データ解析ツールoctaveを語ろう

1 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 [04/06/01 00:13] 知る人ぞ知る強力なデータ解析ツール octave ... unixを科学研究で使っている香具師には非常に心強い味方のはずだ。 matlab互換を主張しながら、微妙にバージョンアップを続ける octaveについて語ろう。 801 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/10(火) 19:37:56 ] >>800 キリ番ゲットしてたんですね<m(__)m>。 mingw(GCC-4.3.2-dw2-TDM)でもcygwinでビルドしたリブラリ使えます。 （できたlibgoto_(cpu name).a をlibgoto.aにコピーして， 適当な場所にいれ，--with-blas='-L/usr/local/lib -lgoto' でビルドする。） MFLOPS = 5535.1 すこしですが速くなります。こりゃビルド方法をメモにかかんとあかんなあ。 しばしお待ちを<m(__)m>。 802 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/10(火) 19:59:18 ] >>801 MSVC版で使えると最高なんですがねぇ GotoBlasのexports/というディレクトリーで make dll とやると、dllファイルが出来るんですけど MSVCのbin/のlibblas.dllとリネームして置き換えても cblasの関数が無いみたいなエラーが出てダメでしたね GotoBlasとcblasをくっつけてdllをつくればあるいは… という感じがしないでもありませんが 803 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/11(水) 08:19:59 ] >>802 おそらくoctaveは将来,MSVC版はなくなりそうです。 というのはLapack　3.2はfortran90でかかれており，fortran90に対応した f2cがないからです。 ttp://www.nabble.com/Octave---Fortran-continued-td20976664.html#a20976664 Michael(MSVC版の開発者)さんとBenjamin(Mingw版の開発者)のやり取り を参照ください。また，行列計算以外octaveの計算速度はgcc-4.3以上を 使えばmingwの方が速いです。 clear; function dx = oregonator_m (x, t) dx = zeros (3, 1); dx(1) = 77.27*(x(2) - x(1)*x(2) + x(1) - 8.375e-06*x(1)^2); dx(2) = (x(3) - x(1)*x(2) - x(2)) / 77.27; dx(3) = 0.161*(x(1) - x(3)); end x0 = [ 4; 1.1; 4 ]; %t = [0, logspace (-1, log10(303), 150), logspace (log10(304), log10(500), 150)]; %t=linspace(0,500,1000); t=0:0.5:500; ts=cputime(); y = lsode ('oregonator_m', x0, t); cputime()-ts plot (t',y(:,1),"",t',y(:,2),"",t',y(:,3)); をやるとMsvc 3.0.3 1.6563s, Mingw 3.0.2 1.2188s, 4割程度mingw版の方が 速いです。私はjhandleを使わないのでmingw派です。 804 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/11(水) 09:41:58 ] >>773　>>800 >1.2GHzのCeleron M >mingw 3.0.4RC3 1110 MFLOPS (sse2, ATLAS3.8.2を自分のパソコンで作成) でしたが　GotoBLASでは900弱でした。 古いCPUの場合はATLASの方が速いですね。 805 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/11(水) 10:01:18 ] >>803 GotoBlasを入れて15GFlopsにしても、一部のプログラムでGotoBlas+Cygwin版が 2GFlopsのMSVC版よりも極端に遅い事があったのです。それで調べてみました 行列のベクトル積 MSVC octave:1> A=randn(100);tic;for jj=0:1000;C=A*A;end;toc Elapsed time is 0.938295 seconds. Cygwin octave:1> A=randn(100);tic;for jj=0:1000;C=A*A;end;toc Elapsed time is 0.25 seconds. Cygwinの方が4倍ぐらい速いしループのオーバーヘッドはほとんど無い 比較処理 MSVC octave:2> A=randn(100);tic;for jj=0:10000;B=(A>0)*1;end;toc Elapsed time is 1.797 seconds. Cygwin octave:2> A=randn(100);tic;for jj=0:10000;B=(A>0)*1;end;toc Elapsed time is 40.28 seconds. Cygwin版は比較処理が致命的に遅い！ 一部の関数計算に比較処理を使うのですが、これが遅いと非常に困るんですよね そういう意味でMSVC版のリリースは続けて欲しいのでう感じなのです。 それと自前でBuildしたlibgoto.dllを使えるようにして欲しいですね。 ちなみにMatlabだと1.68秒なのでMSVCとほぼ同じなんですが。 806 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/11(水) 11:43:53 ] >>805 cygwinのgccはなにをお使いですか？ gcc-4を使わないと極めて遅いですよ。これはgcc-3の 有名なslowness issue of sjlj exception handling in cygwin gccに よるものです。現在のoctave 3.0.3はgcc-4でビルドされています。 gcc-4はdwarf2 exception handlingですから,MSVCより遅いですがそれ穂ほどでも gcc-4はcygwin set upから簡単に手に入ります。gcc-4でのoctaveのビルドは ttp://www.tatsuromatsuoka.com/octave/jpn/OctaveWinMemo.html#090131 をご覧ください。またこの場合，g77とgfortranがbinary互換 でないので，またGotoBLASもgcc-4でビルドしたください。 Makefile.ruleをのgccをgcc-4にgfortranをgfortran-4に 書き直してくださいね。 ちなみに私のPCで比べると A=randn(100);tic;for jj=0:10000;B=(A>0)*1;end;tocは 2.464 seconds.（cygwin 3.0.3） 2.88553 seconds. (msvc 3.0.3) 2.32813 seconds (mingw 3.0.2) msvcが一番遅いです やはりmingw版が最速です。開発版ではoctave独自のMATLAB like なgraphic backendを持つため（gnuplotも使えますよ）Jhandleが使えない ことは開発版では問題ありません。スピードでいうならmsvcよりmingwが 速いです。ごれはgcc-4がmsvcより最適化性能に優れていることによります。 807 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/11(水) 13:34:46 ] >>806 gcc 3.4.4でした そのうち4.xに入れ換えて試してみます ＞開発版ではoctave独自のMATLAB likeなgraphic backendを持つ 3.1.xではそんな機能が入るんですか 808 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/11(水) 13:58:51 ] >>801 Benjaminさんのexternal libraries ではうまくいきませんね^^; アプリケーションエラーがでてしまいます。 あれ使えると楽なのになあ。 もう少しあがいてだめなら，私がビルドしたexternal librariesと GnuWin32にexternal librariesでビルドする方法を書くとしますかね. まだ，external librariesはgcc-3でビルド多くて多くがスタティックライブラリ だから，この際新しいソースを手に入れてやってみます。 809 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/11(水) 15:16:25 ] >>807 gcc-4は一応まだαリリースですので，gcc-4.exe,g++-4.exe…となっており， gcc-3.4.4と共存が可能です。 >＞開発版ではoctave独自のMATLAB likeなgraphic backendを持つ >3.1.xではそんな機能が入るんですか まだ，開発途中ですけどね。今見てみるとあまりMATLAB likeではないですね。 OpenGL/FLTK graphics backend. This backend can be enabled with the following commands: input_event_hook ("__fltk_redraw__"); __init_fltk__ (); set (0, "defaultfigure__backend__", "fltk"); OpenGLつかっているので3Dでご利益があるのかな。 いまのところは使い物にはなりませんね。 jhandleは生き残るのかな。gnuplot派なのであまり興味ないですが^^; 810 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/12(木) 02:57:54 ] Cygwin 上での Octave バージョン 3.0.3 + GotoBLAS のインストール手順を 書いてみました　 133.5.18.167/rinkou/octave/octavemake.html ※ 今は gcc バージョン 3 にしています．そのうち gcc バージョン 4 にしたいと思っています． お役に立ちたい，とは恐れ多いですが，フィードバックが欲しいので （なかなか，ご返事できないかも知れないのはご容赦ください）． 811 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/12(木) 08:10:41 ] >>810 大変丁寧に書かれていていいと思います。 gcc-4を使うと現在のSuiteSparse(3.2.0)はgcc-4でビルドしてあるので バイナリがそのままが使えます。 また，SuiteSparseのoctave用ライブラリを作成するだけならビルドに GotoBLASは不要です。checkができませんが。octaveでチェックすればいいので） octave-3.0.4RC5では，liboctave/CSparse.ccなどへのパッチは不要でした。 ただし，プロットに致命的なバグがあり，別のパッチが必要ですが^^; octave-3.0.4RC5はホームページにはなく，octave-maitainersのMLの スレッドを探せば見つかります。（パッチも） なお，MetisとGotoBLASは再配布不可なのでビルドしたバイナリを人にあげる ことはできないことを明記してくださいね。 ここら辺は，欧米人は当然ですがうるさいので。 812 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/12(木) 12:00:07 ] >>810 cd /usr/local/bin cp *.dll /usr/lib は不要です。Unixの.soと違いwindowsの場合dllは, そのdllを使うexeファイルと同じディレクトリかpathのとおったディレクトリ に入れます。したがって/usr/local/binにあればよろしいので，libにコピー しても意味はありません。/usr/libにおくのはlib??????.dll.aです。 813 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/13(金) 07:51:33 ] >>811 すいません。　SuiteSparseはblasにあわせてビルドしなおす 必要ありかもしれません。 814 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/13(金) 14:50:26 ] GotoBLASだと make checkで引っかかりますね。ウーム。 test_sparse.m ..........................................panic: Segmentation violation -- stopping myself... ATLASは家では成功したんですがね。 すこしかかりそうですね<m(__)m> 815 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/13(金) 17:00:59 ] なんかコンピュータがおかしいと思っていたらメインのファンが回って いなかった(T_T) 良く壊れなかったもの。ふた開けてUSB扇風機で冷やしています。 まあこれでいいかな。 >>800　は >mingw-4.3.2-dw2-TDMでoctave-3.0.4RC3をビルドしたもの(ATLAS) >MFLOPS = 4830.2 はMFLOPS = 4923.1になりちょっとあがりました。 Lapackのパッケージを使うと左除算がうまくいかず今は--without-lapack でoctaveにはいっているサブセットのLapackでやると左除算がうまくいく。 GotoBLASにlapack-3.1.1へのパッチが入っているので これを使わないといけなのいかも また，GotoBLASの説明をよく読むとHyper ThreadingではPerformanceは出せないの で物理コアの数で利くみたいですね。たしかにSMP=1として，並列Threadで GotoBLASでやってみたけどほとんど変わらないですね。それだったらシングル ジョブを２個立ち上げたほうが効率いいかなですね。 816 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/13(金) 17:05:02 ] >>810 Octave + GotoBLAS (Cygwin上)に私のページからリンク張ってもいいですか？ 817 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) mailto:losingsleep@mail.goo.ne.jp [2009/03/14(土) 15:33:08 ] 810 の投稿者です． 「octave for windows メモの著者」様，コメント，ご意見，ご示唆ありがとうございます． 個別にご返事せず，済みません．Web ページの改訂を行いつつあります．お陰様で，よい Web ページができそうです． 私が，掲示板の新参者で，「ずいぶん，厚かましいお願いをしてしまった」と恥じています．Web ページずいぶん細かく見ていただいてありがとうございます． 「私のページからリンク」は，もちろんＯＫです．名誉です． 事後報告で申し訳ないのですが，私の方からも，リンクを張り，相互リンクをお許しいただけますでしょうか？　 Web ページは，もう少し見直しを続けます． GotoBLAS を見つけ，Octave に組み込んだとき，「こんなに速くなるのか」と感動しました．私は初心者なのですが，少しでもお役に立てればと思っています． 818 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/16(月) 07:57:46 ] >>817 相互リンクの件了解しました。よろしくお願いします。 819 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/16(月) 13:42:41 ] >>817 ATLASについて math-atlas.sourceforge.net/errata.html#winpt を見てください。cygwin上ではThreadの数のauto detectができないと かかれています。 (eg., I add -t 4 to my Core2Quad configure command). 他にも直す点がありそうです。しかし，GotoBLASに勝てるかは わかりませんが，ATLASのマックスの性能をだすにはこの点を指定する 必要がありそうです。 820 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/16(月) 18:21:48 ] >>819 うーむ。やって見たのですが。-lpthread以外になんかオプションが必要なのかな！ octave.exe:1> n=2000; A=randn(n); B=randn(n);tic; C=A*B; t=toc, MFLOPS=2*n^3/t*1e-6 assertion !pthread_mutex_lock ( &(ROOT->mutex) ) failed, line 74 of file /home/atlas/atlas3.8.2-gcc4.3.3-2/../ATLAS3.8.2 //src/pthreads/misc/ATL_signal_tree.c export LIBS='-lstdc++ -lg2c -lpthread' ../../octave-3.0.3/configure --prefix=/usr/local/octave-3.0.3a --with-blas='-lptf77blas -lptcblas -latlas' 821 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/17(火) 01:38:34 ] 817 の投稿者です． Atlas + Octave 3.0.3 (Cygwin 上) やってみました． ・インストールの手順を書いてみました 　 133.5.18.167/rinkou/cygwin/atlas.html ・「-t 2」有りと無しで，性能の差が出ないので，力尽きました．