのですが、分子Aー分子Bとなっている系全体のスピン多重度は どのように求めたらいいのでしょうか？ 例えば、酸素（３重項）―水分子（１重項）となっているような系の スピン多重度はどうやって計算すればいいのかがわかりません。 301 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/12/07(水) 02:10:46.13 ] ワイが聞いた情報によると、もうじき中国はバブルがはじけて昔の貧乏な中国に戻るらしいで もう経済は破綻してて、取り戻すのは無理なんだそうや その世界ではごっつい有名な政府関係者筋から聞いた確かな情報やで まあお前ら頭の良い連中には、今さらなくらいのネタやな、 お前らからすればもう常識的なくらいの知識やろ？ 302 名前：あるケミストさん mailto:sage [2011/12/30(金) 14:22:46.33 ] 今年ももうすぐ終わり。 量子化学の話題がもっと増えますように。 303 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/01/06(金) 12:34:48.77 ] 保守 304 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/01/13(金) 14:34:48.90 ] 保守 PPP 305 名前：あるケミストさん [2012/01/15(日) 11:31:39.23 ] 相変わらず過疎 306 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/01/16(月) 14:50:09.04 ] 過疎ヒュッケルp(^-^)q 307 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/01/19(木) 16:59:48.34 ] 保守 308 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/01/21(土) 01:07:20.23 ] :DFT <= 横向いて前屈してる人 309 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/01/23(月) 14:59:16.90 ] :D 過疎ってる F T 310 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/01/26(木) 01:17:53.88 ] CCSDTQ56789.... うつらうつら 311 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/01/28(土) 14:53:15.71 ] 平和だなあ。 312 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/02/02(木) 09:49:18.15 ] CISDTQ56789... 保守しとかなくては。 313 名前：あるケミストさん [2012/03/07(水) 16:29:53.44 ] E=mc^2 に1/2が付かない理由をわかりやすく教えて下さい。 314 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/07(水) 16:42:23.03 ] その式が表すエネルギーは運動エネルギーではなく静止エネルギーだから 315 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/08(木) 23:55:24.82 ] ttp://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%9D%99%E6%AD%A2%E3%82%A8%E3%83%8D%E3%83%AB%E3%82%AE%E3%83%BC 316 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/13(火) 21:58:42.07 ] 旧宮家復帰を支える右翼団体『日本青年社』が暴力団『住吉会』系であることは国会でも証明されている。 136-参-地方行政委員会暴力団員…-2号 平成08年06月06日　kokkai.ndl.go.jp/　 ○有働正治君　 【質問】警察の方にお尋ねします。日本青年社の最高顧問・西口茂男なる人物は、住吉会とはどういうかかわりがありますか。 ○説明員（植松信一君） 【回答】日本青年社最高顧問・西口茂男と、住吉会会長の西口茂男については同一人物と見ております。 水野孝吉・救う会新潟＝『日本青年社』総本部・時局対策局長＝「NPO新潟海難救助隊・隊長」 小林楠男・小林会（『住吉会』系）会長＝『日本青年社』会長 西口茂男・『住吉会』会長＝『日本青年社』最高顧問 結論。巨大暴力団に食い込み、金を搾り上げて権威を与える「旧宮家」連中など日本の、いや人類の 恥であり、日本人の名に値しない。暴力団排除法にもとづいて社会から追放するべき。 317 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/19(月) 21:09:11.31 ] どうにも行き詰まってしまったので、こちらで質問させて頂きます。 スピン非制限DFT計算結果から、自然軌道の図をcubeで書き出そうとしたのですが上手くいきません。 自然軌道を書き出す際、通常ですとcubeファイルを実行する前に guess=(save,only,naturalorbitals)のキーワードを用いて チェックポイントファイル中の軌道情報を自然軌道に置き換えますが、これが上手く行きません。 どなたか解決法をご存じないでしょうか？　よろしくおねがいします。 318 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/21(水) 22:46:48.46 ] まず何のエラーで止まったかを調べられたが良いかと 319 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/22(木) 17:10:46.15 ] >>317 NOを計算するのは　population=naturalorbital では… 320 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/25(日) 23:51:10.92 ] ここの連中の量子化学の知識の無さに驚いてる。 最低限、下記文献が理解できてからこのスレに来てもらわないと、 コミュニケーションすら成り立っていない。 大学生が多いのだろうけど日本の将来が心配になるほどレベルが低すぎる 【参考文献】 Gaussian, GAMESS, Firefly等のmanual 量子科学入門(上)(下)　 米澤他　化学同人　その他の量子化学専門書 すぐできる量子化学計算ビギナーズマニュアル　平尾他　講談社サイエンティフィック 321 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/26(月) 01:03:03.64 ] これは新しいステマですね 322 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/26(月) 04:44:24.07 ] >>320 おいおい、最後のやつはレベル低いだろ 323 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/26(月) 08:43:11.84 ] レベルが低すぎるとか偉そうなこと言うのにタイポ 人をディスる時は慎重にやれよ 324 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/26(月) 15:07:46.45 ] 業者だからほっとけｗ 325 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/27(火) 00:00:28.80 ] 疲れる連中だなｗ 第一原理計算について語ろう！ 量子化学計算とバンド計算の違いについて述べよ。 326 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/27(火) 00:01:21.40 ] マジレスすると名著は何ですか教えろください 327 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/27(火) 00:09:31.74 ] ＭＭ法、ＭＤ法、ＱＭ法の違いについて 328 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/27(火) 00:11:45.35 ] ＨＦ、ＤＦＴ、ＴＤ−ＤＦＴの違い 329 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/27(火) 00:25:51.59 ] 一重項状態、二重項状態、三重項状態、とは 330 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/27(火) 01:04:27.07 ] シュレーディンガーと猫の関係とは 331 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/27(火) 22:54:55.50 ] >>330 量子化学とどんな関係があるの？ 332 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/27(火) 22:57:06.75 ] いつからこんなに低レベルになったんだ？ 大学の先生のレベルが落ちたのか？ 333 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/27(火) 22:58:22.66 ] 箱の中の精子は量子化されている 334 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/27(火) 23:05:06.68 ] シュレディンガーなんて多体問題すら解けないと分かって言ってるのか？ 335 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/27(火) 23:08:28.14 ] 女体問題 336 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/28(水) 01:01:47.42 ] >>320,332 は同一人物 乙 337 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/28(水) 10:35:43.51 ] >>336 そうだがなにか？ エンジニアだが学者でも業者でもない。 338 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/28(水) 10:40:57.64 ] ナノテクやりたいなら量子化学くらい小学校の授業くらいにならないとダメだ 339 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/28(水) 20:33:01.64 ] >>338 自ら学べない、おこちゃまにはできないよｗ 340 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/28(水) 21:56:32.94 ] www5.hp-ez.com/hp/calculations/page1 これを全部理解してからここに来い。 話しはそれから聞こう… 341 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/28(水) 23:18:25.01 ] >>337 2chでレスの内容のクォリティ求められてもｗ 書く場所違うんじゃねーのｗｗｗ 342 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/29(木) 01:34:09.50 ] >>341 2chでは君のようなレスをスレチと呼ぶ 343 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/29(木) 02:15:05.93 ] >>342 ? 344 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/29(木) 06:38:47.93 ] >>340 GAMESS、Gaussian、、、全部理解しているなんて素敵 345 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/03/30(金) 23:42:48.33 ] TDDFTから励起エネルギーは計算できるんだが、 軌道エネルギー（真空準位0eVからのエネルギー値） はどうやって求めるんだ？ 346 名前：あるケミストさん [2012/03/31(土) 17:04:23.66 ] GAMESSのCASSCF+MRMP2で励起エネルギーを計算しましたが、 TDDFTで出力されるような遷移モーメントが出力されません。 どうやって求めればよいでしょうか？ 347 名前：あるケミストさん [2012/03/31(土) 22:39:53.46 ] >>346 マニュアルの$transtのところよく読んでください。デフォルトだと出力されないです 348 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/01(日) 17:28:17.16 ] FireflyのBasis setにBP86？