データ解析ツールoctaveを語ろう

1 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 [04/06/01 00:13] 知る人ぞ知る強力なデータ解析ツール octave ... unixを科学研究で使っている香具師には非常に心強い味方のはずだ。 matlab互換を主張しながら、微妙にバージョンアップを続ける octaveについて語ろう。 836 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/19(木) 11:02:28 ] >>835 なるほど。まあ，ビルドねたになるとwindows上でもMSYS+mingwやcygwin などのUnixyなツールでやるわけで，Visual Studio云々にはなりませんよね。 最近やり取りしたGOTOBlasやATLASネタもUnix上の方がすこし便利というくらい の話で基本は同じですからね。 データ解析ツールoctaveを語ろう2 でもいいですかね。名前よりもないようですからね。名前変えると 検索とかで大変ですからね。 837 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/19(木) 15:48:25 ] 行列演算を高めたOctaveで何が律速になってるのかのテスト マシンはIntel Core2Duo 2.4GHz MATLAB 7.6.0 (R2008a) >> tic;for jj=0:10000;end;toc 経過時間は0.000066秒です >> A=randn(200);tic;for jj=0:10000;B=(A>0);end;toc 経過時間は3.358699秒です >> A=randn(4000000,1);tic;for ii=1:4000000,if A(ii,1)>0,end;end;toc 経過時間は0.118251秒です Octave 3.0.3 (MSVC) ← BLASの関係しない演算なので octave:1> tic;for jj=0:10000;end;toc Elapsed time is 0.0079 seconds. octave:2> A=randn(200);tic;for jj=0:10000;B=(A>0);end;toc Elapsed time is 5.9 seconds. octave:3> A=randn(4000000,1);tic;for ii=1:4000000,if A(ii,1)>0,end;end;toc Elapsed time is 52.8131 seconds. 一番目はループテスト。tic,tocの誤差程度の差。 二番目は比較演算。Matlabより1.6倍遅い。けどそんなにひどくも無い。 三番目はif文。Matlabより50倍遅い。ここが明らかに律速。 Cygwin番のifはさらに1.5倍程度遅いもよう。 なので、if文は使わないようにして、比較演算に置き換えるべき。 838 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/19(木) 17:06:12 ] >>837 フーム。なるほど。loop自体よりよりifが遅いってわけですね。 これはためになる。 MATLABが速いのはJIT(Just In Time)コンパイルしてるからだそうですね。 でもloopの速度の改善がそれほどないことを考えると完全なバイナリじゃなく 中間コードぐらいかな。octaveもscirptをロードするときには中間コードには しているらしいけどそのレベルがちがうんでしょうか。 MATLABもっていない人の発言なのであくまでも推測でしかありませんが。 839 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/19(木) 17:39:24 ] ifのやつパイプラインがどのくらいストールしてるか知りたいですね。 840 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/19(木) 18:11:50 ] >>838 いや、400万回の空ループ(3番目のif文のテストに相当)を回すと MATLABで0.01秒 Octave-MSVCで2.22秒で 200倍以上差があるんですけど、 それだけのループの中でやる演算にかかる時間に比べれば ループのオーバーヘッドは無視出来るって事ですね JITがどうのというのは、たぶんその程度のの差です 比較式については以下の例をあげます 100x100の行列の全要素を調べて正なら1、違ったら0の行列を返す場合 if文なら A=randn(100);for ii=1:100,for jj=1:100,if A(ii,jj)>0,B(ii,jj)=1;else,B(ii,jj)=0;end;end;end; MATLABで0.01秒、MSVCで0.36秒です 比較式で同じ事をした場合 A=randn(100);C=(A>0).*1; でよくて MATLABで0.0004秒、MSVCで0.0008秒です。 同じA行列で計算した後にB-Cするとゼロ行列が返るので同一の結果のようです。 841 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/03/21(土) 15:30:55 ] ウーム。MinGWでの高速行列計算用octaveのビルドは苦戦中。 GotoBLASは、make checkのtest_sparseでsegmentation violationでこける。原因不明。 ATLASのマルチスレッドは、posix threadを使うのでcygwin上でないと動かない。 MinGWでは、今のところシングルスレッドのATLASしか動かない。まあ、これでも、バイナリ配布のoctaveよりも行列計算速度はかなり改善するので、ライブラリキットを出す意味はあるかな。 今のところ、マルチコアのCPUの利点をWindowで使うにはcygwinということですかね。 となると、やはり、計算はwindowsよりもunixがいいような気がしてます。unix屋さんにはそんなの当然といわれそう(^_^;)。 まあ、もう少しMinGWであがいてはみますが。 842 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/22(日) 02:26:32 ] >> 841 ■ Octave の configure の引数 ATLAS のマルチスレッド・ライブラリを使って，Octave を make するとき Octave の configure の引数を調整できるようです． 例えば，普通の CBLAS でなくて，ATLAS の libptcblas.a をリンクすることができます （→この方が望ましい） CC=gcc-4 CXX=g++-4 F77=gfortran-4 ./configure --prefix=/usr/local --with-blas="-L/usr/lib -L/usr/lib/atlas/lib -lptcblas -lptf77blas -latlas -lpthread" --with-lapack="-L/usr/lib/atlas/lib -llapack" ※ 口出しだけで，実行が伴っていなくて済みません（MinGW の環境を作るスキルがないもので）． 　　あわよくば，解決のヒントになれば良いなと思いまして，書き込みました． 843 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/22(日) 02:29:18 ] 842 の投稿者です． 済みません．「841」の内容は，すでに 820 で投稿済みでした．申し訳ない． 844 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/22(日) 02:31:57 ] --- 842 の投稿者です． 