残念． 　（私が素人なのでいけないのですが）（うまくいくと面白いんだけどなあ） 822 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/17(火) 02:56:37 ] 821 の投稿者です．ミスがありました．次のように訂正します． （済みません）． 私が書いた「Atlas + Octave 3.0.3 (Cygwin 上) インストール手順」 133.5.18.167/rinkou/cygwin/atlas.html では： ■ Octave の make check が通らない　 　　（src/syscalls.cc のエラー．力尽きて，原因が分かっていません）． ■ 「-t」無しは 1.57 秒．「-t 2」は 0.87秒 CPU: Intel Core2 Duo E8500. 　　　x=rand(2000,2000); y=rand(2000,2000); tic(); z=x*y; toc() ATLAS のことを分かっている人が，４コア以上の CPU を使うと，最高速 を叩き出せそう，と感じています．（私の力及ばず）． 823 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/17(火) 03:41:07 ] 821 の投稿者です． （再び，自己フォローです．済みません．確かめもせず，投稿している私がオッチョコチョイです．最新情報です） ■ ATLAS の configure の引数 ../configure -t 2 -b 32 -D c -DWALL --prefix=/usr/lib/atlas --with-netlib-lapack=/tmp/lapack-3.2/lapack_LINUX.a -t 2 は，「コア数が2個」というような意味 ■ Octave の configure の引数 CC=gcc-4 CXX=g++-4 F77=gfortran-4 ./configure --prefix=/usr/local --with-blas="-L/usr/lib/atlas/lib -lptff77blas -latlas -lpthreads" --with-lapack="-L/usr/lib -llapack_LINUX -ltmglib_LINUX" これで，Octave の make check は通過. CPU: Intel Core2 Duo E8500 の場合 ・「-t」無しは，およそ 1.57〜1.60秒 ・「-t」の場合，およそ 0.85〜0.87秒 　　　「n=2000; A=randn(n); B=randn(n);tic; C=A*B; t=toc, MFLOPS=2*n^3/t*1e-6」の結果， MFLOPS=1.8868e+04 と出てきます． ※ 819 番のご投稿に「>> 817」とありましたので，少しがんばってみました． 824 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/17(火) 10:03:35 ] >>823 すばらしい Octave Cygwin+GotoBlas GFLOPS = 15.75 MFLOPS=1.8868e+04 おお！，ATLASは手間がかかりますが勝ってますね。 ATLASもいつのまにか3.8.3になってますね。 HPを参考に再チャレンジします。 あと，GotoBLASはcygwinで構築したliblapack.a (lapack_LINUX.aをリネームしたもの)を使うとmingwで正常に動きました。 mingwのライブラリキットのリリースを手がけます。一部はまだ，gcc-3.4.5 でビルドしていますが，動作するのでとりあえずあげるのを優先します。 （ぼちぼち再構築します。） 825 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/17(火) 16:27:41 ] >>822 GNU FORTRAN コンパイラ・バージョン 3 を使うと，LAPACK バージョン 3.2 がうまくビルドできないことがあります（例えば，下記の通りです．状況によってエラーメッセージが変わります）． 原因は不明です． ttp://www.netlib.org/lapack/lapack-3.2.html の7. Install Procedureに LAPACK-3.2 now requires a FORTRAN 90 compiler. (Do not try to compile with g77 or other 77 compilers.) となっており,GCC-3のfortranはFortran 77ですから使えないのです。 いまやGCC-3はObsoleteです。Octave もDevelopment branch　（3.1.x）ではGCC-3では ビルドできません。というわけで，cygwinでもgcc-4に移行の最中なのです。 gcc-4 cygwinはついこないだ4.3.2-1のalphaバージョンから4.3.2-2の betaバージョンになりました。 正式版がでたらgcc-4がgccになると思います。 826 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/18(水) 12:44:31 ] >> 824, 825 ご親切に，ご教示ありがとうございます．確かに，gcc-4 が今後の主流だと思います． 　（Web ページは，別の面からみても，表現が不適切でしたので，見直しつつあります）． Windows は MinGW + Octave の方が，CYGWIN よりも需要が多い，と思いますので， MinGW 版のリリースに期待している人は多いと思っています． さて，もう１度実験してみました． ソフト: Octave 3.0.3 + ATLAS (Cygwin) ハード: Intel Core2 Quad Q9550 のマシン x=rand(2000,2000); y=rand(2000,2000); tic(); z=x*y; toc() ⇒ 0.566〜0.578秒 　※　詳細は 133.5.18.167/rinkou/cygwin/atlas.html ※ インストールに慣れている人でしたら，もっと速くなるような気がします． 827 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/18(水) 19:06:51 ] >>797 と >>805 の者です gcc-4, g++-4, gfortran-4で、Gtoblas, Cblas, Lapack3.1.1, SuiteSparse3.2をmakeしなおした上で octave-3.0.3をやっとmakeしました。 つまづいたのは libstdc++.dll.a で、エラーの理由はよくわからないのでリネームして隠し それでもSuiteSparseでエラーが出るので色々やった結果 (octave-3.0.3-1.src.patchをあてたのが効いたか、SuiteSparseのincludeファイルもインストールしたのどちらか) どうにかmakeに成功したました。 マシンは自宅の Intel Core2Duo 2.1GHzです（2.4GHzマシンの12%落ちぐらいの性能のはず）。 octave:1> n=2000; A=randn(n); B=randn(n);tic; C=A*B; t=toc, MFLOPS=2*n^3/t*1e-6 t = 1.32200 MFLOPS = 12102.9 約12GFlopsでした。まあまあですね。 それで問題の比較演算なんですが、 octave:1> A=randn(100);tic;for jj=0:10000;B=(A>0)*1;end;toc Elapsed time is 2.245 seconds. 一方、MSVCだと octave:1> A=randn(100);tic;for jj=0:10000;B=(A>0)*1;end;toc Elapsed time is 2.42354 seconds. で、ほぼ同じ。これでやっと使えるようになりました。ありがとうございました。 828 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/18(水) 19:26:05 ] >>824 その15.75GFlopsのは、Core2Duo 2.4GHzなのですが Atlasの1.8868e+04MFlopsのは、Core2Duo E8500＝3.16GHzなのです なので、おそらくgcc-3を使ってGotoBlasで測定すると 2.4:3.2=15.75:X でX=3.2*15.75/2.4=21GFlops ぐらいになるはずです それでAtlasの約19GFlopsというのはそれよりも若干低いわけですが、 このレベルになるとそれはもう細かい話で、再配布可能な点を考えれば Atlasは十分実用的だと思われます。 829 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/18(水) 19:55:27 ] 長い行列などをless表示ではなくコンソールに残したまま表示することってできますか？ 