, LC-BOPがないんだが、 TD-B3LYPの精度はどう？ 349 名前：あるケミストさん [2012/04/01(日) 17:30:18.47 ] Basis set…？ 350 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/01(日) 18:22:31.33 ] >>349 恐らく >>348 は極めて高度なシャレなんだと思う ヒントは日付だけでかなり難解だった 351 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/02(月) 01:44:00.96 ] >>349>>350 Hybrid DFT関数のことな。これぐらい分かんないかな。 TD-DFTのB3LYPの精度訪ねてるだけなんだけど。。。 352 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/04(水) 20:58:16.82 ] B3LYP CABB3LYP, LC-BOP, LC-BLYP 精度比較した人いる？ 353 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/04(水) 20:59:31.69 ] CAMB3LYPでした 354 名前：あるケミストさん mailto:age [2012/04/08(日) 06:06:43.82 ] 半導体のバンドギャップは、クラスター法では HFでもDFTでもTDDFTでも実験とは合わない。 Gaussianではユニットセルによる周期的境界条件が使えるが、 試した人はいますか？ 355 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/08(日) 08:01:33.39 ] 　　　／) 　／) 　　/ 　⌒　 ヽ　　 ／￣￣￣￣￣￣　 　 | ●_　●　 |　＜ ↑↓パチンコと売春の「うんこ日本」に生息してる発達障害者（チビ、ブサ、異性にもてない）のお猿さん♪♪ 　(〇 〜　 〇 |　　＼ 　/　　　　　　 |　　 　|　　　　 |_/　| 356 名前：あるケミストさん [2012/04/15(日) 16:31:30.48 ] >>347 有難うございました $transt読んでみましたが、遷移モーメントはMPLEVL=0でしか計算できないとかいてありますね。 励起エネルギーはMRMP2で動的電子相関を考慮しているのに、それに対応する遷移モーメントは 摂動をかけられないということでしょうか・・・ 357 名前：あるケミストさん mailto:age [2012/04/15(日) 22:16:02.13 ] 双極子モーメントは(-)→(+)だったな。 Mulliken chargeから計算してるんだろうか。 予想した結果と違った。 結晶構造は量子化学計算では歯が立たない 量子化学計算も早く周期的境界条件が使えるようにならないかな。 358 名前：あるケミストさん [2012/04/15(日) 23:10:40.76 ] >>356 GAMESSの仕様でMRMP・MCQDPTの電子密度は計算しないので、MCSCFレベルの遷移双極子モーメントしか計算できません… なので、MCSCFレベルで遷移双極子モーメントを計算するか、あるいは、遷移双極子モーメントのエネルギー部分だけMCQDPTのエネルギーに差し替えるような工夫がされることが多いと思います。 359 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/17(火) 00:02:50.36 ] >>358 有難うございました MCQDPTの励起エネルギーと対応するのかどうか、 一度MCSCFレベルでも遷移双極子モーメントを計算してみることにします。 360 名前：あるケミストさん [2012/04/17(火) 00:18:40.29 ] 以前、結合距離のPESはできたのですが、この度二面角のPES計算でハマってしまいました。 GAMESSでポテンシャルエネルギー面の計算を試みています。 ビフェニルの二面角の回転障壁を求めたいのですが、 まずGamess(US)にて検討したところ、$SURFのマニュアルによると、できるのは結合距離のみで、二面角のPESはできないと書いてありました。 そこで、FireflyでRUNTP=SURFACEとしてun-relaxed PESを試したところ、今度は内部座標から直交座標の変換処理で"DID NOT CONVERGED"となって途中で終了してしまいました。 PESの入力例自体の情報が少なく、困ってしまっています。 よろしくお願いします。 361 名前：あるケミストさん [2012/04/17(火) 01:36:07.87 ] opt=z-matrixから遷移状態となる距離ｒを予測(Eや傾きから)した後、その距離でopt=ts,calcfc,z-matrixをしたらｒの値が全然違うものでした 一応遷移状態にはなってるようなのですがこれはどういったことが考えられますかね？ 362 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/22(日) 01:43:30.66 ] >>357 結晶構造の量子化学計算による安定化って， 周期的境界条件云々よりも分子間相互作用の計算精度が 大抵のhybrid-DFTで微妙なことのほうが問題だと思うんだけど， 最近は変わってきたんだろうか。 363 名前：あるケミストさん mailto:age [2012/04/22(日) 04:24:38.77 ] >>362 B3LYPは物理吸着ファンデルワールス力には無力とも言われる。 分子構造では圧倒的な精度を誇るHybrid-B3LYPだが、 結晶構造になるとBandgapがOver-estimateになってしまう。 むしろGGA(PBE96)あたりに半値幅をもたせるとそこそこ使える。 アモルファス構造になるとhybrid-B3LYPの方が精度が良くなる。 HFやMP2はband計算にはまったく使えない。 本当に化学計算でも合ってるのかはなはだ疑問である。 特にIP,EAあたりKoopmansの定理は破たんしてないか？ 364 名前：あるケミストさん mailto:age [2012/04/22(日) 04:33:38.97 ] TDHFもTDDFTも結晶構造は同じ傾向にある。使えない。 365 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/22(日) 17:30:01.54 ] >>362>>363 分子間相互作用の計算に使える基底ってどんなの？ 366 名前：あるケミストさん mailto:age [2012/04/22(日) 18:53:36.26 ] >>365 分子間相互作用は全部使える。 ファンデルワールス力の計算は交換相関関数による。 367 名前：あるケミストさん [2012/04/22(日) 19:34:00.88 ] 【量子力学】NECなど、CQPS効果で磁束が反磁性に反して量子的にトンネルする現象を確認 engawa.2ch.net/test/read.cgi/news/1335089470/ 368 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/23(月) 19:46:27.66 ] 量子化学専攻したら就職が厳しくなりそうで怖い 369 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/23(月) 22:49:01.10 ] >>368 実験の技術が身につかないからなぁ 理論屋なら本場物理にごろごろいてそいつらも仕事無い状況だし 370 名前：あるケミストさん mailto:age [2012/04/23(月) 23:23:58.43 ] >>368 学生時代は基礎理論をしっかり勉強しておけ 量子化学も知らない奴は使い物にならんぞ 物理化学屋を捨てて営業でもやるなら別だが もっとも量子化学ですらどこまで使えるか疑問だが 371 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/23(月) 23:45:03.20 ] 修士で就職するなら何を専攻してもそれほど関係ない、というと 言い過ぎだが、学生が思っているほどには関係ない だいたい化学枠で採用されるので、物理に比べると職がある 博士まで行けば話は違うが、それでも物理よりはあるか 372 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/25(水) 01:41:41.08 ] >>57 院試で基礎の量子化学の問題があるんだけど、読みやすい本教えてや 373 名前：あるケミストさん [2012/04/26(木) 18:07:31.44 ] 専門じゃないので教えて下さい 20原子ほどの系なんですが、UB3LYP/6-31+G(d) TD-DFT optという計算がしたい。 安定な構造が見つからないようなんだよね もっと系を小さくすべき？ 374 名前：あるケミストさん mailto:age [2012/04/26(木) 22:22:51.45 ] >>373 TDDFTの開殻計算も最適化も不可能だ。 閉殻系で低基底/高基底２段階最適化したあと、 閉殻系でTDDFT一発計算汁！ 375 名前：373 [2012/04/27(金) 10:54:35.38 ] >>374 最適化も不可能なんですか。 以前に別の系で正常に計算が終了したことがあったのですが、たまたま？ 開殻計算やるなら UHF CIS の方がいい？でも確か定量性ないんですよね。 376 名前：373 [2012/04/27(金) 11:03:19.87 ] 正常に終了したのは、閉殻系のTDDFTによる励起状態の構造最適化なんですけど 377 名前：あるケミストさん [2012/04/27(金) 21:21:43.10 ] >>376 GaussianにもGAMESSでも一重項励起状態なら構造最適化できるけど、開殻はいずれにも実装されてない 378 名前：373 mailto:sage [2012/04/28(土) 04:30:11.00 ] そうなんですね、ありがとう御座います。 また検討します。 379 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/04/29(日) 17:30:05.47 ] >>375 Gaussianで励起状態の構造最適化するための 具体的なインプットファイルの作り方をご教示下さい。 380 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/05/01(火) 18:24:25.00 ] >>379 #TD b3lyp/6-311G** opt でやりましたよ 381 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/08(金) 13:27:37.17 ] GaussianのDFTで希土類金属の錯体を計算するときって何の基底系使った方がいいですかね？ 今はB3LYPでCEP-31G使ってみてるんですが 382 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/09(土) 11:41:21.15 ] >>381 SDDのECPと基底使うのはどうでしょう。CEP-31Gだと小さいのでは。 383 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/11(月) 08:46:06.76 ] >>382 ありがとうございます やはりCEP-31Gでは小さいですかね、SDD使ってみます GaussianのECPには他にLanL2DZがありましたが、いまいち違いがわかりません 相対論の取り扱いの違いでしょうか？ こればっかりは実際に計算してみるしかないのですかね、、、 384 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/12(火) 12:33:09.13 ] 励起状態の遷移状態解析を行いたいのですが以下のインプットで計算を流すと #p td(root=1) b3lyp/6-31g(d,p) opt(TS,NoEigenTest,calcFC) 次のようなエラーが生じます No analytic 2nd derivatives for this method. どのような対処をすれば最適化が行えるのか指導いただければ幸いです 385 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/12(火) 23:44:31.88 ] >>384 「解析的二階微分が実装されていない」という意味のエラーですね。 このエラーが出ると言うことは、少なくともこの汎関数では励起状態のTSを求めるのは不可能、ということになります。 確かではないのですが、一部の汎関数に対しては解析的二階微分が実装されていたような気がします。他の汎関数を試みるか、TDDFTではなくCASSCFなどを試みるのがいいのではないでしょうか。 386 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/13(水) 15:34:38.22 ] >>385 なるほど. このインプットでは解析的二階微分を含んだ計算が出来ないのですね. 必要としないコマンドを探したいと思います. ありがとうございました. 