一般的に、検察庁は弁護士と比べて裁判所との結びつきが強いと言われている。顕著な例としては判検交流があり、裁判所との親密な関係を示すものとされている。このような関係は、刑事裁判において検察に有利な訴訟指揮が行われる危険性をはらんでおり、誤判が起こる一因となっているのではないかとの指摘がある[8]。
裁判所の判事経験者によると、日本の刑事司法では、全裁判所における令状請求の却下率は、1968年から1990年代後半までの推移は,逮捕状で0.20%から0.04%、拘留請求で4.57%から0.26%まで減少している。裁判所がきちんとチェックすると、拘留請求の却下は10%ぐらいはあるので、1990年以降の却下率の低さは異常であり、裁判所が検察の令状請求にノーチェックで応じていると言われてもしょうがないと言われている[4]。 近年では、検察の経済界との関係が冤罪事件の原因だと主張する者もいる（堀江貴文ら）。 堀江（ライブドア事件で逮捕）は自らの経験から、検察庁が事件をつくり、OBのヤメ検が弁護をするというのは「法曹界の仕事「マッチポンプ」のようであると主張している[9]。また、近年の経済事件の厳罰化が企業のコンプライアンス（法令順守）需要をもたらし、多くの企業が検察OBを多額の報酬で迎え入れるようになったと堀江は主張している。捜査権限と起訴権限の両方を持っている検察が経済事件に本格的に介入することで、企業全体を財布代わりにしようと考えているに等しいと批判しており、警察のパチンコ業界の自主規制団体に天下りしている構図と同じであるが、検察がよりたちが悪いという[10]。 検事総長の再就職先例元検事総長再就職の一部
経済･社会との関係
松尾邦弘旭硝子、トヨタ自動車、三井物産、損害保険ジャパン、エイベックス・グループ・ホールディングス 等
原田明夫住友商事、資生堂、セイコーホールディングス、三菱UFJフィナンシャル・グループ 等
北島敬介大和証券グループ、日本郵船 等
土肥孝治関西テレビ、阪急電鉄、小松製作所、積水ハウス、関西電力 等
吉永祐介東京海上火災保険、大丸、ベネッセ、出版社エスビービー（高額書籍を脅しまがいの手法で販売） 等
岡村泰孝 トヨタ自動車、三井物産 等
前田宏
また、日興コーディアル事件や日本テレビ視聴率操作・買収事件等、世論の注目を集める事件の場合、社内調査委員会に検察OBを起用することで検察による摘発を回避する手法も一般化している[11]。
大鹿靖明は『ヒルズ黙示録・最終章』の中で、司法制度改革で弁護士の数が今後飛躍的に増え、裁判所も裁判員制度といった今までに無かった仕組みを採用する中、検察庁だけが時代に取り残されていると主張している[12]。
選挙違反や贈収賄で脛に傷を持つ政治家は触らぬ神にたたりなしと手をつけず、談合や粉飾が横行している経済界も何も言わず、ネタもらいに汲々とするマスコミは批判せず、それどころか戦時の従軍記者のように過剰に戦果を書き立てる。批判が無い組織は自制が利かず、東京地検特捜部はまるで現代の「関東軍」だと大鹿は指摘している。一旦暴走すると誰も止められず、しかも誰も責任を取らなかったという[12]。
検察を抑制する仕組みが不在なのは問題であり、特に検察官個人の責任が追及されることはほとんど無い。わずかに検察庁法には検察官適格審査会が職務上非能率で職務に適さない検察官を審査し法務大臣に通知することが盛り込まれているが、ほとんど機能していないという[12]。
弁護士の数が飛躍的に増え、法律が今まで以上に経済活動や市民生活に入り込む「法化する社会」の到来を前に、検察の抜本的な改革は避けては通れないと大鹿は主張している[12]。 捜査を主眼とする検察として、証拠を追って事実の解明を重視する立場をとることから、疑獄事件など政治家が関与する案件では事態の拡大をためらわない立場に立つことが多い。批判として、検察が独走し特定の政治的効果を及ぼす検察ファッショである、との批判を受けることがある。
特捜検察と公安検察の対立
特捜検察
小林芳郎
武富済 - 大審院検事（扱）。弁護士、衆議院議員・立憲民政党総務 東大卒
小原直 - 司法大臣 東大卒
木内曽益
刑事事件を相対的に評価し、国家にとって有用な人物の処断には配慮が必要との立場を取ることがある。西郷隆盛が山縣有朋の汚職疑惑でピンチに陥ったときに、陸軍卿として復活させた「国家有用論」と軌を一にする。思想検察ともいい、戦前は庶民にとって暗い印象が付きまとったが、検察の中ではエリートコースであった。