町内の鉄道及び国道・主要地方道は、永平寺地区中心部から永平寺へのアクセス国道1本を除くと九頭竜川と同様に3地区を東西に貫通している。町西端部の南北に北陸自動車道がかすめ、九頭竜川南岸部福井市境のすぐ外側に福井北ICがある。
鉄道
中心となる駅：
町内の公共交通機関は一元的な集約が行われていない。
役場最寄駅は松岡駅で、鉄道路線に沿って役場支所が所在する。
大学などがある松岡地区北部は、松岡駅からは休日等の同地域方面へのバスが運休となるが、福井駅前（福井市）からのバスが鉄道以上の頻度で運転されている。
隣接市町村への連絡
えちぜん鉄道
勝山永平寺線：（福井市） - 観音町駅 - 松岡駅 - 志比堺駅 - 永平寺口駅 - 下志比駅 - 光明寺駅 - 轟駅 - 越前野中駅 - 山王駅 - 越前竹原駅 - 小舟渡駅 - （勝山市）
かつては東古市駅（現永平寺口駅）から京福電鉄の運営する永平寺線があり、永平寺総本山の近くに永平寺駅があったが、2002年10月1日に廃止（2001年6月25日以降はバス代行）となり、路線バスに転換されている。
都道府県庁への連絡
松岡駅から勝山永平寺線にて約18分の福井駅（福井市）下車
広範囲な連絡
福井駅にてJR西日本の特急列車に接続
福井市境部の福井北ICに以下の路線が停車する。
ドリーム福井号（JRバス関東、京福バス、福井鉄道）
東京駅八重洲南口（東京都中央区）発着、新宿駅新南口（東京都新宿区）経由（夜行）
北陸ハイウェイバス（京都?金沢線）（京阪バス、西日本JRバス）
京都駅烏丸口（京都府京都市）発着
北陸道昼特急大阪号（西日本JRバス）
大阪駅桜橋口（大阪府大阪市）発着
一般路線バス等
京福バス
松岡駅からは福井大学医学部、福井県立大学を経て本丸岡バスターミナル（坂井市）へ向かう路線、鉄道路線にほぼ平行し福井駅前（福井市）に向かう路線がある。但し土曜、日曜、祝日、年末年始はいずれも運休。
永平寺口駅には永平寺門前と本丸岡を経てJR芦原温泉駅（あわら市）へ向かう路線が発着する。土曜・日曜・祝日等にはその先あわら湯のまち駅（あわら市）を経て東尋坊（坂井市）へ直通する快速便が増発。
永平寺門前では、このほか福井駅前への直行バスが発着する。
松岡地区北部の福井大学医学部・福井県立大学からは福井駅前へ4路線合計で1時間に2本以上運転されている。
永平寺町
コミュニティバス - 松岡地区は松岡駅、永平寺地区は永平寺口駅を拠点にそれぞれ運行している。
一般国道自動車専用道路町内のインターチェンジ：松岡IC - 永平寺西IC - 永平寺東IC - 上志比IC（2009年3月28日開通予定）（中部縦貫自動車道 永平寺大野道路）
県道町内を走る県道：福井県道17号勝山丸岡線福井県道110号中川松岡線福井県道111号舟橋松岡線福井県道112号栃神谷鳴鹿森田線福井県道113号稲津松岡線福井県道114号吉野福井線福井県道164号大畑松岡線福井県道165号京善原目線福井県道168号藤巻下荒井線福井県道232号竹田東古市停車場線福井県道245号永平寺線福井県道254号上志比インター線福井県道255号牧福島上荒川線福井県道801号永平寺福井自転車道線