済みません．「841」の内容は，すでに 820 で投稿済みでした．申し訳ない． --- 　　　　　　　^^^ [842」の内容は，すでに 820 で投稿済みでした．申し訳ない． このように訂正します．　恥の上塗りで，申し訳ないです． 845 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 12:39:28 ] Octave + GotoBLAS (Cygwin上)様 貴兄のページで気になった点を すいません。/usr/localでなく/usrにインストールすれば 以下の作業は不要です。 cp /usr/local/lib/octave-3.0.3/lib* /usr/lib /usrにインストールするにはconfigureで ./configure --prefix=/usr (... other options) prefixを指定します。 また，octaveはpkg-configは使いません。独自のshell script octave-configを使います。 そこで，prefixの値を変更すればいいのですが。 これは他のソフトからoctaveのライブラリを使う場合に octaveのインストール情報を探るのにconfigureやmakeから参照されるとき つかう物なので用途がないときは触らないで結構です。 cp /usr/lib/libctave.dll.a /usr/lib/liboctave.dll.a ですがこれは，libctave.dll.aがMacroさんのミスなので mv /usr/lib/libctave.dll.a /usr/lib/liboctave.dll.a が妥当です。 846 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 12:40:28 ] >>845 私は試験的にいろいろを作成するため prefixを --prefix=/usr/local/octave-3.0.xx.yy のように指定してます xxはバージョンでyyは自分で決める識別子です。頻繁に使うときはaliasを使って alias octaveyy='/usr/local/octave-3.0.xx.yy/bin/octave' を.bashrcに書き込みます。 ライブラリのコピーなど。この方法の利点は（もちろん欠点もありますが）， アンインストールが/usr/local/octave-3.0.xx.yy　をexplorer削除する だけでいいからです。 ソースのイメージを消しても同じprefixでconfigureして，make uninstall すればいいのですが面倒なので^^;。 無論これはoctaveのバージョンをいろいろ作成する人以外には面倒なので あまりすすめませんが。試験的にやるときにはいいですよ。 847 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 12:55:45 ] ソースコードからコンパイルするときのヒント(メモ) (参考) Cygwinのソースパッケージを使わないというときは，下記の手順で，ソースコードを書き換えてください（バージョン 3.0.3 の場合） ですが 3.0.4のback portをするともっとシンプルです。 sparse-util.hの以下を extern OCTAVE_API void SparseCholError (int status, char *file, int line, char *message); extern OCTAVE_API int SparseCholPrint (const char *fmt, ...); ＊＊＊＊＊ // FIXME this overload is here due to API change in SuiteSparse (3.1 -> 3.2) extern OCTAVE_API void SparseCholError (int status, char *file, int line, char *message); extern OCTAVE_API void SparseCholError (int status, const char *file, int line, const char *message); extern OCTAVE_API int SparseCholPrint (const char *fmt, ...); にします。ページに書かれている変更では，cygwinでは通りますが， mingwではとおりません。たぶん，3.0.4では私が今回書いたように変更された と思います。 848 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 12:59:30 ] >>847 たぶん，3.0.4では私が今回書いたように変更された と思います。 は たぶん，コンパイラによっては，mingwのg++のようにcastが通らないものがある ので今回書いたように変更されたと思います。 です。すいません。<m(__)m> 849 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 14:11:31 ] >>847 すいませんsparse-util.ccも書き直す必要があります。 SparseCholError (int status, char *file, int line, char *message) { (*current_liboctave_warning_handler)("warning %i, at line %i in file %s", status, line, file); (*current_liboctave_warning_handler)(message); } を // FIXME this overload is here due to API change in SuiteSparse (3.1 -> 3.2) void SparseCholError (int status, char *file, int line, char *message) { SparseCholError (status, file, line, message); } void SparseCholError (int status, const char *file, int line, const char *message) { (*current_liboctave_warning_handler)("warning %i, at line %i in file %s", status, line, file); (*current_liboctave_warning_handler)(message); } に変更が必要です。すいません。<m(__)m> 850 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 15:20:12 ] >>770 TLA3.8.2を自分のコンピュータ用にcygwinでビルドしてこれをつかって， mingw-4.3.2-dw2-TDMでoctave-3.0.4RC3をビルドしたもの MFLOPS = 4830.2 cygwinでHT-pentiumでmulti-threadで効果があるか見てみました。 octave:6> n=2000; A=randn(n); B=randn(n);tic; C=A*B; t=toc, MFLOPS=2*n^3/t*1e-6 t = 3.8080 MFLOPS = 4201.7 ウーム。GotoBLASと同様にHyper Threadingでは，multithreadを使用しない ほうがいいようですね。物理的にコアが２つ以上ないとその威力は発揮 できないようです。 