長めの出力を交互に見比べたいときにqで消えてしまうので不便です 830 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/18(水) 19:57:15 ] 829です。環境はwindows版です。 ここしかOctave関連が見つからなかったので質問しました。 よろしくお願いします。 831 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/18(水) 20:25:38 ] >>829 more off としてください 832 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/19(木) 08:51:45 ] >>829 >>830 >>831 この場合コンソールのバッファを増やしておくとよいでしょう。 スクリーンのoctaveのアイコン右クリック→プロパティ→レイアウト →画面バッファのサイズ→高さ 変更すると確認の画面で このウインドウを起動したショートカットを変更する で設定を保存してください。 この高さの値をたとえば9999とかにしておくとlessなしでも結構いけます。 833 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/19(木) 08:59:11 ] >>828 ありがとうございます。GotoBLASの方がいい場合が多いが 配布に関するライセンスの問題があり，その点ではATLASがいいという ことでしょうね GotoBLASのライセンスはテキサス大学の Texas Advanced Computing Center ものなので仕方ないのでしょうね。 834 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/19(木) 09:38:49 ] ここも800番超えたしそろそろ次スレたてを考えないととはおもうのですが。 >>439 次スレからはプログラム板に立てるか。 >様々なプラットフォームに対応しているプログラマブルな >ソフトがUNIX板にあるというのがおかしい。 というような意見があるので， ソフトウェア板 あたりなのかな。 タイトルは 「データ解析ツールoctaveを語ろう２」 か octaveはデータ解析ツールだけでないので シンプルに 「octaveを語ろう2」なのかな。 835 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/19(木) 10:03:21 ] >>834 UNIX板でいいと思います そもそもインストールネタしか無いぐらいの過疎スレですから あっちこっち動き回るのは得策とは思えません 言語の内容的な論議はシミュレーション板やプログラム板のMatlabスレにまかせて 導入方法や、高速化などに特化した方がいいと思います 836 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/19(木) 11:02:28 ] >>835 なるほど。まあ，ビルドねたになるとwindows上でもMSYS+mingwやcygwin などのUnixyなツールでやるわけで，Visual Studio云々にはなりませんよね。 最近やり取りしたGOTOBlasやATLASネタもUnix上の方がすこし便利というくらい の話で基本は同じですからね。 データ解析ツールoctaveを語ろう2 でもいいですかね。名前よりもないようですからね。名前変えると 検索とかで大変ですからね。 837 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/19(木) 15:48:25 ] 行列演算を高めたOctaveで何が律速になってるのかのテスト マシンはIntel Core2Duo 2.4GHz MATLAB 7.6.0 (R2008a) >> tic;for jj=0:10000;end;toc 経過時間は0.000066秒です >> A=randn(200);tic;for jj=0:10000;B=(A>0);end;toc 経過時間は3.358699秒です >> A=randn(4000000,1);tic;for ii=1:4000000,if A(ii,1)>0,end;end;toc 経過時間は0.118251秒です Octave 3.0.3 (MSVC) ← BLASの関係しない演算なので octave:1> tic;for jj=0:10000;end;toc Elapsed time is 0.0079 seconds. octave:2> A=randn(200);tic;for jj=0:10000;B=(A>0);end;toc Elapsed time is 5.9 seconds. octave:3> A=randn(4000000,1);tic;for ii=1:4000000,if A(ii,1)>0,end;end;toc Elapsed time is 52.8131 seconds. 一番目はループテスト。tic,tocの誤差程度の差。 二番目は比較演算。Matlabより1.6倍遅い。けどそんなにひどくも無い。 三番目はif文。Matlabより50倍遅い。ここが明らかに律速。 Cygwin番のifはさらに1.5倍程度遅いもよう。 なので、if文は使わないようにして、比較演算に置き換えるべき。 838 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/19(木) 17:06:12 ] >>837 フーム。なるほど。loop自体よりよりifが遅いってわけですね。 これはためになる。 MATLABが速いのはJIT(Just In Time)コンパイルしてるからだそうですね。 でもloopの速度の改善がそれほどないことを考えると完全なバイナリじゃなく 中間コードぐらいかな。octaveもscirptをロードするときには中間コードには しているらしいけどそのレベルがちがうんでしょうか。 MATLABもっていない人の発言なのであくまでも推測でしかありませんが。 839 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/19(木) 17:39:24 ] ifのやつパイプラインがどのくらいストールしてるか知りたいですね。 840 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/19(木) 18:11:50 ] >>838 いや、400万回の空ループ(3番目のif文のテストに相当)を回すと MATLABで0.01秒 Octave-MSVCで2.22秒で 200倍以上差があるんですけど、 それだけのループの中でやる演算にかかる時間に比べれば ループのオーバーヘッドは無視出来るって事ですね JITがどうのというのは、たぶんその程度のの差です 比較式については以下の例をあげます 100x100の行列の全要素を調べて正なら1、違ったら0の行列を返す場合 if文なら A=randn(100);for ii=1:100,for jj=1:100,if A(ii,jj)>0,B(ii,jj)=1;else,B(ii,jj)=0;end;end;end; MATLABで0.01秒、MSVCで0.36秒です 比較式で同じ事をした場合 A=randn(100);C=(A>0).*1; でよくて MATLABで0.0004秒、MSVCで0.0008秒です。 同じA行列で計算した後にB-Cするとゼロ行列が返るので同一の結果のようです。 841 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/03/21(土) 15:30:55 ] ウーム。MinGWでの高速行列計算用octaveのビルドは苦戦中。 GotoBLASは、make checkのtest_sparseでsegmentation violationでこける。原因不明。 ATLASのマルチスレッドは、posix threadを使うのでcygwin上でないと動かない。 MinGWでは、今のところシングルスレッドのATLASしか動かない。まあ、これでも、バイナリ配布のoctaveよりも行列計算速度はかなり改善するので、ライブラリキットを出す意味はあるかな。 今のところ、マルチコアのCPUの利点をWindowで使うにはcygwinということですかね。 となると、やはり、計算はwindowsよりもunixがいいような気がしてます。unix屋さんにはそんなの当然といわれそう(^_^;)。 まあ、もう少しMinGWであがいてはみますが。 842 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/22(日) 02:26:32 ] >> 841 ■ Octave の configure の引数 ATLAS のマルチスレッド・ライブラリを使って，Octave を make するとき Octave の configure の引数を調整できるようです． 例えば，普通の CBLAS でなくて，ATLAS の libptcblas.a をリンクすることができます （→この方が望ましい） CC=gcc-4 CXX=g++-4 F77=gfortran-4 ./configure --prefix=/usr/local --with-blas="-L/usr/lib -L/usr/lib/atlas/lib -lptcblas -lptf77blas -latlas -lpthread" --with-lapack="-L/usr/lib/atlas/lib -llapack" ※ 口出しだけで，実行が伴っていなくて済みません（MinGW の環境を作るスキルがないもので）． 　　