387 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/15(金) 21:06:24.09 ] 過去ログ読んでたら電荷密度の計算はAIM使えとありましたが、そんなコマンドGaussianにありましたっけ？ 388 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/21(木) 17:46:08.84 ] 振動数の計算をしたら虚の振動が2つ出てきました 1つのときは遷移状態だと本には書いてあったのですが、２つのときは一体どういう状態なんでしょう？ 389 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/21(木) 21:53:45.80 ] ２つの基準振動モードに対応する構造の変位に対して、 エネルギー極大があるということ 可視化ツールで虚振動のアニメーションを表示して、 そのとき振動している変位のポテンシャルエネルギー 曲面が上に凸ということになると思う 390 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/22(金) 02:56:31.99 ] >>389 ありがとうございます 理屈ではそうなんだと思うのですが、結果の取り扱いとしては構造最適化に失敗しているとしていいのでしょうか int=Ultrafineを入れて計算したのですが、あとは初期構造いじるしかなんですかねー 391 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/22(金) 18:59:09.94 ] 初期座標が悪くて構造最適化できてないか、その分子が安定に存在しないかじゃない？ 392 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/06/22(金) 19:25:59.96 ] >>390 構造最適化後の虹微分を計算しているなら、最適構造でないということ それは虚振動が１つだろうが２つだろうが同じ 構造最適化で虚振動が出る場合は初期構造を変えないと平衡構造はまず得られない 虚振動を可視化して、振動している自由度（結合距離なのか、結合角、二面角なのかよくみる）を 振ってPES計算をして、PESでエネルギーミニマムになる構造から最適化をスタートすると良いでしょう 393 名前：388 mailto:sage [2012/06/22(金) 22:51:38.33 ] >>391-392 配座異性体の計算してたので、こいつは安定に存在しないってことで決着つけようかなぁと思ってます 他の異性体は最安定構造に落ち着いてくれました 異性体間で熱力学的にどちらが安定かを議論するには、freqのアウトプットにあるゼロ点エネルギー補正したエンタルピー値を比較すれば大丈夫ですかね？ また、ここで出力されているエンタルピーは、ポテンシャル（全電子）エネルギーを内部エネルギーとしているみたいなので 普通の物理化学に出てくるようなエンタルピー値とは比較するのは無理でしょうか？ kJ/molに換算したら凄まじい値になったので、、、 質問ばかりですみません 394 名前：あるケミストさん [2012/07/18(水) 23:54:32.88 ] 学部1年なんですが、量子化学わからないです 複雑な式ばっかなんですけど覚えないといけないですよね？ 395 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/07/19(木) 00:22:23.27 ] >>394 試験を乗り切るためなら覚えよう。 そうじゃないなら、これからは本に載ってることは無理に覚える必要ないんじゃない。 396 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/07/19(木) 00:43:49.63 ] >>395 ありがとうございます 大学院の試験にも量子化学があるからやっぱり覚えたほうが良いですね 397 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/07/19(木) 00:44:56.83 ] >>394 学部1年で量子力学を理解するのは、予備知識も必要な数学も足りないので非常に難しい。 それでも敢えてこの時期に量子化学を教えるのは、現代化学は基本的に量子力学の立場から理解されるものだから。 で、何を理解しておくべきかといえば、まず直感的な電子の軌道と量子力学から導かれるオービタルとが非常にかけ離れたものであって、しかし量子力学的なオービタルは実際の化学現象をよく説明する、ということ。 物理寄りの人間としてはあまりこの表現は好きではないけども、「混成軌道」の概念でメタンの構造が説明されるとかね。 化学としてはそのあたりだけども、量子としてはSchroedinger方程式が何を導くものなのか(何についての方程式なのか)とか、波動関数が何を表すのかとか、そういう基礎概念については、理解しておくべき。 398 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/07/28(土) 17:26:07.75 ] 一年生は微積と線形代数をやれ 最初の二年は物理頑張れ 役に立つから 399 名前：あるケミストさん [2012/07/28(土) 23:53:38.32 ] 大学生なら遊べ！ 理学部はどうせ遊べなくなるで 見た目もきもくなるで 400 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/07/29(日) 11:44:29.16 ] 童貞拗らせた 401 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/07(火) 08:48:26.67 ] Gaussian09でtransition statesが見つからないです。 どなたかご助言を･･･(´；ω；｀) 問題は、initial structureに関してfrequency計算をすると、 目的のモードだけがimaginaryになっているのに、 opt=(ts,noeigentest,readfc)で始めると、違うモードのTSを発見したり、 正しいモードを見つけようとしているけれどconvergence criteriaを満たさないです。 アルゴリズムをRFOからGEDIISにしたり、iop(1/8)を減らしたりしていましたが、それでもうまくいかないです･･･。 正しいモードから外れてしまうのは、calcallとか、数ステップごとにfrequency計算し直すぐらいしかないでしょうか。 後者はもうよくわかりません。 forceが十分小さくて、displacementだけ減らないとかなら救いようがあるのですが･･･。 402 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/07(火) 13:28:20.56 ] いいなー 折れもガウシアンほしい。 個人で買った人いる？ 403 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/08(水) 03:11:52.81 ] >>401 何か色々と変だね 404 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/08(水) 10:01:46.34 ] >>403 401です。申し訳ありません、どのあたりが変でしょうか･･･(´；ω；｀) あの手この手を駆使してもっともらしい構造を得て、 その上でモードを確認してTS計算を始めるのは定石と思っていました･･･。 アルゴリズムに関しては、経験上RFOで収束しない場合はGEDIISなら収束することがありましたので。 Newton-Raphsonは試していませんが。 405 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/09(木) 00:00:20.16 ] どこでエラーになっているかで対策は異なるよ 406 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/09(木) 09:39:14.50 ] >>404 前後の安定構造をもう一回見なおして、本当にTSの初期構造が妥当かどうかを 検討してみてはどうでしょうか。 方法はDFTですか？ ものすごく微妙なTSを求めたいのであれば、Gridの精度を上げるとか、 汎関数を変えるとか基底関数の質を上げるとかそういった処方も必要なのではないかと思います。 407 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/09(木) 09:45:37.71 ] >>405 エラーが出る前にwalltimeのリミットが来てしまいますからね･･･(´；ω；｀) 主な問題は401で書いたとおりですが、どちらかと言いますと、 振動してしまってconvergence criteriaを満たしてくれないことが問題です。 サイクル数は200~600 cyclesぐらいです。 iop(1/8=1)でも振動して収束してくれないのですよ･･･(´；ω；｀) 408 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/09(木) 20:03:00.18 ] >>406 ごめんなさい、遅くなりました･･･(´；ω；｀) ご提案ありがとうございます。 もう少し初期構造から再検討してみようかと思います。 scanとfixをやっていても、なかなかうまく収束しないこともあるようですし、 やはり初期構造依存なのでしょうね。 Gaussianさんはげgeometry optimizationに関してはずいぶん賢いのに。 方法はDFTです。 おそらく求めたいベクトルの振動数は50以下だと思います。 transition metalを含むので、すでにintegral=ulterafineではあるのですが、 basis setの数がすでに1,000近いので、計算コスト的に厳しいです･･･(´；ω；｀) 409 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/10(金) 00:29:54.93 ] 色々問題がありそうだけどとりあえずLoose付けて chkファイルをひたすら最適化し続ければいいのでは？ 410 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/10(金) 07:48:31.75 ] >>409 ご提案ありがとうございます(´；ω；｀) opt=looseは試したことがありませんでした。 今やっているconstraint optimizationによる初期構造がうまくいかなかったら、 試してみようと思います。 あと、どうやら遷移金属周りのforceがなかなか落ちないので、 gridまたはbasis setを増やせないか検討してみます(´；ω；｀) 411 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/11(土) 08:50:01.76 ] 遷移金属？Pseudo-potentialなの？ basis set 増やしたらもっと計算終わらなくなるのでは… 412 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/11(土) 17:46:15.79 ] >>411 遷移金属はLANL2DZを使っております。 SDDも考えていたのですが、d軌道が増えるので避けていました。 何回も計算に失敗しているより、basis set増やして成功するなら、 そっちの方が早いかと思いました･･･が、 すでにいくつか出ているtransition stateも再計算することを考えると嫌ですね･･･(´；ω；｀) 413 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/12(日) 11:10:01.50 ] >>412 置換基を省いたりしてもう少し簡単な問題におとしてみるところから初めてみてはどうでしょう。 反応の重要な部分だけ取り出してみてアタリをつけないとある程度大きな分子であればTSを探すのはかなりむずかしいかと……… 414 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/08/13(月) 14:25:18.17 ] >>412 すでに置換基をHで置換したものに対してはTSを出してあるのですよ。 それで、その構造を用いて置換基を戻して、活性部位をFixしてGeometry Optimizationをして、 さらに求めたいベクトルが関係する部分をFixしてGeometry Optimizationして･･･というところまでは終わっているのです。 難しいですね･･･(´；ω；｀) 皆様のおかげで、とりあえず二つぐらいそれらしいTSが見つかりました。 重ねてお礼申し上げます。 415 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/09/23(日) 01:52:32.99 ] optではYESが4つ並ぶのにfreqでは2つしか出てこない tightにしてもvery tightにしても結果が変わらないんだけど、どうすればいいのだろう 416 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/10/02(火) 22:45:32.54 ] 初歩的な質問かもしれませんが レーザー光の単色性について量子論から説明する場合どのように説明すればいいでしょうか？ 