検察庁は検察官各人の独任官庁としての性質を持つが、行政機関であることから検事総長を長とした指揮命令系統に従う（検察官同一体の原則）。
法務大臣は行政機関たる検察庁を擁する法務省の長であり、下部機関である各検察官に対し指揮する権限を有しているともしうるところ、必要以上の政治的介入等を防止する観点から、検察庁法において具体的事案に対する指揮権の発動は検事総長を通じてのみ行い得る（いわゆる指揮権の行使）との制限が規定されており、直接特定の検察官に対し指揮することは認められていない。
このことにより、検察官は政治からの一定の独立性を保持しており、法の正義に従った職能を行使することが期待される。いわゆる指揮権については法務大臣と検事総長の意見が対立した場合に問題となり、かつては法務大臣の指揮に従わないこともありうる旨を述べた検事総長が国会等で問題とされたこともあったが、国家公務員法には「職員は、その職務を遂行するについて、法令に従い、且つ、上司の職務上の命令に忠実に従わなければならない」とあり、法的には「法務大臣の職務命令に重大かつ明白な瑕疵がない限り違法なものでも服従する義務がある」とされ、その結果の是非については指揮権を発動した法務大臣が政治的責任として負うことになる。
構成大阪高等検察庁、大阪地方検察庁、大阪区検察庁がある大阪中之島合同庁舎
裁判所の本庁・支部に対応して設置されている。
最高検察庁 - 最高裁判所に対応
略称は最高検。検事総長を長とし、次長検事が補佐をする。検事総長、次長検事は認証官である（検事総長の記事も参照）。
高等検察庁・8庁（支部6庁） - 高等裁判所に対応
略称は高検。検事長を長とする。検事長は認証官である。札幌、仙台、東京、名古屋、大阪、広島、高松、福岡の8箇所にある。
地方検察庁・50庁（支部203庁） - 地方裁判所、家庭裁判所に対応
略称は地検。検事正を長とする。
区検察庁・438庁 - 簡易裁判所に対応
略称は区検。上席検察官（不置の区検においては検事正の指定する検察官）を長とするが、区検の所在地を管轄する地検の検事正の指揮監督を受ける。
札幌高等検察庁（北海道地方）仙台高等検察庁（東北地方）東京高等検察庁（関東地方）名古屋高等検察庁（中部地方）
札幌地方検察庁
函館地方検察庁
旭川地方検察庁
釧路地方検察庁仙台地方検察庁 【宮城県】
福島地方検察庁 【福島県】
山形地方検察庁 【山形県】
盛岡地方検察庁 【岩手県】
秋田地方検察庁 【秋田県】
青森地方検察庁 【青森県】東京地方検察庁 【東京都】
横浜地方検察庁 【神奈川県】
さいたま地方検察庁 【埼玉県】
千葉地方検察庁 【千葉県】
水戸地方検察庁 【茨城県】
宇都宮地方検察庁 【栃木県】
前橋地方検察庁 【群馬県】
静岡地方検察庁 【静岡県】
甲府地方検察庁 【山梨県】
長野地方検察庁【長野県】
新潟地方検察庁 【新潟県】名古屋地方検察庁 【愛知県】
津地方検察庁 【三重県】
岐阜地方検察庁 【岐阜県】
福井地方検察庁 【福井県】
金沢地方検察庁 【石川県】
富山地方検察庁 【富山県】
大阪高等検察庁（近畿地方）広島高等検察庁（中国地方）高松高等検察庁（四国地方）福岡高等検察庁（九州地方）
大阪地方検察庁 【大阪府】
京都地方検察庁 【京都府】
神戸地方検察庁 【兵庫県】
奈良地方検察庁 【奈良県】
大津地方検察庁 【滋賀県】
和歌山地方検察庁 【和歌山県】広島地方検察庁 【広島県】
山口地方検察庁 【山口県】
岡山地方検察庁 【岡山県】
鳥取地方検察庁 【鳥取県】
松江地方検察庁 【島根県】
高松地方検察庁 【香川県】
