柔術の修行でアメリカ本土へ渡り、ハウフ・グレイシーに弟子入り。 ノヴァウニオンに移籍し、2000年に総帥アンドレ・ペデネイラスから黒帯を授与される。 後の2000年7月にはブラジリアン柔術世界選手権（ムンジアル）黒帯ペナ（-67kg）級で優勝、ブラジル人以外の選手として初めてアダルト黒帯の部を制する。

2001年5月4日のUFC 31で総合格闘技デビュー。ジョーイ・ギルバートに1RでパウンドによるTKO勝ちを収めた。

2001年11月2日、UFC 34で宇野薫と対戦。開始11秒でパンチの連打によるKO勝ち。

2002年1月11日、UFC 35のUFC世界ライト級タイトルマッチでジェンス・パルヴァーと対戦。腕ひしぎ十字固めを極めパルヴァーがタップアウトするシーンもあったが、ラウンド終了と同時だったため無効に。結果は0-2の判定負け。

2002年9月27日、UFC 39においてライト級王座決定トーナメントに出場、マット・セラと対戦し3-0の判定勝ちで決勝進出を決める。

2003年2月28日、UFC 41の決勝戦で宇野薫と再戦し、引き分け。王者は誕生しなかったが、再戦は行われなかった。

2003年10月10日、地元ハワイのRumble on the Rock 4において五味隆典と対戦。3Rにチョークスリーパーによる一本勝ち。五味は「試合したら怖いと思うのはBJくらい」と語っている[3]。

その後、ウェルター級に階級を上げ、2004年1月31日、UFC 46でマット・ヒューズにチョークスリーパーで1R一本勝ち。第4代UFC世界ウェルター級王者となるが、直後にK-1（FEG）と契約したことで、2004年5月にUFC世界ウェルター級王座を剥奪される。

2004年5月22日、K-1 ROMANEXでドゥエイン・ラドウィックと対戦。開始直後にテイクダウンに成功すると、パウンドからの肩固めで一本勝ち。

2005年3月26日、HERO'S旗揚げ戦において無差別級契約でLYOTOと対戦。マスト方式の判定0-3で敗れたものの、15kg以上の体重差があるにもかかわらず互角に渡り合う[4]。

2006年3月4日、UFC 58においてUFC復帰を果たすが、ジョルジュ・サンピエールに1-2の僅差の判定負け。序盤は打撃で優位に進め、テイクダウンは許すものの、グラウンドでも相手をうまくコントロールしており、ダメージの差を見るならBJの勝利ではないかという意見もあった。2006年9月、アローヘッド・ポンド・オブ・アナハイムで公開計量を終え、マット・ヒューズ（左）と

2006年9月23日、UFC 63でマット・ヒューズの持つウェルター級王座に挑む。打撃や変形三角絞めなどで序盤は圧倒しながらも試合中にアバラを痛め失速、3RにパウンドによるTKO負けを喫した。以後は再びライト級へ転向。

2007年、The Ultimate Fighter 5のコーチを務め、2007年6月23日のフィナーレでは同じくコーチを務めたジェンス・パルヴァーと対戦、裸絞めで一本勝ちし、5年半ぶりにリベンジを果たした。

2008年1月19日、UFC 80でジョー・スティーブンソンとUFC世界ライト級王者決定戦で対戦。スタンドでもグラウンドでも一方的に殴り続け、1Rに右肘打ちでカットさせ流血させると、最後はチョークスリーパーで一本勝ち。サブミッション・オブ・ザ・ナイトを受賞した。この勝利で第3代UFC世界ライト級王者となり、ランディ・クートゥアに続く2階級制覇を達成した。当初は暫定王者決定戦として予定されていたが、王者ショーン・シャークがUFC 73において行った薬物使用でタイトルを正式に剥奪されたため、正王者の決定戦にスライドする形となった。試合後、観戦していたシャークに対戦を呼びかけ、シャークもオクタゴンへ上がり対戦を受諾した。

2008年5月24日、UFC 84でショーン・シャークとUFC世界ライト級タイトルマッチで対戦。スタンドの攻防で優位に立ち、ラウンド終了間際に勢いをつけての膝蹴りでダウンを奪うとパウンドを連打。3R終了時のTKO勝ちにより王座の初防衛に成功した。試合後のマイクでは「Do you want GSP?」と観客を煽り、ジョルジュ・サンピエールとの再戦をにおわせた。

2009年1月31日、ライト級王座を保持したままUFC 94でUFC世界ウェルター級タイトルマッチでジョルジュ・サンピエールと再戦。戦前、世界中で「現代MMA最高の一戦」と銘打たれた試合であったが、終始ポジショニングで優位に立たれ、パウンドによるダメージの蓄積で4R終了時にコーナーストップによるTKO負け。リベンジを兼ねたウェルター級王座奪還には至らなかった。試合後、「GSPがインターバルにワセリンを背中に塗っていた」としてネバダ州アスレチック・コミッションに提訴したが敗訴に終わった[5]。（後に同コミッションは外用物質の使用を禁止条項に加え、それは俗に「BJペン・ルール」と称される[6]。）

2009年8月8日、UFC 101のライト級王座防衛戦でケニー・フロリアンと対戦。4Rにチョークスリーパーで一本勝ちし、2度目の王座防衛に成功。サブミッション・オブ・ザ・ナイトを受賞した。

2009年12月12日、UFC 107のライト級王座防衛戦でディエゴ・サンチェスと対戦。相手に一度のテイクダウンも許さず、終始打撃で圧倒。最終ラウンドに右ハイキックで額をカットさせてドクターストップによるTKO勝ちを収め、3度目の防衛に成功した。

2010年4月10日、アブダビで開催されたUFC 112のライト級王座防衛戦でフランク・エドガーと対戦。5Rを戦い0-3の判定負けにより防衛に失敗、2年余りに渡って保持していたライト級王座を失った[7]。非常に判定の難しい試合内容であり、手数ではエドガー、有効打ではBJと意見の分かれる判定となったため、すぐに再戦が組まれることとなった。