量子論においてエネルギーレベルはとびとびであることがシュレーディンガー方程式より表せれますが そこからどのように説明すればいいのか・・・。 417 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/10/02(火) 23:08:40.22 ] 単色性が高くないと発振しないんだよ それより宿題は自分でまともな資料を調べなさい 418 名前：あるケミストさん [2012/10/03(水) 00:42:38.72 ] >>416 自分もわからないことは人に説明しなくていいと思うよ♪ 419 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/10/03(水) 21:10:11.60 ] 短パルスレーザーは単色じゃないよって文脈の話じゃないのか？ もしくは、レーザーなんて高度なものを考える前に 低圧水銀灯から始めればいいんじゃねって思った。 420 名前： 忍法帖【Lv=4,xxxP】(1+0：8) mailto:sage [2012/10/04(木) 12:39:44.50 ] 最近量子化学の勉強を始めたものです。 水素分子イオンの波動関数とエネルギーについての記事を書いたので どなたか評価してくださると嬉しいです。 水素分子イオンの波動関数とエネルギー uproda.2ch-library.com/584827vL3/lib584827.pdf 421 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/10/04(木) 17:12:11.42 ] ざっと拝見いたしましたところ、たまに添え字が間違っているに思いました（式(8)(9)や(18)） あと、完全に個人的な感想になりますが、例えば式(92)のように、 変形していった結果としてゼロになるというわけではなく、 最後にゼロを付け加えて方程式を解く･･･という流れには、何となく抵抗があります。 回転楕円体座標なんて講義ではやらなかったなー･･･。 422 名前： 忍法帖【Lv=4,xxxP】(2+0：8) mailto:sage [2012/10/04(木) 18:16:46.13 ] >>421 記事をご覧になってくださってありがとうございます。 全てご指摘どおりのように感じます。(8)(9)(18)式は早速修正いたしました。 そこで迷惑ついでにお願いですが、 (92)式のようにあらかじめ0と分かっている場合の変形はどう記述したら 自然な流れになるでしょうか？教えていただけると助かります。 あと、回転楕円体座標についても記事に書いていますのでよろしければ ご覧ください。 回転楕円体座標とその体積素片 uproda.2ch-library.com/584866xFI/lib584866.pdf 423 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/10/04(木) 20:47:27.83 ] >>422 私個人的な書き方ですと、とりあえず式変形をして、 後から「上式がゼロとなるためには･･･」 などという書き方をしてきました。 もしくは、方程式の形（... = 0）を維持したまま変形したりもしました。 数学専門ではないですし、それよりも、流儀に依るところが大きいと考えております。 興味深い記事ありがとうございます。 424 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/10/05(金) 02:20:42.29 ] p.8とp.9ともに、「従って」以下の文が変です 数式をいじっているだけで、意味をよく考えていないのでは 425 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/10/05(金) 02:24:00.58 ] >>419 違うだろ 阿呆が茶々入れるのは有害かもねって思った 426 名前： 忍法帖【Lv=5,xxxP】(1+0：8) mailto:sage [2012/10/05(金) 17:40:26.86 ] >>421 >>424 ご指摘の点を修正して再UPしました。 なぜHe2分子は存在しないか？ uproda.2ch-library.com/585125yub/lib585125.pdf 高校レベルの化学で閉核構造だから当たり前、と一蹴されそうですが、 なぜ閉核構造だと安定なのか？がヘリウムについてはこれで説明できそうです。 因みに私の専門は化学じゃないので間違いもあるかもです。 ご指摘は大歓迎です。 427 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/10/06(土) 16:06:36.34 ] >>426 E_Hの定義は水素原子のエネルギーでしょうか。 それならば、Heの場合はE_\mathrm{He}ですね。 それと、1s軌道にも電子を書きましょう。 軌道が先にあって、そこに電子が入っていくのか、 はたまた、電子があるから軌道ができるのか･･･。 そこら辺の描像はどちらであれ、He2の準位が高い軌道も、すべてが反結合性軌道というわけではないと思います。 当然、真空準位よりもエネルギーが高いはずですが。 428 名前： 忍法帖【Lv=6,xxxP】(1+0：8) mailto:sage [2012/10/06(土) 18:29:41.16 ] >>427 確かにご指摘どおりですね。うっかりHeの場合もE_Hだと思ってしまってました。 あと、1s軌道にも電子を書きましょう、の意味が良く分かりません。 実際の軌道は結合性軌道と反結合性軌道の二つに分かれていて、 もはや1s軌道はあって無いようなものだと思うのですが、間違っているのでしょうか？ 因みに、エネルギーレベルで反結合性かどうか決まるのではなく、 エネルギーレベルが一定の距離で谷になることが結合性の条件と 認識しております。書き方が変だったら済みません。 429 名前： 忍法帖【Lv=6,xxxP】(2+0：8) mailto:sage [2012/10/06(土) 18:41:34.43 ] やはりここにUPしたのは正解でした。いろいろな知恵あるかたから 教えていただけたのは収穫でした。皆さんありがとうございます。 >>426を一部修正したファイルをUPします。結合性軌道と反結合性軌道の 波動関数の概形を書いたグラフも追加しました。 なぜHe2分子は存在しないのか？ uproda.2ch-library.com/585478lXt/lib585478.pdf もう一つ、構成原理？についての記事もあやふやな点が多いのですが、 皆さんの知恵をお借りしたく、UPします。 一般の原子の電子軌道について uproda.2ch-library.com/585422n8M/lib585422.pdf 430 名前： 忍法帖【Lv=6,xxxP】(3+0：8) mailto:sage [2012/10/06(土) 19:05:21.22 ] >>429 のなかで、追加したグラフの説明の部分でポテンシャルと書いたのは 間違いでした。正しくは\psi _1,\psi _2の値とすべきでした。 間違いが多くて済みません。 431 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/10/08(月) 08:45:54.55 ] >>428 どのように説明するのが一番いいのかわかりません。 件の1s軌道は反応前の水素原子由来の軌道です。 そして、反応前と反応後で電子の数は保存されているべき･･･と考えるのが納得してもらいやすいでしょうか。 427の二つ目の段落に関しては、計算化学をやっていると、 どうしてもpolarization functionを考えてしまうので、余計なことを書いてしまったようです。 水素原子に2s軌道があるとしたら、エネルギーは高くても結合性軌道ができると考えられます。 432 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/10/08(月) 09:23:27.74 ] >>429 どの点があやふやなのかわかりませんが、とりあえず構成原理が大きく関連する最後の節について。 まず単原子の場合は、m_lを区別することは一般には（外部ポテンシャルがない場合）できません。 量子化学計算ができる環境にあるならば、Hartree-Fock計算でもしてみてはいかがでしょうか。 「クーロンポテンシャルが下がる」は文脈的に適切なのでしょうか。あまりわからないです。 式(29)は、一般的な書き方ではm_lについては言及しません。 また、一般的な構成原理の説明では、3dの前に4sが来ます。 ですが、私の過去の計算によりますと、Sc以降は4sより3dが先に占有されていくようです。 433 名前： 忍法帖【Lv=7,xxxP】(1+0：8) mailto:sage [2012/10/08(月) 14:56:05.54 ] >>431 >>429の図は反応の前後を表したものではなく、反応後のみの電子配置を 表しています。分かりにくかったら済みません。 >>432 勉強を始めたばかりでまだHartree-Fock計算とはどんなものか分かりませんが、 調べて勉強をしてみます。また3dより4sの方が先に電子が埋まるということは 本で読んで知っていましたが、うっかり忘れてしまいました。しかし、 フントの規則とパウリの排他原理だけからではこの事実は導かれないよう なのでどう書くべきか思案中です。 クーロンポテンシャルが下がると書いたのは、実は憶測です。 電子同士の反発力がプラスのポテンシャルを生むのだから、近い方向に 電子が同じ向きのスピンで入ると反発力が生まれポテンシャルが高くなる、 と考えました。が、スピンについて実はあまりよく分かっておらず、 古典的な描像である、逆向きに同じ速さで回るこまなら、接触できる、 程度の理解しかありません。 434 名前：ぬこ [2012/11/02(金) 02:24:27.53 ] l 435 名前：ぬこ [2012/11/02(金) 02:26:31.09 ] すみません。テストでした。NWChem使っておられる方おりますでしょうか。TCEは凄いと聞いたのですが、どのように凄いのでしょうか。 436 名前：あるケミストさん [2012/11/13(火) 22:44:07.31 ] 初めまして。 Gaussianで、ナトリウムイオンNa+とクラスターイオンNa+(H2O)n、(n=1~6)の エネルギー安定性を比較する方法を教えていただけないでしょうか？ お願いします。 437 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/11/14(水) 16:59:56.31 ] >>436 Na+とH2Oを計算しておいて、さらにクラスターを計算して、 E(Na+(H2O)n) - E(Na+) - n * E(H2O)とやると、 クラスターを作ることによって得られる安定化エネルギーっぽいのが出てくると思われる。 あとは適当に熱力学補正でも加えておいてください。 438 名前：あるケミストさん [2012/11/15(木) 00:29:35.30 ] >>437 ありがとうございます。 熱力学補正と何なのでしょうか？ それは、構造最適化と振動解析を行えば、 Gaussianのlogファイルに出力されますか？ また、最終結果はΔHやΔGに変換できるのでしょうか？ 質問ばかりで申しわけありません。 439 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/11/15(木) 16:02:43.58 ] >>438 ここらへん参考にするといいのでは www2.itc.nagoya-u.ac.jp/pub/pdf/pdf/vol06_03/282_296kouza.pdf 440 名前：あるケミストさん [2012/11/15(木) 22:39:58.56 ] >>439 ありがとうございます。 参考にして、取り組んでいきます。 441 名前：あるケミストさん [2012/12/08(土) 08:31:11.35 ] GaussianのTD-DFTでS2蛍光を計算するときって、 Root=2で構造最適化してExcited State 2を見ればいいのでしょうか？ 442 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/12/20(木) 07:42:50.79 ] >>441 実際に計算をしたことはありませんが、 それでいいと思います。 443 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/12/20(木) 19:53:11.72 ] おまえらすげえな 444 名前：あるケミストさん [2012/12/22(土) 01:08:59.94 ] >>442 ありがとうございます。 ちなみに計算したところそれっぽい値が得られました。 445 名前：あるケミストさん mailto:age [2012/12/26(水) 01:32:36.25 ] >>437 それと同じ問題なのですが、結合乖離エネルギーも問題が起こります。 DE = E(MN)-E(M+)-E(N-)+α この補正αが分かりません。 446 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/12/26(水) 08:13:24.85 ] >>445 問題というのが、よくわかりません。 そもそも、量子化学計算で実験値をうまく再現できる結果を得るためには、 レベルの高い計算する、もしくは運がよくないと得ることができません･･･。 