まあ，こういうのは試してみないとわからないもので，この記録はそれはそれ で意味があるのかなと思います。 851 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/24(火) 14:00:32 ] cygwinでビルドしてもgotoBLASでSegmentation faultがでました。:-( test_sparse.m ..........................................panic: Segmentation fault -- stopping myself... Segmentation fault GotoBLASの構築におかしなとこがあるのかなと思います。ウーム。 852 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/24(火) 23:25:00 ] octave for windowsメモの筆者様 845 から 850 まで．とても丁寧に見ていただいてありがとうございます． 　（近日中に，書き直ししたいと思っています．） 851 について．私の方では再現できないのですが， 　133.5.18.167/rinkou/octave/57.png に，私の方での configure の結果を載せています．これが一致しているか否かで， 　問題の切り分けができるかなあ，と思っています．（あまりお役に立てなくて済みません）． 853 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 [2009/03/26(木) 08:40:49 ] octave-3.0.4RC6がでました。グラフィックス周りのバグフィックスのようです。 controldemo（とういか制御系関数のバグ）のフィックスはなされていなかった ようですぐにパッチがでました。 854 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/26(木) 08:42:24 ] octave-3.0.4RC6がでました。グラフィックス周りのバグフィックスのようです。 controldemo（とういか制御系関数のバグ）のフィックスはなされていなかった ようですぐにパッチがでました。 855 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/26(木) 11:37:17 ] >>853 >>854 ２重投稿すいません。なんかユーザ登録のエラーでて書き込みが できなかった見たいで<m(__)m> 856 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/26(木) 12:19:07 ] >>851,852 まあ，GotoBLASの再構築とか，ビルドの最適化オプションあてたりとか。 Macroさんのパッチをあてたりとかいろいろかえましたが同じ症状でますね。 どこが悪いかかは，分かりません。gdbでトレースしましたが，GotoBLAS自体 が私のCPUにたいして正常に動かないコードを発しているようです。 test_sparse.m .......................................... Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault. 0x64aeda26 in zpotf2_ () zpotf2_はGotoBLASの中にあるので。 まあ，ATLASでもそこそこ性能だせるので，もうあがくのやめます（泣）。 857 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/03/28(土) 10:35:59 ] 3.0.4RC7がでました。mingwとcygwinでテストし、報告しました。 今までずっと未解決だった問題は全てクリアされているようです。 unix系のplatformでも問題なく動いているようで、おそらくもうすぐ3.0.4の正式版のソースが出そうです。 858 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/29(日) 18:02:15 ] debianやubuntuって、octave3.0パッケージ導入して、atlasも導入してたら自動的にそっちを 使ってくれるんだね。Rも同様みたいですね。 859 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/30(月) 09:04:13 ] >>858 ウーム。さすがにUnixはちがいますね。ところでatlasは，ソースから自分の コンピュータにビルドですか。たしか，DebianだとそれぞれCPUに特化した atlasのバイナリあったような気がしているのですが気のせいですかね？ 860 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/30(月) 09:30:24 ] >>859 そうみたいですよ。debianの派出したものがubuntuなのでそのまんま、同じことになってる ようです。 ただし、1cpuのみだろうと思う(未確認)なので、複数のcpuを使うときはソースをとってきて 自前でコンパイルしてパッケージで導入という流れなんだろうなと思ってます。 861 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/30(月) 09:32:15 ] あと、atlasは.debパッケージでバイナリ供給されています。 862 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/30(月) 15:57:47 ] >>860 multithreadのatlasは，pthread(posix thread)を使うのでptが ライブラリについています。libptf77blas.a libptcblas.a のように。 あとリンカにオプションで-lpthreadがついているかどうか。 でも，ダイナミックリンクだとライブラリの方にpthreadが取り込まれている かも知れませんが。 863 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/30(月) 16:13:20 ] >>862 atlasのライブラリを少し調べてみた(*1)けど、依存性にthreadライブラリは付いていない みたいでした。3.6.0を利用しているということで少々古いものなのかな。lennyのunstable ならoctaveも3.04 rc7みたいですが。 *1 packages.ubuntu.com/ja/intrepid/libs/libatlas3gf-sse2 *2 packages.debian.org/unstable/math/octave3.0 864 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/30(月) 18:00:05 ] >>863 3.6.0は古いですね。おそらく古いCPUならいいですが，GotoBLASでの 後藤先生のパワーポイントのファイルでATLAS 3.7.xxとGotoBLASの比較では GotoBLASがかなり速くなっていたんですが，Octave + GotoBLAS (Cygwin上) さんが >>828 で述べられているにATLAS3.8.3では差はそれほど大きくはありません。 やはりATLASは3.8.3で自分で作成されたほうがよいかと思います。 特にCore2DuoとかCore2Quadをお持ちならば。 865 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/30(月) 18:36:51 ] gcc-4.3.3 GCC-TDMのsjlj-EH(Exception Handling)をつかうとmingwでも multithreaded ATLASが使えました。 