生物の分類
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和名英名ラテン語名例:ヒト例:ローズマリー例:エノキタケ例:大腸菌例:A. ペルニクス
ドメイン:domain:regio:真核生物真核生物真核生物細菌(真正細菌古細菌
:kingdom:regnum:動物界植物界菌界なしプロテオ古細菌界[1]
:phylum
/division:phylum
/divisio:脊索動物門
(脊椎動物亜門)被子植物門担子菌門プロテオバクテリア門クレン古細菌門
:class:classis:哺乳綱双子葉植物綱菌蕈綱γプロテオバクテリア綱テルモプロテウス綱
:order:ordo:サル目シソ目ハラタケ目腸内細菌目デスルフロコックス目
:family:familia:ヒト科シソ科キシメジ科腸内細菌科デスルフロコックス科
:genus:genus:ヒト属
Homoローズマリー属
Rosemarinusエノキタケ属
Flammulinaエスケリキア属
Escherichiaアエロピュルム属
Aeropyrum
:species:species:H. sapiensR. officinalisF. velutipesE. coliA. pernix


門は、動物学と細菌学ではphylum、植物学、菌類学ではdivision/divisioと使い分ける。

中間的分類が必要なときの階級名は、その分類単位よりも上位の分類には、大 (magn-)・上 (super-) を、下位の分類には、亜 (sub-)・下 (infra-)・小 (Parv-) などの接頭語を各階級の頭につけて生成させる。

subfamily(亜科)とgenus(属)の間をさらに細分する必要があるときは、tribe(動物では族、植物では連)を使う。

subgenus(亜属)とspecies(種)の間をさらに細分する必要があるときは、section(節)を使う。

分類名の接尾辞

属より上位の分類名には、植物・藻類・菌類については国際藻類・菌類・植物命名規約、動物・原生動物では国際動物命名規約、細菌・古細菌では国際細菌命名規約で定められた規則的な接尾辞が付けられている。

分類単位
Taxon植物
Plants
Algae
Fungi動物
Animals真正細菌古細菌
Bacteria, Archaea
門Division/Phylum-phyta-phyta-mycota  
亜門Subdivision/Subphylum-phytina-phytina-mycotina  
綱Class-opsida-phyceae-mycetes (-ia)
亜綱Subclass-idae-phycidae-mycetidae (-idae)
目Order-ales-ales-ales -ales
亜目Suborder-ineae-ineae-ineae -ineae
上科Superfamily-acea-acea-acea-oidea 
科Family-aceae-aceae-aceae-idae-aceae
亜科Subfamily-oideae-oideae-oideae-inae-oideae(現在使用されていない)
族(連)Tribe-eae-eae-eae-ini-eae(同上)
亜族(亜連)Subtribe-inae-inae-inae-ina-inae(同上)

分野によっては慣習的に、よく使われる語尾がある。たとえば、動物門の -zoa、綱の -morpha、目の -iformes、-ida、古細菌門の -archaeota などである。しかしこれらはルールではなく、例外が多い。
最上位分類の変遷
界詳細は「界 (分類学)」を参照

生物(現在から見れば高等生物のみであるが)は古代から植物・動物の2つに分けられ、近代にはそれぞれが (kingdom) とされた。

微生物が発見されてくると、1860年エルンスト・ヘッケル原生生物界を作り三界とした。さらに後には五界説八界説などが登場してきたが、現在から見れば過渡的な分類と言える。

一方、原核生物の研究が進むと、細胞核の有無など細胞の基本構造の違いに比べれば従来の界の違いは表層的なものであるとして、界より上の分類が現れた。
ドメイン詳細は「ドメイン (分類学)」を参照

界より上の階級は、上界 superkingdom、empire、ドメイン domain などと呼ばれたが、現在ではドメインで統一されている。(上界はドメインと界の間の階級として使われることがある)

1937年シャットン (E. Chatton) は、生物全体を原核生物 Prokaryota と真核生物 Eukaryota の2つの empire に分類した。

1990年、ウーズは、原核生物を真正細菌古細菌に分割し、また階級名をドメインとした。ウーズによれば、生物全体は、真核生物、真正細菌、古細菌に分かれる。

リンネ
1735年
2界説ヘッケル
1894年
3界説ホイタッカー
1969年
5界説ウーズ
1977年
6界説ウーズ
1990年
3ドメイン説[2]
 原生生物モネラ界真正細菌真正細菌
古細菌古細菌
原生生物原生生物真核生物
植物植物菌界菌界
植物植物
動物動物動物動物

系統的な分類へ

2000年代初頭までは、最新分類として、八界説をはじめとするキャバリエ=スミスの説がよく使われていた(Cavalier-Smith, 2002など)。八界説等はどちらかといえば、それまでの界の枠組みを残しつつ、それまでに得られた系統情報を盛り込んだものである。

その一方で、しだいに遺伝子解析の手法も熟練度を増し、系統そのもので分類することが出来るレベルにまでなってくる。

2005年、国際原生生物学会から真核生物の新しい分類体系 (Adl et al.) が提出された。この分類は、それまでの界の枠組みを廃し、真核生物を6つのスーパーグループに分類するものである。ウィキペディアの各記事でも、これらを界相当の分類として採用している場合が多い。

真正細菌ドメイン真正細菌
古細菌ドメインユリアーキオータ
クレンアーキオータ
真核生物ドメインオピストコンタ
アメーボゾア
エクスカバータ
リザリア
アーケプラスチダ
クロムアルベオラータ

クロムアルベオラータについては、当時から単系統性が疑問視されていて、近年に見られる他の多くの分類では細分される傾向にある。(細分した場合には通常、ストラメノパイル、アルベオラータ、クリプト植物、ハプト植物の4グループに分けられる。2010年現在では、クリプト植物ハプト植物が姉妹関係にあるとして、有中心粒類を含めて、ハクロビアという分類群を形成するとする説が有力視されるようになってきている[3]。)また一方では、上述のスーパーグループのうちの4つをまとめたバイコンタが、その単系統性を有力視されるようにもなった。

そのような近年の分子系統学的な成果を取り入れつつ、階層分類を盛り込んだものもある。下表に一例を示す。

細菌ドメイン真正細菌
古細菌ドメインユーリ古細菌界
プロテオ古細菌界


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出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)
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