あわよくば，解決のヒントになれば良いなと思いまして，書き込みました． 843 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/22(日) 02:29:18 ] 842 の投稿者です． 済みません．「841」の内容は，すでに 820 で投稿済みでした．申し訳ない． 844 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/22(日) 02:31:57 ] --- 842 の投稿者です． 済みません．「841」の内容は，すでに 820 で投稿済みでした．申し訳ない． --- 　　　　　　　^^^ [842」の内容は，すでに 820 で投稿済みでした．申し訳ない． このように訂正します．　恥の上塗りで，申し訳ないです． 845 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 12:39:28 ] Octave + GotoBLAS (Cygwin上)様 貴兄のページで気になった点を すいません。/usr/localでなく/usrにインストールすれば 以下の作業は不要です。 cp /usr/local/lib/octave-3.0.3/lib* /usr/lib /usrにインストールするにはconfigureで ./configure --prefix=/usr (... other options) prefixを指定します。 また，octaveはpkg-configは使いません。独自のshell script octave-configを使います。 そこで，prefixの値を変更すればいいのですが。 これは他のソフトからoctaveのライブラリを使う場合に octaveのインストール情報を探るのにconfigureやmakeから参照されるとき つかう物なので用途がないときは触らないで結構です。 cp /usr/lib/libctave.dll.a /usr/lib/liboctave.dll.a ですがこれは，libctave.dll.aがMacroさんのミスなので mv /usr/lib/libctave.dll.a /usr/lib/liboctave.dll.a が妥当です。 846 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 12:40:28 ] >>845 私は試験的にいろいろを作成するため prefixを --prefix=/usr/local/octave-3.0.xx.yy のように指定してます xxはバージョンでyyは自分で決める識別子です。頻繁に使うときはaliasを使って alias octaveyy='/usr/local/octave-3.0.xx.yy/bin/octave' を.bashrcに書き込みます。 ライブラリのコピーなど。この方法の利点は（もちろん欠点もありますが）， アンインストールが/usr/local/octave-3.0.xx.yy　をexplorer削除する だけでいいからです。 ソースのイメージを消しても同じprefixでconfigureして，make uninstall すればいいのですが面倒なので^^;。 無論これはoctaveのバージョンをいろいろ作成する人以外には面倒なので あまりすすめませんが。試験的にやるときにはいいですよ。 847 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 12:55:45 ] ソースコードからコンパイルするときのヒント(メモ) (参考) Cygwinのソースパッケージを使わないというときは，下記の手順で，ソースコードを書き換えてください（バージョン 3.0.3 の場合） ですが 3.0.4のback portをするともっとシンプルです。 sparse-util.hの以下を extern OCTAVE_API void SparseCholError (int status, char *file, int line, char *message); extern OCTAVE_API int SparseCholPrint (const char *fmt, ...); ＊＊＊＊＊ // FIXME this overload is here due to API change in SuiteSparse (3.1 -> 3.2) extern OCTAVE_API void SparseCholError (int status, char *file, int line, char *message); extern OCTAVE_API void SparseCholError (int status, const char *file, int line, const char *message); extern OCTAVE_API int SparseCholPrint (const char *fmt, ...); にします。ページに書かれている変更では，cygwinでは通りますが， mingwではとおりません。たぶん，3.0.4では私が今回書いたように変更された と思います。 848 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 12:59:30 ] >>847 たぶん，3.0.4では私が今回書いたように変更された と思います。 は たぶん，コンパイラによっては，mingwのg++のようにcastが通らないものがある ので今回書いたように変更されたと思います。 です。すいません。<m(__)m> 849 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 14:11:31 ] >>847 すいませんsparse-util.ccも書き直す必要があります。 SparseCholError (int status, char *file, int line, char *message) { (*current_liboctave_warning_handler)("warning %i, at line %i in file %s", status, line, file); (*current_liboctave_warning_handler)(message); } を // FIXME this overload is here due to API change in SuiteSparse (3.1 -> 3.2) void SparseCholError (int status, char *file, int line, char *message) { SparseCholError (status, file, line, message); } void SparseCholError (int status, const char *file, int line, const char *message) { (*current_liboctave_warning_handler)("warning %i, at line %i in file %s", status, line, file); (*current_liboctave_warning_handler)(message); } に変更が必要です。すいません。<m(__)m> 850 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/23(月) 15:20:12 ] >>770 TLA3.8.2を自分のコンピュータ用にcygwinでビルドしてこれをつかって， mingw-4.3.2-dw2-TDMでoctave-3.0.4RC3をビルドしたもの MFLOPS = 4830.2 cygwinでHT-pentiumでmulti-threadで効果があるか見てみました。 octave:6> n=2000; A=randn(n); B=randn(n);tic; C=A*B; t=toc, MFLOPS=2*n^3/t*1e-6 t = 3.8080 MFLOPS = 4201.7 ウーム。GotoBLASと同様にHyper Threadingでは，multithreadを使用しない ほうがいいようですね。物理的にコアが２つ以上ないとその威力は発揮 できないようです。 まあ，こういうのは試してみないとわからないもので，この記録はそれはそれ で意味があるのかなと思います。 851 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/24(火) 14:00:32 ] cygwinでビルドしてもgotoBLASでSegmentation faultがでました。:-( test_sparse.m ..........................................panic: Segmentation fault -- stopping myself... Segmentation fault GotoBLASの構築におかしなとこがあるのかなと思います。ウーム。 