Message Passing Interface (MPI) 統合スレ

Message Passing Interface (MPI) 統合スレ at TECH

515:デフォルトの名無しさん
13/11/10 22:41:16.90 .net
ランクを指定してfinalizeに到達したか調べる方法はないですか？

516:デフォルトの名無しさん
13/12/04 11:39:20.69 .net
MPI の勉強のために、コードの主要部分は C で書かれていて、
具体的な計算部分は fortran77 で書かれたサブルーチンを
呼んでいる混在コードを MPI 並列化したいと思っています。
当面の目標は、MPI の初期化・終了部分などを C の部分で書いて、
fortran で書かれている部分に具体的な指示行を入れて並列化を
することなのですが、私の勉強不足で、最初からつまづいている
状態です。

C の部分に
　MPI_Init(&argc, &argv);
　MPI_Finalize();
を入れて、

517:デフォルトの名無しさん
13/12/04 11:41:00.26 .net
fortran のサブルーチンに MPI のヘッダや変数定義、MPI 関数
　#include <mpi.h>
　integer nprocs, myrank, ierr
　call MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, nprocs, ierr )
　call MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, myrank, ierr )
　write(*, *) nprocs, myrank

を入れてコンパイルし、4並列の MPI 計算をしてみたところ、
全てのプロセスで nprocs と myrank が 0 と表示されて
しまいました。fortran 部分で新規に nprocs と myrank を
定義しているのが原因なのではないかと思っていますが、
C から正しく fortran 側に情報を伝えて、正しく表示させる
(nprocs = 4 など)には、どのようにすればよろしいでしょうか。
MPI の基礎が分かっておらず、全くの素人質問で申し訳ありませんが、
ご助言など頂けますと助かります。

518:デフォルトの名無しさん
13/12/04 13:06:04.90 .net
FORTRANはしばらく触っていないけど、includeは正しいの？
私もMPIプログラムは素人だけど疑問は何点か有るよ

疑問１、MPIを含まないCとFORTRANの混成は問題なく作れるのか？
疑問２、C又はFORTRAN単独言語の時にMPIのプログラムは作れるのか？
疑問３、C、FORTRAN、MPIのバージョンはいくつ？また実装系は何ですか？

で話は少し変わってくるんじゃないかな

519:デフォルトの名無しさん
13/12/04 13:35:33.96 .net
アドバイス頂きありがとうございます。
1 についてですが、MPI を含まない C と FORTRAN の混成で
作られたコードは問題なく動いていまして、そのコードを
これから MPI 化したいと思っています。
2 についてですが、現在の C と FORTRAN の混成で作られた
コードの規模が割と大きいため、C 又は FORTRAN 単独言語に
書き換えるのが容易ではありませんが、仮にできたとすると
単独言語用の一般的な方法で MPI 化できると思っています。
3 についてですが、C と FORTRAN、MPI のバージョンはそれぞれ
icc (ICC) 12.1.4 20120410
mpiifort (IFORT) 12.1.4 20120410
Intel MPI 4.0.3
です。また、実装系は intel のワークステーションです。
現時点では FORTRAN 側での include ファイルは mpi.h
だけですが、それが正しいかどうかは自信がありません。
何かご助言などありましたらお教え頂けるとありがたいです。

520:デフォルトの名無しさん
13/12/04 14:02:42.00 .net
includeはC言語の書き方に見えたんで書いたんだけど・・・
include 'mpif.h' とか書くんじゃない？
intelのコンパイラは使ったこと無いからわからないけどね
疑問２については簡単なプログラムを(rankを表示する)書いてみたらいいんじゃないと言う意味で書きました

521:デフォルトの名無しさん
13/12/04 16:27:50.33 .net
説明不足ですみませんが、先の include は FORTRAN の部分に挿入した
ものです。別途 C の部分には、既に #include "mpi.h" と書いていますが、
もしかして、include 文は C の部分に書いておけば、あらためて
FORTRAN の部分には書く必要はないのでしょうか？？？
2 については、C も FORTRAN も簡単なプログラムを書くことで、
MPI が動作する(rank が表示される)ことを確認しています。
ただ、今回のような C の中に FORTRAN が入れ子になっている状態での
MPI の書き方がわからず(FORTRAN の subroutine を呼んでいる箇所の
前後で MPI の指示文を書いてもダメなのでしょうね？)、困っています。

522:デフォルトの名無しさん
13/12/04 17:19:45.26 .net
テストしていないので話半分で聞いて下さい。
まずFORTRANに書くincludeの書き方が間違っている
includeはファイルが分割されているとそれ毎に書く必要がある
なので

----- main.c -----
#include <mpi.h>
int main( int argc, char *argv[] ) {
MPI_Init( &argc, &argv );
fortran_subroutine();
MPI_Finalize();
return 0;
}
----- fortran_subroutine.f -----
include 'mpif.h'
sobroutine fortran_subroutine()
integer nprocs, myrank, ierr
call MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, nprocs, ierr )
call MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, myrank, ierr )
write(*, *) nprocs, myrank
end subroutine fortran_subroutine