447 名前：あるケミストさん mailto:age [2012/12/29(土) 16:19:25.97 ] >>446 BSSE補正 448 名前：あるケミストさん mailto:age [2012/12/31(月) 12:22:34.09 ] オイ、お前らAhlrichsのGauss基底def2-TZVPPD（aug-cc-pVTZに相当）は、 どうやって入力するんだ？diffuse補正使いたんだが… def2-TZVPPまではDL出来たんだが、Diffusionはどうやって入力するんだ？ Gamess/FireflyのdiffuseをOnにすればいい？ Offと変わらないような気がするんだがどうよ？ 449 名前：あるケミストさん mailto:sage [2012/12/31(月) 17:50:20.90 ] >>448 EMSLとか他のプログラムからdef2-TZVPPDをとってきて、 それをインプットファイルに直接貼り付けるのが一番簡単だと思う。 なぜかEMSL見られないけれど。 exponentやcoefficientを自分で作って入力するのは厳しいかと。 GAMESS/Fireflyは使ったことがないから推測でしかないけれど、 diffuseをOnにしてもビルトインの基底の場合にしか使えないんじゃないだろうか。 450 名前：あるケミストさん mailto:age [2013/01/01(火) 01:53:07.03 ] >>449 ありがとうございます。激しく感謝です。 多分External BASISは、diffuse関数動いてないと思います。 私もEMSLアクセスできませんね。 451 名前：あるケミストさん mailto:age [2013/01/07(月) 01:26:20.50 ] >>449 EMSL見えるようになりました。 早速Ahlrichsの基底関数SVPD, TVPD with ECP DLしました。 Rnまで、DZやTZで計算できるようになれば申し分ありません。 これで重原子の遷移金属が計算できるようになりました。 Diffuse関数、augment使わないと精度の高い形状やエネルギー準位が求まらないのです。 精度の高い量子化学計算ではsp/dfの空間的広がりも必要となります。 一方でCPUタイムが長くなってしまうという欠点もあります。 452 名前：あるケミストさん mailto:age [2013/01/16(水) 00:47:59.94 ] def2-SVPD、def2-TZVPDいいわ。Rnまで高次基底が使えるね。 軽元素だけなら、aug-cc-pTZV/QZVが圧倒的に精度高いけどな。 453 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/01/16(水) 07:47:00.32 ] >>452 Rnまでならcorrelation consistentのbasis setがあるようだけれど･･･。 454 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/01/16(水) 19:48:42.87 ] 量子化学における相互禁制則って何ですか？グーグル先生もお手上げの様で… 455 名前：あるケミストさん mailto:age [2013/01/16(水) 21:39:38.11 ] 禁制則は、パウリの排他律で同じスピンは同一軌道上同一準位には来ないこと。 相互の意味は前後の文章読まないと分からん。 456 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/01/16(水) 21:55:24.28 ] >>455 なるほど！！！！！！！！謎が解けました！！！！！ CS2の2つのCS結合の伸縮運動はお互い独立ではない。 その時、お互いの結合の伸びの相互作用がある時、 ポテンシャルエネルギーはどのように表されるか。 また、このポテンシャルエネルギーを標準座標によって記述することは、 物理的にどのような意味があるか？ 図書館で借りてきた量子化学全集のこの問の答えがないんですが…分かる方いますか？ ちなみにこの問いのレベルって量子化学を学ぶ上では初級にあたるんですかね？ 457 名前：あるケミストさん mailto:age [2013/01/18(金) 22:45:29.21 ] まず国語を勉強しなさい。 量子化学の議論はそれからだ。 458 名前：あるケミストさん [2013/01/24(木) 21:01:39.81 ] Chemdrow大学の研究室であpグレードしたんだがMOPAC有料化しとる？ついてないんだがww あ、あとSOMOてどうやって表示させるの？？最近ラジカルやってるから知りたいんでお願いします。 459 名前：あるケミストさん [2013/01/25(金) 12:24:16.51 ] ChemDraw university なんてのができたのかと思ったじゃまいかw MOPACとか計算系はだいぶ前からアカデミックでは使えなくなってたと思ったけど定かでない（使わないから知らない） SOMOの表示ってなんだ ラジカルなら単に原子のそばに単電子（黒点）で示せばいいんじゃね あえてSOMOを強調するならローブ描いて中に黒点１個打つとか 電子のエネルギー準位なら横線ひいて↓↑でスピンを示す　直近の軌道数個でいいが SOMOだから最上位は当然１個な 460 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/01/28(月) 09:36:33.03 ] wwwww) 461 名前：あるケミストさん [2013/02/17(日) 05:00:12.75 ] 電子の非局在化で分子やイオンのエネルギーがなぜ下がるのか？ 462 名前：あるケミストさん [2013/02/17(日) 13:15:53.64 ] どうやったら説明できるでしょう たとえば量子論にはエネルギーが低いほうが安定なんて原理はありません あるのは熱力学だけ フント則なんてただの経験則でしかない わかりやすい古典的なものを持ちだして量子的な現象を説明できるでしょうか 磁石を例に出してスピンの説明をすることができるでしょうか 量子論だけじゃなく他の物理分野の原理とかと照らしあわせて考えなきゃいけない 463 名前：あるケミストさん [2013/02/17(日) 13:20:54.30 ] よくわからない現象をこれまでの物理の知識で説明しようっていうのは 無理やり従来の物理の適応範囲内にねじ込もうとする作業でもあるよな もしかすると従来の物理の適応範囲外にある現象かもしれないのに もし適応範囲外なら新しい原理が誕生するけどさ 464 名前：あるケミストさん [2013/02/22(金) 05:17:17.39 ] 基底セットの選び方教えて∩(＞?＜*)∩ 465 名前：あるケミストさん [2013/02/28(木) 21:01:51.65 ] >>464 ( ; ＾ω＾)つ顔文字は… https://bse.pnl.gov/bse/portal bases.turbo-forum.com/TBL/tbl.html 466 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/03/01(金) 13:50:23.57 ] >>461 静電ポテンシャルエネルギー 467 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/03/04(月) 13:48:15.71 ] みなさん、今月号，雑誌化学の img.fujisan.co.jp/images/products/366_o.jpg 【解説】量子化学計算による反応設計を目指して──化学反応経路自動探索「GRRM」　●前田　理 の記事、読みました？ 468 名前：あるケミストさん [2013/03/04(月) 21:55:52.81 ] >>467 化学てネットで読めるようになってんだな 469 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/03/05(火) 12:12:47.30 ] www.kagakudojin.co.jp/book/b108118.html 470 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/03/05(火) 12:13:45.48 ] www.kagakudojin.co.jp/kagaku/web-kagaku03/c6803/c6803-maeda/HTML/list1.html 471 名前：あるケミストさん [2013/03/06(水) 19:02:24.25 ] GAMESS使い始めたけど静電ポテンシャルマップとか表示させる フリーのいいソフト知らない？ 472 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/03/07(木) 03:45:07.00 ] >>461 クーロンの法則思い出せ 473 名前：有能な政治家を貶め、無能な政治家を持ち上げ国力を削ぐ在日カルト [2013/03/08(金) 22:15:54.24 ] ★マインドコントロールの手法★ ・沢山の人が偏った意見を一貫して支持する 　偏った意見でも、集団の中でその意見が信じられていれば、自分の考え方は間違っているのか、等と思わせる手法 ・不利な質問をさせなくしたり、不利な質問には答えない 　誰にも質問や反論をさせないことにより、誰もが皆、疑いなど無いんだと信じ込ませる手法 ↑マスコミや、在日カルトのネット工作員がやっていること TVなどが、偏った思想や考え方に染まった人間をよく使ったり、左翼を装った人間にキチガイなフリをさせるのは、視聴者に、自分と違う考え方をする人間が世の中には大勢いるんだなと思わせる効果がある。 .... 474 名前：あるケミストさん [2013/03/10(日) 23:30:04.13 ] >>12 俺は好きだよ。 大学2年のとき、レポート書くために読んだが、読みやすい。 でも、内容が途中でぶっつり切れるからな 群論からだったら、物理化学の教科書スタートのほうがいいかもしれん。 錯体からだったら、それでいいと思う。ほかにも2冊くらいそこらへんの名著があるから、それを併用すべき 475 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/03/11(月) 09:26:22.43 ] >>472 電子間の反発かあ 476 名前：あるケミストさん [2013/03/22(金) 18:55:10.55 ] ファンデルワールス表面（CPKモデル）を表示する際に、 使用されている各原子のファンデルワールス半径の値を 知りたいのですが、 教えてください。 Bondiの値ではなさそうな気がするのです。 477 名前：あるケミストさん [2013/03/22(金) 22:04:18.58 ] >>476 なんのソフト？ 478 名前：あるケミストさん [2013/03/22(金) 23:33:29.92 ] >>477 ソフトはAvogadroです。 しかし、他のソフトでもかまいません。 一般的に使われるソフトなら何でもOKです。 479 名前：あるケミストさん [2013/03/28(木) 02:49:22.20 ] mopacで３重項のT1レベルを計算するのはどうすれば良いのでしょうか？ キーワードをtriplet、ＵＨＦで計算すると、αスピンとβスピンの SOMOとLUMOのエネルギーが表示されますが、どういうふうに電子が詰まってい てどれがT1なのかイメージができません。キーワードにOPEN(2,2)と入れてRHFで計算するのでしょうか？ ご教授ください。 電子の配置はこんなイメージでしょうか？T1haSOMOなのでしょうか？LUMOなのでしょうか？ 　　＿＿　　　＿＿＿ LUMO_____　　　＿＿＿ SOMO__↑__　 　　　　　　　　＿↓＿T1？ SOMO＿↑＿Ip 　　　　　　　　＿↓＿ 　　＿↓↑＿　　＿↓↑＿ 　　　α　　　　　　β 480 名前：あるケミストさん [2013/03/28(木) 13:22:26.08 ] 勉強してないのが丸分かりじゃあマズイ 専門用語は教科書読んで間違えずに使え 話はそれからだ 481 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/03/28(木) 23:31:02.59 ] HOMOとかLUMOとかSOMOは軌道の名前 S0とかS1とかT1とかは状態の名前 482 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/03/29(金) 05:51:46.49 ] なあ、もしかして、擬ポテンシャル入れてると自然軌道解析できないのか？ 内殻無視してヴァレンスだけで解析できないのかなあ やっぱり自分で変換するプログラム組むしかないのかな 483 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/03/29(金) 18:07:01.81 ] >>482 内殻無視してvalenceだけで解析しているように見えるけれど？ 28電子ECPを使うと、最初に出てくるnatural populationは4sから始まっているのです。 >>478 何がしたいのかわらかないけれど、プログラムによって半径が違ったり、 半径をいじることができるので、個人的には知っても意味がないことだと思います。 