852 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/03/24(火) 23:25:00 ] octave for windowsメモの筆者様 845 から 850 まで．とても丁寧に見ていただいてありがとうございます． 　（近日中に，書き直ししたいと思っています．） 851 について．私の方では再現できないのですが， 　133.5.18.167/rinkou/octave/57.png に，私の方での configure の結果を載せています．これが一致しているか否かで， 　問題の切り分けができるかなあ，と思っています．（あまりお役に立てなくて済みません）． 853 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 [2009/03/26(木) 08:40:49 ] octave-3.0.4RC6がでました。グラフィックス周りのバグフィックスのようです。 controldemo（とういか制御系関数のバグ）のフィックスはなされていなかった ようですぐにパッチがでました。 854 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/26(木) 08:42:24 ] octave-3.0.4RC6がでました。グラフィックス周りのバグフィックスのようです。 controldemo（とういか制御系関数のバグ）のフィックスはなされていなかった ようですぐにパッチがでました。 855 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/26(木) 11:37:17 ] >>853 >>854 ２重投稿すいません。なんかユーザ登録のエラーでて書き込みが できなかった見たいで<m(__)m> 856 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/26(木) 12:19:07 ] >>851,852 まあ，GotoBLASの再構築とか，ビルドの最適化オプションあてたりとか。 Macroさんのパッチをあてたりとかいろいろかえましたが同じ症状でますね。 どこが悪いかかは，分かりません。gdbでトレースしましたが，GotoBLAS自体 が私のCPUにたいして正常に動かないコードを発しているようです。 test_sparse.m .......................................... Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault. 0x64aeda26 in zpotf2_ () zpotf2_はGotoBLASの中にあるので。 まあ，ATLASでもそこそこ性能だせるので，もうあがくのやめます（泣）。 857 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/03/28(土) 10:35:59 ] 3.0.4RC7がでました。mingwとcygwinでテストし、報告しました。 今までずっと未解決だった問題は全てクリアされているようです。 unix系のplatformでも問題なく動いているようで、おそらくもうすぐ3.0.4の正式版のソースが出そうです。 858 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/29(日) 18:02:15 ] debianやubuntuって、octave3.0パッケージ導入して、atlasも導入してたら自動的にそっちを 使ってくれるんだね。Rも同様みたいですね。 859 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/30(月) 09:04:13 ] >>858 ウーム。さすがにUnixはちがいますね。ところでatlasは，ソースから自分の コンピュータにビルドですか。たしか，DebianだとそれぞれCPUに特化した atlasのバイナリあったような気がしているのですが気のせいですかね？ 860 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/30(月) 09:30:24 ] >>859 そうみたいですよ。debianの派出したものがubuntuなのでそのまんま、同じことになってる ようです。 ただし、1cpuのみだろうと思う(未確認)なので、複数のcpuを使うときはソースをとってきて 自前でコンパイルしてパッケージで導入という流れなんだろうなと思ってます。 861 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/30(月) 09:32:15 ] あと、atlasは.debパッケージでバイナリ供給されています。 862 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/30(月) 15:57:47 ] >>860 multithreadのatlasは，pthread(posix thread)を使うのでptが ライブラリについています。libptf77blas.a libptcblas.a のように。 あとリンカにオプションで-lpthreadがついているかどうか。 でも，ダイナミックリンクだとライブラリの方にpthreadが取り込まれている かも知れませんが。 863 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/30(月) 16:13:20 ] >>862 atlasのライブラリを少し調べてみた(*1)けど、依存性にthreadライブラリは付いていない みたいでした。3.6.0を利用しているということで少々古いものなのかな。lennyのunstable ならoctaveも3.04 rc7みたいですが。 *1 packages.ubuntu.com/ja/intrepid/libs/libatlas3gf-sse2 *2 packages.debian.org/unstable/math/octave3.0 864 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/30(月) 18:00:05 ] >>863 3.6.0は古いですね。おそらく古いCPUならいいですが，GotoBLASでの 後藤先生のパワーポイントのファイルでATLAS 3.7.xxとGotoBLASの比較では GotoBLASがかなり速くなっていたんですが，Octave + GotoBLAS (Cygwin上) さんが >>828 で述べられているにATLAS3.8.3では差はそれほど大きくはありません。 やはりATLASは3.8.3で自分で作成されたほうがよいかと思います。 特にCore2DuoとかCore2Quadをお持ちならば。 865 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/30(月) 18:36:51 ] gcc-4.3.3 GCC-TDMのsjlj-EH(Exception Handling)をつかうとmingwでも multithreaded ATLASが使えました。 ただし，>>803　のテストではdw2-EHの方が25%-30%程度はやいので 痛し痒しです。 n=2000; A=randn(n); B=randn(n);tic; C=A*B; t=toc, MFLOPS=2*n^3/t*1e-6 はmultithreaded ATLASで（HT-pentium4 prescott） MFLOPS = 4970.9 single threaded ATLASで MFLOPS = 4830.2 論理コアのHTでも若干速いです。たぶん，Core2Duoあたりだと大分成績 よさそうですね。 sjljはインタープリターが遅いが，multithreaded ALTASが使える。 このあたりは痛し痒しですね。 このあたりの情報は本家octaveのMLにもアップしました。 ベンチマーク好き（^^;私もですが）の方のいろんなプラットフォーム，CPU での報告まってます（笑）。 866 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/30(月) 19:31:57 ] 本家のMLに書いたものです。ご参考までに。 ttp://www.nabble.com/Sjlj-vs-dwarf2-on-mingw-for-octave-td22776323.html#a22780228 なお，octave-3.0.2をmingw-3.4.5でビルドしたバイナリの情報をかいていますが このライブラリを現在のOctaveのビルドにとりあえず使えると思います。 867 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/30(月) 23:30:31 ] とりあえず入れてみたよ。僕のメインpcは opensuse 11.1 x86_64 core2duo 2.66GHz + 4GRAM なんで、(ubuntu/debianはサブ)そちらに、atlas3.8.3とoctave 3.0.3が パッケージで導入できるので、src.rpmを取ってきて、specファイルを 改造して入れてみました。 もちろん、pthread対応をしてます。 