こんな書き方になると思います(FORTRAN忘れましたｗ)
小さなプログラムで書き方をテストしてからやった方がいいのでは？

523:522
13/12/04 21:43:48.10 .net
Linux 環境でOpenMPI 1.4.5 gcc 4.7.2 でコンパイルすると実行時にエラーが出てしまうね。
この環境で混在できるのだろうか？ここ人が少なくで答えてくれる人居ないだろうな
>>521さんも環境に依存する部分なので上手く行くと良いですね

前のプログラムにタイポと抜けがあったので修正しました
% mpif77 -c rank.f
% mpicc -o test02 main.c rank.o -l:/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.7/libgfortran.a -lmpi_f77
でコンパイルしました

----- main.c -----
#include <mpi.h>
void rank_();
int main( int argc, char *argv[] ) {
MPI_Init( &argc, &argv );
rank_();
MPI_Finalize();
return 0;
}
----- rank.f -----
C include 'mpif.h'
subroutine rank
integer nprocs, myrank, ierr
call MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, nprocs, ierr )
call MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, myrank, ierr )
write(*, *) nprocs, myrank
end subroutine rank

524:522
13/12/04 22:18:07.46 .net
includeをsubroutineの後に持ってきたら実行も上手く行きました orz...

----- rank.f -----
subroutine rank
include 'mpif.h'
integer nprocs, myrank, ierr
call MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, nprocs, ierr )
call MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, myrank, ierr )
write(*, *) nprocs, myrank
end subroutine rank

525:デフォルトの名無しさん
13/12/06 01:28:12.82 .net
>> 522 さん
ご返信が遅くなり大変申し訳ありませんでした。

この度はコードのご指導まで頂き、本当にありがとうございました！
私の環境は intel 環境で、不勉強もありなかなか上手くいきません
でしたが、参考にさせて頂きつつ、なんとか
mpiifort -c rank.f
mpiicc -o a.out main.c rank.o -lifcore -limf
mpirun -np 4 a.out
で動きました！嬉しいです！！
この度は、ご助言頂き本当にありがとうございました！！

526:デフォルトの名無しさん
14/08/27 03:15:26.43 SX33fbF3.net
おるでw

最近はMPIのインストール方法とか使用方法とかを説明する記事やドキュメントが多いから、わざわざ2ちゃんのスレにカキコするまでもないのではないかな…

527:デフォルトの名無しさん
14/09/25 20:37:56.94 77m4KJC/.net
プログラミング初心者ですが質問させてください。
フリーウェアだけでfortranのmpiを用いた並列計算環境って用意できますか?
OSはwindowsです。色々解説サイトを回ったのですが、OSがwinで
フリーウェアという条件に一致するものがありません。
解説サイトか、フリーウェアを紹介していただけたら幸いです。

528:デフォルトの名無しさん
14/09/25 20:55:19.71 1qsw9PIQ.net
WindowsにVirtualboxをインストール
VirtualboxにLinuxをインストール
ゲストOSでmpi環境構築

以上

529:デフォルトの名無しさん
14/09/25 23:09:57.41 77m4KJC/.net
>>528さん回答ありがとうございます。
早速試してきます。

530:デフォルトの名無しさん
14/09/26 00:43:22.36 w0XQeQM8.net
すみません。再度質問します。
とりあえず、並列計算を行える環境にはなったのですが、
8コアで計算させていたら全てのコアで使用率が100%となりました。
計算速度は犠牲にしてよいので、使用率を50%程に低下させつつ動作させることは
可能でしょうか？

531:デフォルトの名無しさん
14/09/26 06:29:58.28 IA039Vji.net
ゲストOSが使用するCPU数を4コアに設定
4/8でCPU使用率50%

以上

532:デフォルトの名無しさん
15/02/21 12:06:37.62 FlDtTMp/.net
うんこ

533:デフォルトの名無しさん
16/03/29 09:26:01.42 /c8bAcK4.net
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534:デフォルトの名無しさん
16/08/19 15:54:40.93 hNG+d2Rp.net
windows10を2台とMSMPIで通信したいんだが
error 1825のセキュリティパッケージ固有のエラーとやらが出て通信できないんだ
firewallはオフにしてもだめ
OSはwindows HPC clusterとかじゃないとできなかったりする？

535:デフォルトの名無しさん
16/10/13 07:16:32.67 aU3BNmFk.net
SMPマシン数台のMPICH2環境を構築しようとしています。
とりあえず8コアマシンで1ノード1CPUでの環境は作り、ベンチマークなどをとってテストしている最中です。
さて、ここからSMP+MPICH2混在環境に移行しようとしてるんですが、SMP環境をアクティブにする方法が判りません。
どうしたらいいのでしょうか？？

環境は
centos6.8
mpich1.21p1
です。
よろしくお願いします。