ただし，>>803　のテストではdw2-EHの方が25%-30%程度はやいので 痛し痒しです。 n=2000; A=randn(n); B=randn(n);tic; C=A*B; t=toc, MFLOPS=2*n^3/t*1e-6 はmultithreaded ATLASで（HT-pentium4 prescott） MFLOPS = 4970.9 single threaded ATLASで MFLOPS = 4830.2 論理コアのHTでも若干速いです。たぶん，Core2Duoあたりだと大分成績 よさそうですね。 sjljはインタープリターが遅いが，multithreaded ALTASが使える。 このあたりは痛し痒しですね。 このあたりの情報は本家octaveのMLにもアップしました。 ベンチマーク好き（^^;私もですが）の方のいろんなプラットフォーム，CPU での報告まってます（笑）。 866 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/30(月) 19:31:57 ] 本家のMLに書いたものです。ご参考までに。 ttp://www.nabble.com/Sjlj-vs-dwarf2-on-mingw-for-octave-td22776323.html#a22780228 なお，octave-3.0.2をmingw-3.4.5でビルドしたバイナリの情報をかいていますが このライブラリを現在のOctaveのビルドにとりあえず使えると思います。 867 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/30(月) 23:30:31 ] とりあえず入れてみたよ。僕のメインpcは opensuse 11.1 x86_64 core2duo 2.66GHz + 4GRAM なんで、(ubuntu/debianはサブ)そちらに、atlas3.8.3とoctave 3.0.3が パッケージで導入できるので、src.rpmを取ってきて、specファイルを 改造して入れてみました。 もちろん、pthread対応をしてます。 octave:3> n=2000; A=randn(n); B=randn(n);tic; C=A*B; t=toc, MFLOPS=2*n^3/t*1e-6 t = 0.98570 MFLOPS = 1.6232e+04 octave:4> ざっとこんなかんじです。16GFLOPくらいですかね。>>828さんの値とほぼおなじですかね。 868 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/31(火) 08:48:50 ] >>867 おお！すばらしい！ マルチコアのマシンでは 行列計算重視でなければバイナリ導入。重視ならばpthread ATLASつかって 自分でビルドという感じですかね。 しかし，最近のパソコンはすごいな^^; 869 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/31(火) 09:41:38 ] >>868 あと、glpkとumfpack/amdもパッケージにあったので対応させましたよ。 umfpackといえば、昔macにいれるときに一筋縄で行かなかったのであまり良い 印象はもってないけど、パッケージで導入が出来るので楽だった。 opensuseのscienceとeducationリポジトリを追加するとこの辺のものはそろっ てるみたいです。 ps3でlinuxを使ってoctaveをやってる人っているのかなぁ。。。xを起動させなければ 余裕がかなりできると思うんで。 870 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/01(水) 21:09:10 ] ソースコードを貼ってここを使いたいなら codepad.org/ を使えばいいよ。ここでplain textを選択すればoctaveでも使えるので。 例) codepad.org/RoVSondH 871 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/02(木) 13:33:52 ] >>870 なるほど　Thanks!! 872 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/02(木) 13:40:12 ] 3.0.4がついにでました。 ttp://www.nabble.com/3.0.4-release-td22822789.html まだ，ソースコードだけなので各platfromのバイナリはこれからだと思います。 Msvc版はおそらく出ないでしょう。 Benjaminさんは，mingw版は3.0,4で出すといわれたいたのでこれはでるのでは と思います。 将来的にはMichaelさんのMSVC版とBenjaminさんのMingw版は統合され， WindowsのNative版はMingwでリリースされるのではと思います。 873 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/03(金) 13:14:03 ] >>493 一年前のものにレス。 今は仮想環境という便利なものがあるのでそちらで、いろんなディストリを試すことを おすすめします。手元にはurlがないので割愛しますが: 仮想環境: 1.vmware ; vmplayerは無料。仮想ディスク作成はeasyvmxというサイトを利用すれば簡単 です。vm toolsを入れれば、使いがってはあがります。windowsのディスクトップとのコピペ もできます。vm toolsは各ディストリにパッケージとして配布されていたり、デフォルトでイン ストールされることは多い。 2.virtualbox ; vmwareよりは少し遅いですが、これだけで仮想ディスクの作成も出来ます。 付属のguest additionsを導入することによってこちらも使いがってがあがります。このツール も各ディストリでデフォルトで入ってることは多い。 次に、ディストリですが、 deb系はここでも触れられたように、atlasのバージョンが古めだが、導入すれば、すぐにatlas を使えるようになってくれますね。ubuntuの日本グループはvmwareやvirtualbox用の仮想ファ イルを配布しているので、慣れるという意味ではオススメできる。 rpm系: RHELクローン: scientific linux / cent os ; 保守期間が長い。商標以外の部分は商用の Red hatと同じ。scientificのほうはフェルミ国立加速器研究所がメンテナンスしているようで す。fedoraはRHELの実験場です。 openSUSE: 追加のレポジトリを加えれば新しいoctave/atlasは利用可能。 mandriva: rpmfindで調べてみたら、こちらのディストリもatlasは新しいものが入ってる。 この辺が使えるところではないですかね。 874 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/03(金) 14:03:58 ] RHELクローンの追加リポジトリは okyuu.com/ja/tips/5223 を参考にしてください。 調べたところ、octave 3.0.1 / atlas 3.8.3 でした。 875 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/03(金) 16:13:28 ] >>873 >>874 Thanks!! 今年の申請予算次第だけどあたれば， コンピュータリプレイスするのでそのとき考えます。 以前，はやりかけたcoLinuxって最近はどうなんでしょう。 