octave:3> n=2000; A=randn(n); B=randn(n);tic; C=A*B; t=toc, MFLOPS=2*n^3/t*1e-6 t = 0.98570 MFLOPS = 1.6232e+04 octave:4> ざっとこんなかんじです。16GFLOPくらいですかね。>>828さんの値とほぼおなじですかね。 868 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/03/31(火) 08:48:50 ] >>867 おお！すばらしい！ マルチコアのマシンでは 行列計算重視でなければバイナリ導入。重視ならばpthread ATLASつかって 自分でビルドという感じですかね。 しかし，最近のパソコンはすごいな^^; 869 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/03/31(火) 09:41:38 ] >>868 あと、glpkとumfpack/amdもパッケージにあったので対応させましたよ。 umfpackといえば、昔macにいれるときに一筋縄で行かなかったのであまり良い 印象はもってないけど、パッケージで導入が出来るので楽だった。 opensuseのscienceとeducationリポジトリを追加するとこの辺のものはそろっ てるみたいです。 ps3でlinuxを使ってoctaveをやってる人っているのかなぁ。。。xを起動させなければ 余裕がかなりできると思うんで。 870 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/01(水) 21:09:10 ] ソースコードを貼ってここを使いたいなら codepad.org/ を使えばいいよ。ここでplain textを選択すればoctaveでも使えるので。 例) codepad.org/RoVSondH 871 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/02(木) 13:33:52 ] >>870 なるほど　Thanks!! 872 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/02(木) 13:40:12 ] 3.0.4がついにでました。 ttp://www.nabble.com/3.0.4-release-td22822789.html まだ，ソースコードだけなので各platfromのバイナリはこれからだと思います。 Msvc版はおそらく出ないでしょう。 Benjaminさんは，mingw版は3.0,4で出すといわれたいたのでこれはでるのでは と思います。 将来的にはMichaelさんのMSVC版とBenjaminさんのMingw版は統合され， WindowsのNative版はMingwでリリースされるのではと思います。 873 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/03(金) 13:14:03 ] >>493 一年前のものにレス。 今は仮想環境という便利なものがあるのでそちらで、いろんなディストリを試すことを おすすめします。手元にはurlがないので割愛しますが: 仮想環境: 1.vmware ; vmplayerは無料。仮想ディスク作成はeasyvmxというサイトを利用すれば簡単 です。vm toolsを入れれば、使いがってはあがります。windowsのディスクトップとのコピペ もできます。vm toolsは各ディストリにパッケージとして配布されていたり、デフォルトでイン ストールされることは多い。 2.virtualbox ; vmwareよりは少し遅いですが、これだけで仮想ディスクの作成も出来ます。 付属のguest additionsを導入することによってこちらも使いがってがあがります。このツール も各ディストリでデフォルトで入ってることは多い。 次に、ディストリですが、 deb系はここでも触れられたように、atlasのバージョンが古めだが、導入すれば、すぐにatlas を使えるようになってくれますね。ubuntuの日本グループはvmwareやvirtualbox用の仮想ファ イルを配布しているので、慣れるという意味ではオススメできる。 rpm系: RHELクローン: scientific linux / cent os ; 保守期間が長い。商標以外の部分は商用の Red hatと同じ。scientificのほうはフェルミ国立加速器研究所がメンテナンスしているようで す。fedoraはRHELの実験場です。 openSUSE: 追加のレポジトリを加えれば新しいoctave/atlasは利用可能。 mandriva: rpmfindで調べてみたら、こちらのディストリもatlasは新しいものが入ってる。 この辺が使えるところではないですかね。 874 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/03(金) 14:03:58 ] RHELクローンの追加リポジトリは okyuu.com/ja/tips/5223 を参考にしてください。 調べたところ、octave 3.0.1 / atlas 3.8.3 でした。 875 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/03(金) 16:13:28 ] >>873 >>874 Thanks!! 今年の申請予算次第だけどあたれば， コンピュータリプレイスするのでそのとき考えます。 以前，はやりかけたcoLinuxって最近はどうなんでしょう。 いかんoctaveねたとかけ離れている<m(__)m> 876 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/03(金) 16:25:18 ] >>875 うむ。予算はずれた。まあ，当分プレスコット3.4GHzでWindowsで 頑張ります^^； というわけで「octave for windowsメモ」は今年度は続きます（苦笑） 877 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/03(金) 20:17:00 ] >>875 coLinux野郎ぜ！ Part7 pc11.2ch.net/test/read.cgi/linux/1206766349/ 878 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/05(日) 13:20:13 ] FreeBSDは atlas 3.8.2, octave に関しては 安定版 octave 3.0.3, 開発版 3.1.54が入っていた。 879 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/06(月) 08:05:28 ] Octave.app 3.0.4 for Mac OS Xがでたようです。 詳しくは以下を ttp://www.nabble.com/Octave.app-3.0.4-for-Mac-OS-X-td22886996.html 880 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/06(月) 14:24:29 ] emacs のoctave modeって使ってる人がどのくらいいるんでしょうかね？ みなさんどっからoctaveを使ってますか？ あまりにも使い勝手が悪いと思ったので、改良しているところですね。 RのESSやruby-modeと操作性を合せていってるところです。 881 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/06(月) 14:30:52 ] imaximaともです。C-c C-b, C-c C-c, C-c C-rの3つを直すだけでも 操作性が同じになります。この辺が他のemacsとソフトの連携部分の操作性が ずれているので。 882 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/06(月) 18:29:43 ] なんかOctave-3.0.4のソースのLoad関数にバグがあるようで Benjaminさんがパッチを出されています。 ソースからビルドする人は，パッチをあてましょう。 ttp://www.nabble.com/Re:-Possible-bug-in-"load"-function-in-octave-3.0.4-p22895800.html 883 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/08(水) 08:11:29 ] >>882 このバグをfixするために3.0.5が出そうです。 すでにrc1がでました。 3.0.5？ ttp://www.nabble.com/3.0.5---td22924551.html 3.0.5 rc1 ttp://www.nabble.com/3.0.5-rc1-td22926230.html 884 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/08(水) 10:00:08 ] www.emacswiki.org/emacs/auto-complete-octave.el というのが今年の3月に出たみたいですね。