484 名前：あるケミストさん [2013/03/29(金) 21:04:24.88 ] GAMESSは今のところPC GAMESSとMaSKの組み合わせが一番捗る ただ何故かMaSK上で構造式書くとエラーになるからAvogadroでinp作ってるが 485 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/04/01(月) 00:18:31.65 ] 量子化学計算のアルゴリズム開発の研究者になりたい 486 名前：あるケミストさん [2013/04/03(水) 17:15:50.08 ] 478です。 >>483 目的は溶媒接触表面積を求めることです。 Gaussianの計算結果を読み込み、 分子の溶媒接触表面積を求めたいので、 一般的によく使われる半径が知りたいと思っています。 487 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/04/04(木) 19:14:51.07 ] >>486 一般的によく使われる半径と言うと、Bondiの値かとも思いますが、 そうではないような気がするのであれば、ちょっと何も申し上げられない･･･。 GaussianがPCMの計算のように、分子力場の計算で使うパラメータや、それをスケールしたものを使っているのかもしれません。 逆にお聞きしたいのですが、溶媒効果の勉強をしていない私からしますと、Gaussianで出てくるCavityの表面積ではいけないのか、という疑問があります。 それは別の物理量だ！とお考えでしたら、私の勉強不足です、申し訳ない。 488 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/04/04(木) 22:57:30.82 ] CPKモデルで表示される半径は適当だろ >>483も書いてるけど、ソフトウェアによってはユーザが変更することも可能なんだし SASAの計算は普通Bondi半径だと思う 489 名前：あるケミストさん [2013/04/09(火) 22:35:33.56 ] 486です。 >>487 >>488 お二人方、ありがとうございます。 やはり、Bondi半径ですか、安心しました。 >>486 GaussianのCavity表面積 すいません、私の方が勉強不足です。 詳しく教えてください。 ちなみに、私がプログラミングでSASAを求めている理由は、 微小表面に分割する必要があり、 自由に、分子の一部分のSASAを求めたいからです。 490 名前： 忍法帖【Lv=40,xxxPT】(1+0：8) mailto:age [2013/04/10(水) 02:18:20.23 ] 勿論量子科学は大好きです。 491 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/04/12(金) 20:42:40.15 ] >>489 PCMの計算はcavity（空洞）を作って、その中にsoluteを入れて計算するというイメージだったと思います。 で、そのcavityは、soluteの原子ごとにある一定の大きさの球を置いて作ります。 ですので、solvent-soluteの接触面積は、cavityに近いものになるのではないかと、私は考えました。 cavityを作ったりするときにもっといろいろやっているようですが、私はその程度しか知りません。 実際のところ、半径の設定は難しい。 PCMの溶媒半径を少し変えると、non-electrostaticの値が大きく変わったりするのです。 492 名前：あるケミストさん [2013/04/28(日) 08:11:42.41 ] GAMESSで水素結合のエンタルピーてどうやって計算すればよろしいんでしょうか？ Inpの書き方とoutファイルのどこを見ればいいんでしょう？ 本当に初歩的な質問で申し訳ないんですが、ulrか参考書、論文でもいいのでご教授ください。 >>11 は買ったんですが書いてなくて… 493 名前：あるケミストさん [2013/05/01(水) 19:07:52.20 ] >>492 pc-chem.info/a00/a02gamess/counterpoisebsse.html これ参考に一応計算してみたが5kcal/molくらいじゃなくて-6kcal/molくらいになった 何でだ？？ こんなもんか？？ やったことないからわからん 494 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/05/06(月) 02:03:38.56 ] >>485 おまえはおれか 495 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/05/06(月) 10:39:22.39 ] >>493 レベルにもよりますが、計算で1kcal/molのずれだったら、まずまずだと思います。 それとも、符号の話でしょうか。 一般に言う水素結合エネルギーと比較するには、 どのように結合エネルギーを評価するかの定義を見直さなくてはいけません。 496 名前：あるケミストさん [2013/05/06(月) 11:51:32.36 ] >>495 すいません自己解決できました 単純な計算ミスでした(Ｔ＿Ｔ) 497 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/05/22(水) 19:24:48.25 ] ソフトってよくわからないんだけど静電ポテンシャルマップが描けるようなフリーソフトってなにかあるの？ 498 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/05/30(木) 20:09:04.77 ] >>497 cubeとかを読み込んで静電ポテンシャルマップを表示するのだったら、 大体のフリーソフトでできる感じだけれど、 量子化学計算から静電ポテンシャルマップの表示まで、というのは少ないかもねー。 499 名前：あるケミストさん [2013/06/14(金) 18:58:58.66 ] 全くの素人で済まないが、Li電池のモデルを作り、充放電をシュミレート させるのは、無謀なのか、それとも楽勝なのか教えて。 一辺が30元素の立方体とし、3万元素もあれば、動作確認ができるはず、 3万元素なら、メモリもそれほど必要なさそう、時間を無視すればPCで も計算できる範囲では。 500 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/14(金) 19:53:28.30 ] >>499 元素ではなく、原子だろう。 原子が動くところを見たければ、それでいいんじゃないの。 きちんとした結果を得たいのなら、無謀と言わざるを得ない。 501 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/15(土) 01:46:47.57 ] >>499 古典レベルならできるかもしれないけど量子レベルでやるのはそこそこ大変 502 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/18(火) 02:15:10.85 ] 電池は非平衡の化学変化だから時間依存の計算手法じゃないと駄目 電子の移動を扱うから古典計算じゃなくて量子計算じゃないと駄目 更に境界条件が複雑だからそれも考慮に入れないと駄目 ついでに各部分(陰極、陽極、電解層、薄膜部etc.)を上手くつなげられるように理論を構築しないと駄目 etc.etc. モデル計算ならともかく原子から組み立てる第一原理計算では素人が考えるほど簡単ではない 最先端の研究分野で素人が手を出すには完全に無謀 数年前にやっと各部分がそれっぽくできたって報告を聞いた気がする 今もう統合ができてるのかどうかは知らんけど 503 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/18(火) 02:36:14.19 ] 分からんけど電解層のシミュレーションだけでもすげーむずそうだ 504 名前：あるケミストさん [2013/06/18(火) 22:32:36.67 ] DFTの理論基礎学びたいんだけどいい本ないですか？ 恥ずかしながら前提知識は学部程度の物理化学の知識（マッカーリ・サイモン）程度です・・・・ 505 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/20(木) 21:20:20.72 ] 氷の融解が始まる“きっかけ”を分子レベルで解明することに成功 www.nature.com/nature/journal/v498/n7454/abs/nature12190.html?lang=en 氷が内部から融解する過程を、分子動力学シミュレーションの手法を用いて、分子レベルで詳細に解明する事に初めて成功した。 506 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/20(木) 21:49:00.01 ] >>504 基礎学びたいと言われても基本的なことだけ学びたいってことなのか基礎なことからがっつり学びたいってことなのか… 前者なら薄い本になりますし後者なら分厚い本になりますし… 後者なら有名なのはパール、ヤングの「原子・分子の密度汎関数法」って本 そんなこといちいち気にするのかよってくらい基礎的なことから色々と書いてある 前者ならぶっちゃけネットにあるpdfとかでもいいと思うけど あえて本が良いというなら小口多美夫さんの「バンド理論―物質科学の基礎として」とかが薄い本でさらっと書いてあるから概観し易いかな 逆に言うとちゃんとやるには物足りないってことだけど 具体的に何が知りたくて何に使いたいのかを教えてもらえればより適切な本を勧められるかもしれない 507 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/21(金) 14:10:04.03 ] パールの本は物理の本を傍らに置いたほうがいい 508 名前：あるケミストさん [2013/06/23(日) 02:59:49.07 ] 電子親和力やイオン化エネルギーって結局何なのだろう オクテット則とは何だったのか 509 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/23(日) 14:04:51.98 ] 無機も有機も場当たり的なことが結構多いからね しょうがないよ、気合で頑張るしか 510 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/23(日) 16:22:32.01 ] 逆に量子力学から導かれたオクテット則に類する法則はある？ 511 名前：あるケミストさん [2013/06/24(月) 01:44:08.53 ] 水と水が干渉縞を生じますか。 512 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/24(月) 01:45:54.78 ] >>508 「何だったのか？」 歴史あるいは経過です 現代人が古代を振り返って「あいつら馬鹿だったんだなあｗｗ」みたいな物言いはやめなはれ 513 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/24(月) 13:58:21.77 ] >>510 多体問題が解けないから難しいorできないんじゃない？ いや適当だけど 514 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/25(火) 02:14:11.45 ] Pauliの排他律とかか？ 515 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/25(火) 03:34:42.54 ] 拡張版という意味では分子軌道法じゃないかな 516 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/25(火) 03:51:59.08 ] 分子軌道法も排他律もはオクテット則と無関係だ 要請としては静電引力以上の制限はないだろう 517 名前：あるケミストさん [2013/06/25(火) 18:30:38.46 ] >>506 ありがとうございます、後者です パッと見かなり重そうですね・・・・頑張ります 518 名前：あるケミストさん [2013/06/28(金) 23:18:20.08 ] 塩化ベリリウムBecl2分子の分子軌道の電子配置をsp混成軌道を使って説明せよ って問題出されたけどやり方がわかりません　教えてください 519 名前：あるケミストさん [2013/06/28(金) 23:58:35.90 ] 重複素干渉の過渡応答性の解き方のコツだけでも教えてくれませんか？？ 520 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/29(土) 00:04:27.20 ] Beのsp混成軌道とCl2の2pσ軌道を足せばよい 521 名前：あるケミストさん [2013/06/29(土) 00:05:57.09 ] >>520 回答になっていません。 522 名前：あるケミストさん [2013/06/29(土) 11:51:03.51 ] ＞＞520 Beの混成軌道は分かりましたが、足すというのがいまいちわかりません 答え書いてもらえないですか？ 523 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/06/30(日) 02:52:24.93 ] 時間の使い方について sapiarc.web.fc2.com/Essay/2013/2013-06.pdf 発表しない成果は科学ではない 妄想だ 524 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/07/07(日) NY:AN:NY.AN ] 　　　　　　　　　　　 ／￣￣＼ 　　　　　　　　　　／　　 _ノ　　＼ 　　　　　　　　　　|　　　 （ ●）（●） 　　　　　　　　　　|　　　　 （__人__）　　 　 　 　 　 　　　　 |　　　　　｀ ⌒´ﾉ　　　学生時代に特に打ち込んだものは？ 　 　 　 　 　 　　　 |　　　　　　 　 } 　 　 　 　 　　　 　 ヽ　　　　　 　 } 　　　　　　　　　　　 ヽ､.,＿＿ __ノ 　　　_, ､ -― ''"::l:::::::＼ｰ-..,ノ,､.ﾞ,i ､ 　　/;;;;;;::ﾞ:':､::::::::::::|＿:::;､>､_　l|||||ﾞ!:ﾞ､-､_ 　丿;;;;;;;;;;;:::::i::::::::::::::／:::::::＼ﾞ'' ﾞ||i l＼>::::ﾞ'ｰ､ . i;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;|::::::::::::::＼::::::::::＼ .||||i|::::ヽ::::::|:::! /;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;!:::::::::::::::::::＼:::::::::ヽ|||||:::::/::::::::i:::| ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;|;;;;:::::::::::::::::::::::＼:::::ﾞ､|||:::/::::::::::|::: 　　 　 　 ＿＿＿_ 　　　　／　　 　 　＼ 　　 ／　　─　 　 ─＼ 　　　　　 　／ 　　 （●）　（●）　＼ 　　 キーボードです 　|　 　　 　 （__人__）　 　 | 　　　 　＼　　　　 ｀ ⌒´　　 ／ 　　　　　 ,,.....イ.ヽヽ、___ ーーノﾞ-､. :　 　| 　';　＼_____ ノ.| ヽ　i 　 　 |　　＼/ﾞ（__)＼,| 　i　| 　 　 ＞　　 ヽ. ハ　 | 　 |｜ 525 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/07/08(月) NY:AN:NY.AN ] >>524 その通り過ぎて笑えないんだよ･･･ 526 名前：あるケミストさん [2013/07/09(火) NY:AN:NY.AN ] 光の速度が音速と同等だったとしたら、今の技術にどれくらい影響あるんですかね？ （科学とかまったく無知なんですが、ふと考えてしまいました） 527 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/07/11(木) NY:AN:NY.AN ] 空を飛べば、モロに相対論的効果を感じたりするのか あと、インターネットなんて発達しなかったかもしれないなぁ 海外サーバーと情報をやりとりするだけで、数時間・・・それでも便利なものか 528 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/07/12(金) NY:AN:NY.AN ] 貴方の放屁はヘクサバイト 放屁一発あたりのガスのモル数はいくら位だろうか？ 529 名前：あるケミストさん [2013/07/12(金) NY:AN:NY.AN ] いきなりごめんなさい。 今、田辺・菅野ダイアグラムについて調べているのですが、d1,d2の電子配置がないのは何故なのでしょうか？ 答えられる方宜しくお願いします。 530 名前：あるケミストさん [2013/07/14(日) NY:AN:NY.AN ] d2の田辺・菅野ダイヤグラムが無いわけない d1、d9はスペクトル項がDだけ つまりT2gに対するEgの傾きしか要らないからグラフにするまでもないのかも 傾きの値は知らないけど 531 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/07/15(月) NY:AN:NY.AN ] >>530 d2じゃなくて、d9ですね。ごめんなさい。 ありがとうございます。 532 名前：あるケミストさん [2013/08/01(木) NY:AN:NY.AN ] かつてパイロット達が目撃してきた、雷雲から宇宙へ駆け上がる奇妙な閃光。捉えようとしてもすぐに消えてしまうことから、スプライト（妖精）と名付けられた。 youtu.be/J_J-rN_rhS0 533 名前：あるケミストさん [2013/08/11(日) NY:AN:NY.AN ] スーパーパーティクルってもうちょっといい名前無かったんですか？ 534 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/08/15(木) NY:AN:NY.AN ] プロ市民（国籍不問w）ガチ推しの飛翔体キムチ太郎当選で未来はピカドン明るいね www.hoshusokuhou.com/archives/29932855.html 535 名前：あるケミストさん [2013/08/17(土) NY:AN:NY.AN ] 量子テレポーテーションの成功率が６１％を達成しました。 ところでなぜ失敗してしまうのでしょう？ 536 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/09/18(水) 00:23:58.58 ] 蛍の8が出ましたね 537 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/09(水) 20:44:34.62 ] 本当に過疎ってるな 今日のノーベル化学賞の発表でも誰もレスしてないのか 538 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/10(木) 18:28:12.43 ] まあ今回の受賞はCHARMM・AMBER系の分野だからなぁ Gaussian・Gamess系がメインのこのスレとは微妙に分野が違うというか でも過疎ってるのは否定しない 2chが過疎ってるのか化学板が過疎ってるのか量子化学が人気がなくて過疎ってるのか 539 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/10(木) 19:51:29.62 ] >>538 おそらく化学板が過疎ってて量子化学が人気ないからだと思う なんで人気ないんだろね、就職もいまの時代じゃ有機合成と大差ないのに・・・・ 540 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/10(木) 21:14:16.72 ] 研究分野としては終わりかけだからな 本当に必要な予測は出来ることの方が少ないし 実験を小細工で再現することばかり 就職が良いのは 計算機のお守役が必要なだけ 言われたことを計算してくれれば良いんだよ 分析装置のスペシャリストと同じ 541 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/10(木) 21:45:26.04 ] 全然終わってないんだけど 542 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/10(木) 22:17:54.65 ] ノーベル賞スレにいた見え見えの煽りの人だろ 過疎スレだと引っかかる人もいるんだな 543 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/10(木) 22:19:58.89 ] >>538 今回のはMMじゃなくてQM/MMだよ 544 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/11(金) 09:52:15.33 ] この分野で博士課程に進んでしまって、 就職とかどうしようかと思っていたけれど、 まだ望みがあるというわけですね ﾔｯﾀ――(ﾟ∀ﾟ)――!! 545 名前：あるケミストさん [2013/10/11(金) 16:45:42.18 ] >>544 それはお前さんの人間性に問題があるんじゃ・・・・ 546 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/11(金) 18:20:22.43 ] 量子の就職の暗さを舐めちゃいけないよ 547 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/11(金) 21:04:01.32 ] 量子化学はそこまででもないよ というか、企業への就職なら専門分野より人柄のほうがよほど大きい 548 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/12(土) 08:14:43.64 ] 学生程度の専門性に企業が期待してるわけが無い 549 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/12(土) 21:28:55.51 ] >>539 ダウトｗ 550 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/12(土) 22:26:12.54 ] 悪いが修士課程までだと専攻ではなくて学歴と相性、人柄なんだよ 化学系研究職であれ 551 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/19(土) 14:39:21.78 ] >>550 ほんとコレ むしろブラックの多い合成のほうが就活の実績悪くなってる 博士課程は知らん 552 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/19(土) 21:46:39.58 ] >>550 そう思いたい気持ちは分かる 553 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/10/19(土) 22:27:54.05 ] 1に学歴、2に相性、3、4がなくて5に性格 >>552はブラック研究室のボスかな？ 554 名前：あるケミストさん [2013/12/20(金) 02:16:57.85 ] 虚の振動数の意味について詳しい人教えてください　 基底状態だと0とか 遷移状態の計算だと1個あるとか意味が分からん 555 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/12/20(金) 02:54:51.62 ] 振動数が虚数成分を持つときは exp(iωt) ? exp(i Re(ω) t - Im(ω) t) になるから、虚数成分は減衰或いは増幅を表す。 で、そもそも分子の振動数ってのは核間距離の振動だから、この時間変化が一定範囲で振動せず減衰、或いは無限大までへんかするということは、安定な結合でないことを意味する。 556 名前：あるケミストさん mailto:sage [2013/12/20(金) 08:57:47.98 ] おおざっぱに説明すると、振動数はルートの中に力の定数kが入った形で表されるのです。 で、調和振動子がF=-kxと表されることの類推から、与えられた点でのポテンシャルは、V=kx^2というように表される感じです。 ということは、kが0より大きいときは、ポテンシャルエネルギー面(PES)が下にとつの形になり、kが0より小さいときは、PESは上にとつの形(=遷移状態周り)になります。 kがルートの中に入っているので、PESが上にとつだと、振動数は虚振動数で表されるようになります。 大きく間違っていたらごめんなさい。 講義で書くような二次元のエネルギー面は、虚振動に対応するreaction coordinateに沿って切り出したものですね。 あと、文脈的には基底状態ではなく、安定構造または安定状態ではないかと。 557 名前：あるケミストさん [2014/01/09(木) 23:33:09.71 ] Chem. Lett.で学位もらうってどう思う？ 558 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/10(金) 07:45:47.58 ] 別にいいんじゃないの 他人のことを気にしてるヒマがあったら勉強しろ 559 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/10(金) 16:06:11.20 ] 雑誌名は関係ないだろ 羨ましいならお前も同じようなとこに投稿すればいいし，そんなの嫌ってことなら他に出せばいい いずれにしろ他人の学位にあれこれ言う権利はない 560 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/10(金) 21:06:16.51 ] ずみまぜんでじだ 561 名前：あるケミストさん [2014/01/10(金) 22:08:23.88 ] そかそか　レターで学位ありなのね♪ 562 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/11(土) 13:18:03.77 ] レターかフルかって博士の審査基準か？ JACSコミュに4連発でドクター取った人知ってるけどその後も良い仕事してるよ。 563 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/12(日) 16:38:10.46 ] コミュ症でもおｋ？ 