いかんoctaveねたとかけ離れている<m(__)m> 876 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/03(金) 16:25:18 ] >>875 うむ。予算はずれた。まあ，当分プレスコット3.4GHzでWindowsで 頑張ります^^； というわけで「octave for windowsメモ」は今年度は続きます（苦笑） 877 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/03(金) 20:17:00 ] >>875 coLinux野郎ぜ！ Part7 pc11.2ch.net/test/read.cgi/linux/1206766349/ 878 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/05(日) 13:20:13 ] FreeBSDは atlas 3.8.2, octave に関しては 安定版 octave 3.0.3, 開発版 3.1.54が入っていた。 879 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/06(月) 08:05:28 ] Octave.app 3.0.4 for Mac OS Xがでたようです。 詳しくは以下を ttp://www.nabble.com/Octave.app-3.0.4-for-Mac-OS-X-td22886996.html 880 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/06(月) 14:24:29 ] emacs のoctave modeって使ってる人がどのくらいいるんでしょうかね？ みなさんどっからoctaveを使ってますか？ あまりにも使い勝手が悪いと思ったので、改良しているところですね。 RのESSやruby-modeと操作性を合せていってるところです。 881 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/06(月) 14:30:52 ] imaximaともです。C-c C-b, C-c C-c, C-c C-rの3つを直すだけでも 操作性が同じになります。この辺が他のemacsとソフトの連携部分の操作性が ずれているので。 882 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/06(月) 18:29:43 ] なんかOctave-3.0.4のソースのLoad関数にバグがあるようで Benjaminさんがパッチを出されています。 ソースからビルドする人は，パッチをあてましょう。 ttp://www.nabble.com/Re:-Possible-bug-in-"load"-function-in-octave-3.0.4-p22895800.html 883 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/08(水) 08:11:29 ] >>882 このバグをfixするために3.0.5が出そうです。 すでにrc1がでました。 3.0.5？ ttp://www.nabble.com/3.0.5---td22924551.html 3.0.5 rc1 ttp://www.nabble.com/3.0.5-rc1-td22926230.html 884 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/08(水) 10:00:08 ] www.emacswiki.org/emacs/auto-complete-octave.el というのが今年の3月に出たみたいですね。auto-complateは別窓が開く 補完用のパッケージですが、このファイルの中にあるoctave-keywordsを 次のようにくわえてみればoctave-complete-symbolが充実した補完に産まれ 変ります。 (require 'octave-mod) (setq octave-completion-alist (nconc octave-keywords octave-completion-alist)) 885 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/10(金) 01:23:25 ] octaveの出力するsvgがinkscape0.46でバグるけど、次期inkscapeではなおるみたいです。 今での簡単な対処方法は ttp://www.yamamo10.jp/yamamoto/wordpress/?p=46 を参考にしてください。 886 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/10(金) 14:51:08 ] >>420 You should come out of the closet. 887 名前：886 mailto:sage [2009/04/10(金) 15:12:05 ] 誤爆したorz　スルーお願い。 888 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/04/11(土) 18:02:34 ] >>886 スルー('◇')ゞ ラジャ 889 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/04/11(土) 18:03:19 ] >>886 スルー('◇')ゞ ラジャ 890 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/15(水) 08:13:36 ] 4/8にもう　3.0.5の正式版出てました^^;。 ソースは，ttp://www.gnu.org/software/octave/download.html で，Octave.app 3.0.5 for Mac OS Xがでました。 詳しくは以下読んでください。 ttp://www.nabble.com/Octave.app-3.0.5-for-Mac-OS-X-td23043286.html 891 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/04/19(日) 02:37:32 ] Cygwin で Octave-3.0.5 の make, make check を行ってみました． make check で失敗します． 　※「助けて」という意味ではなく，参考情報としてお送りしています． 　　（「素直に，Linux, FreeBSD, Mac 等を使えば・・・」というご意見は分かります） ■ 皆様ご存知の通り，Cygwin 用のソースコードパッケージは， 簡単に入手できます ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/release-2/octave/ ■ ATLAS 3.8.3 を使う場合 make は通ります． make check は，エラーが 2 個 (Octave-3.0.3 では出なかったエラー） (1) src/syscalls.cc ........................................ PASS 0/1 FAIL 1 エラーメッセージは，「octave 3612 child_copy: linked dll data write copy failed, 0x6B4000..0x6c1600, done 0, ...」 　　　　