auto-complateは別窓が開く 補完用のパッケージですが、このファイルの中にあるoctave-keywordsを 次のようにくわえてみればoctave-complete-symbolが充実した補完に産まれ 変ります。 (require 'octave-mod) (setq octave-completion-alist (nconc octave-keywords octave-completion-alist)) 885 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/10(金) 01:23:25 ] octaveの出力するsvgがinkscape0.46でバグるけど、次期inkscapeではなおるみたいです。 今での簡単な対処方法は ttp://www.yamamo10.jp/yamamoto/wordpress/?p=46 を参考にしてください。 886 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/10(金) 14:51:08 ] >>420 You should come out of the closet. 887 名前：886 mailto:sage [2009/04/10(金) 15:12:05 ] 誤爆したorz　スルーお願い。 888 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/04/11(土) 18:02:34 ] >>886 スルー('◇')ゞ ラジャ 889 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/04/11(土) 18:03:19 ] >>886 スルー('◇')ゞ ラジャ 890 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/15(水) 08:13:36 ] 4/8にもう　3.0.5の正式版出てました^^;。 ソースは，ttp://www.gnu.org/software/octave/download.html で，Octave.app 3.0.5 for Mac OS Xがでました。 詳しくは以下読んでください。 ttp://www.nabble.com/Octave.app-3.0.5-for-Mac-OS-X-td23043286.html 891 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/04/19(日) 02:37:32 ] Cygwin で Octave-3.0.5 の make, make check を行ってみました． make check で失敗します． 　※「助けて」という意味ではなく，参考情報としてお送りしています． 　　（「素直に，Linux, FreeBSD, Mac 等を使えば・・・」というご意見は分かります） ■ 皆様ご存知の通り，Cygwin 用のソースコードパッケージは， 簡単に入手できます ftp.jaist.ac.jp/pub/cygwin/release-2/octave/ ■ ATLAS 3.8.3 を使う場合 make は通ります． make check は，エラーが 2 個 (Octave-3.0.3 では出なかったエラー） (1) src/syscalls.cc ........................................ PASS 0/1 FAIL 1 エラーメッセージは，「octave 3612 child_copy: linked dll data write copy failed, 0x6B4000..0x6c1600, done 0, ...」 　　　　※ 私の LAPACK インストール時のミスかも，と感じています． (2) scripts/specfun/nchoosek.m ............................. PASS 1/2 FAIL 1 ■ GotoBLAS を使う場合 make は通ります． make check は，途中で止まり続行できない． (1) src/syscalls.cc ........................................ 2 [main] ? couldn't allocate heap, Win32 error ... 892 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/20(月) 08:22:22 ] >>891 scripts/specfun/nchoosek.m ............................. PASS 1/2 FAIL 1 は3.0.3には存在しなかったテストです。これは，計算誤差の許容度が 厳しすぎるためで，問題はありません。 make check　すると test　ディレクトリにfntests.logが生成されますので これを見ていただけると問題がわかるかもしれません。 Lapackで問題ならば，blasだけGotoBlasやATLASをつかってLapackは,Octaveの ソースコードにあるものを使うと問題が解決される場合があります。 この場合　configureで --without-lapack　オプションをつかうことで Octaveのソースコードにあるlapackが使用されます。 893 名前：Octave + GotoBLAS (Cygwin上) [2009/04/21(火) 02:28:01 ] >> 892 ありがとうございます．もう少し時間をかけて，調べてみます． いろいろな組み合わせが考えられ，少しずつ，エラーの出方が変わる， というところまでは見てとれています． ※　知り合いの Windows マシンに，Octave と ATLAS をあげたい，というのが本来の動機です 894 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/21(火) 09:44:46 ] >>893 英語を書くのがいやでなければ，cygwinのMLでcygwin版maintainerの Marcoさんに聞くのが一番早いかなと思います。 895 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/24(金) 19:08:16 ] >>892 3.0.5のビルドをcygwin＋ATLASでやりましたが， scripts/specfun/nchoosek.m ............................. PASS 1/2 FAIL 1 以外はエラーはありませんでした。ただし，SuiteSparseは，自分でビルドした ものを使っています。 lapackは，cygwinのものを使っています。 参考までに 896 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/04/26(日) 06:09:00 ] octave for windows MSVC版はライセンス問題で今は、配布されていません。 Mingw版のみ配布されています。MichaelさんもMingwでのビルド を進めておられるようです。 897 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/27(月) 13:01:56 ] >>896 なぜそうなったかをたどってみました。私のメモ ttp://www.tatsuromatsuoka.com/octave/jpn/OctaveWinMemo.html#090427 に大体のことを書きました。詳しくは，そこで紹介している長いスレッドを ご覧ください。 なお，メモにも書いていますがBenjamin氏が3.0.5の準備をしているそうです。 898 名前：octave for windowsメモの筆者 mailto:sage [2009/04/30(木) 14:51:35 ] octave build tool kit under the MinGW ttp://www.nabble.com/octave-build-tool-kit-under-the-MinGW-td23272584.html#a23272584 899 名前：名無しさん＠お腹いっぱい。 mailto:sage [2009/04/30(木) 15:58:37 ] >>896 Michaelビルド版を待てばJhandleを期待出来るのでしょうか。 もしJhandleが使えて、GotoBLASも有効に出来れば最高ですが。 900 名前：octave for windows メモの筆者 mailto:sage [2009/05/03(日) 05:42:47 ] >>899 Michael版は、多分3.2からだと思います。 多分当分出ません。 3.2では、BenjaminさんとMichaelさんの仕事は、統合されるようです。octave自身に独自のグラフィックバックエンドがつくと思いますので、よくわかりません。まあ、Forgeでのこるのかな。 GotoBLASは単なるdllの置き換えでは無理だと思います。 Octave-ForgeのSVNにビルドスクリプトがアップされるはずですのでそれを使って自力でビルドが必要かと思います。 ところで 900番ゲットo(^-^)o 次板考えないと 色々あるけど、場所もここで、タイトルも安直に「データ解析ツールoctaveを語ろう その2」でいかがでしょうか？

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