564 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/13(月) 23:09:16.47 ] >>563 学位は取れるけど、その後が問題だな 研究者なんて昔はコミュ症の就く職業の代表格だったけど、今は むしろコミュ力がない人間は学位取らない方がいいレベル 565 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/14(火) 22:35:57.12 ] コミュ症だけど研究上でのやりとりは大丈夫です ただ一緒に旅行とかは親しい人とだけでしてる 566 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/15(水) 01:33:22.17 ] コミュ障って自分の研究を説明できないレベルでしょ 567 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/15(水) 12:49:32.21 ] 研究上でのやり取りと自分の研究の説明 レベルが高いのはどっちですか？ 568 名前：あるケミストさん [2014/01/16(木) 03:34:29.60 ] 　　↓　　↓　　↓　　↓　　↓　　↓ uni.2ch.net/test/read.cgi/rikei/1321761766/575 569 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/16(木) 12:35:37.32 ] >>564 >今はむしろコミュ力がない人間は学位取らない方がいいレベル 大学教員も含めるとそうなるよな 教員でも若手と年配とではいろんな意味で人間力に差があるように感じる 570 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/18(土) 00:09:18.88 ] 量子化学と有機化学で人間力に差が出ますか？ 571 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/18(土) 13:57:48.64 ] 出ないんじゃね？ 572 名前：あるケミストさん [2014/01/18(土) 19:57:21.52 ] 出るでしょう 573 名前：あるケミストさん [2014/01/18(土) 20:20:58.50 ] 有機合成は周りから嫌われてるのが出世する 574 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/19(日) 00:52:19.61 ] 量子化学も嫌われてるのが出世する？ 575 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/24(金) 08:49:41.08 ] atomlistってどこに入れればいいの？ 576 名前：あるケミストさん [2014/01/27(月) 23:17:18.35 ] 群論ってなんだよ 577 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/01/28(火) 00:02:02.79 ] 行列が簡単に計算できるという認識しか持ってません（by合成屋） 578 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/02/01(土) 12:15:58.04 ] 群論は道具 579 名前：あるケミストさん [2014/02/01(土) 18:54:02.83 ] 群論が好きな人は良い人が多い 580 名前：あるケミストさん [2014/02/08(土) 00:33:30.16 ] fireflyってまだump2出来ないんだね 581 名前：あるケミストさん [2014/02/23(日) 22:11:52.71 ] ●「内部被爆はどうしようもない、福島、埼玉、東京、神奈川、千葉など関東の人は結婚しない方がいい。 子供産むと奇形発生率がドーンと上がる」…公益法人会長が講演 池谷会長は、福島のほか原発事故で放射能汚染を受けた関東地方の県名をあげ、地域の地図を示しながら 「放射能雲の通った地域にいた方々は極力結婚しない方がいいだろう」と発言。 「結婚して子どもを産むと、奇形発生率がドーンと上がる」などと話した。 池谷会長は取材に、「被曝で遺伝子損傷と奇形児出産のリスクが高まることを訴えた」と説明。 www.asahi.com/national/update/0829/TKY201208290581.html 582 名前：あるケミストさん [2014/02/25(火) 23:41:29.85 ] 明日の16時39分頃に気をつけて下さい。 日本にも世界にも巨大地震が起きませんように。 皆さんも一緒に祈って下さい。 太陽フレアのＸが発生したそうです。 太陽黒点数の100越えが24日間継続しているようです。 583 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/02/26(水) 19:59:12.69 ] さっさと人生終わらせたいんで地震が来るなら今来てほしい 明日まで待ちたくないんだが 584 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/02/27(木) 02:43:00.90 ] 残酷な陽はまた上り、いつもと変わらぬ一日が繰り返される。 分かっていたはずだ。 今日も頑張れよ、>>583。 585 名前：あるケミストさん [2014/02/27(木) 22:01:26.86 ] GAMESS/Fireflyを使って 誘電体に外部電界を加えて、物性を調べたい場合 $EFIELD EVEC(1)=0.0 0.0 0.001 Inputマニュアルの説明ではよくわからなかったが、 これは使える。 586 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/03/20(木) 22:42:50.44 ] 早くバージョンアップしねえかな 587 名前：あるケミストさん [2014/03/23(日) 14:20:58.49 ] IAEAに協力している英国の専門家 東京はキエフよりも放射能汚染されている。 関東、東京と千葉の大半のエリアは、間違いなくキエフより被曝している現実。 「でもね、東京の人間たちは大丈夫と思っている。そういう空気が蔓延していますよ。」と専門家は言う。 「放射能汚染は、濃縮しているんです。東京でも、5000Bq/kgくらいは当たり前にみつかります。 「関東の水も食品もすべて汚染されている ストロンチウムやセシウムが溜まったホットスポットが関東の各地に広がっている。」 「東北及び関東は本当に危険です」 「関東の人間は全員被曝しています」 「子供や妊娠を望む女性、妊婦は関東地方から避難した方がいい」 blog.goo.ne.jp/nagaikenji20070927/e/8214ba67fd8ee071d832b6aa3cdfa1c3 588 名前：あるケミストさん [2014/04/16(水) 18:59:54.41 ] >>554 定性的な説明をする。 エネルギー的に極小な状態にある分子の各原子はそれぞれ 平衡結合長、つまりエネルギーが極小になる位置にある。 だからある結合長を変えようとするとエネルギーが上昇する。 このエネルギーの変化は大雑把には調和振動子で近似できる。 そうするとそこから量子力学の基礎的な知識で振動数が導出できる。 じゃあ、遷移状態にある分子ではどうか？ 遷移状態の分子の場合、これから生成or解離する結合がある。 この結合が生成or解離すると原系あるいは生成系に向かって分子は 変化する。遷移状態は反応時のエネルギーの極大点だから、 この結合の結合長の変化に伴うエネルギーは遷移状態で極大、 そこから離れるほど小さくなるという調和振動子をひっくり返したような エネルギー曲線を描くはず。このエネルギー曲線から先ほどの 調和振動子の方法で振動数を導くと、振動数は虚数になる。 これを計算ソフトでは普通負数で表す。 普通の振動数は負にはならないから、それでも問題は起こらない。 でも反応とは関係ない結合については、遷移状態でもやはり平衡結合長に あるから正の振動数を持つ。 よって遷移状態ではただ一つの虚数の振動数があり、その振動は反応で 生成or解離する結合に関するものになる。 589 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/04/21(月) 21:40:32.37 ] 珍しく分かりやすい 590 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/04/22(火) 02:51:20.22 ] なんで一つしかないの? 591 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/04/22(火) 11:46:00.51 ] これから生成もしくは切断される結合に対して一つってことじゃない？ 592 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/04/25(金) 00:19:17.55 ] それを含めていいけど、一つである必然性ってあるの? 593 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/04/25(金) 11:40:48.99 ] 一気に多くの結合が生成または切断されるならともかく、一つの結合の生成か切断の遷移状態が計算で出てきてるんだろ 594 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/04/30(水) 02:30:43.20 ] 別に結合の生成や切断に限らない構造変化が関与していいと思うけど? 595 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/04/30(水) 08:29:31.25 ] できるだけエネルギーの低いところを通っていこうとしたら、極大になる変数は１つなのが一番妥当ってことでしょ。 596 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/04/30(水) 13:06:58.46 ] 厳密に一つとは限らない？ 597 名前：あるケミストさん [2014/05/01(木) 15:48:40.50 ] ケムレット博士＞トイレット博士 598 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/05/05(月) 15:47:48.65 ] >>594 関与しても良いけど，それはエネルギー極大じゃないってだけ 普通に考えてみても単なる配座変換（の一環）よりも結合の切断・生成の方が高エネルギーでしょ 599 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/05/11(日) 22:33:49.42 ] 頭わるいのかな。 結合の切断や生成方向に極大になっているのはいいとして、 その点で他の自由度方向に極小になっている必然性はあるのかってこと。 600 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/05/12(月) 00:10:44.42 ] 単にできるだけエネルギーの低い経路をたどるってだけだろ どんな状況であろうがエネルギーは低ければ低いほど望ましいわけで、 反応を進める都合上ある方向では極大になるのは仕方がないとしても、 それ以外の部分ではエネルギーが低い状態であることが現実的なだけ 601 名前：あるケミストさん [2014/05/12(月) 14:00:27.69 ] >>599 頭わるいのかな。 ＣＬ博士なんぢゃなぃ？ 602 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/05/15(木) 17:03:40.08 ] >>599 二つ以上でもいいだろ常識的に 603 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/05/16(金) 08:27:17.56 ] 「必然性」って言葉が出てくる理由がわからんな なぜそういう経路が正しいとされているのかがわからない、ってことなのかな だとしたら>>600だろう というか、そんなこともわからない奴が他人に向かって「頭わるいのかな」とか言っちゃうんだｗ 604 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/05/16(金) 08:40:17.19 ] >>588 ＞よって遷移状態ではただ一つの虚数の振動数があり、その振動は反応で これが重解もあり得るのではって意味かと 605 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/05/16(金) 08:43:52.98 ] 違うか >>594が質問で 必然性はなく、>>600が答えか 606 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/05/16(金) 08:47:23.26 ] >>603 結合の生成と切断しか考えてないように読めたんでしょw 実際は配座の違いも全部含まれてる 607 名前：あるケミストさん mailto:sage [2014/05/16(金) 13:30:34.44 ] なるほどね >599は読解力も理解力も足りないのに人に頭悪いとか言ってるってことね

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