※ 私の LAPACK インストール時のミスかも，と感じています． (2) scripts/specfun/nchoosek.m ............................. PASS 1/2 FAIL 1 ■ GotoBLAS を使う場合 make は通ります． make check は，途中で止まり続行できない． (1) src/syscalls.cc ........................................ 2 [main] ? couldn't allocate heap, Win32 error ... 892 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/20(月) 08:22:22 ] >>891 scripts/specfun/nchoosek.m ............................. PASS 1/2 FAIL 1 は3.0.3には存在しなかったテストです。これは，計算誤差の許容度が 厳しすぎるためで，問題はありません。 make check　すると test　ディレクトリにfntests.logが生成されますので これを見ていただけると問題がわかるかもしれません。 Lapackで問題ならば，blasだけGotoBlasやATLASをつかってLapackは,Octaveの ソースコードにあるものを使うと問題が解決される場合があります。 この場合　configureで --without-lapack　オプションをつかうことで Octaveのソースコードにあるlapackが使用されます。 893 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/04/21(火) 02:28:01 ] >> 892 ありがとうございます．もう少し時間をかけて，調べてみます． いろいろな組み合わせが考えられ，少しずつ，エラーの出方が変わる， というところまでは見てとれています． ※　知り合いの Windows マシンに，Octave と ATLAS をあげたい，というのが本来の動機です 894 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/21(火) 09:44:46 ] >>893 英語を書くのがいやでなければ，cygwinのMLでcygwin版maintainerの Marcoさんに聞くのが一番早いかなと思います。 895 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/24(金) 19:08:16 ] >>892 3.0.5のビルドをcygwin＋ATLASでやりましたが， scripts/specfun/nchoosek.m ............................. PASS 1/2 FAIL 1 以外はエラーはありませんでした。ただし，SuiteSparseは，自分でビルドした ものを使っています。 lapackは，cygwinのものを使っています。 参考までに 896 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/04/26(日) 06:09:00 ] octave for windows MSVC版はライセンス問題で今は、配布されていません。 Mingw版のみ配布されています。MichaelさんもMingwでのビルド を進めておられるようです。 897 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/27(月) 13:01:56 ] >>896 なぜそうなったかをたどってみました。私のメモ ttp://www.tatsuromatsuoka.com/octave/jpn/OctaveWinMemo.html#090427 に大体のことを書きました。詳しくは，そこで紹介している長いスレッドを ご覧ください。 なお，メモにも書いていますがBenjamin氏が3.0.5の準備をしているそうです。 898 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/30(木) 14:51:35 ] octave build tool kit under the MinGW ttp://www.nabble.com/octave-build-tool-kit-under-the-MinGW-td23272584.html#a23272584 899 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/30(木) 15:58:37 ] >>896 Michaelビルド版を待てばJhandleを期待出来るのでしょうか。 もしJhandleが使えて、GotoBLASも有効に出来れば最高ですが。 900 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/05/03(日) 05:42:47 ] >>899 Michael版は、多分3.2からだと思います。 多分当分出ません。 3.2では、BenjaminさんとMichaelさんの仕事は、統合されるようです。octave自身に独自のグラフィックバックエンドがつくと思いますので、よくわかりません。まあ、Forgeでのこるのかな。 GotoBLASは単なるdllの置き換えでは無理だと思います。 Octave-ForgeのSVNにビルドスクリプトがアップされるはずですのでそれを使って自力でビルドが必要かと思います。 ところで 900番ゲットo(^-^)o 次板考えないと 色々あるけど、場所もここで、タイトルも安直に「データ解析ツールoctaveを語ろう その2」でいかがでしょうか？ 901 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/05/03(日) 09:09:42 ] >>900 >Forgeではのこるのかな は >ForgeだからJhandleはそのままのこるのかな？ です。m(_ _)m 902 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/05/07(木) 16:52:01 ] print -deps test.eps でepsファイルができません。 何か設定必要ですか？ 3.0.2です。 903 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/05/08(金) 08:52:20 ] >>902 書き方のミスだと思いますが help print Function File: print (FILENAME, OPTIONS) なんで print('test.eps', '-deps') で作成確認。 904 名前：gnuplotメモの筆者 mailto:sage [2009/05/21(木) 19:33:49 ] Octave 3.0.5 mingw32 available がでました。 ttp://www.nabble.com/Octave-3.0.5-mingw32-available-td23650805.html ダウンロードサイトはここ。 ttp://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=2888&package_id=287261 905 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/05/21(木) 19:35:41 ] >>904 ハンネ間違えた^^; 906 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/05/26(火) 07:55:41 ] 3.2.0のrc2が出てます。 the Octave 3.2.0 RC2 tarballs are available at ttp://artax.karlin.mff.cuni.cz/~hajej2am/ulozna/octave/ 907 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/05/28(木) 14:50:25 ] I have prepared corrected image-1.0.8 octave-forge package for users' convenience. You can download at www.tatsuromatsuoka.com/octave/Eng/Win/ . image-1.0.8p.zip,201,596 bytes, 2009-05-28, md5 6f573210d2567799c06a838b4dad0380, corrected image-1.0.8 package for Octave 3.0.5 for Windows MinGW32 Installer. Please read the Readme.txt in the archive file to install. 908 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/02(火) 10:51:32 ] www.tatsuromatsuoka.com/octave/Eng/Win/ にビルドしたimage package for Octave 3.0.5 for Windows MinGW32を おきました。 image-1.0.8_prebuild_oct_3.0.5_mgw.zip です。 909 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/08(月) 13:47:24 ] こないだがでたばっかしですが，3.2.0がでました。 ttp://www.nabble.com/Octave-Version-3.2.0-Released-td23902621.html かなりの仕様の変更があります。私が大きいと思ったのは疎行列については Octaveでは，spluなどをspがついた関数をつかわないといけなかったの ですが，引数が疎行列の場合，luは疎行列用のluを使うように なったことです。 疎行列に対してspの冠のついた関数使うということがMATLABとの互換性との 問題で大きいところだったので，この点は大きな進歩だと思います。 ところで >>900 >Michael版は、多分3.2からだと思います。 >多分当分出ません。 とかいたのですが，Michaelさんは，まだMinGWをそれほど本格的に触って いないようです。したがって，3,2.0もBenjaminさんの 単独リリースとなりそうです。 したがって，jhandleは当分使えないと思います。 OpenGLのBackendはまだまだ試験段階で実用にはなっていません。 当分gnuplotがbackendの状態が続きそうです。 910 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/06/08(月) 21:02:20 ] MSVC版の3.0.3だと、 Jhandleが入ってない状態では wxWidgetsでグラフが描かれますね。 print('test.png','-dpng'); で、グラフの画像がちゃんと出力されます。 Jhandleだと手前にウインドウがあるとかぶっちゃうんですが これだとちゃんとグラフだけが出力されてるようです。 あんまり話題にはなってませんが 911 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/09(火) 19:36:58 ] >>910 そうですね。画像書き出しのときはgnuplotをbackendに使ったほうがいいと 思います。 JHandleはMicahelさんが本格的にMinGW版にのりだすまでは出ないと思います。 有志が出てくれば別ですが。 912 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/11(木) 07:35:14 ] Octave 3.2.0 for Windows MinGW Installerがでました。 こないだ，3.0.5が出たばかりというところですが，すでにBenjamin さんは，Development Branchで作業をされてようです。 ttp://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=2888&package_id=287261 913 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/06/12(金) 09:59:07 ] editコマンドで開くNotepad++は、 ユニコードを選べば （ツールバーのFormat→Encode in UTF-8） 日本語には問題ないように思いますが、 何か支障ありますか。 914 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/12(金) 10:07:51 ] >>913 確かにそのようですね。実はあまり，Notepad++さわったことないんで^^;。 (SciTE派なもんで。)しかし，sjisはまだ使われる場面も多いので日本語を 使う場合は日本語版が使いやすいとは思います。 文章は修正しておきます。 915 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/12(金) 10:09:11 ] >>913 >>914 おっと例を言うのを忘れていました^^;。ご指摘ありがとうございます<m(__)m> 916 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/06/12(金) 14:23:51 ] Windowsでは（たぶん）簡単に動かなかった時代に比べれば、 Mingw版Octave（3.0以降）はほぼ完成の域に達しましたね。 RでいうRjpWiki ttp://www.okada.jp.org/RWiki/ みたいなのができると、 使う人が一気に増えると思います。 このスレももう少しで終わりなので、 次はWikiとか作ってみませんか。 コンテンツのほうはなるだけ協力します。 917 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/12(金) 19:11:06 ] >>916 なるほど。しかし，Wikiの立ち上げに関する知識もないし，自分の Yahoo Geocitiesのジオプラスで借りているWebスペースにおけるのかな？ Geocitiesにはわたしからきいて見ます。 有志ので自分のサーバー持ってる人とかいればいいんですが。 他の皆さんの意見も聞きつつ考えましょう。 ここはここでスレおわったら　「その２」　をたてておいておくのがいいと おもいますが。 918 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/12(金) 19:50:54 ] >>916 >>917 なんか思い切り無知でした。 pukiwikiなんぞをつかうのかな？ ちと，知識不足は否めないので，検討します。（政治家のセリフだな^^;） 919 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/06/13(土) 03:28:21 ] 最近はWikiスペースを無料でレンタルできるサービスもいくつかあります。 atwikiなどが一般に使われているようです。 ttp://atwiki.jp/ ttp://wikiwiki.jp/ ttp://wiki.fc2.com/ 920 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/06/13(土) 10:08:03 ] livedoor wiki なんてのもあるね。 921 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/15(月) 09:24:44 ] >>919 >>920 ありがとうございます。いま，少し立て込んでますんで，今週中くらいには，何とか 立ち上げてみます。まあ，うまくいくかどうかはやってみないとわかりません ので，立ち上げて様子をみたいと思います。 あとここはここで，前にもいいましたが「その２」を立ち上げるのがいいと 思います。 922 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/06/15(月) 11:42:18 ] 次はソフトウェア板にでも移動したら？ 923 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/15(月) 12:21:01 ] >>922 それは，たしかにそうなのですが，>>834>>835>>836での>>835のような 意見もありますね。 まあ，リンクを貼ればどこでもいいかな。私は，正直どちらでもいいの ですがでもどちらかにはしないと混乱しますよね。 まあ，意見分布を待つ。 924 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/16(火) 14:36:39 ] >>919 ttp://www40.atwiki.jp/gnuoctavejp/ とにかく立ち上げてみました。まだ，何もありませんが よろしくお願いします<m(__)m>。 いまは，IDがなくても書き込めますが，書き込み回数には制限を設けています。 できればIDを取得されて書き込まれることを期待します。 このあたりのことも議論できればいいですね。 925 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/06/19(金) 00:12:19 ] >>924 wikiなんで気軽に編集できる形態を希望します。 とりあえずのコンテンツとして以下を希望してみる。 （時間あれば自分でやりたいけど） Octaveのインストール クイックリファレンス Tips紹介 グラフィックス実例集 Octave-Forgeの紹介 掲示板 Q&A掲示板 926 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/06/19(金) 08:38:20 ] >>925 反応ありがとうございます。 非ログイン書き込みは20回の連続制限なので，それくらいはあれば実用上 いいかなと思います。 非ログイン書き込みには文字認証があるのでスパムは出にくいと おもいすが。念のため。 #掲示板か，どやって立ち上げるんだろう。Q&Aでも読むか。 927 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/06/22(月) 09:42:23 ] >>925 コメント記入欄作成ありがとうございました<m(__)m>。 928 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/23(火) 12:16:19 ] Xoctave - Human interface to GNU Octave 929 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/23(火) 12:19:59 ] >>928 手が滑って書きかけであげてしまいました。スレッドが残り少ないのにすまぬ<m(__)m> >>927は私です ところで，こんなのあるそうです。 XだからWindowsの人には使えないです。Cygwinなら動くのかな？ Xoctave - Human interface to GNU Octave ttp://www.nabble.com/Xoctave---Human-interface-to-GNU-Octave-p24156773.html 930 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/06/29(月) 08:00:43 ] 3.2.1のRelease Candidateがでてます。速いペースですね。 ttp://www.nabble.com/3.2.1-release-candidate-2-tt24218711.html#a24233395 まあ，Release前にはテストをメンテナーがしていますが，やはり限界があり， 世にでると3.2.0の不具合が報告されています。 そのフィックスといえそうです。 931 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/07/02(木) 19:35:09 ] cygwin版のocatave-3.2.0, octave-forge-20090607-2がリリースされました。 ただし，cygwin-1.7でのみのリリースなので ttp://cygwin.com/　の Cygwin release 1.7 in BETA testing　の new setup-1.7.exe から setup-1.7.exeをdownload し，インストールしてください。 CategoryはMathを選んでください。 octaveだけ選ぶとgnuplotがインストールされないので， gnuplotも忘れずにインストールしてください。 cygwin版のocatave-3.2.0をお使いで，gnuplotで2D のmouse zoomingを 使いたい方は， ttp://www.tatsuromatsuoka.com/gnuplot/Eng/cygbin/ のgp43-winbinX11-cygwin-1.7.zipをお使いください。 932 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/07/11(土) 17:12:11 ] 画像をimagescで表示した上にplotで点や直線を上書きしようとしても何も変化がないのですがどうしたらよいですか 933 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/07/12(日) 00:47:15 ] >>932 hold onを使いましょう。 例 octave:14> imagesc(A); octave:15> hold on octave:16> fplot (@(x) x, [0 300]); 934 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/07/12(日) 00:50:18 ] hold onはもちろんしてます けれど画像の上に点や線が表示されないんです 935 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/07/12(日) 06:01:19 ] >>934 MSVC octave 3.0.3とMinGW 3.0.5 にimageパッケージを組み込んだものでは上手くいくのですが。 OSやバージョンによるのかも。 私個人は、3.2.0は、バグが多いので使っていません。 936 名前：octave for Windows メモの筆者 mailto:sage [2009/07/26(日) 06:54:50 ] octave 3.2.2がリリースされました。まだ，ソースのみのリリースです。 3.2.0は，メジャーチェンジの最初のバージョンだったので，バグが多かったので今度ものでフィックスされているようです。 私は，MinGW上でビルドしました。まだ，あまりつかっていませんのでよくわかりませんが，多分バグはかなりフィックスされていると思います。

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